Через год после посвящения Фотий прибыл в Киев и здесь прожил полгода, примирив с собой Витовта. Затем он отправился в Москву и по обстоятельствам времени должен был начать свою правительственную деятельность с упорядочения только что пред тем расстроенного хозяйства митрополичьей кафедры. В 1408 г. жестоко опустошил московскую область хан Едигей и самую Москву держал в осаде. В столице, при отсутствии князя, наступила анархия, с сопровождающими ее воровством, грабежом и разбоем. В это время бояре и слуги митрополичьи постарались расхитить движимое имущество митрополичьего дворца. Подражая им, всякие власти и начальства тоже хищнически управились с митрополичьими вотчинами, т.е. с имуществами недвижимыми. Горячий нравом митр. Фотий начал восстановлять порядок крутыми мерами. Он не щадил даже великого князя, когда и тот оказывался повинным в нарушении некоторых финансовых прав митрополии; известно послание митрополита к князю с упреками за секуляризацию каких-то митрополичьих пошлин и с дерзновенной просьбой прекратить это злоупотребление. К тому же великому князю Фотий обращался с другим посланием, испрашивая у него содействия в утверждении за митрополией всех принадлежавших ей вотчин. Об успехах стараний Фотия летопись говорит: "стяжанья митропольи своея церковная и доходы Фотей митрополит нача обновляти и, что где изгибло, начат изыскивать; или от князей и бояр изобиженно, или от иных неких лихоимцев что восхищено, села, власти и доходы и пошлины Христова дому и Пречистыя Богородицы и свв. великих чудотворцев Петра и Алексия, он же вся сия от них взимаше и утвержаше крепко в дому Христове и Пречистыя Богородицы". Понятно, что такая деятельность создала митр. Фотию "целый облак" врагов в лице различных знатных и сильных хищников, которые постарались различными клеветами поссорить его с великим князем. "Возсташа", — говорит Никоновская летопись под 1413 г., — "неблазии человецы на Фотия митрополита и сотвориша на него клеветы к сыну его великому князю Василию Дмитриевичу, многож клевет нанесоша Фотию митрополиту на великаго князя и ссориша их и сотвориша нелюбие".
Но особенно жестоко отомстили Фотию изгнанные им "неправедные домоправители" митрополичьи, вооружив против него литовского князя Витовта. В 1414 г. пришла к митрополиту весть, "еже клеветы многа сотвориша на него лукавии человецы, иже бежаша от него с Москвы, свои его суще к черниговскому владыце, а оттуда в Литву к Витовту — и тако ссориша его с Витовтом и брань велию воздвигоша и святей Божией Церкви смущение и мятеж велий бысть". Мятеж этот устроил Витовт. Клеветники сумели разжечь у него вражду к митр. Фотию. Властолюбивый князь, мечтавший о независимом даже от Польши литовском государстве, давно желал иметь собственного православного митрополита, и теперь нашел повод привести свою мысль в исполнение. В крайнем случае он не стеснялся никакими препятствиями. Человек он был властный, аdvеrus сujus vim nес plеbs, nес nоbilitаs Lithuаnlае, по свидетельству польского историка Длугоша, аttоllоrе осulоs аut diсеrе аudеbаt.
