Бесспорно живет еще у новых ересеучителей старая доктрина жидовствующих. Пятикнижие Моисеево называется "Столповыми книгами" за утверждаемое ими единобожие. Возвещенный Моисеем Единый Бог не мог превратиться в Троицу. Иисус Христос — посланник Божий отменил ветхозаветную обрядность и открыл новую высшую заповедь поклонения Богу в Духе и истине и заповедь о любви к ближним. Из апостольских писаний отрицалась подлинность авторства ап. Павла за посланием к Евреям. К преданию доктрины жидовствующих у Косого присоединено и влияние антитринитарства Социнианского. Писания отеческие характеризуются как баснословие, В них лишь малая доля истины. Косой, видимо, вдохнул в себя дыхание крайних протестантских веяний.
Насколько в Московском государстве, хотя бы и в Белозерских только дебрях, было распространено такое вольномыслие, трудно судить. Но, по признанию самого Башкина, таким критицизмом заражены были "многие". При допросах по делу Башкина некоторые его единомышленники признавались, "что святым иконам не поклонялись, да и уложили перед сего под казнью, что им и впредь святым иконам не поклонятись". Если речь идет даже о какой-то клятве и "казни" за ее нарушение, стало быть, это была группа достаточно организованная и могущая терроризовать отступника и мстить ему. Более всего подходит к такой сплоченности уже готовая форма монастырских групп. Курбский, в это время перекочевавший в Литву, более определенно говорит, что среди монахов Кириллова Белозерского монастыря есть секта, которая считает авторами соборных апостольских посланий не апостолов, а старцев-пресвитеров. Типичный лево-протестантский критицизм. Тот же Курбский сообщает нам, что по указу царя Ивана IV митр. Макарий "повелел оных ругателей везде имати, хотяше истязати их о расколах их, ими же церковь возмущали и где елико аще обретено их, везде имано и провожено до места главного московского, паче же от пустынь заволжских, бо и тамо прозябоша она ругания". О некоторых из этих вольнодумных монахов мы узнаем поименно в связи с возникшим на этой почве делом игумена Артемия.
Артемий был постриженником преп. Корнилия Комельского (в 5-ти верстах от города Грязовца Вологодской губернии). В 1536 г. Артемий, по благословению преп. Корнилия, перекочевал на жительство в Порфирьеву пустынь Кирилло-Белозерского монастыря. В 1548 г. монахи Корнильева монастыря, ценившие своего постриженника, пригласили Артемия по смерти преподобного к себе в настоятели. Артемий, видимо, был головой выше других. И слава о нем была столь велика, что в 1551 г., по просьбе братии Троице-Сергиева монастыря, царь вызывает Артемия из захолустья и, при всем нежелании самого Артемия, ставит его игуменом знаменитой лавры. Нечестолюбивый идеалист Артемий исполнил это послушание царю только в течение шести с половиной месяцев. И снова убежал в излюбленную им пустыню. Сам знаменитый Кремлевский протопоп Сильвестр свидетельствует нам: "не по мнозе времени Артемий игуменство оставил за свою совесть и отыде в пустыню". Еще подробнее о том же свидетельствует бывший духовник Башкина Симеон: "Побыл на игуменстве, и он видит, что душе его не в пользу игуменство, и того ради игуменство оставил, хочет себе внимати, чтобы от Бога не погибнути душею и Христовы заповеди совершити и евангельския и апостольския и от своею руку питатись, пищею и одежею доволитися". Курбский поясняет: "отошел в пустыню и царя не послушал от того великого монастыря, многого ради мятежу и любостяжательных, издавна законопреступных мнихов". Эта характеристика Артемия доказывает, что к делу об еретиках знаменитый игумен и, как увидим, и некоторые его ученики привлекаются не за какую-то доказанную ересь, а за свое знаменитое русское монашеское направление так наз. нестяжательства. Митр. Макарий, как известно, возглавлял собой в тот момент официальную партию стяжателей. На очной ставке и Башкин, и некоторые другие обвиняемые, очевидно, знавшие по нестяжательской среде выдающуюся фигуру Артемия, а теперь одержимые интересом самооправдания, стали обвинять Артемия, что "он не истинствует христианского закону". Артемий, видя всю опасность этого клеветнического сговора, самовольно сбежал в Заволжье. Там его снова арестовали и привезли уже для личного суда. Да привлекли к суду и некоторых из учеников и выдающихся единомышленников его. Все, как показывает дело, за "нестяжательство". Это были: знаменитый миссионер, креститель Лопарей (или Лапландцев) Феодорит, в тот момент бывший уже архимандритом суздальского Евфимиева монастыря; монах Савва Шах; Соловецкий монах Исаак Белобаев, бывший старцем в монашестве Рязанского епископа Кассиана. Нервно больной Кассиан прорвался и начал хулить книгу Иосифа Волоколамского на новгородских еретиков, т.е. "Просветителя". Тут же на суде его постиг удар паралича: отнялась рука, нога и онемел язык. Как больного, его удалили с кафедры в монастырь. По всем приметам виной его было "нестяжательство". Также и Феодорит был подвергнут заключению на полтора года в Кирилловом монастыре. Но он был столь нужным человеком, с его знанием греческого языка, что его освободили и послали в 1557 г. в почетную миссию в КПль хлопотать перед патриархом об узаконении титула "царя" Московского, присвоенного молодому Ивану IV при его короновании.
