Уродливый соблазн движения жидовствующих нашел почву в длительном застое мысли русского средневековья. Религиозная мысль, неутоленная торжественным шумом благолепных организационных начинаний митрополита Макария и Ивана Грозного, вернулась к тому критицизму и искательству, которое было приглушено гонением на жидовствующих. Теперь явно новым ферментом брожения явилась идущая из-за литовского кордона струя реформационного свободомыслия. Нельзя сказать, чтобы это свободомыслие, как и три четверти века тому назад в Новгороде, задело теперь в Москве широкие группы населения. По-прежнему тут незначительное, сравнительно обеспеченное столичное меньшинство. Взволновавшие его вопросы бесспорно протестантского происхождения.
Вскоре после парада Стоглавого Собора, в великом посте 1553 г. на исповедь к протопопу кремлевского придворного Благовещенского Собора, о. Симеону, пришел сын боярский, Матвей Семенович Башкин. Этот сын духовный показался протопопу "необычным". Сомнения и вопросы, поднятые им на исповеди, вовлекли духовного отца в сравнительно длительное и нелегкое общение с "необычным" духовным сыном. Все это вскоре выплыло наружу на духовном суде над Башкиным под руководством самого всероссийского митрополита Макария. Исповедальные беседы о. Симеона с Башкиным в том же году уже в Петровом посту смутили его настолько, что он рапортовал обо всем личному духовнику молодого царя, Успенскому протопопу Сильвестру. После чего и решено было провести этот необычный исповедальный казус через соборный суд. По письменному докладу о. Симеона, адресованному митрополиту, дело было так: на исповеди Матвей говорил духовнику: "великое-де дело ваше, написано деи: ничтож сея любви больши, еже положити душу свою за други своя. И вы-де по нас души своя полагаете и бдите о душах наших, яко слово воздати вам в день судный. И после того приезжал ко мне на подворье, да чол беседы евангельския, да учал мне говорити: Бога ради пользуй мя душевно. Надобеть-де, что написано в беседах тех честь, да на слово не надеятись, быти б и делом свершитися. Да все-де начало от вас. Прежде вам священником собою начало показати, да и нас научити. Да тутож в Евангелии есть "научитеся от Мене, яко кроток есмь и смирен сердцем, иго бо Мое благо и бремя Мое легко есть". Ино-де которая нужа человеку быти смирну, кротку и тиху? То-де все, что на вас лежит. Первое-де вам творити, да и нас учити. И после того прислал по меня человека, и я к нему приехал. И учал он говорити: во апостоле-де написано: "весь закон в словеси скончавается возлюбиши искренняго своего яко сам себе, аще себе угрызаете и снедаете, блюдите, да не друг от друга снедени будете". А мы-де Христовых рабов у себе держим. Христос всех братьею нарицает, а у нас-де на иных кабалы, на иных — беглые, а на иных — нарядные, а на иных — полные. А я-де благодарю Бога моего, у меня-де што было кабал полных, то-де есми все изодрал, да держу-де, государь, своих добровольно. Добро-де ему, и он живет, а не добро — и он куды хочет. А вам отцем пригоже посещати нас почасту и о всем наказывати, как нам самим жити и людей у себя держати и не томити".
По соглашению с царем и после предварительного допроса, Матвея Башкина фактически арестовали и перевезли под руководство двух опытных старцев в Иосифов Волоколамский монастырь. Башкин сначала запирался, утверждая чистоту своего православия, затем нервничал, взрываясь против отцов духовных, грозя им гневом Божиим, наконец, пришел к раскаянию и, по словам судебного акта, "исписа своею рукою и всем подлинно: и свое еретичество и хулы на своя единомышленники". "А злое учение принял он от литвина Матюшки оптекаря да Ондрюшки Хотеева, латынников". Хотя эти лица и называются в процессе иногда по паспорту "поляками", но вернее всего, что это были русские из Литвы, фармацевты по профессии и протестанствующие вольнодумцы по моде того момента, когда в либеральное царствование Сигизмунда II Августа (1544-1572 гг.) сначала пропылал эффектный пожар протестантских увлечений, а затем быстро расцвела побеждающая сила молодого иезуитского ордена. На время Литва Сигизмунда II Августа стала обетованной землей протестантства. Сами крайние еретики, новые антитринитарии, братья Социны — Лелий и Фауст, изгнанные из Германии, нашли для себя прибежище под короной вольной Польши в 1551 году. Иезуитская реакция вскоре победоносно обуздала заразу вольномыслия, но не отменила конституционной свободы, органически свойственной Польше. С той поры кальвинизм обосновался в Польше навсегда. И та же конституционная свобода служила зашитой и русскому православию. Русские беглецы на Москву заносили оттуда заразу протестантского критицизма. А гонимые Москвой еретики в свою очередь бежали в Литву, как в страну сравнительной религиозной свободы. Протестантский рационализм у москвича Башкина не был только заимствован из внешнего литовского источника. Как показало московское следствие, сравнительно давно подавленное вольномыслие жидовствующих продолжало бытовать в московских северо-западных, "заволжских" пределах. Эпигоны жидовского вольномыслия таились здесь от