Собрав в начале 1414 г. литовских епископов, Витовт предложил им войти с ходатайством пред патриархом о поставлении для Литвы особого митрополита. Епископы были сначала смущены таким предложением, но Витовт принудил их поступать как ему было угодно. Для успеха предприятия он желал придать делу законный вид, чтобы инициатива формально принадлежала самим епископам. Он заставил их подать себе жалобу на митр. Фотия. Будто бы митр. Фотий не хочет посещать литовской половины своей митрополии и даже все сокровища и украшения Киевской церкви переносит в Москву. Поэтому епископы, побуждаемые скорбью и великой печалью о соборной церкви киевской и о людях Божиих, молят государя "потащиться Господа ради подать им руку помощи". Получив в свои руки этот документ, Витовт от слов перешел к делу; прогнал из Киева наместника и других чиновников Фотия, обобрал все их имущество и захватил в свое владение города и вотчины митрополичьей кафедры. Когда Фотий поспешил в Литву, чтобы успокоить Витовта, то Витовт приказал и его самого ограбить и вернуть обратно в Москву. Кандидатом на свою митрополию Витовт указал игумена Григория Цамблака, племянника митр. Киприана, родом из болгарского Тырнова. Подобно своему дяде, Григорий состоял некоторое время в клире КПльского патриарха, затем был клириком при Молдавском митрополите, игуменом Дечанского монастыря в старой Сербии и игуменом греческого Плинаирского монастыря. Вызванный письмом Киприана, он получил весть о его смерти, будучи уже в пределах Литвы; здесь Григорий и остановился. Неизвестно, какое положение он занимал в Литве в течение 8 лет с 1406 по 1414 г., но, вероятно, обратил на себя внимание князя своим умом и талантами, о которых можно судить по его проповедям. Осенью 1414 г. Витовт созвал собор, на котором, несмотря на робкие возражения некоторых епископов, предлагавших князю примириться с Фотием, был избран Григорий и отправлен в КПль для поставления. Но еще ранее Григория прибыли в КПль послы Фотия и вооружили патриарха против литовской затеи. Рукоположение Григория было не просто отклонено, но он извержен был из сана и предан отлучению за производимую им церковную смуту. Витовт и Григорий однако не убоялись строгого суда патриарха. В начале 1415 г. князь снова созывает собор и на нем уже требует у епископов независимого от патриарха поставления Григория. Епископы пытались представить против этого канонические возражения, но раздраженный Витовт, по словам нашей летописи, сказал им: "аще не поставите ми митрополита в моей земли на Киев, то зле умрете". Впрочем, уступая требованиям православных, Витовт сделал попытку получить митрополита законным путем и посылал в КПль с просьбой поставить ему митрополита "по правилам", т.е. по воле патриарха, при чем назначал крайние сроки для ответа; Ильин день, Успенье и, наконец, Филиппов день 14 ноября. Не дождавшись ответа, Витовт пригласил заблаговременно епископов для посвящения Григория, и на другой день, по истечении крайнего срока, т.е. 15-го ноября 1415 г. Григорий был поставлен митрополитом в Новогрудке литовском. Литовские епископы принуждены были оправдывать свой поступок в особой окружной грамоте. Она представляет собой образец очень слабой аргументации. Епископы ссылаются на а) 1-е апостольское правило, дозволяющее двум или трем епископам поставлять епископа, б) на пример поставления Климента Смолятича и на пример сербов и болгар, в) на равно действующую во всех православных епископиях благодать св. Духа и г) на симонию, царящую в КПле, хотя за день перед тем, т.е. 14 ноября они еще согласны были получить оттуда поставленного им архипастыря, если бы таковой явился. От себя Витовт также издал грамоту, в которой прикидывается ревностным попечителем православной церкви и укоряет Фотия за хищение святынь и сокровищ Киевской церкви, за нежелание заботиться о ней и, наконец, за неисполнение будто бы данного им обещания — поселиться на жительство в Киеве. Обвинять Фотия по первому пункту вероятно были некоторые поводы, но по второму и третьему обвинения были совершенно ложными. Фотий через два года по прибытии в Москву выезжал для обозрения западных епархий и пробыл там более года (1411-1412 гг.). Невероятное обещание Фотия — перенести резиденцию митрополичьей кафедры