Имя митр. Филиппа I связано в истории московской митрополии с одним фактом внешнего характера, тем не менее в своем роде знаменитым, именно — с построением нового московского Успенского собора — этой всероссийской святыни. Старый Успенский собор, начатый постройкой пред самой смертью митрополита Петра (1326 г.), представлял собой весьма скромную по размерам церковь, вполне этим выражавшую тогдашнюю еще незначительную роль Москвы. Теперь же, спустя полтораста лет, счастливица судьбы — Москва имела все основания придать новый благолепный вид своей кафедральной церкви, который бы соответствовал ее новой высоте и славе. Была и внешняя для этого причина. Своды собора начали кривиться и его стены были подперты контрфорсами в русском вкусе, т.е. толстыми бревнами. Без капитального ремонта грозила опасность близкой катастрофы. Митр. Филипп решил построить собор заново. Идея постройки была та, чтобы новый храм превосходил своим объемом все другие русские храмы. Поэтому, хотя он был задуман по плану первенствовавшего тогда на Руси владимирского собора, но с прибавкой против последнего полуторных саженей во всех трех измерениях. Постройка была поручена московским мастерам и начата весной 1472 г. Кладку фундамента и стен нового собора; сначала повели вокруг старого и, только когда они были сложены в рост человека, старый собор был разобран до основания, а гробы митрополитов перенесены на новые места у новых стен, за исключением раки св. Петра, которая оставлена была на прежнем месте. Митрополит Филипп скончался 5 апреля 1473 г., когда собор был складен приблизительно до половины своих стен. Окончание постройки совершилось при его преемнике, Геронтие.
Он был поставлен в митрополиты в Петров день 1473 г. из епископов коломенских. К весне следующего года стены и своды собора были уже готовы; принялись заканчивать главный купол, как вдруг 20 мая вся эта самодельная московская работа рухнула. Давления не выдержала прежде всего северная стена, в которой русские мастера нерасчетливо устроили полый ход на хоры; за ней повалилась западная стена и все своды. "Не разумеша силы в том деле", говорит летописец о доморощенных архитекторах, "известь жидко растворяху с песком, ино неклеевито, а внутрь того же камения малаго сбираху, да внутрь стены сыплюще да известию поливаху, яко же раствором тестенным, потому же не крепко дело: яко же тягина того камения потягнет в место, и правило стены извихляется". На помощь беде явился сам великий князь. Он совершенно отставил от дела посрамившихся москвичей и через своего посла, отправленного в 1474 г. в Венецию, постарался выписать итальянского архитектора. Даже простых рабочих наняли в Пскове, потому что тамошние каменщики пользовались хорошей репутацией, как перенявшие искусство у немцев. В следующем году приехал из Венеции архитектор Аристотель Фиоравенти (или, как советует произносить его фамилию о. Пирлинг — Фиораванти) и признал нужным уничтожить всю старую работу до фундамента включительно. Раки святых были унесены в церковь Иоанна Листвичника, что под колоколами, и началась сверху до низу новая строительная работа, оконченная к августу 1479 г. Этот, стоящий и доныне Успенский Собор, был торжественно освящен летом 12 августа 1479 г.
Происшедший при освящении инцидент, разыгравшийся в целое дело, не лишен характерности в истории русской митрополии. Московский великий князь, все возраставший в собственном самосознании, особенно под влиянием идей о переходе к нему власти византийских кесарей, что и фактически до некоторой степени произошло через брак его в 1472 г. с племянницей последнего из императоров, Зоей Палеолог — все чаще и смелее начинал вмешиваться в церковные дела. А митрополит, поставляемый князем, начинал понемногу терять свою прежнюю силу и независимость, какую в оно время сообщала ему связь с КПльским патриархом... После торжества освящения нового собора, недоброжелатели митрополита Геронтия — ростовский архиепископ Вассиан и чудовский архимандрит Геннадий, внушили князю, будто бы митрополит нарушил церковное предание, совершил крестный ход вокруг храма "не по солнечному всходу". Убежденный наушниками, князь заспорил с митрополитом. Спор, затихший в 1480 г. по случаю нашествия на Москву золотоордынского хана Ахмата, в 1481 г. снова возобновился. Князь прямо нападал на митрополита. Тогда последний удалился в Симонов монастырь и объявил, что оставит свой сан, если князь "не побьет ему челом" и не дозволит ему невозбранно продолжать совершать церковные хождения против солнца. За князя стояли только два вышеуказанных единомышленника, а на стороне митрополита Геронтия — большинство духовенства. В виду такого положения, великий князь нашел себя вынужденным, наконец, смириться перед митрополитом. Он отправил к последнему своего сына с приглашением — вернуться на покинутый святительский престол. Митрополит нашел этот шаг недостаточным для извинения великого князя и не принял высокого посла. Князь уступил до конца. Он отправился к митрополиту сам, извинился во всем и обещал в будущем полнейшее сыновнее послушание митрополиту. Митрополит Геронтий после этого вернулся на свой стол. В этом столкновении бросается в глаза, как смелое желание московского князя — быть хозяином даже в чисто духовных делах своей церкви, так, с другой стороны, и превосходящее в этом отношении значение авторитета митрополитов, еще не покоренного окончательно под власть своего государя.
