Глава русской церкви, митр. всея России утратил свой сверхнациональный церковный характер, при котором он был до конца независимым от Московского великого князя, опираясь на происхождение его власти от КПльского патриарха. Став всецело зависимым от царя Московского, он потерял возможность управлять церковью за Московскими пределами, в чужих государствах: литовском и польском. Зависимость митрополита от государственной власти возросла настолько, что он стал ставиться на митрополичий трон и изгоняться с него по одной воле светской власти. Приобретение в конце XVI в. русской церковью патриаршего титула ровно ничего не изменило в этом отношении в ее жизни внутренней. Титул ни капли не прибавил власти главе русской церкви и ни капли не ослабил ее полной зависимости от государства. В патриаршем титуле и в горьких подписях под ним восточных патриархов, русская церковь только с запозданием получила официальную печать той автокефалии в канонической форме, которой она фактически жила уже с половины XV в.
Митрополит Феодосий (1461-1464 гг.)
Митрополит Феодосий занимал свою кафедру очень непродолжительное время с (1461 по 1464 г.). Одержимый благой ревностью по исправлению нравов низшего духовенства, он возбудил против себя крайнее негодование невежественного общества тем, что, применяя строгие церковные наказания к недостойным пастырям, зараз лишил многие церкви их священнослужителей. Не желая за это выносить упреков и проклятий, Феодосий оставил митрополию и удалился на покой в Чудов монастырь. На покое он прожил еще 11 лет и скончался в 1475 г. в Троицком Сергиевом монастыре. Здесь уместна гипотеза, что реформаторская ревность митр. Феодосия сосредоточилась именно на чистке нравов духовенства потому, что этот больной вопрос был тогда исторической "злобой дня" во внутренней жизни русской церкви. Сектанты "стригольники", ригористически осуждавшие и отвергавшие законную иерархию, по-видимому, в отлучении, наложенном на московскую церковь греками, нашли себе новую поддержку, продолжая утверждать, что теперь запрещенное русское священство уже безблагодатно по его же собственной доктрине. Но главной пищей для сектантской агитации все же служили нравственные пороки клира. И потому митр. Феодосий, как добрый пастырь, и считал необходимым решительно приняться за чистку духовенства.
Предметом общецерковной и вместе государственной заботы для Феодосия являлся факт существования в Литве униатского митрополита Григория-Болгарина. При самом поставлении Феодосия все епископы московской митрополии должны были повторить обет, данный еще св. Ионе, — не вступать ни в какие сношения с литовским митр. Григорием. Не присутствовавшие лично при посвящении московского митрополита епископы — тверской и новгородский — обязаны были дать такие же обещания в своих повольных грамотах (в которых давалось согласие на самое посвящение) и еще в специальных на этот предмет присяжных грамотах. Новгородский архиепископ Иона не счел нужным присылать митрополиту второй, т.е. присяжной грамоты. Это обстоятельство беспокоило митрополита Феодосия. Если митрополит верил в твердую приверженность к православию тогдашнего архиепископа Ионы, то он не мог не питать опасений за самих новгородцев, которые уже с тревогой начинали помышлять о средствах сохранения своей политической вольности от все возраставших посягательств на нее со стороны Москвы, особенно после невыгодного договора с великим князем Васильем Васильевичем 1456 года. Одним из таких средств являлось церковное отделение от Москвы с подчинением литовскому митрополиту (чего последний и сам старался добиться), а затем и политический союз с польско-литовской Русью. Заняв митрополичий престол, Феодосий в том же 1461 г. пишет грамоту новгородскому архиепископу Ионе с напоминанием о данных им обещаниях "не принимать и ни в чем не просить благословения от того Григория (митрополита литовского) и не внимать его писаниям и поучениям — да и детей духовных в Новгороде и Пскове укреплять твердо, чтобы и они не принимали его благословения и поучения, и не посылали к нему ни с чем". Второй раз писал митр. Феодосий о том же Ионе в своей известительной грамоте об оставлении престола митрополии. Верный Москве Иона отвечал на эти недоверчивые напоминания с некоторой обидчивостью: "а еже пишешь к нам, господин и отец наш, о Григории, Исидорову ученику и ревнителю, еже не примешатися, яко же тогда и ныне к нему: ино, господине отче, не обыче дом Премудрости Божия Святыя София волка вместо пастыря приимати, ни горькаго вместо сладких, ниже камению причащатися, хлебу предлежащу, но держатися истиннаго пастыря, иже дверми в ограду овчю приходящаго и душу за овця полагающа, а не от Рима прелазящаго". Но ручательство Ионы за свою паству было излишне оптимистическим. Преемнику митрополита Феодосия пришлось считаться с дальнейшим развитием того же неприятного для Москвы новгородского дела.
