У Бонифация оставалось последнее средство, которым его предшественники неоднократно пользовались для подавления сопротивления непокорных правителей, - отлучение от церкви. Он созвал ближайших помощников в родном городе Ананьи, где подготовил буллу об отлучении, которую предполагал обнародовать 8 сентября. Но французы понимали, что противостояние достигло высшей точки. Шарра Колонна и Гийом Ногаре прибыли в Италию и подготовились к такому повороту событий - сформировав небольшой вооруженный отряд, они 7 сентября, за день до предполагавшегося оглашения приговора об отлучении от церкви, прибыли в Ананьи и похитили папу, а его резиденция и дома его родственников были разграблены толпой.
Ногаре ставил целью принудить Бонифация к отречению. Но престарелый папа проявил твердость и заявил похитителям: "Вот вам моя шея, вот вам моя голова". Ногаре дал ему пощечину, а затем папу усадили задом наперед на лошадь и провезли по городу.
Среди кардиналов, присутствовавших в Ананьи, верными сторонниками униженного папы остались только двое - Петр Испанский и Николай Боккасини. В конце концов Боккасини с помощью людей, возмущенных таким отношением к папе, удалось освободить его и изгнать из города французов и их пособников.
Но зло было совершено. По возвращении в Рим Бонифаций уже не пользовался таким уважением, как раньше. Вскоре после событий в Ананьи он умер. Его враги распространяли слухи, что он покончил жизнь самоубийством, но на самом деле он просто тихо скончался в окружении ближайших друзей.
Оказавшись в сложной ситуации, кардиналы поспешили избрать папой Боккасини, принявшего имя Бенедикта XI. Он был доминиканцем скромного происхождения, отличался искренним благочестием и стремился проводить политику примирения. Он вернул семейству Колонна земли, конфискованные Бонифацием, простил всех врагов Бонифация, за исключением Ногаре и Шарры Колонны, и предложил мир Филиппу. Но этого было недостаточно. Филипп настаивал на созыве собора для суда над умершим папой. На это Бенедикт согласиться не мог, ибо тем самым был бы нанесен серьезный ущерб папскому авторитету. С другой стороны, высказывались обвинения, что новый папа идет на чрезмерные уступки тем, кто посягал на папскую власть. Он подвергался критике с двух сторон, но его понтификат продолжался очень недолго. Вскоре после его смерти распространились слухи, что его отравили, и каждая из противоборствующих партий обвиняла в этом другую. Но каких-либо доказательств отравления нет.
Избрание следующего папы стало трудным делом, так как каждая партия настаивала на избрании своего кандидата. В конечном счете профранцузская партия, воспользовавшись обманом, добилась согласия кардиналов на избрание Климента V. Это стало возможным потому, что новый папа, на словах занимая сторону защитников памяти Бонифация, поддерживал связь с французами. Папа, избранный при таких обстоятельствах, не мог являть собой пример стойкости духа и твердости. За все время своего правления (1305-1314) Климент V ни разу не посетил Рим. Римляне настаивали на перенесении его резиденции в их город, но Филипп держал его во Франции под своим присмотром. За время своего понтификата Климент V назначил двадцать четыре кардинала, и все они, за единственным исключением, были французами. Более того, некоторые из них были его родственниками, и тем самым создавалась и поощрялась практика непотизма, которая станет одной из самых серьезных болезней церкви вплоть до XVI века.
Защита Климентом памяти Бонифация тоже была неубедительной. Он отказывался созвать собор, которого хотели французы. Но собор, в сущности, был и не нужен, так как Климент мало-помалу уничтожил все, что сделал Бонифаций, простил Ногаре и его сообщников и даже заявил, что во всем этом деле Филипп вел себя "замечательно".
Но самым позорным событием этого слабого понтификата стали арест тамплиеров и суд над ними. Они были членами одного из военизированных рыцарских орденов, созданных во время крестовых походов, и в принципе существование ордена потеряло смысл. Но он был богатым и могущественным. В период, когда король укреплял свою власть над знатью, сила и богатство тамплиеров препятствовали проводившейся им политике централизации. Так как рыцари-тамплиеры были членами монашеского ордена, их нельзя было подчинить напрямую светским властям, поэтому Филипп решил обвинить их в ереси и заставить слабого Климента уничтожить орден, дабы основная часть его богатства перешла во французскую казну.
Неожиданно арестовали всех тамплиеров, находившихся в то время во Франции. Некоторые из них под пыткой признались, что они были членами тайного ордена, направленного против христианской веры, что они поклонялись идолам, хулили Христа, плевали на крест и занимались содомией. Хотя многие выдержали пытки, показаний тех, кто сломался и сделал соответствующие признания, было достаточно для продолжения судебного процесса над орденом в целом. Среди признавшихся был и великий магистр ордена Жак де Моле, полагавший, по-видимому, что обвинения были настолько абсурдными, что в них никто не поверит.
