Ипатий и Кирилл понимали, как далеко они зашли и немедленно из Рима уже начали затуманивать смысл происшедшей измены. Уже 30-го декабря Ипатий и Кирилл писали в Краков бискупу Юрию Радзивиллу, что "исповедание греческой веры сохранено нерушимо святейшим отцом" и чтобы Ю. Радзивилл упросил короля успокоить православных и объявить им с высоты трона, "что они все свое имеют в целости".
До своего отъезда домой Ипатий с Кириллом пробыли в Риме около месяца. На другой же день после принятия их в римскую веру, они были включены в праздничное предрождественское сослужение в храме св. Петра. На торжественной вечерне 24.XII Ипатий и Кирилл были поставлены выше всех епископов латинских. Папа выделил еще больше и приблизил к себе. И еще не раз наши епископы-униаты сослужили соборне в церкви св. Петра вместе с папой и включены были даже формально в чины папского двора с титулом "придворных прелатов и ассистентов" (praеlatоs nоstrоs dоmеstiсоs еt assistеntеs fесimus). В начале февраля делегаты стали собираться обратно. С собой они повезли свыше десятка папских посланий, адресованных королю, к сенаторам, к митрополиту, к епископам. В письме к митрополиту писалось: "теперь остается только, чтобы и вы искренне приняли и утвердили то, что сделано в Риме вашими послами. Для этого мы желаем, чтобы ты, брат архиепископ, нашей властью назначил поместный собор и созвал своих епископов: пусть каждый из них исповедует в публичном собрании католическую веру по той самой формуле, по какой исповедали ее здесь два ваши посла епископы. И точно также пусть каждый даст торжественное обещание повиноваться нам и апостольскому престолу. И о всем, что будет совершено на вашем соборе, пришлите нам письменный документ, надлежащим образом утвержденный и засвидетельствованный, чтобы он навсегда сохранялся в наших архивах во свидетельство потомству о вашем обращении к католической церкви. Мы написали и к латинским епископам — Львовскому, Луцкому и Холмскому, чтобы они присутствовали на вашем соборе в знак братской любви и общения".
Письмо к королю содержало просьбу о содействии к созыву собора и об осуществлении пожеланий русского епископата в смысле его равноправия и введения в состав сената.
Бискуп Луцкий, Бернард Мациевский, истинный зачинатель унии, ликовал. Пел в церкви торжественное "Те Dеum" и писал: "владыки Луцкий и Владимирский приехали из Рима в добром здравии, осчастливленные и радостные".
На Варшавском сейме (март-май 1596 г.) впервые вопрос об унии поставлен открыто. На сейм стали поступать после местных сеймиков формальные протестации земских послов (депутатов). Кн. Острожский от себя лично протестовал против законности самочинно учиненной унии. Во всех протестах единогласно формулировано ходатайство о низложении епископов-униатов. Ипатий и Кирилл обвинялись в том, что они тайно отправились "в чужую землю и предались чужой власти", в нарушение присяги самого короля в 1573 г. на Варшавской конференции. Земские послы, за подписью кн. Друцкого-Горского, заявляли, что они и весь русский народ не признают за эту измену Ипатия и Кирилла епископами, а паны православные не допустят их в свои владения. Копии этого заявления разосланы во все воеводства. А там по всем городам письменно декларировались подобные же протесты. Особенно обстоятельный протест издали граждане Вильны. Кирилл Терлецкий перепугался. Во власти Виленского муниципалитета находилось на хранении движимое имущество К. Терлецкого. Реестр своего имущества Кирилл вписал в актовые книги Варшавы и просил короля новым декретом утвердить за ним его Луцкую епископию. 21.V.1586 г. король дал ему как бы вновь его кафедру "за заслуги государству и всему христианству полезные" с прибавкой еще материального вознаграждения натурой.
Свободному пользованию конституционным правом общественного и религиозного самоопределения приходил конец. Уния стала государственной программой. Борьба с ней превращалась в политический бунт. Виленское братство было наказано в этом порядке в первую очередь. Универсалом короля от 22-го мая митрополиту приказано судить виленских братчиков, как бунтовщиков, и изгнать их из Троицкого монастыря. А так как митрополит уведомил короля, что Стефан Зизаний и братские попы Василий и Герасим были им еще ранее анафематствованы, то от короля последовал приказ всех троих арестовать.
