Национально-политическое самосознание Москвы к этому времени настолько возросло, что митрополит из греков считался уже для нее нежелательным. Среди русских уже начинала бродить мысль о том, чтобы не только избирать митрополитов у себя дома, но здесь же и поставлять их независимо от КПля. Недаром в двух списках чина поставления в епископы 1423-го и 1424-го годов (выработанного еще при митрополите Киприане), читается такое обещание хиротонисаемого: "еще же и на том обещаваются: не хотети ми приимати иного митрополита, разве кого поставят из царя-града, как есмы то изначала прияли". В настоящем случае в Москве решили избрать митрополита из своих русских людей, но вследствие политических замешательств, не успели устроить этого дела в скором времени, так что Москву успел опередить литовский князь Свидригайло. В 1432 г. он послал в КПль ставиться в митрополиты смоленского епископа Герасима.
В следующем году Герасим возвратился из КПля митрополитом. Спорный вопрос: был ли Герасим поставлен митрополитом всей России или только Литовским? Новгородские летописи и житие новгородского архиепископа Евфимия называют его "митрополитом" Московским и всея России, или "Киевским и всея России", но в новгородских источниках на этот счет могло быть намеренное извращение действительности. Появление Герасима для новгородцев было очень кстати в их борьбе с московскими митрополитами из-за месячного суда. К нему они отправили для поставления своего кандидата в архиепископы Евфимия II, которого не хотел посвящать митрополит Фотий. Естественно поэтому, что новгородцы могли тенденциозно, титуловать Герасима митрополитом "всея России". Хотя, с другой стороны, как будто не без значения тот факт, что московский кандидат на митрополию был отправлен в КПль только после насильственной смерти Герасима, которого Свидригайло сжег в 1435 г. по подозрению в политической измене.
Со стороны Москвы в преемники митр. Фотию предназначался рязанский епископ Иона. Боясь, чтобы патриарх не отклонил этого кандидата, великий князь избрание его обставил с особой торжественностью, привлек к участию в избрании всех епископов, представителей белого духовенства, монашества, бояр и земских людей. Но епископу Ионе, нареченному в митрополиты в конце 1432 г., не удалось пойти в Царьград за посвящением довольно долгое время. По-видимому, фигура митр. Герасима, по непоследовательности КПльской патриархии (а отчасти и подкупности), украшенного титулом "всея Руси", требовала со стороны Москвы борьбы и устранения его с дороги своему кандидату на "всю Русь". И бесспорно еще великим препятствием был ряд неурядиц на московском великокняжеском столе. Юрий Дмитриевич продолжал враждовать с Василием Васильевичем и в 1433-34 годах дважды одолевал его и занимал великое княжение. Только со смертью Юрия в 1434 г. князь Василий крепко сел на великом княжении. Теперь, в конце 1436 или начале 1436 г. Иона отправляется в КПль. Но излишняя медлительность была причиной того, что Иона не получил митрополии, так как ранее его прибытия (в половине 1436 г.) греки, соображаясь с своими собственными интересами, поставили на русскую митрополию своего, крайне нужного им, выдающегося кандидата — Исидора.
В конце 1435 г. было уже предрешено созвание так интересовавшего греков Феррарского собора для соединения церквей. Греки начинали готовиться к этому собору и не могли в виду этого оставить праздной кафедры русской митрополии. Кроме того, они озаботились, чтобы и замещена была на этот раз русская митрополия как можно целесообразнее. Русский кандидат в данном случае был для греков совсем нежелателен. Как узкий националист, он мог совсем не разделять греческих вожделений и не пожелать явиться на предполагаемый собор. Выдающаяся по своей чести и значению русская кафедра была замещена также выдающимся по образованию и специально униональным симпатиям человеком. Исидора греческие хронисты называют образованнейшим человеком своего времени, а наши русские летописи — "многим языком сказателем". Русский писатель — очевидец Ферраро-Флорентийского собора свидетельствует о нем, что "боле всех греки мнили его великим философом". В 1433 г. Исидор уже посылался императором Иоанном Палеологом на Базельский собор для переговоров о соединении церквей, результатом которых и явилось созвание собора Феррарского. Таким образом, с назначением Исидора на русскую митрополию в глазах греков обеспечивалось участие русской церкви в задуманном деле соединения церквей. Но эти надежды греков на Исидора нужно понимать не в том смысле, что греки заранее предвидели в нем человека, готового изменить православию, потому что сами они представляли себе унию совершенно в другом роде. Греки были уверены, что им удастся доказать свою правоту и убедить самих латинян сделать им догматические уступки. И в Исидоре греки ценили не его готовность быть изменником вере отцов, чего они совсем не желали и не ожидали от него, а только его горячие симпатии к делу соединения и высокую образованность, как силу, с помощью которой они надеялись одержать победу над латинянами. Назначая на русскую кафедру в данный момент своего соотечественника, греки преследовали вместе с тем и ту прозаическую цель, чтобы наверное располагать для предстоящего собора русскими деньгами, в которых у самих у них был крайний недостаток. Когда возникали толки об устройстве собора в КПле и необходимых для того средствах, то патриарх говорил: "если бы потребовалось и до ста тысяч аспров, то можно собрать с епископов: митрополит русский один привезет такую сумму".