начала XVI века в гостеприимных для них монастырях нестяжательского толка. Тронутым всякого рода вольномыслием москвичам ясно было, куда обращаться за поддержкой и углублением в церковном критицизме. Там, в Заволжье протестовали против смертной казни еретиков. Там, у вельможного старца Вассиана Патрикеева спасались два монаха, обличенные в жидовстве. Башкин путешествовал в Заволжье для научения. Никоновская летопись говорит: "Да и на старцев на заволжских говорил, что его злобы не хулили и утверждали его в том". Башкин был не одинок. Из своей компании он указал на братьев Борисовых, Григория и Ивана, по видимости тоже москвичей. После покаянного испытания в Волоколамском монастыре, в декабре того же 1555 года освященный собор на Москве осудил даже и покаявшегося Башкина и его сотоварищей на пожизненное заключение: Башкин в. Иосифов монастырь, Иван Борисов на Валаам, другой Борисов тоже в северный монастырь. Суд и наказание были произведены в духе осифлянской строгости, ибо и сам митрополит Макарий был иосифлянином по убеждениям. Современная событиям рукопись Волоколамского монастыря из собрания Московской Духовной Академии № 362 гласит: "Осудил их государь царь православный, князь великий, Иоанн Васильевич да преосвященный Макарий митрополит и со всем священным собором в лето 7062-е декабря и в заточение их разослали. Матвей Башкин — привезли его в Иосифов декабря 22, в пяток. Привез Герман архимандрит" (это будущий святитель казанский). Никоновская летопись подводит итог: "Осудили еретиков неисходными быти, да не сеют злобы своея роду человеческому". Но кое-кто из них нашел исход. Иван Борисов с Валаама убежал в Свейскую землю. Бегство в протестантские страны от преследований церковных было в моде того времени. Фигура Матвея Башкина не из калибра ересиархов. Он только честная по-своему и мужественная жертва пропаганды.
Через показание Башкина открыта была другая фигура, действительного ересиарха — Феодосия Косого. Это был русский протестант, взращенный на той же почве продолжавшегося скрытно жидовствующего вольномыслия, оживленного заносным протестантизмом. Благоприятной средой для него были те же Заволжские монастыри. Феодосий был дворовый боярский человек из Москвы, бежавший и постригшийся на Белом Озере. Его религиозное вдохновение было так бесспорно для его господина, что тот с почтением продолжал общаться с своим беглым холопом. Тотчас после осуждения Башкина, в начале 1554 г., Феодосия привезли с Белоозера и поместили под надзор в монастыре в Москве. Затем судили и осудили его. Но Феодосий сбежал в Литву, где и развил свое протестантствующее вольномыслие в общении с Социнианами до резких крайностей... Узнаем мы о доктринах Феодосия из двух обстоятельных полемических сочинений, принадлежащих перу двух книжных монахов московской церкви. В Литовской Руси не нашлось в ту пору достаточно грамотных богословов, чтобы сразиться с Феодосием. Под заголовком "Послание Многословное" остающийся нам неизвестным инок, может быть, соседнего с Литвой края, пишет свой трактат по просьбе двух православных из Литовской Руси, приславших автору изложение ересей Феодосия. Спустя десятилетие, по аналогичному запросу пишется другое обширное и весьма основательное богословское сочинение под заглавием "Истины показание к вопросившим о новом учении". Автор его инок Зиновий из Отней пустыни на реке Большой Вишерке, приблизительно с полсотни верст к северо-востоку от Новгорода. Иноку Зиновию посвящена диссертация Федора Калугина (СПБ, 1894 г.). Зиновий являет собой фигуру крупного писателя своего времени. Человек широко начитанный в богословии, ученый самоучка XVI века. Взялся он за перо в 1566 г. по просьбе трех лиц, соблазненных ересью, но ищущих наставления. Это были два монаха из Старой Руссы и один мирской человек. Пришли искать совета у Зиновия. Очевидно, Зиновий знал, что пропаганда затронула в этих краях очень многих, и потому счел нужным написать целую книгу. Из "Послания Многословного" и "Истины Показания" выступает картина крайнего антицерковного рационалистического сектантства, догматически антитроичного, даже с уклоном и в социальный экстремизм.
Бог в строгом смысле Един. Иисус Христос — не Бог. Церковь — это только сообщество верующих. А все внешнее в ней есть человеческое предание и измышление, подлежащее отвержению. Храмы — это кумирницы, иконы — идолы, иерархия — лжеучители, идольские жрецы. Со всем этим нужно разорвать. Никаких таинств. Причащение — это простой хлеб и вино. Покаяние — самообман. Перестал грешить, вот и нет греха. Надо сокрушать как идолов не только иконы, но даже и кресты. Святым и мощам не поклоняться. Святых отцов не читать. Посты и монашество отбросить. Все это — человеческое предание. Никого на земле отцами не титуловать, как и запрещено в Евангелии. Все эти предания — человеческое измышление. Все люди, со всеми их разными верами и языками, одинаковые дети у Бога. Эта идея религиозного равенства пред Богом вдруг соскальзывает у Косого в радикализм социальный. Без всякого углубления и развития брошены революционные лозунги: не надо ни властей, ни войны.