В отношениях к приходскому духовенству Макарий старался смягчить обычный тогда у епископов деспотический тон обращения; старался не отягощать духовенство поборами и защищать его от произвола своих чиновников. Архиепископ Макарий может быть помимо своего природного мягкосердечия потому еще сочувственно относился к белому духовенству, что сам был до поступления в монастырь семейным человеком; сохранилась вкладная книга его в Пафнутьев монастырь, данная туда Макарием на поминовение его покойной дочери и родителей.
В монастырях архиеп. Макарий постарался ввести порядок вместо беспорядка, т.е. общежительный устав вместо царившего всюду келейного. Из 24-х монастырей. находившихся в Новгороде и около него, только в 4-х было общежитие. Макарий путем только одних увещаний монастырских игуменов достиг того, что 18 монастырей устроили у себя общее жительство. Подгородным монастырям последовали и некоторые другие монастыри епархии. Другой выдающийся беспорядок тогдашней монашеской жизни состоял в том, что вопреки прямому запрещению собора 1503 года, продолжали существовать так называемые общие или мужско-женские монастыри. Арх. Макарий назначил для специального проживания черниц своей епархии 8 особых монастырей, поставил над ними игумений, а не игуменов, как было до того времени, и для богослужения определил в них белых священников, а не монахов. С любовью и вниманием отнесся Макарий к общественной святыне Новгорода — кафедральной церкви св. Софии. Он богато и отменным образом украсил ее. Внешнее благополучие новгородской паствы также составляло предмет его сердечных забот. Все бывшие в немилости у московского правительства находили в своем владыке готового за них заступника. Это мы знаем и по свидетельству летописи, и по сохранившимся посланиям к Макарию. В одном из таких посланий указывается на особое уменье архиепископа печаловаться пред государем: "ты веси время и час, егда умолити православного царя и государя о наших согрешениях". По случаю своего приезда в Москву в 1534 году, архиепископ Макарий "много печалованья творил о победных людех в своей архиепископии, еже во опале у государя великого князя множество много", и "государь князь великий архиепископова ради печалования многим милость показа".
Разносторонняя общественно-пастырская деятельность Макария в Новгороде ознаменовалась и миссионерскими заботами, для которых в новгородской области всегда было обширное поле приложения. Финны Водской пятины (к северу от Новгорода), будучи номинально христианами с XIII стол., фактически еще жили вполне верой и культом отцов своих. Макарий написал увещательную грамоту к жителям инородческих уездов и к тамошнему нерадивому духовенству, убеждая всех оставить языческие суеверия и истребить предметы языческого культа. Для приведения в исполнение этих предписаний архиепископ отправил со св. водой иеромонаха Илию, который, с помощью боярских детей, сжигал священные рощи, преследовал кудесников и водворял христианскую обстановку в домах поселян. Миссия не осталась без благоприятных результатов.
Архиепископ Макарий оправдал возлагавшиеся на него надежды при назначении на Новгородскую кафедру. Своей деятельностью он склонил к себе и к Москве сердца недавно покоренных новгородцев и умел в то же время, не раздражая местного патриотизма, делать центральному правительству при случае прямые гражданские услуги. Так, например, когда в 1535 г. великий князь и княгиня Елена обратились к Макарию с просьбой собрать с монастырей его епархии 700 руб. на выкуп пленников у крымских татар, то, под давлением нравственного авторитета любимого владыки, монастыри безропотно поделились своими средствами. Или еще, когда дядя Ивана IV, Андрей Иоанович, рассорившись с правительницей Еленой, бежал в Новгород в надежде найти в нем достаточное количество горючих материалов для восстания, то, по известию летописи, владыка Макарий, и наместники, и все новгородцы в Новгород его не пустили, а послали к нему навстречу "воеводу Бутурлина со многими людьми и с пушками".