Главные и подробные обвинения на этом судбище были сосредоточены на личности Артемия. Сам Артемий все обвинения против него считал по существу ложными и себя не признавал виновным ни в чем, кроме тех фактических случаев, где он дал повод своим клеветникам по недоразумению обвинять его. Как открытый нестяжатель, Артемий никогда не держал язык за зубами и дал обширный материал своим обвинителям-"стяжателям". Обвинителем Артемия выступил и Башкин, который в период своего увлечения протестантизмом, вероятно, услаждался свободными суждениями Артемия. Из Троицкой братии против Артемия выступили и бывший игумен Иона, и келарь Адриан Ангилов, и монах Игнатий Курачев. Достали свидетелей и из Белозерья: Кирилловского игумена Симеона и бывшего игумена Ферапонтова монастыря, Нектария. В то время как Башкин обвинял Артемия в отрицании преданий свв. отец и иконного поклонения и в необязательности всего, чего нет в Евангелии и Апостоле, сам Артемий снисходительно смотрел на заблуждения Башкина, называя их "не ересями, а простыми его глупостями, говорил, будто ныне еретиков нет и что не следует предавать еретиков казни". Симеон слышал от Артемия: "не ведают того, что ересь. Сожгли Курицына да Рукавого и нынеча того не ведают, про что их сожгли". Артемий пояснял: "Не про других говорил, а про себя, что не знаю: за что сожгли?" Нектарий свидетельствовал: "Да Артемий же новгородских еретиков не проклинает и латин хвалит и поста не хранит". — Артемий: "не отвергал поста, а когда случалось быть в миру, нарушал". Иона показывал, что Артемий хулу говорил о крестном знамении: "нет-де в том ничего прежде-де сего на челе своем знамение клали, а нынеча своим произволением большие на себе кресты кладут, да и на соборе-де о том крестном знамении слово было, да не доспели ничего". Арсений пояснял, что говорил Ионе не про крестное знамение по существу, а про нынешний собор, разумея Стоглавый Собор, действительно беспомощный в его богословско-историческом невежестве. Келарь Адриан слышал от Артемия: "петь обедни и панихиды по покойникам бесполезно, этим они от муки не уйдут". Артемий разъяснял: "я говорил про тех, кои жили растленным житием и люди грабили, а после смерти начнут по них петь панихиды, и что Бог приношений о таких не приемлет, тем не избыть им муки". Монах Игнатий писал об Артемии, что он смеялся над любителями акафистов, "что-де только и знают выкрикивать: таки Иисусе, таки Иисусе; радуйся да радуйся". Артемий отвечал: "да, говорил про тех, кои поют каноны и акафисты, а об исполнении заповедей Божиих не заботятся".
В числе других обвинений Нектарий доносил, что Артемий ездил из Псковско Печерского монастыря в немецкий Новый Городок (это Нейхаузен, всего в 17 верстах от монастыря). И там веру немецкую восхвалял. Разъяснения Артемия записаны невразумительно: "на уме у него было, что было ему говорити: как хрестьянский закон с римским законом? По тому ли, как у нас?" Значит, заинтересовавшись новоявленной у немцев протестантской верой, а именно ее противолатинизмом, Артемий, естественно, заинтересовался вопросом: не единомышленники ли и не друзья ли мы в чем-то по вере с протестантами? Протестантизм в это время шумно процветал в Литве и захватывал русских.
Бесспорно, Артемий (это типично для нестяжателей) был захвачен критикой русской церковной действительности и был модернистом на фоне официального обрядоверия. Но никаким духом еретического противления он не был одержим, что и доказал всей своей последующей светлой деятельностью. Это он сам хорошо осознал и точно формулировал. Осужденный церковным судом и сосланный в Соловки, Артемий оттуда бежал в свободную в ту пору Литву. Отрезвленный печальным опытом, он круто перестроился на полемику со всеми крайностями и еретическим духом развернувшегося там Феодосия Косого. В личном письме к ученику Феодосия, Фоме, Артемий писал: "неправедным наукам приложился еси, их же иногда и мы сами, не ощутивше сущая в них прелести антихристова духа, не дерзнухом хулити, но в некиих речах не разнствовахом. Для того попустил нам Бог пострадати таковая ко обращению лучшему и своему познанию".