От Никифора Влеммида до нас дошли многочисленные и разнообразные сочинения. Его перу принадлежит много богословских произведений в области догматики, полемики, аскетики, экзегетики, литургики, церковной поэзии, жизни святых. Его «переложение некоторых псалмов» явилось составной частью всенощного бдения в Греческой Церкви, а позднее появилось в церквах южнославянских, а затем и в Русской.
Из философских его сочинений, основанных главным образом на Аристотеле, известны: «Сокращенная физика» и «Сокращенная логика». Последняя после смерти автора распространилась по всей империи и сделалась любимейшим учебником не только на Востоке, но и в Западной Европе.
Среди учеников Влеммида особенно выдавались двое: Георгий Акрополит и император Феодор II Ласкарис.
Георгий Акрополит отправился еще юношей в Никею во времена Иоанна Ватаца, где получил образование у Никифора Влеммида. Главным литературным произведением Акрополита является его летопись событий на Востоке с 1203 по 1261 гг.
Второй ученик Влеммида Феодор II Ласкарис написал несколько рассуждений на философские и религиозные темы и оставил сборник писем, адресованных выдающимся деятелям эпохи, в которых обнаружил обширные познания не только в философских и богословских науках, но и по естествознанию и математике.
Преемник Иоанна Ватаца – Феодор II, несмотря на слабое здоровье, проявил энергичную политическую деятельность. Понимая серьезность внешних политических отношений, он главное внимание обратил на создание сильной армии. При этом он стремился «эллинизировать» войска, вопреки укоренившемуся обычаю пользоваться наемными войсками чуждых народностей.
Несмотря на некоторые неудачи, Феодор II с честью вышел из трудной борьбы с враждебными соседями. В 36 лет он умер (1258 г.), оставив преемнику, восьмилетнему сыну Иоанну, в целости обширные завоевания отца. Регентом он назначил своего друга Георгия Музалона. В соблюдении верности малолетнему царю присягнула армия, синклит, духовенство и Музалон.
Не прошло трех дней со дня похорон царя Феодора, как на его могиле разыгралась кровавая катастрофа. Молодой царь с Музалоном и сановниками прибыли в храм для заупокойного богослужения. Наемники – латиняне, по наущению кровного родственника, юного царя Михаила Палеолога, подняли шум, требуя показать им царя Иоанна. Когда он показался на паперти, заговорщики вместе с наемниками ворвались в храм. Музалона пытались спасти в алтаре. Но их нашли и разрубили в куски. Кровь регента обрызгала престол.
Регентом был избран Михаил Палеолог, любимец войск, особенно наемников – латинян, со званием Дука.
Вскоре Палеолог, привлекший к себе духовенство щедрыми наградами и обещаниями, получил звание «царского отца» и деспота, а в 1260 г. провозглашен царем – соправителем. С первых дней своей власти Михаил Палеолог поставил себе целью завладеть Константинополем. Чтобы обеспечить себе успех, он заключил договор с Генуей, который предоставил обширные торговые права в ущерб венецианцам, и выговорил себе помощь генуэзского флота.
Зимой 1255 г. несколько вооруженных всадников выехали из ворот бедной обители, расположенной близ городка Аполлониады, и направились к Никее, тогдашней столице Восточной империи. Среди них был монах среднего роста, довольно преклонных лет. Безвестного инока, по имени Арсений, везли в столицу для того, чтобы возвести на патриарший престол. Император Феодор Ласкарис младший наслышался о добродетелях аполлониадского монаха Арсения, а главное о том, что он человек «простой и необразованный». Посланным гонцам приказано было немедленно доставить его в Никею.
По воле императора в течение одной недели провели монаха Арсения по всем степеням, начиная с диакона и кончая патриархом. О его жизни до патриаршества известно только, что он был родом византиец, подвизался в Аполлониадском монастыре, добывая себе пропитание переписыванием Псалтири. Ничего почти не говорят историки и о деятельности его на патриаршем престоле при Ласкарисе.
Впервые он появляется после смерти Феодора Ласкариса, который завещал престол своему семилетнему сыну Иоанну, а управление до совершеннолетия наследника поручал верному другу, начальнику гардероба Музалону. Музалон скоро пал жертвой заговора Михаила Палеолога.
Через несколько дней после избрания Михаила Палеолога правителем государства и деспотом подкупленные лица стали распространять разговоры, что «наилучшее царствование есть не наследственное, а такое, которое предоставляется лицу высокой доблести», причем намекали на Палеолога. С этим приступили и к патриарху, а членов синода снова осыпали подарками и обещаниями, что Палеолог возвысит Церковь. «У патриарха и архиереев, как говорит Пахимер, мысли начали двоиться». Большинство склонилось к тому, чтобы возвести Михаила Палеолога на императорский престол. Освященный собор взял только с него клятву, что он не будет злоумышлять против своего малолетнего товарища, и что он принимает императорскую власть лишь до совершеннолетия Иоанна. Палеолог со своей стороны потребовал, чтобы Иоанн дал клятву не злоумышлять против своего старшего товарища. Клятвы были даны и скреплены присягой не только царей, но и вельмож. Патриарх утвердил определения освященного собора и сената.