Одним словом, проходя свое служение на новгородской кафедре, Макарий зарекомендовал себя как пастырь и администратор, и пастырь мудрый, из ряда вон выдающийся. По словам летописца, "многие ради его добродетели во всей России слава о нем происхождаше". Нет ничего удивительного, что из архиепископов новгородских Макарий был переведен на кафедру митрополии. Это произошло в 1543 г., спустя два месяца после изгнания Шуйским Иоасафа. Макария пригласила на митрополию та же всесильная партия Шуйских, надеясь видеть в нем, как в пастыре дружественного им Новгорода, своего приверженца. Но сам Макарий не был обольщен предстоявшей ему великой честью митрополичьего сана. "В лето 7050-е", пишет он в своей духовной грамоте, "первопрестольник, великий господин, Иоасаф митрополит всея России оставил митрополию русскую и отойде в Кириллов монастырь в молчальное житие, и не свем которыми судьбами Божиими избран и понужен был аз смиренный не токмо всем собором русския митрополии, но и самим благочестивым и христолюбивым царем и великим князем Иван Васильевичем всея России самодержцем. Мне же смиренному намнозе отрицающуюся, по свидетельству божественных писаний, и не возмогох преслушатись, но понужен был и поставлен на превеликий престол русския митрополии". Такое поведение Макария понятно уже потому, что два предшествующие митрополита были насильственно свергнуты, и положение митрополита среди борьбы правительственных партий становилось тяжелым и угрожаемым.
Заняв митрополичий престол, Макарий повел политику благоразумной уклончивости от участия в правительственных делах, даже таких, где его влияние было очень желательным, напр., в деле руководства молодым вел. князем, дурно направлявшимся в своем развитии своекорыстными временщикам". Однако, при всей уклончивости, митр. Макарий последовательно держался одной политики: всячески служил интересам развития самодержавной власти великого князя. Он не оправдал в этом отношении надежд Шуйских. Митр. Макарий хорошо понимал, что владычество боярщины должно скоро отжить свой век и потому, чуждаясь боярской партийности, старался держаться на нейтральной высоте архипастырского предстательства пред государем за всех гонимых и обидимых. Разрыв Макария с боярщиной обнаружился в первый же год его митрополитствования. Когда Шуйские и их единомышленники напали в самом дворце на любимца великого князя, боярина Воронцова, и начали над ним физическую расправу, митрополит, по просьбе великого князя, явился усмирять разъяренных временщиков и заступился за страдающего, несмотря на то, что бушующие бояре толкали его самого, и один из них своими сапогами разорвал подол его мантии. В конце 1543 г. враги Шуйских добились их свержения, и князь Андрей Михайлович Шуйский был предан позорной смертной казни. Все-таки по-прежнему продолжалось еще правление временщиков. Только в конце 1456 года 16-ти летний Иван IV начал править самостоятельно. Среди немалочисленных опал и гонений этого периода митрополит выступал печальником за обидимых, и государь внимал его ходатайствам. Казалось, что митр. Макарий мог бы при таком авторитете благотворным образом повлиять на дурно воспитываемого отрока Ивана. Но, видимо, он опасался, что пока продолжается боярская регентура, до тех пор вмешательство в дворцовую жизнь будет всегда грозить ему трагической судьбой его предшественников. Не вмешиваясь вообще в дело воспитания молодого Ивана, митр. Макарий однако постарался в благоприятную минуту внушить ему очень важную для его власти идею, именно — идею венчания на царство. Акт церковного венчания, совершенный митрополитом Макарием над Иваном IV 16 января 1547 г., представляет знаменательный момент в нашей церковной истории. В этом нашло свое завершение постепенно развившееся самосознание московских государей до степени самодержавных владык не только в делах гражданских, но и церковных. Формально принятый титул "боговенчаннаго царя" уже окончательно юридически закреплял за ним те прерогативы верховного попечения об интересах православия и церкви, какие принадлежали византийским императорам и какие уже в весьма значительной степени приобретены были самими московскими князьями путем историческим, даже