Правда, в другом столкновении Геронтия с Иваном III Васильевичем еще в 1478 г. сторона, на которой стоял великий князь, осталась победителем. Дело было так. Личный враг Геронтия, ростовский архиепископ Вассиан, задумал подчинить своему полному ведению находившийся в его епархии Кириллов Белозерский монастырь, который исстари относился по делам административным, судебным, хозяйственным и вообще ктиторским к местному удельному князю верейско-белозерскому, каковым тогда был Михаил Андреевич. Митр. Геронтий, после судебного разбирательства возникшего недоразумения, выдал белозерскому князю "правую грамоту" на традиционное заведывание монастырем. Грамота эта открыта проф. Н.К. Никольским и в первый раз дает возможность представить данное дело в надлежащем освещении, которого не находим в тенденциозной записи летописцев. Архиеп. Вассиан написал к митрополиту протестующую челобитную против его решения. Митрополит стоял на своем. Вассиан апеллировал к великому князю. Личная просьба вел. князя не была уважена митрополитом. Тогда князь принял более энергичные меры. Приказал своим уполномоченным отобрать "правую грамоту" у Михаила Андреевича, а в Москве собрал епископов и архимандритов для пересмотра митрополичьего решения. Собор высказался против митрополита. Князь изодрал митрополичью грамоту и вместе с собором указал находиться Кириллову монастырю во власти ростовского архиепископа.
Несмотря на неоднократные столкновения с великим князем по вопросам церковного характера, митрополит оставался усердным и благим советником князя в делах политических. Так, во время нашествия Ахмата в 1480 г. митрополит Геронтий вместе с архиеп. Вассианом и всем духовенством, как доблестные патриоты, воодушевляли осторожного князя на решительную борьбу с врагом христианской веры. Когда великий князь возвратился от своего войска в Москву, Вассиан и Геронтий встретили его отчасти укоризненными, отчасти наставительными речами, заставляя снова идти на театр войны. Князь повиновался, но вскоре в Москве были получены с реки Угры (Калужско-Смоленск. край) вести о намерениях князя просить у татар мира. Тогда владыки отправили к князю два специальных послания. Одно из них в смелом тоне, с одушевлением и литературным талантом было написано архиепископом Вассианом. В нем Вассиан делает вывод о необходимости свергнуть татарское иго из нового понятия о московском государе, как священной особе — представителе единого свободного христианского царства. Архиепископ разрешает великого князя от данной хану верноподданнической клятвы: "и мы прощаем, разрешаем, благословляем тебя идти на Ахмата не как на царя, а как на разбойника, хищника, богоборца; лучше солгавши получить жизнь, чем соблюдая клятву, погибнуть, т.е. пустить татар в землю на разрушение и истребление всему христианству — и уподобиться окаянному Ироду, который погиб, не желая преступить клятвы. Какой пророк, какой апостол или святитель научил тебя, великого русских стран христианского царя, повиноваться этому богостудному, оскверненному, самозванному царю?" Другое увещательное послание к великому князю написал митрополит Геронтий вместе со всем духовенством, хотя оно, вероятно, было несколько запоздалым, потому что написано в Москве 13 ноября, а Ахмат бежал со своей ордой еще 11 ноября.
Вообще же великий князь Иван III Васильевич не был в приязненных отношениях с митр. Геронтием и имел даже желание удалить его с кафедры митрополии. Но это были только первые несмелые замыслы московского великого князя — самовластно распоряжаться своими митрополитами, и потому на первых порах не увенчались успехом. В конце 1483 г. митр. Геронтий по болезни удалился в Симонов монастырь, предполагая совсем оставить митрополию. Болезнь, однако, скоро прошла, митрополит захотел снова вступить в отправление своих обязанностей. Тогда великий князь сделал было попытку устранить от дел Геронтия, но не решался на открытое беззаконие, и митрополит снова возвращен был на свой стол.