Вместе с Исидором возвратился из КПля и епископ Иона. Они прибыли сюда на светлой неделе в 1437 г. Василий Васильевич был очень огорчен и обижен неожиданным для него замещением русской митрополии и готов был сначала совсем не принимать Исидора. Но вскоре переменил гнев на милость. Сам он в одном послании, писанном позднее в КПль, говорит об этом так: "и о ком не посылахом, ни паки кого просихом, ни требовахом, того к нам послаша, а реку — сего Исидора: и Богу ведомо, аще не быхом того нашего изначальнаго православнаго христианства соблюдали и страха Божия аще не быхом в сердце имели, то никакоже не хотехом его прияти отинудь. Но за царскаго посла моление и за святейшаго патриарха благословение и за онаго (Исидора) сокрушение и многое покорение и челобитие едва-едва прияхом его. Егда же понуди нас покорение его многое и челобитие, прияхом его яко отца и учителя со многою честию и благим усердием, по-прежнему, яко же и онех предних митрополитов наших русских, мняще, яко да и сей един от них есть, не ведуще, еже напреди хощет от него кое дело быти". В этих властных словах великого князя уже слышится наступление новой эпохи в истории русской митрополии, когда воля КПля в назначении русских митрополитов должна безусловно уступить воле московского государя...
Принятый великим князем, Исидор тотчас же должен был собираться на Феррарский собор; для чего должен был предварительно посвятить в это дело самого князя. Русские сказания, написанные уже после собора, уверяют, что Василий Васильевич много возбранял Исидору идти на соединение с римлянами, но фактическая обстановка состоявшегося путешествия Исидора говорит за то, что это неправда. Несомненно великий князь вначале мог удивиться и выразить свои сомнения на счет этого странного предприятия греков. Но потом был убежден Исидором, что соединение церквей, благодаря которому спасется греческая империя, возможно и без жертвы православным вероучением. Доверяя ученому и умному греку, великий князь отправил его с многочисленной свитой, соответственно достоинству своего государства: "а людей", пишет участник путешествия, "много было, 100 (человек) с митрополитом Исидором, более всех (других архиереев), занеже славна бе земля та и Фрязове зовут ее Великая Русь". Не без помощи великого князя митрополит Исидор мог забрать с собой и такое огромное количество денег, которое в натуральных ценностях представляло собой обоз из двух сот коней. Молва о том, что митрополит отправляется на доброе дело обрашения латинян к правой вере была настолько сильна, что даже упрямых новгородцев побудила уступить в пользу митр. Исидора те доходные статьи, которых они так долго не давали его предместникам. Митрополит Исидор, отправившись из Москвы 8 сентября 1437 г., сам прибыл через месяц в Новгород. Здесь он был встречен с великим торжеством и получил "честь велию" от владыки (т.е. денежное подношение), а новгородцы "даша ему суд по старине". Новгородцы были осведомлены о планах и нуждах митрополита, вероятно, даже официальным путем, через своего владыку, которого вызывал к себе зачем-то митр. Исидор еще в июле месяце. Из Новгорода митрополит переехал в Псков и здесь устроил себе, конечно, не без содействия великого князя, новый источник доходов. Он изъял псковскую область из-под ведения новгородского епископа и отобрал ее вместе с владычными вотчинами во временное пользование митрополичьей кафедры. Помимо этого псковичи, так же, как и новгородцы, почтили митрополита "пирами многими и дарами великими". Эту особую щедрость новгородцев и псковичей приходится объяснять их исконной привычкой иметь торговые и бытовые связи с латинянами по вере. Мечта о религиозном примирении могла манить их и коммерческими перспективами. Запасшись богатыми средствами, Исидор продолжал свой путь на Ригу через Юрьев. В первом же немецком городе Вербек (при устье Эмбаха) митрополита встретил латинский епископ Юрьевский с великой помпой и многими дарами. Этим он воздавал честь цели путешествия русского митрополита, а может быть, и особенным униональным симпатиям его, известным по участию Исидора в Базельском соборе. В Юрьеве митрополиту снова была устроена торжественная встреча соединенным обществом православных и латинян во главе с духовенством той и другой группы. Исидор за честь, оказанную ему латинянами, отплатил честью. Он прежде всего приложился к кресту, предносимому латинским духовенством, а затем уже к крестам православным, и проследовал за латинским крестом до костела. Впоследствии этот поступок подвергся особенно невыгодному перетолкованию со стороны русских. Из Юрьева митр. Исидор отправился на Ригу и морем на Любек. Из Любека он по прямой линии к югу спустился через германские города в Нюренберг, Аугсбург, Альпийскую дорогу в Феррару, куда и прибыл почти через год по выезде из Москвы, именно 18 августа 1438 г.