Тамплиеры надеялись, что папа выступит в их защиту и выразит протест против совершающейся несправедливости. Но Климент сделал прямо противоположное. Получив от королевских должностных лиц протоколы с признаниями тамплиеров, он приказал арестовать всех членов ордена, находившихся за пределами Франции, чтобы предотвратить любые действия, которые они могли предпринять в отношении своих арестованных братьев. Узнав, что признания получены под пытками, он приказал прекратить их, заявив, что сам будет судить тамплиеров и что они неподсудны гражданским властям. Но обвиняемые оставались в тюрьме, и папа не сделал ничего для их освобождения. Затем король обвинил Климента в подстрекательстве к тем злодействам, которые якобы совершали тамплиеры, и Климент, в очередной раз уступив, согласился созвать собор для рассмотрения вопроса.
Филипп и Ногаре надеялись, что собор пойдет у них на поводу, но его участники проявили большую непреклонность, чем папа. Возможно, епископам было стыдно за мягкотелость своего руководителя. Они настаивали на повторном слушании дела с предоставлением обвиняемым возможности выступить в свою защиту. В конце концов, когда собор занимался рассмотрением других вопросов, Филипп и Климент пришли к соглашению. Тамплиеров не будут судить за их предполагаемые преступления, но орден будет распущен административным решением папы, а имущество передано другому ордену. Собор, не имевший более полномочий в этом деле, был распущен. Что касается богатства тамплиеров, большая его часть отошла Филиппу, представившему папе огромный счет судебных издержек и настоявшему на его первоочередной оплате.
Многие тамплиеры остаток жизни провели в тюрьмах. Когда Жака де Моле с одним из его рыцарей привели в собор Парижской Богоматери для покаяния в грехах и опровержения тем самым утверждений о совершении в их отношении серьезного преступления, они отказались от признаний и заявили, что все обвинения были ложными. В тот же день их сожгли на костре.
Климент V умер в 1314 году. Его понтификат стал предвестником грядущих событий. В 1309 году он сделал своей резиденцией Авиньон, город у самых границ Франции. В течение последующих почти семидесяти лет папы, продолжая называть себя Римскими епископами, находились в Авиньоне. Этот период, который часто называют "авиньонским папством" или "вавилонским пленением церкви", характеризовался не только отсутствием пап в Риме, но и готовностью папства служить инструментом французской политики.
После смерти Климента кардиналы не смогли договориться о кандидатуре следующего папы. Поэтому они избрали семидесятидвухлетнего человека в надежде, что его понтификат будет коротким и за это время они придут к согласию. Но этот папа, принявший имя Иоанна XXII, удивил мир своей жизненной энергией и продолжительностью пребывания у власти (1316-1334). С помощью французов он стремился утвердить папскую власть в Италии и вследствие этого оказался втянутым в нескончаемую череду войн. Для финансирования этих войн и своего двора в Авиньоне Иоанн разработал сложную систему церковных налогов, вызывавшую всеобщее недовольство, особенно среди противников его профранцузской ориентации.
Бенедикт XII (1334-1342), обещавший римлянам вернуться в их город, начал строительство большого дворца в Авиньоне. Кроме того, несмотря на данное обещание римлянам, он перевез папские архивы в Авиньон. Весь авторитет папской власти он поставил на службу французской короне, а поскольку происходило это во время Столетней войны, такая политика отталкивала от него Англию и ее основного союзника - империю. Климент VI (1342-1352) пытался стать посредником между французами и англичанами, но было ясно, что вторые считают его сторонником первых, и все его усилия оказались бесплодными. Во время его правления, отмеченного расцветом непотизма, авиньонский двор своей пышностью и роскошью соперничал с дворами наиболее крупных светских феодальных сеньоров. Именно в то время разразилась эпидемия, и многие считали, что она стала Божьим наказанием за уход пап из Рима. Следующий папа Иннокентий VI (1352-1362) начал договариваться о возвращении в Рим, но умер, не успев осуществить свой замысел. Урбан V (1362-1370) был реформаторски настроенным человеком и вел крайне дисциплинированную жизнь. В авиньонском дворе он произвел радикальные преобразования, удалив из него всех, кто не следовал его аскетическому образу жизни. В 1365 году он вернулся в Рим, где встретил восторженный прием. Но ему не удалось сохранить лояльное отношение римлян, а в Италии происходили такие беспорядки, что он решил вернуться в Авиньон. Следующим папой стал Григорий XI (1370-1378), которого кардиналом в семнадцатилетнем возрасте сделал его дядя Климент VI. Именно в это время Екатерина Сиенская обратилась к папе с призывом вернуться в Рим.