Во время похода на Теночтитлан, столицу империи ацтеков, Кортес разрушал всех идолов тех племен, которые встречались на его пути. Однако в случае с тласкаланцами, мощным племенем, в поддержке которого он нуждался для завоевания империи ацтеков, Кортес изменил этому правилу. Тем самым в испанской религиозной политике в Мексике впервые проявилось странное сочетание религиозного рвения и чувства целесообразности.
Изначально в экспедиции принимали участие два священника, но этого оказалось явно недостаточно. Кортес, несмотря на всю свою алчность и жестокость, был искренним католиком, поэтому он попросил Карла V прислать ему в Мексику не священников или прелатов, а нищенствующих монахов. Он объяснял это тем, что монахи могут жить в бедности и тем самым показывать хороший пример аборигенам, тогда как назначенные священники и прелаты привыкли к вопиющей роскоши и не могут быть заинтересованы в обращении индейцев. В ответ на эту просьбу в Мексику были отправлены двенадцать францисканцев. Когда они прибыли, Кортес пал перед ними на колени и поцеловал им руки. Но вставшая перед ними задача была не из легких, так как индейцы с большим предубеждением относились к испанцам и к их религии. С другой стороны, индейцам было ясно, что христианский Бог поверг их собственных богов, поэтому многие индейцы, не забывая о совершенных против них злодеяниях, принимали крещение, надеясь тем самым получить поддержку всесильного христианского Бога.
Мало-помалу эти двенадцать монахов и многие другие, последовавшие вслед за ними, завоевали уважение и даже любовь индейцев. Бывали случаи, когда индейцы, узнав, что их священника переводят в другое место, поднимали бунт и добивались от властей изменения принятого решения.
В зарождавшейся мексиканской церкви возникало множество конфликтов и спорных вопросов. Монахи крестили любого, кто того пожелает, при единственном условии: надо было признать, что Бог един и что Иисус есть наш Спаситель, и по памяти повторить Молитву Господню и "Аве Мария". В некоторых случаях не соблюдались даже и эти требования. По слухам, были миссионеры, крестившие по нескольку сотен человек в день, иногда просто окропляя некоторых из них. У секулярных, то есть не принадлежавших к монашеским орденам священников были основания завидовать успехам монахов, хотя большинство из них делали очень мало для обучения индейцев. Они обвиняли монахов в чрезмерном упрощении обряда крещения, но не в снижении требований, как можно было бы ожидать, а в опущении некоторых элементов самого обряда. В конце концов спор был разрешен папой Павлом III, заявившим, что уже соверш¨нные по упрощенному образцу обряды крещения остаются в силе, но что впредь необходимо соблюдать определенные требования. Но даже после вмешательства папы разногласия между монахами и секулярным духовенством сохранялись в течение жизни нескольких поколений.
Первым епископом, а затем архиепископом Мексики был францисканец Хуан де Сумаррага. Он был убежден в необходимости реформировать церковь путем надлежащего обучения верующих и подготовки образованных священников. С этой целью он организовал в Мехико типографию - первую в Западном полушарии - и печатал в ней книги для обучения индейцев. Среди них была книга, автора которой Сумаррага не указал, но которая впоследствии была осуждена испанской инквизицией как протестантская. Он также способствовал основанию в Мехико университета и был активным защитником индейцев от всех, кто стремился эксплуатировать их, какое бы высокое положение ни занимали эти люди.
Но как и большинство христиан того времени, этот в других отношениях непредубежденный епископ был нетерпимым ко всему, что он считал ересью. В 1536 году его назначили "папским инквизитором" Новой Испании, как тогда называлась Мексика. С этого времени по 1543 год за ересь судили 131 человека. Большинство обвиняемых были испанцами, но суду подверглись и тринадцать индейцев. Наиболее известным среди них был вождь Карлос Чичимектекотл, который учился у францисканцев и которого обвинили в поклонении идолам, внебрачном сожительстве и неуважении к священникам. Он признал, что жил со своей племянницей. При обыске у него нашли идолов, которых, по его словам, он хранил как исторические реликвии. Никто не видел, чтобы он поклонялся им. Дело, по всей видимости, закончилось бы незначительным наказанием, если бы один из свидетелей не показал, что слышал заявление Чичимектекотла о том, что религия христиан сомнительна, так как многие из них - законченные пьяницы, контролировать которых священники не в состоянии. На этом основании его приговорили к сожжению на костре.
