Задавшись целью собирания воедино всех разрозненных и потому сокрытых для глаз большинства духовных сокровищ русской церкви, митрополит Макарий, еще будучи в Новгороде, при составлении своих Четьих Миней убедился, что русская церковь прославлена немалочисленным сонмом свв. угодников, но что большая часть этих светочей веры православной оставалась под спудом, т.е. не была торжественно прославлена, или чествовалась только местно. Между тем, особое положение русской церкви во вселенной, в котором крепко был убежден митр. Макарий, требовало торжественного прославления всех русских угодников. Этим, по словам одного из литературных сотрудников митр. Макария, нужно было "доказать", что "русская церковь хотя и в единонадесятый час выступила в истории, но превосходила своим усердием даже делателей от первого часа. Не в тернии и не на камни падали ее семена, но на доброй тучной земле и приносили плод сторицею. Она воспитала таких святых и великих мужей, что вселенная удивляется их добродетельному житию" (Лебедев, с. 79-80). Тотчас же после венчания Ивана Васильевича на царство в 1547 г., митрополит обратил его внимание на эту благопотребную нужду русской церкви, вследствие чего и был созван тогда же (в 1547 г.) собор, а после него в 1459 г. другой собор с той же целью канонизации русских угодников. На обоих соборах митрополит провозгласил 39 святых. Из них 17 были прославлены совершенно вновь. 30-ти было установлено общерусское празднование, 9-ти местное. В таком изобилии русская церковь еще никогда не прославляла своих подвижников. До Макария насчитывалось в русской церкви всего 22 общепочитаемых национальных святых. Митрополит Макарий, как видим, увеличил эту цифру более, чем вдвое. Какое идейное значение имела эта массовая канонизация святых, можно судить по словам одного современника события. "С того времени", пишет он, "Церкви Божии в русской земле не вдовствуют памятями святых и русская земля сияет православием, верою и учением яко же второй великий Рим и царствующий град, там бо вера православная исказися Махметовою прелестию от безбожных турок, зде же в Рустей земли паче просия святых отец наших учением". Следует, однако, заметить, что деятельность соборов 1547 г. и 1549 г. по объединению национальной святыни, кроме вышеуказанной сознательной цели, обусловливалась еще и подсознательной причиной. Именно — совершившимся фактом политического объединения Руси. Как прежде раздробленная на уделы Русь жила под патронатом местных святынь, которые служили символами местной самобытности, так теперь, объединенная в цельное государство, она побуждала тем и церковь точно также объединить и централизовать свое внутреннее и внешнее бытовое содержание. И митр. Макарий в данном случае, в параллель князьям "собирателям" Руси, может быть назван "собирателем" русской церкви.
Когда была приведена в известность вся сокровищница святыни и учения, украшавших русскую церковь, когда эта последняя предстала пред глазами митрополита Макария во всеоружии своих духовных доблестей, тогда уже ему не страшно было обнаружить и ее недостатки, в полной уверенности, что она выдержит теперь какую угодно строгую критику. Это обнаружение язв русской церковной жизни и было сделано на соборе 1551 года. Нельзя, однако, думать, что критико-обличительная обстановка собора 1551 г. всецело принадлежит митр. Макарию. Если даже вопрос об инициативе собора мы решим в пользу одного Макария на основании общего представления о нем, как человеке способном к крупным предприятиям, то ближайшее рассмотрение деяний соборных приводит исследователей к выводу, что на постановку отдельных вопросов здесь повлияли партии и лица различных до противоположности интересов и убеждений. Так, прежде всего сам царь, как видно по многим данным, имел желание добиться от собора в той или иной мере уступки церковно-монастырских недвижимых имуществ, или их доходов, в пользу нужд государственно-общественных, побуждаемый к тому настоятельной потребностью времени: обеспечить поместьями все возраставший в своем количестве класс военно-служилых людей. Государя в его посягательствах на церковные вотчины поддерживала, по идеалистическим соображениям, партия "нестяжателей", т.е. единомысленников и учеников Нила Сорского, отрицавших право и нравственную пользу за монастырями и монашествующей иерархией — владеть населенными землями. За секуляризацию стояли тогдашние всесильные временщики Сильвестр и Адашев. Из участников собора сюда примыкал рязанский епископ Кассиан и Троицкий игумен Артемий; последний даже письменно излагал царю свое личное мнение об истинном нестяжательном иноческом жительстве. В руках у Ивана Васильевича были и "27 поучительных глав о государственном управлении", писанных из заключения Максимом Греком и направленных, между прочим, против злоупотреблений иерархией своими вотчинно владельческими правами. Но вся высшая иерархия была настроена, конечно, против таких тенденций, посягавших на дорогие для нее права, и на ее стороне был и сам митрополит Макарий. Последний представлял собой своеобразного реформатора-консерватора, т.