Тотчас по прибытии в Москву, митр. Феогност является усердным помощником князя в строении каменных церквей. В данный момент это заурядное дело имело немаловажный смысл. Москва оказалась стольным городом великого княжения и седалищем митрополии, а между тем по своей внешности в сравнении с Владимиром нисколько не соответствовала своему значению и положению. Над ее деревянными постройками только что появилась одна белокаменная точка: — новопостроенная небольшая Успенская церковь, предшественница теперешнего Успенского собора. Князь и митрополит планомерно принялись за построение новых каменных храмов. В 1329 г., следовательно на другой же год по прибытии митр. Феогноста, он выстроил две каменных церкви: в честь Иоанна Лествичника (теперь над нею — получившая от нее имя — Ивановская колокольня), и в честь ап. Петра, как придел к Успенской церкви. Вел. князь на следующий год (1330) заложил в своем дворовом монастыре еще каменную церковь св. Спаса[32], а в 1333 г. построил еще такую же церковь архангела Михаила (впоследствии Архангельский Собор). Хотя с этими пятью небольшими церквами Москве еще далеко было до великолепного Владимира, тем не менее она не лишена была теперь хотя некоторого относительного благолепия. Но особенно много прибавило к ее самолюбивому самосознанию немедленное прославление чудесами погребенного в ней святителя Петра. Обрадованный этим, князь Иван Данилович приказал вести точные протоколы о чудесных исцелениях, совершавшихся при гробе святителя, и во славу Москвы прочитывать о них велегласно с амвона в кафедральном владимирском храме. Это было еще до приезда митр. Феогноста. Последний по своем прибытии, не в пример своим до-монгольским предшественникам грекам, неблагосклонно смотревшим на канонизацию русских угодников (Бориса, Глеба, Феодосия), охотно согласился на прославление первого московского чудотворца. По этому поводу он даже сносился с КПлем, откуда и получил утвердительную для канонизации грамоту от патриарха Иоанна Калеки (1339 г.). Достойно замечания, что св. Петр был первым причисленным к лику святых из митрополитов русских. Это вдвойне должно было радовать Москву, для которой, таким образом, гроб митр. Петра стал залогом ее всероссийской славы и величия.
Между тем как Москва все более и более заявляла о своем усилении, Новгород начал напрягать свои силы и внимание на защиту своей независимости. Возникавшее соперничество не могло не отразиться и на церковных отношениях. Вот почему со времени мит. Феогноста получает свое начало продолжительная история столкновений новгородских архиепископов с московскими митрополитами. Митр. Феогност, как все до сих пор бывшие послемонгольские митрополиты, довольно усердно объезжал свою митрополию: был в Брянске, в Костроме, дважды на Волыни и дважды в Новгороде. Не любивший в отношении своих доходов никаких недоборов, а скорее наоборот, митрополит вызвал прежде всего неудовольствие новгородцев именно на этой почве. Новгородский летописец под 1341 замечает: "приеха митр. Феогност-Гречин в Новгород с многими людьми; тяжко же бысть владыце и монастырем кормом и дары". Новгородцам неприятно было и то, что собираемые с них деньги митр. Феогност тратит на обстройку каменными храмами Москвы. Вскоре новгородские владыки нашли и повод жаловаться на митрополита патриарху. Когда митр. Феогност облек своего избранного владимирского наместника в крестчатую фелонь, то и новгородский архиепископ Василий, как старейший в русской земле, потребовал себе того же отличия. Феогност уступил, но когда он не дал этого отличия преемнику Василия, Моисею (с 1352 г.), то последний отправил на него жалобу к императору и патриарху, "прося от них благословения и исправления о непотребных вещех, приходящих с насилием от митрополита" (Новг. лет.). Решение по этому делу получилось уже при преемнике митр. Феогноста. Митр. Феогност скончался 11 марта 1353 г. и погребен был в Москве же, в построенной им церкви ап. Петра, по соседству с гробом прославленного им московского чудотворца.