Преемника себе митр. Феодосий избирал сам, при участии великого князя Ивана III Васильевича (1462-1505 гг.) и собора епископов; избранным оказался суздальский епископ Филипп.
При митр. Филиппе сепаратистские попытки новгородцев в церковной и политической сферах обнаружились с особенной силой. В 1470 году литовский митрополит Григорий, убедившись из десятилетней практики в невозможности привить новой литовско-русской церкви унию, обратился в православие и чрез то стал вдвойне опасным для политики Москвы. Патриарх Дионисий I присоединил Григория к православию и за богатые дары не только признал его митрополитом литовским, но и всероссийским, потому что не считал законными московских преемников святителя Ионы, поставляемых без его ведома. Вместе с тем патриарх отправил своего посла не только в Литву, но и в Москву, и в Новгород, требуя принятия Григория, как законного митрополита и отвержения митрополита московского. Понятно, что, как только узнали на Москве о таком деянии патриарха Дионисия, великий князь Иван III Васильевич отдал приказ даже не впускать в московские пределы послов патриарха и митрополита Григория, а в Новгород, которому предстоял соблазн принятия литовского митрополита, великий князь Иван III написал архиепископу Ионе особое послание с увещаниями не допускать к себе Григория. Незаконность Григория здесь доказывается тем, что безбожные турки осквернили цареградские храмы, вследствие чего и православие греков "уже разрушилося", и что русская церковь отрекается теперь и от самого патриарха. "И мы ныне умыслили себе", пишет великий князь, "со своим отцом с митрополитом и со своею матерью с великою княгиней и со своею братьею и со своими богомольцы — со архиепископом и епископы и со владыками и со архимандриты и с честными игумены и со всем священством, да того ми посла патриарша, ни Григорьева и в свою землю впущать не велеть не требую его, ни его благословенья, ни его неблагословенья, имеем его от себя, самого того патриарха, чюжа и отреченна". — Вот те смелые слова великого князя, которые служат для нас ясным подтверждением формального разрыва между КПлем и Москвой, происшедшего из-за учиненной русскими церковной автокефалии. Новгородцы действительно не перешли на сторону митр. Григория, но с этим опасность для Москвы не миновала. Для новгородцев вопрос об отношениях к митрополитам — московскому и литовскому, прежде всего имел политический смысл. Так как у них появилась идея — найти защиту своей вольности от московских посягательств под властью польского короля, то, по связи с этим, снова забродила мысль и о церковном подчинении митрополиту Григорию. Правда, эта последняя мысль не разделялась большинством новгородцев, и в 1470 г. митр. Филипп писал в Новгород грамоту, в которой упрашивает жителей вольного города быть верными Москве, имея в виду на этот раз только политическую сторону дела. Но в том же году обстоятельства заставили его отправить в Новгород и другое послание уже против партии, имевшей намерение отдаться в церковную зависимость от митр. Григория. Партия эта проявила свою деятельность по поводу бывших тогда выборов преемника скончавшемуся владыке Ионе. Избранным оказался верный Москве Феофил. Но недовольные этим избранием затеяли интригу. Один из двух проваленных по жребию кандидатов — бывший ключник покойного Ионы, Пимен, заявил себя приверженцем короля, что он готов идти за посвящением в Литву, если они его поддержат. Смелые замыслы Пимена потерпели крах; народный самосуд учинил над ним жестокую расправу; к тому же и горячее послание митр. Филиппа, убеждавшие новгородцев, под страхом вечных мук, не отпадать от света православия к тьме латинской прелести, возымело свое действие. В церковном отношении жители Новгорода остались верными Москве. Однако, политические расчеты увлекли их все-таки до подчинения польскому королю, с которым был заключен по этому случаю особый договор, ограждавший, между прочим, полную неприкосновенность православной новгородской церкви. Как только это произошло, великий князь Иван Васильевич ранним летом 1471 года двинулся с войсками на Новгород и сломил его вольность почти окончательно. Вместе с падением Новгорода прекратились для московского митрополита и особенные церковно-политические заботы об этом уголке его митрополии, хотя отголоски былой вольности еще долго продолжали сказываться в новгородской церковной жизни.