е. был, по его собственному убеждению, только "реставратором" старых порядков русской национально-церковной жизни, будто бы украшавших ее прежде и лишь в недавнее время "поисшатавшихся". Поэтому традиционный способ обеспечения епископских кафедр, церквей и монастырей имел для него авторитет священной неизменности. Когда в конце 1550 г. государь роздал громадное количество земель в московском уезде служилым людям, то, вероятно, обращался с запросом о покупке или уступке ему и некоторых вотчин митрополичьих, во множестве примыкавших к столице. Но митрополит с небывалой решительностью и смелостью дал отпор царским претензиям. Он написал царю "ответ о недвижимых вещах данных Богови в наследие вечных благ", в котором буквально повторяет доводы собора 1503 г. в защиту церковно-имущественных прав своей кафедры и затем пространно и красноречиво увещевает царя не нарушать их. После такого ответа царю со стороны уважаемого им митрополита, понятно, что секуляризация церковных имуществ не могла быть ни предметом рассуждений, ни результатом собора 1551 года. И только по окончании его, в особом заседании 11-го мая государь постарался провести несколько постановлений, полагавших ограничение дальнейшему росту церковного землевладения. При всем том, однако, партия "нестяжателей", в союзе с царем Иваном Васильевичем, наложила свой отпечаток на некоторую часть соборных деяний. Соборные рассуждения велись по программе, предложенной царем, но составленной далеко не им только одним.
Судя по книге соборного уложения, деяния собора происходили в следующем порядке. 23 февраля царь открыл собор двумя речами — краткой устной и пространной письменной. Вот его устная речь, из которой видно, как он в звании царя сознавал за собой право и обязанность иметь попечение. о делах церкви: "Молю вас, святейшие отцы мои, аще обретох благодать пред вами, утвердите в мя любовь, яко в присного вам сына, и не обленитеся изрещи слово к благочестию единомысленно о православной церкви, нашей христианской вере и о благосостоянии святых Божиих церквей и о нашем благочестивом царствии и об устроении всего православного хрестьянства. Зело бо желаю и срадуюся и согласную сослужебен с вами быти вере поборник, в славу Святой, Животворящей и Нераздельной Троицы, Отца, Сына и Св. Духа, в хвалу же и славу благочестивыя нашея веры и церковных уставов. Темже и всякому разногласию отныне далече быти повелеваем, всякому же согласию и единомыслию содержатися в нас". Последними словами царь намекает на партийность взглядов собора. В письменной речи Иван Васильевич, подобно тому как и в речи пред земским собором, свидетельствует о своем раскаянии и исправлении в грехах личных и государственных, затем к тому же призывает и всю свою землю, а во главе ее пастырей церковных с тем, чтобы они позаботились о непорочности нашей православной христианской веры, дабы не осталось неустраненным никакое нарушение законов, никакое злоупотребление. После этого, вероятно, не ради только простой вежливости, а по сознанию формально наступившего на Руси, со времени коронования государя царским венцом, тесного союза церкви и государства, как это было в Византии, Иван Васильевич предложил отцам собора обсудить составленный в предшествующем году Земский Судебник с точки зрения церковных правил и утвердить его своими подписями. Когда это было сделано, царь представил собору от своего лица список 37 вопросов, касавшихся различных церковных нестроений. Едва собор успел дать ответные определения приблизительно на половину этих вопросов, как царем были поданы на рассмотрение новые 32 вопроса, более краткие и менее важные по своим предметам; по поводу последних немедленно же были сделаны соответствующие определения, приписанные в виде ответов к каждому вопросу отдельно. Эти вторые вопросы вместе с ответами на них, составляют в книге соборного уложения одну 41-ю главу. Далее шли рассуждения и вырабатывались постановления в ответ на другую половину первых (37) царских вопросов и отчасти по предметам, не задетым в них. Наконец, список соборного уложения посылался на просмотр и для замечаний находившимся на покое в Троицком монастыре церковным сановникам: бывшему митрополиту Иоасафу Скрыпицыну, бывшему Ростовскому архиепископу, бывшим архимандритам Троицкому и Чудовскому вместе с собором старцев. В первых числах мая соборные деяния были уже окончены. Такая необыкновенная быстрота процедуры при небывалой многопредметности собора объясняется очевидно тем, что программа соборных рассуждений, как в своей вопросной, так и ответной части, была уже в значительной мере заранее подготовлена и разработана.