Осуществив на деле чин царского венчания, митр. Макарий одушевлялся при этом не столько интересами государственными, сколько идеалами церковными, соединявшимися в его представлении с актом коронации. Христианское царство, по известной нам теории, усвоенной и Макарием, имело смысл и существовало только для церкви, как ее ограда и утверждение. И коль скоро в акте коронации русское государство формальным и бесспорным образом вступило в права третьего Римского вселенского царства, то оно уже юридически и немедленно было обязано взять на свое попечение удовлетворение ближайших и неотложных нужд церкви. А эти нужды намечались тогдашним положением и задачами русской церкви.
Церковь русская, по глубокому убеждению митрополита Макария, стала на земле единственной чистой выразительницей христианской истины, но в то же время продолжала страдать и очевидными бытовыми недостатками. Митрополит Макарий поэтому считал своей жизненной задачей — с помощью царя православного исправить в отечественной церкви все веками накопившиеся в ней недостатки и явить миру все заключенные в ней сокровища и добродетели, чтобы она стала на самом деле достойной своего мирового вселенского призвания. Для этой-то грандиозной цели митр. Макарий и постарался созвать на другой же год после земского собора большой церковный собор, известный под именем Стоглавого. При этом, как первый земский собор был выражением окончательно собранной во едино Руси, так, параллельно этому, и собор 1551 г. выражал собою тот же факт в церковной сфере. Собранное государство, устраняя беспорядки, вводило во всех своих частях однообразный порядок. То же имел в виду сделать и в Церкви собор 1551 года. Его начинания невольно отражали на себе факт слагавшейся централизации русской жизни. Это и хочет отметить Карамзин своей формулой: "сей достопамятный собор, по важности предмета, знаменитее всех иных, бывших в Киеве, Владимире и Москве".
Но прежде, чем приступить к соборной критике и исправлению недостатков русской церкви, митр. Макарий, руководимый той же идеей исключительно-высокого призвания русской церкви, и тоже по собственной инициативе, осуществил два других грандиозных предприятия, имевших в виду положительную, созидательную сторону дела. Митр. Макарий постарался предварительно уяснить и для себя, и для всего мира ту полноту духовно-нравственных сил и средств, с которой русская церковь могла бы дерзновенно претендовать на подобающую ей роль. Этого он достиг: собранием в одно место всей известной на Руси церковной литературы и канонизацией всех известных святых русской церкви.
Первое предприятие он осуществил следующим образом. Приняв за схему собрания план обычных четьих миней, Макарий помещал под днями месяцев не только краткие и пространные сказания о дневных праздниках и святых, но и все известные ему слова на эти дни и все творения святых авторов, память которых совершалась в эти дни. В конце каждого месяца в виде прибавлений приписывались различные анонимные произведения и творения авторов не святых. На деле Макарий все-таки не выполнил во всем объеме своего намерения — "собрать все книги чтомыя, которыя в русской земле обретаются". Сообразно с церковной, назидательной целью своего собрания, митр. Макарий прежде всего опустил из него совершенно: а) всю светскую (астрологическую) отреченную литературу, равно и большую часть церковных апокрифов. Не поместил затем: b) исторических произведений (летописей, хронографов), с) — юридических памятников, d) большинства "путешествий". Пропущены были также: е) многие книги свящ. Писания, f) очень многие произведения русских писателей проповедников и g) эпические творения. Несмотря на все это, дело собрания церковной письменности стоило Макарию 20-ти лет труда и больших забот и издержек. 12 лет он был занят собиранием в Новгороде и 8 лет в Москве, закончив предприятие не ранее 1552 года. "Писал есми", говорит он, "сия святыя книги в великом Новгороде, как есми там был архиепископом, а писал есми и собирал и во едино место совокуплял дванадесять лет многим имением и многими различными писари, не щадя сребра и всяких почестей". В результате получилось 12 огромных фолиантов, известных под именем "Великих Макариевских Четьих Миней". При отсутствии книгопечатания, это драгоценное "собрание", конечно, не могло иметь прикладного, утилитарного значения. Это была библиотека — уникум, доступная лишь очень небольшому привилегированному кругу лиц, живущих в столице. Но та нравственная цель, с какой Макарий осуществлял свое предприятие, несомненно была достигнута: русская церковь в монументальном "собрании" митр. Макария могла видеть осязательное подтверждение полноты своего ведения святоотеческой мудрости и еrgо — правоспособности руководить судьбами православия во всем мире. В настоящее время существуют только три списка Четьих Миней, современных самому митр. Макарию и после него рукописно не размножавшихся:
1. так называемый Успенский, положенный митрополитом в Успенский собор; список полный; хранился в Москве в Синодальной Библиотеке;
2. так называемый Царский; без двух месяцев, хранился там же,
3. Софийский, положенный Макарием в Новгородский Софийский собор, состоит только из 7 месяцев, хранился в библиотеке СПБ Дух. Академии.
Издавались в печати макарьевские Четьи Минеи Археографической Комиссией. Издано пока всего три месяца. По тем же самым побуждениям, которые руководили Макарием при составлении Четьих Миней, по его указаниям и при его участии было составлено и несколько других, сводного характера, литературных трудов, таковы:
1. "Сводная Кормчая", получившая свое начало еще до Макария и стремившаяся объединить в себе по возможности весь известный в русской церкви канонический материал;
2. так называемая "Никоновская Летопись", представляющая летописный свод известий о всей прошлой истории русского государства,
3. "Степенная Книга", излагающая русскую историю не по отдельным годам, а по генеалогическим ступеням великих князей, с тенденцией доказать идею правильного престолонаследия от отца к сыну.