Чичимектекотл был образованным человеком, поэтому суд над ним придал силу доводам тех, кто противился образованию индейцев. Аргументация сводилась вовсе не к тому, что индейцы учиться не способны. Напротив, утверждали, что если они научатся читать и писать, это даст им возможность общаться между собой на всем пространстве между двумя океанами и тем самым сделает их опасными. Именно из-за этого опасения обучение индейцев проводилось на крайне низком уровне. Тем же в основном объяснялись сомнения даже наиболее прогрессивно мыслящих испанцев относительно целесообразности рукоположения индейцев. В 1539 году собрание руководителей церкви под председательством Сумарраги приняло решение о предоставлении индейцам возможности получать четыре низших степени священства, но ни одна из них не предусматривала совершения обрядов. Доминиканцы, будучи менее прогрессивными, чем францисканцы, полагали, что индейцев вообще не следует рукополагать или обучать. Те же настроения царили в монастырях. Францисканцы, которые и на эти вопросы смотрели шире, позволяли индейцам жить в своих монастырях и носить особую коричневую сутану. Но им не разрешалось давать обеты и даже становиться членами братства. Если испанским францисканцам кто-то из них начинал казаться недостойным, они просто изгоняли его, независимо от продолжительности жизни в общине. В 1588 году королевский указ разрешил индейцам становиться священнослужителями и давать монашеские обеты. Нов 1636 году король жаловался, что рукоположено слишком много "метисов, незаконнорожденных и других людей второго сорта".
Именно в свете всего этого следует понимать легенду о Гваделупской Деве и поклонение ей. Согласно легенде, Дева явилась индейцу по имени Хуан Диего с посланием для Сумарраги. Епископ не верил словам индейца, пока их не подтвердили несколько чудес. В результате по указаниям Девы на месте ее явлений была построена часовня. Какое-либо указание на хотя бы частичную правдивость этой истории безуспешно искали в записях Сумарраги и его современников. Более того, по сведениям одного христианского автора, местом, где якобы явилась Дева, был холм, на котором индейцы поклонялись богине по имени Тонанцин, что значит "Мать", и индейцы просто продолжали поклоняться старой богине под новым именем. Но как бы там ни было, легенда сама по себе стала местью угнетенных индейцев испанскому епископу. Ведь в конце концов епископу пришлось сделать то, что ему сказали индейцы. Гваделупская Дева стала не только объектом поклонения, но также символом и объединяющим началом национальных чувств мексиканцев и их сопротивления любой форме иностранного вмешательства.
Империя ацтеков занимала не всю территорию современной Мексики. Но ее падение побудило многие соседние индейские племена подчиниться испанцам. На юге сохранялись остатки цивилизации майя. Их завоевание, которому препятствовали главным образом гористая местность и густая растительность, продолжалось годами. Только в 1560 году испанское владычество над Юкатаном стало достаточно прочным, чтобы туда можно было назначить епископа.
Затем испанцы продолжили движение на север, влекомые двумя призрачными целями. Первая - поиск пролива, соединяющего Атлантический и Тихий океаны, - побудила их исследовать берега Калифорнийского залива, так как Калифорнийский полуостров считался островом, и полагали, что Калифорнийский залив каким-то образом соединяется с Атлантическим океаном. Второй химерой были "семь золотых городов", о которых испанцам рассказывали индейцы и в поисках которых они отправились почти прямо на север в направлении Нью-Мексико. В более поздние времена угроза со стороны французов из Луизианы и со стороны русских, двигавшихся вдоль побережья Тихого океана, вынудила испанцев обосноваться в Техасе и в Калифорнии.
На Калифорнийском полуострове миссионеры достигли гораздо больших успехов, чем колонизаторы и исследователи. Первыми там поселились иезуиты, сначала на восточном побережье Калифорнийского залива, а затем на самом полуострове. Выдающейся фигурой среди них был Евсевий Франциск Кино, итальянец по происхождению, создавший целую систему миссий, распространивших свою работу далеко за пределы подвластных Испании территорий вплоть до современной Аризоны. Незадолго до смерти в 1711 году он планировал начать миссионерскую работу среди апачей. Н о в 1767 году иезуитов изгнали из всех испанских владений. Некоторые их миссии были переданы в распоряжение францисканцев, доминиканцев и других орденов. Остальные просто пришли в запустение.
В Калифорнии францисканские миссионеры основные свои усилия сосредоточили на работе в северной ее части, которая теперь стала штатом Калифорния. В XVIII веке, когда власти организовали экспедицию для исследования и заселения этого района, к ней присоединился францисканец
Хуниперо Серра. Там он основал множество миссий, многие из которых оставались вне досягаемости испанцев и не могли пользоваться их защитой. В тех районах, где индейцам предстояло жить под управлением испанцев, Серра стал активным защитником прав индейцев против посягательств испанцев.