28-го июля, во время крестного хода в Новодевичьем монастыре, св. Филипп заметил пред чтением Евангелия одного опричника стоящим в тафье и выговорил за него государю. Царь оглянулся, но виновного не нашел, так как тот успел снять свою шапку. Услужливые языки тотчас же подсказали государю, что митрополит говорит неправду, издеваясь над его царской державой. Как это было ни нелепо, но и большие люди под влиянием аффекта способны делать глупости. Царь, взбешенный самим фактом выговора, потерял по обычаю всякое равновесие и начал всенародно бранить святителя, называя его лжецом, мятежником, злодеем. После этого Грозному во что бы то ни стало нужно было подыскать какие-нибудь канонические основания для свержения Филиппа. Не находя их в Москве, отправили следственную комиссию в Соловки. Там всякими мерами — подкупом, обещаниями почестей и т.п. — посланные достигли своей цели: сумели завербовать в клеветники несколько мелких душ, в том числе самого игумена Паисия, и с ними возвратились в Москву.
Немедленно был созван собор — позорнейший из всех, какие только были на протяжении всей русской церковной истории. Мужественный святитель, выслушав лжесвидетелей, не унизился до оправданий и прямо начал слагать с себя знаки своего сана. Но торжествующие враги не позволили ему сделать это так легко и просто. Месть составляла для них самый занимательный акт всей драмы. 8-го ноября Филиппа заставили служить литургию в Успенском соборе. Но во время богослужения сюда явился боярин Басманов с толпой опричников и прочитал пред народом соборный приговор о низложении митрополита. После этого опричники сорвали с Филиппа архипастырские одежды, облекли его в старую монашескую ряску, вытолкали из храма и на дровнях свезли в Богоявленский монастырь. Целую неделю страдалец сидел в оковах в смрадной монастырской тюрьме, затем был перевезен в старый Никольский монастырь, куда царь прислал митрополиту отрубленную голову одного из его родственников... После этих издевательств св. Филипп был сослан в Тверской Отрочь-монастырь, где через год Малюта Скуратов собственноручно задушил его, сказав монастырским властям, что митрополит умер по их небрежности "от неуставного зною келейного".
Вероятно после св. Филиппа, при выборе кандидатов на митрополичью кафедру, Иван Васильевич руководился специально тем соображением, чтобы не пускать на этот пост людей родовитых, которые могли бы смотреть на его политику под углом зрения старых аристократических традиций. Так или иначе, но три следовавшие один за другим митрополита конца царствования Грозного уже наложили печать на уста свои и предоставили царю "творить елика хощет". Через два дня по низвержении Филиппа, 11-го ноября 1568 г. был поставлен на его место Троицкий архимандрит Кирилл.
При нем ужасы опричнины достигли страшных размеров почти междоусобной войны: разорялись и опустошались по подозрению в измене целые города. Особенно пострадал в 1570 году Новгород, где подвергся специальному поруганию известный нам архиепископ Пимен. Сбылось пророчество св. Филиппа. Митр. Кирилл скончался 8-го февраля 1572 г.
Пред собором явившихся для поставления нового митрополита епископов, царь держал лицемерно-смиренную речь, прося дать ему прощение и разрешение на четвертый брак. Эту щекотливую задачу собор не нашел возможным решить иначе, как только в положительном смысле и успокоил свою совесть лишь наложением на царя трехлетней епитимии. Из случайных летописных заметок узнаем, что Иван Васильевич действительно начал исполнять епитимию, но потом нарушил ее и, уже не обременяя совести церковных иерархов, развелся с четвертой женой, женился на пятой, затем на шестой и седьмой, как бы радуясь тому, что, раз переступив запретную черту, он, наконец, эмансипировался от стеснительных уз канонической совестливости...
Вероятно, сообразуясь с обстоятельствами времени, на митрополию после Кирилла избран был в мае 1572 г. кандидат тишайший и смиреннейший, каковым оказался полоцкий архиепископ Антоний.