Хотя борьба, и в государственных формах в частности, за и против унии уже открылась, но еще не было прямого манифеста свыше об унии. Лишь 14-го июня опубликован с этой целью королевский универсал в таких выражениях: "Имея в виду древнее соединение церквей восточной и западной, всегда способствовавшие возвышению и процветанию государства и подражая примеру великих государей... среди других наших государственных забот мы обратили наше внимание на то, чтобы людей греческой религии в нашем государстве привести к прежнему единству с католической церковью римской, под властью одного верховного пастыря. С этой целью... отправлены были в Рим послами к папе владыки Владимирский и Луцкий. Побывав у св. отца, они уже вернулись назад и не принесли оттуда с собой ничего нового и противного вашему спасению, ничего отличного от ваших обычных церковных церемоний. Напротив, согласно с древним учением свв. отцов греческих и св. соборов, сохранили вам все в целости, о чем и имеют дать вам подробный отчет. И так как не мало знатных людей греческой веры, желающих св. унии, просили нас, чтобы мы для окончания этого дела велели собрать собор, то мы и позволили вашему митрополиту, кир Михаилу Рогозе созвать собор в Бресте, когда он с другими вашими старшими духовными признает то наиболее удобным. Мы уверены, что вы сами, когда хорошо подумаете, не найдете для себя ничего полезнее, важнее и утешительнее, как святое соединение с католической церковью, которая водворяет и умножает между народами согласие и взаимную любовь, охраняет целость государственного союза и прочие блага земные и небесные". Далее универсал поясняет, что на собор приглашаются "католики римского костела и греческой церкви, которые к этому единству принадлежат". Ясно, что православные не приглашаются. Но для стирания остроты положения поясняется, что "будет вольно и всякому православному явиться на собор, только со скромностью и не приводить с собой толпы". Затем поясняется, что ни в коем случае и ни в каком качестве не может на собор явиться никто другой иной веры: подразумевается исключение протестантов. Сверх сего поясняется, что повестка собора не допускает касания никаких других дел. С своей стороны митр. М. Рогоза опубликовал 21-го августа приглашение на собор на 6-ое октября "для прислуханья и обмышливанья" учрежденной унии. Откровенно соборяне приглашаются просто для заслушания и подписания fait aссоmpli.
Тем временем шла бурная борьба митр. М. Рогозы с виленскими братчиками и Стефаном Зизанием. Митрополит добился "баннации" борцов, как наказания за политическое преступление. Но те защищались на конституционной почве пред виленским трибунальским судом. И конституционное право было в такой мере ясно на стороне православных борцов, что высылка их не состоялась. Но король отнял от братчиков данный им в свое время привилей и воспретил им — изгнанным строить свою церковь. В будущем, как известно, изгнанникам удалось построить поблизости, через дорогу, свой Святодуховский монастырь, который и стал центром полемики с унией на долгий период.
Православная сторона под водительством кн. Острожского, вместе с большинством православного дворянства Острожского и Виленского округов, не могла принять не только неравноправного униженного положения православия на соборе, объявленном в королевском универсале, но опасалась даже, чтобы самый этот собор, игнорируя православную сторону, не произошел совсем в секрете от нее. И потому поторопилась обратиться к королю с ходатайством об исправлении и расширении плана самого собора. Православная шляхта, во-первых, благодарила короля за принципиальное собирание собора. Во-вторых, просила, чтобы никто не приезжал на собор с вооружением и жолнерами для своей охраны. В-третьих, чтобы вольно было приехать на этот собор и каждому шляхтичу и других христианских исповеданий. В-четвертых, чтобы патриарший экзарх Никифор был приглашен на собор. В-пятых, чтобы собор не имел компетенции решать вопрос об унии окончательно и суверенно, а чтобы вопрос об унии мог быть перенесен в ревизионном порядке на коронный генеральный сейм. От королевской канцелярии последовал ответ, в котором принято было только первое ходатайство о приезде на собор без всякого вооружения. Другие пункты отклонены с мотивировкой. Подлежащий соборному суждению вопрос об унии касается только взаимоотношений римской и греческой церквей. Другим исповеданиям до этого нет дела. Никифор — враг Польши. Он настраивал против Польши венгерского воеводу Рогана и в войне в Молдавии (декабрь 1595 г.) был сторонником турок. Генеральному сейму нет дела до церковных вопросов.