Большинство обращенных Ксавье, как и приведенных ко Христу в других частях Индии, принадлежали к низшим кастам. Кастовая система имела глубокие корни в индийском обществе, и не принимать это во внимание было невозможно. Людям из разных каст не разрешалось есть вместе. Так как христиане причащались вместе, многие члены низших каст полагали, что обращение в христианство означает для них переход в касту португальцев. Поэтому для многих обращение и крещение приобретали значение социального освобождения. Но по тем же причинам члены высших каст противились проповеди христианства, так как считали его опасным. Во многих местах отмечались случаи мученической смерти, как это было во времена ранней церкви. Ксавье сам несколько раз подвергался нападениям и однажды был ранен стрелой. Какое-то время он рассчитывал на использование португальской военной силы для защиты обращенных. Португальские власти отвечали отказом, но руководствуясь не пацифистскими идеалами, а опасением, что это может повредить торговле.
В 1546 году, поручив другим продолжать его дело, начатое им в Индии, Ксавье отправился в более далекие страны. Трое японцев, которых он встретил в ходе своих путешествий, пригласили его посетить их страну. Вернувшись сначала на некоторое время в Гоа, Ксавье затем предпринял эту новую миссию. В 1549 году в сопровождении трех обращенных японцев и двух иезуитов Ксавье отплыл в Японию. Там его приняли хорошо, и число обращенных убедило его, что он заложил основания того, что скоро станет процветающей церковью. Он не мог знать, что вскоре после его смерти разразятся гонения и что созданная им церковь будет почти полностью уничтожена. (Она, действительно, казалась полностью разрушенной, но три века спустя протестантские миссионеры обнаружили около ста тысяч христиан, в Нагасаки и его окрестностях.)
По возвращении в Малакку Ксавье узнал, что орден иезуитов решил создать новую провинцию, включающую в себя все территории к востоку от мыса Доброй Надежды, и что он назначен ее главой. Новые административные обязанности вынудили его вернуться в Гоа и отказаться на время от мечты проповедовать Евангелие в Китае.
Наконец, в 1552 году он отправился в Китай. Перед отплытием из Гоа он написал королю Португалии: "Нас воодушевляет, что эту мысль вложил в нас Бог... и у нас нет сомнений, что власть Бога неизмеримо выше власти короля Китая". Но несмотря на такую уверенность, Ксавье так и не попал в Китай, правительство которого противилось иностранному вмешательству в любой форме. Он умер на острове у границы Китайской империи, где поселился в ожидании дня, когда эта земля откроется для него.
Ксавье и другие миссионеры не проводили четкого различия между европейской культурой и христианской верой. При крещении обращенных им давали "христианские", то есть португальские имена, и рекомендовали носить европейскую одежду. Многие из обращенных верили, что после принятия крещения они становятся подданными короля Португалии. По тем же причинам культурные и обладающие властью слои населения стран, посещавшихся миссионерами, рассматривали христианство как чужеродное вмешательство, подрывающее основы традиционной культуры и существующего общественного порядка.
Иезуиты следующего поколения, действовавшие под покровительством португальцев, хотя многие из них по происхождению были итальянцами, начали ставить под сомнение целесообразность отождествления христианства с Португалией как таковой и с ее культурой и искали пути "приспособить" его к древним культурным традициям Востока. Наиболее известными среди них были Роберто де Нобили и Маттео Риччи - первый работал миссионером в Индии, а второй - в Китае.
Де Нобили начал миссионерскую деятельность на Жемчужном берегу и именно там понял, что принятие христианства многочисленными членами низших каст не только заставит их осознать разрыв со своей приниженностью, но и обернется нежеланием высших каст прислушаться к посланию, которое в их глазах было связано с отбросами общества. Поэтому когда его перевели в другой район, Нобили решил действовать иначе. Заявив, что в своей стране он родился в семье благородной крови, он ходил в одеянии брахмана и называл себя "учителем". Он, как и все добропорядочные индусы, следовал вегетарианской диете и изучил санскрит. Тем самым он завоевал уважение многих представителей высших каст. После обращения некоторых из них он выделил для них особую церковь и распорядился, чтобы представители низших каст не допускались на совместные служения с этими привилегированными обращенными.