Наступил день коронации. Но перед самой коронацией одна корона исчезла. На вопрос патриарха ему ответили «что непристойно младенцу короноваться рядом со зрелым мужем и что лучше отложить его коронование до совершеннолетия». Патриарх отказался совершать коронацию. Тогда заговорщики закричали, что они изрубят в куски ребенка, если патриарх будет упорствовать. Патриарх, потрясенный и угнетенный, чувствуя свое бессилие, к вечеру короновал только Палеолога и его жену.
Через несколько дней после коронации, пешком он отправился к воротам города и, достигнув обители Пасхазия, остался там на покое. Оттуда он прислал Палеологу письменное отречение, без объяснения причин, и знаки своего патриаршего достоинства - жезл и светильник.
С согласия Палеолога в патриархи был поставлен епископ Ефесский Никифор. Но часть иерархов воспротивилась определению собора об избрании Никифора, а миряне решительно отвергли нового пастыря и требовали прежнего. Через год Никифор умер, а вскоре 21 июня 1261 г. Михаил Палеолог отнял Константинополь у латинян и торжественно вступил в него.
Первой заботой Михаила было заместить свободную патриаршую кафедру. Он решил возвратить Арсения, к которому было отправлено торжественное посольство, с приглашением вернуться и с выражением раскаяния и льстивыми обещаниями. Он согласился. Едва ли когда принимали патриарха с такою честью, как Арсения.
Весь синклит духовных, гражданских и военных чинов и массы народа его восторженно приветствовали. Император ввел его за руку в храм Софии и передал ему кафедру, принеся извинения.
В декабре 1262 г. во дворец царевича явились подосланные Палеологом палачи с раскаленной металлической побрякушкой и, держа несчастную жертву за голову, начали трясти ею перед его насильно открытыми глазами. Зрение начало ослабевать, а потом и совершенно погасло. Ослепленного царевича заперли в Никитской крепости, приставив надежную стражу. Все клятвы «проглочены были, как огурец», по выражению историка. Злодейство было окружено глубокой тайной, которая вскоре обнаружилась. Когда узнал о ней патриарх, он отправил своего рефирендария к императору с объяснением «обличения и отлучения от церкви». Палеолог умолял патриарха о прощении, пал однажды при посторонних перед Арсением ниц, обнимал его ноги, но дважды обманутый старец с отвращением оттолкнул его и удалился в свою келью. Палеолог затаил тогда злобу и начал искать поводов к мщению. Был составлен нелепый донос на Арсения и созван собор для суда. Так как Арсений на суд не явился, то за неявку был низложен. Он смиренно принял приговор, любовно простился со всеми окружающими и, взяв с собою только одежду, книгу и три монеты, которые он приобрел еще до патриаршества, стал ждать царского указа. Ночью пришла стража и отвезла его на остров Прикопнис.
Это вызвало сильнейшее возбуждение в народе. Аскет по природе и привычкам, ходивший всегда пешком, носивший простую одежду, крайне умеренный в пище и питье, всегда серьезный, задумчивый, строгий к себе, снисходительный к другим, простодушно-доверчивый – он привлек к себе всеобщие симпатии. Поэтому низложение и ссылка увеличила количество его приверженцев. Все это разрешилось расколом, который полвека потрясал империю.
По выбору царя патриархом был поставлен епископ Адрианопольский Герман. Арсениты подняли против него бурю, и Палеолог был вынужден предложить Герману добровольно сложить с себя патриарший сан.
1 января 1268 года патриархом стал Иосиф Галисийский, бывший духовник царя и заявивший себя перед тем сторонником арсенитов. Избрание Иосифа было встречено более благосклонно, чем избрание Германа. Арсениты надеялись на него, как на своего союзника. Умеренные ждали умиротворения церкви. Император старался укрепить положение своего избранника, исполняя все его ходатайства в пользу осужденных, обиженных и бедных.
В праздник Сретения Господня в храме св. Софии по окончании литургии император в сопровождении всех чинов Сената двинулись со своего места к царским вратам. Навстречу ему вышел патриарх в сопровождении архиереев. Император повергся ниц и вслух на всю церковь покаялся в своем злодеянии против законного наследника и просил прощения. Выслушав, патриарх развернул грамоту и прочитал ему прощение и разрешение. То же сделали и каждый из архиереев, которым царь кланялся в ноги. Многие плакали от умиления, особенно члены Сената. Наконец, царь встал, помолился и вышел из храма. Торжество закончилось.