помимо идейных аналогий своего положения с исчезнувшим положением православных греческих царей. Из ранее сказанного мы знаем, что идея перенесения церковно-гражданских преимуществ павшего КПля на Москву, как Третий Рим, была ко времени Ивана IV окончательно созревшей в сознании русского общества и правительства, и торжественное провозглашение московского государя "царем", совпавшее с фактическим сосредоточением в руках последнего самодержавной власти над всеми концами некогда разрозненной уделами русской земли, было фактом исторически естественным и даже необходимым. Кому же принадлежала в настоящем случае инициатива акта царской коронации: самому ли Ивану Васильевичу, или митр. Макарию? Вероятнее всего именно — Макарию. За это говорит уже самая фактическая сторона события. 16-летний великий князь Иван Васильевич, проведший всю осень и начало зимы 1546 года в беззаботной увеселительной поездке по своим селам и монастырям, возвратился в Москву 12 декабря, а на другой день, 13-го, после беседы с митрополитом Макарием, вдруг объявил о своем намерении принять царский венец. Трудно думать, что столь важное решение возникло у юного князя самостоятельно и при том во время веселой прогулки, среди потех и бешеной езды на ямских подводах. Не могла эта мысль принадлежать и окружавшим князя боярам, для которых не составляло особенной приятности сакраментальное подтверждение великокняжеского абсолютизма, как это и выразили некоторые из них тотчас по объявлении предстоящего венчания. Между тем митрополит, после упомянутой беседы с царем, вышел от него, по рассказу летописи, "с лицом веселым", очевидно радуясь торжеству своей задушевной идеи. А идея царского венчания действительно должна была составлять неотъемлемую часть миросозерцания митрополита Макария, какое воплотилось в его жизни и деятельности. Митрополит Макарий был одушевленным носителем того убеждения, что русская церковь уже фактически унаследовала силу и славу, и честь византийской, и что русскому государству, следовательно, пора быть "царством". Ближе всего, посредством коронации Ивана Васильевича, митрополит надеялся поднять его правительственное самосознание, заставить серьезно приняться за государственные дела и сделать Россию достойной ее нового, высокого звания. Митр. Макарий не ошибся в расчетах, и, не повлияв а свое время на воспитание Ивана Васильевича, теперь в значительной мере загладил это свое упущение. Этим он возбудил в молодом царе благородную ревность о славе своего царского имени, которая должна быть заслужена подвигами государственной деятельности. Восприимчивый и энергичный Иван Васильевич сразу вошел в дух тех перспектив власти, которые открыл ему митрополит в царском достоинстве, и решил и сам внутренне обновиться и обновить врученное ему царство. Особенно укрепил молодого царя в его реформаторских намерениях ужасный московский пожар, случившийся летом 1547 г. В этом Иван IV усмотрел наказующий перст Божий, побуждающий к исправлениям. Царь порывает связь с прежними боярами-руководителями и образует около себя тесный кружок доверенных советников неродовитого происхождения: в число их входит окольничий Адашев и Благовещенский протопоп Сильвестр, переведенный Макарием в Москву из Новгорода, и сам митр. Макарий. Сильвестр возымел особенное влияние на царя и направлял его деятельность в полном согласии и миролюбивом содействии с митрополитом. Под влиянием этих двух советников, у юного царя особенно сильно заговорило покаянное чувство о прежнем небрежении своими государственными обязанностями и разгоралось и желание — скорее и радикальнее исправить грехи юности своей по отношению к государству, — облагодетельствовать последнее коренными реформами. В 1550 году, сознавая себя самодержцем всех объединенных русских земель и княжений, царь в первый раз созывает еще небывалый на Руси обще земский собор из выборных представителей от городов и излагает перед собором свои лучшие государственные намерения в обстоятельной речи, подлинность которой, правда, подвергается сомнению (проф. Платонов). В том же 1550 г. был переработан Судебник Ивана III, и этим принципиально положено было начало обновлению русской земли.