Свои действия Нобили оправдывал тем, что кастовая система, даже если она кажется неприемлемой, тем не менее представляет собой культурную, а нерелигиозную действительность. Надо уважать культуру индусов и проповедовать Евангелие с учетом кастовых различий. В таком случае, утверждал он, низшие классы последуют примеру высших, и в веру обратятся все. Но его доводы опровергались теми, кто заявлял, что Евангелие призывает к справедливости и любви и что отрицание этого означает проповедь ложного евангелия. В конечном счете наиболее крайние воззрения Нобили были отвергнуты. Тем не менее в Индии долгое время существовали отдельные церкви или отдельные районы с церквами для разных каст.
Матгео Риччи, "мудрец с Запада".
В Китае Маттео Риччи действовал примерно так же, но он не вдавался в крайности. Китай был полностью закрыт для любого иноземного вмешательства, за исключением небольшого торгового "окна", открытого в Макао. Вскоре после смерти Ксаверия испанский миссионер с Филиппин, тоже пытавшийся проникнуть в Китай, заявил, что "попытка войти в Китай при поддержке солдат или без нее равнозначна попытке отправиться на луну". Но несмотря на такие трудности, иезуиты не забыли о мечте Ксавье. Поняв, что Китай представляет собой страну с высокоразвитой цивилизацией, относившуюся ко всему остальному миру как к варварам, иезуиты решили, что единственный способ оказать воздействие на этот огромный народ заключается в изучении не только его языка, но и его культуры. Именно этим занялась группа иезуитов, обосновавшаяся на границах Китайской империи. Постепенно образованные китайцы, жившие в близлежащих районах, пришли к выводу, что эти европейцы, в отличие от многих авантюристов, пытавшихся просто проникнуть в Китай, достойны уважения. В конечном счете после длительных переговоров им разрешили создать поселение в Чаочине, но ограничиться только этим.
Среди прочих в Чаочине поселился Маттео Риччи. Он не только изучил язык и культуру Китая, но был также географом, астрономом, математиком и часовщиком. Зная, что дружелюбие - важная добродетель в глазах китайцев, он написал трактат на эту тему, в котором, придерживаясь канонов китайской литературы, мудрость этой страны дополнил материалами западной философии. Вскоре его уже называли "мудрецом с Запада", и к нему приходили ученые для обсуждения вопросов, связанных с астрономией, философией и религией. Составленная Риччи карта мира с неизвестными китайцам обширными территориями привлекла внимание пекинского двора. Еще большее уважение он завоевал, истолковав движение небесных тел в соответствии со сложными математическими законами. Наконец, в 1601 году его пригласили к императорскому двору в Пекин, где он получил необходимые средства для строительства большой обсерватории и где оставался до самой смерти в 1615 году.
Риччи не стремился в Китае к большому количеству обращенных. Он опасался, что в случае религиозных волнений, вызванных его деятельностью, его вместе с другими миссионерами вышлют из страны и вся их работа окажется напрасной. Поэтому он не построил ни одной церкви или часовни и никогда не проповедовал большому числу людей. Немногих обращенных он приобрел у себя дома в узком кругу друзей и почитателей, собиравшихся у него, чтобы поговорить на темы, связанные с часовым делом, астрономией, а также религией. После его смерти осталась небольшая группа верующих, все из которых принадлежали к интеллектуальной элите. Но они в свою очередь обращали других, и в конце концов в стране появилось немало христиан под водительством иезуитов, которые продолжали служить при пекинском дворе в качестве официальных астрономов.
Как и в случае с Нобили, методы Риччи вызывали возражения со стороны других католиков. В данном случае разногласия касались не кастовой системы, а поклонения предкам и конфуцианства. Иезуиты утверждали, что конфуцианство - не религия и что многие положения учения Конфуция можно использовать для приобщения к Евангелию. Поклонение же предкам, по их мнению, было не подлинным поклонением, а просто общепринятым обычаем уважительного отношения к предкам. Возражали им, в основном, доминиканцы и францисканцы, утверждавшие, что такое поклонение не что иное, как идолопоклонство. Еще один спорный вопрос заключался в том, какое из двух возможных китайских слов надо использовать для обозначения христианского Бога. Узнав, что этот вопрос передан на рассмотрение папы в Рим, китайский император пришел в негодование при мысли, что варвар, ни слова не знающий по-китайски, берет на себя смелость учить китайцев, как они должны говорить на своем языке.
Тогда как в Китае споры о "приспособлении" касались в основном культурных вопросов, в Индии речь шла о том, может ли человек утверждать, что он проповедует Евангелие, если эта проповедь ни единым словом не осуждает человеческую несправедливость и угнетение. Можно ли считать истинно христианской веру, которая признает кастовую систему? Этот и другие подобного рода вопросы приобретут в последующие века первостепенное значение.