При нем по приказу царя собирались два собора (в 1573 и 1580 гг.), на которых, согласно с желанием светской власти, были решительно ограничены имущественно владельческие права церкви. Не заявив себя ничем другим, митр. Антоний скончался в начале 1581 г. В феврале этого года митрополитом поставлен был Хутынский архимандрит Дионисий.
Это был человек с дарованиями и характером. При нем скончался царь Иван (18 марта 1581 г.) и венчался на царство Феодор Иванович. Финансовые нужды государства были таковы, что и этот митрополит должен был поступиться на соборе 1581 г. многими льготами церковного землевладения. Как человек с характером, Дионисий не устоял на своем посту до конца. Еще до воцарения Ивана IV положение русских митрополитов настолько пало, что явилась возможность удаления их с кафедры по воле светского правительства, а во вторую половину царствования Грозного, как мы только что видели, авторитет русских первосвятителей в этом отношении был принижен до небывалой еще степени. Немудрено, что и энергичный Дионисий, запутанный в круговорот политики, не устоял против сильного временщика — Бориса Годунова и был низвергнут без суда церковного. Митр. Дионисий встал на сторону, противную Годунову, и вместе с Шуйскими хотел упросить царя развестись с неплодной супругой Ириной — сестрой Бориса... Но хитрый дипломат Борис сумел путем напускного миролюбия парализовать их замысел, а сам между тем возбудил клевету и преследование против Шуйских. Возмущенные его поступком — митрополит и крутицкий архиепископ Варлаам — явились к Федору Ивановичу и открыто обличали Бориса в тирании и коварстве, чем, конечно, и "собрали угли на свою главу". Борис сумел оклеветать их обоих и отправить в ссылку в 1587 году.
На кафедру всероссийской митрополии был возведен избранник и любимец Бориса, ростовский архиепископ Иов, которому вскоре суждено было принять титул патриарха.
Итак, в историческом обзоре высшего управления русской церкви или судеб русской митрополии в ее отношениях к греческой церкви, с одной стороны, и к русской государственной власти, с другой — мы дошли до времени патриаршества.
Самое общее явление, какое мы наблюдаем в данный период в жизни русской митрополии, то, что она с замечательной исторической постепенностью высвобождается из-под церковной власти над ней КПльского патриарха и столь же постепенно, обратно пропорционально этому освобождению, подпадает под зависимость от светской власти своего русского правительства.
Вместе с этим процессом перехода от одного рода зависимости к другому, русская митрополия, а через нее и вообще русская церковь, теряет многое в своей внутренней свободе и самостоятельности. Будучи в начале учреждением, имеющим опору вне русской нации, как филиальная часть церкви КПльской, русская митрополия в этом почерпала и всю желательную для нее свободу по отношению к местной гражданской власти, т.к. во главе русской церкви стояли бессменные ставленники патриарха — иностранцы по происхождению.
При этой форме своего высшего управления русская церковь, не говоря уже о полноте ее внутренней свободы, даже в политическом смысле представляла собой силу, превосходящую значение великокняжеской власти, потому что эта последняя не могла удерживать под своим влиянием все части раздробленной Руси, тогда как единая русская митрополия стягивала их в одно целое и долгое время объединяла в себе, сверх того, еще и государственно отделенную западную половину Руси.
Но, ради своих собственных интересов и по традиции греческой церкви, русская митрополичья власть стремилась жить около великокняжеской власти. Между тем, великие князья вели успешную политику объединения отдельных концов русской земли и строения цельного русского государства. Жившая совместно с великими князьями высшая церковная власть оказывала им в этом деле централизации и государственного строения незаменимые услуги. Но в то же время, увлекаемая интересами национальной политики, сама обнаруживала все нараставшую наклонность к национализации. Потребности быстро формировавшегося единого русского национального самосознания и шедшие в параллель с этим хлопоты великих князей постепенно отвоевали у КПльских патриархов право поставления на нашу митрополию природных русских кандидатов. Вскоре, в силу известных исторических поводов (Флорент. Уния и проч.), русская церковь и совершенно отказалась даже от посвящения своих митрополитов у патриарха, т.е. фактически стала автокефальной, Московской, национальной.