в Киев — видимо измышлено было на основании его обещаний — как можно чаще посещать литовские епархии. Стремясь сильнее уязвить московского митрополита, Витовт побудил епископов кроме всего этого написать возмутительный по своему содержанию акт отречения от Фотия: "Бывшему до сих пор митрополиту Киевскому и всея России Фотию мы епископы Киевской митрополии пишем по благодати св. Духа: с тех пор как ты пришел, видели мы, что многое делаешь ты не по правилам апостольским и греческим, а мы по правилам терпели (тебя) как своего митрополита и ждали от тебя исправления; но мы услышали о тебе и уверились о некоторой вещи, которая не только не по правилам, но и подвергает тебя извержению и проклятию, и ты сам сознаешься в этом, испытав свою совесть, а мы не пишем о ней, не желая срамить себя; итак объявляет тебе, что по правилам не признаем тебя за епископа, и это есть наше конечное к тебе слово", т.е. епископы обличали Фотия в каком-то срамном грехе. Возмущенный деяниями литовских епископов и жестоко оскорбленный, опозоренный ими пред лицом своей паствы, митр. Фотий не мог не кипеть негодованием, и в своем ответном окружном послании щедро осыпал их бранными эпитетами, называя "гнусными, скверными, смрадными, окаянными, не священными, помраченниками, волками, богоненавистными, безбожными..." Язвительно возражает и против софистических обвинений КПльского патриарха в симонии... "Рци ми", обращается он к епископу полоцкому, "прельщенный не-епископе полочьски Феодосие: попреставлении святаго почившаго митрополита Киприана не ты ли был, погыбелеще, шел на митрополию? И ты сам окаянне веси, елика еси порекл (обещал) сребра и золота о том ставлении; аще бы еже по мзде деемо было се, а тебе же бы не отослали бездельна, но с уничтожением великим и студом отослаша". "Да и еще поискал", пишет он о Цамблаке, "прельщенный Григорьи и порицая (обещая) многая имения, и не послуша его, но и еще из сану священничьства изверже его вселенский патриарх и прокля и едва убежа казни". Браня епископов, Фотий в своем послании почти совсем не касается главного виновника устроенной ему неприятности — Витовта: очевидно, он не терял надежды на возможность примирения с литовским князем и прекращения церковного мятежа; об этом он выражается так: "надеюсь на человеколюбие Божие, еже быти тому вскоре". В прекращении мятежа митрополиту Фотию усердно содействовал патриарх. По просьбе Фотия, патриарх Евфимий в 1415 г. предал самочинно поставленного Цамблака извержению и проклятию; тоже сделал в следующем году и новый патриарх Иосиф. Но долгое время с удивительным невниманием относились в Литве к патриаршим проклятиям, и не ими прекращен был мятеж, а добровольным удалением самого Цамблака с кафедры, приобретенной им такой дорогой нравственной ценой. Обыкновенно думают, что Цамблак умер в 1419 или 20 г.; так сообщают русские летописи. Другие известия отодвигают несколько вперед год смерти Цамблака. Никто определенно не указывает места его смерти. Румынские летописи говорят о переходе Цамблака в Молдавию и продолжают его биографию далее. В румынской ученой литературе это известие стало принятым. В русской науке оно не было развито с достаточной основательностью. Полно и убедительно раскрыл его в 1904 г. в своей диссертации о Григории Цамблаке прив. доц. СПБ Университета А.И. Яцимирский. До Яцимирского личность Григория усматривали в различных его соименниках, действовавших в то время в Молдавии. Но никто не мог догадаться, что под известным книжным писцом, схимником Нямецкого монастыря Гавриилом, начавшим свою просветительную деятельность в Молдавии как раз в 20-х годах XV века, и кроется Григорий Цамблак в схиме. На основании исследования подлинных, собственноручных рукописей Гавриила (Григория), русский ученый доказывает, что бывший русский митрополит еще более тридцати лет неустанно работал на книжном поприще и умер 88 лет около 1452 года. Ко времени удаления Цамблака с кафедры, политические веяния, благодаря которым Витовт поторопился завести себе особого митрополита, изменились: вражда с Москвой улеглась, а на место ее обострились отношения Витовта к Польше, от которой он втайне замышлял отделиться. Поэтому литовский князь покорился решению патриарха и отдал свои епархии снова Фотию.