Митр. Феогност замечателен в истории Москвы тем, что будучи чужим для Москвы по происхождению, он всю жизнь содействовал ее успехам, как добрый патриот. А что всего замечательнее, так это то, что свою москофильскую программу он довел до конца, т.е. постарался обеспечить ее проведение и в будущем через передачу ее своему преемнику. Быстрое возвышение Москвы на степень великого княжения при помощи внешней силы хана Золотой Орды собирало вокруг ее недовольство князей, претендовавших на эту степень по праву родового старшинства. Новый пришлый митрополит, пользуясь тем, что местопребывание кафедры находилось собственно во Владимире, мог быть увлечен на сторону противников Москвы и совсем не приезжать в нее на жительство. Очевидно, нужно было позаботиться получить такого преемника митр. Феогносту, который бы был верой и правдой привязан к Москве, т.е. нужно было оставить мысль о греке и возвести на митрополию москвича. Митр. Феогност ради идеи пожертвовал греческим патриотизмом и решил привести этот план в исполнение. Предшествующая неудача с кандидатурой архим. Феодора не могла не обескураживать князя и митрополита. Тогда это была незаконная претензия московского князя. А теперь он был законным великим князем. Решено было в преемники Феогносту выдвинуть знатного по происхождению и близкого ко двору инока Алексия.
Св. Алексий был вполне достойным кандидатом на пост митрополита русского. Он был сын черниговского боярина Феодора Бяконта, который переселился на службу к московскому князю Даниилу Александровичу и занял одно из первых при дворе его мест. Сын боярина Феодора, Симеон-Елевферий (впоследствии св. Алексий) был крестником княжича Ивана Даниловича (Калиты) и получил по своему времени высшее образование: "еще детищем будучи", говорит его житие, "изучися всей грамоте и в юности сый всем книгам извыче". В юношеском возрасте он постригся в московском Богоявленском монастыре и удивлял всех строгостью своих иноческих подвигов. После 6-летней приблизительно жизни в монастыре, он и был призван на служение русской церкви.
Задолго до смерти самого митр. Феогноста, еще при князе Иване Даниловиче (†1340 г.), Алексий был намечен, а в первые же месяцы княжения Симеона Ивановича был поставлен митр. Феогностом на должность митрополичьего наместника в г. Владимир. Через 10 лет наместнической деятельности Алексия, в 1350 г., митр. Феогност тяжело заболел. Предвидя недалекую смерть, он позаботился отправить от своего и великокняжеского имени в КПль посольство с ходатайством за избранного ими преемника на русскую кафедру. В 1352 г., еще до возвращения посольства, он поставил св. Алексия во епископа, присвоив ему титул владимирского. Владимирским епископом был в то время сам митрополит, и такая титуляция новопоставленного Алексия представляется несколько странной. Для объяснения этой странности всегда остроумный проф. Голубинский предлагает догадку, что сделал это митр. Феогност "на случай неуспеха своей просьбы в КПле, т.е., что если бы в КПле не захотели согласиться на поставление Алексия в митрополиты и поставили митрополита из греков, то этот пришед в Россию и нашед кафедру владимирскую занятою, поневоле должен был бы согласиться жить в Москве и стать вместо киево-владимирского киево-московским". Посольство возвратилось из КПля в 1353 г., после смерти мит. Феогноста и кн. Симеона Ивановича, уже при князе Иване Ивановиче (1353-1359) с утвердительным ответом, и еп. Алексий отправился к патриарху за посвящением.
Но в КПле, куда прибыл в 1353 г. св. Алексий, к его добродетелям и достоинствам отнеслись не без строгой критики. Его продержали там целый год на испытании, как выражается греческий документ о его поставлении: εξετάσει 8еδωκότες ακριβέστατη επί όλέκληρον ήδη ένιαυτόν.