По смерти Киприана единство Русской митрополии снова рушилось. Витовт, под предлогом нерадения преемника Киприанова (Фотия) о пастве, стал у Цареградского патриарха требовать себе особого митрополита. Получив же двухкратный отказ, велел епископам самим собой посвятить на Киевскую митрополию Григория Симвлака, племянника Киприанова, известного своей ученостью. Епископы долго не соглашались и уступили только насилию. Впрочем, новый митрополит был непоколебимо тверд в Православии. Он присутствовал на Констанцском Соборе (1418) и воротился беспорочно православным. По смерти Григория, Витовт помирился с Фотием; признал также и Исидора, присланного в Москву митрополитом на место умершего Фотия. По свержении Исидора, южнорусские епископы вначале признали своим митрополитом святого Иону, избранного собором русских епископов в Москве, но через 10 лет король принудил их признать митрополитом ученика Исидорова, Григория Булгара, посвященного для Руси изгнанным из Константинополя патриархом Григорием Маммой. Великорусские же епископы, собравшись в Москве, поклялись не отступать от Московской Церкви и положили на будущее время избирать епископов в Москве, по повелению великого князя, без сношения с греками. С этого времени Московские митрополиты перестали титуловаться митрополитами Киевскими. Здесь-то последовало окончательное разделение Русской митрополии на Московскую и Киевскую.
Хотя образование особой Киевской митрополии и совершилось против воли Константинопольского патриарха, тем не менее, она осталась с ним в тесном союзе. Киевские митрополиты поставлялись не иначе, как с благословения патриарха. В 1495 году собор южнорусских епископов избрал и поставил митрополита Макария, а потом уже послал к патриарху за благословением для новопоставленного митрополита. Патриарх дал просимое благословение, но сообщил южнорусским епископам, чтобы впредь без его ведения митрополиты не были поставляемы. После этого всякий раз вперед посылали к патриарху за благословением для избранного митрополита, а потом уже его поставляли. Поставление всегда совершалось в России. Притеснения, испытываемые православными в южной Руси от папистов, заставляли их крепче держаться союза с Константинопольским патриархом, чтобы хотя в нем иметь для себя некоторую поддержку. Это было причиной, что Константинопольские патриархи не ограничивались утверждением избираемых Киевских митрополитов, но и надзирали за ходом церковных дел в южнорусской Церкви.
В иное отношение стала к Константинопольскому патриарху митрополия Московская по отделении ее от митрополии Киевской. Присылка из Константинополя митрополита Исидора, замышлявшего поработить Русскую Церковь папе, глубоко оскорбила русский народ и подорвала в нем доверие к грекам. По извержении Исидора, первым делом великого князя Василия Васильевича и русских епископов было изготовление грамот и посланий к патриарху с требованием разрешения избирать и поставлять митрополита в Москве. Эти грамоты и послания, впрочем, не были отправлены по назначению и по причине слухов об уклонении императора в латинство, и по причине смут, поднятых в самой Руси Шемякой. В 1448 году Иона был поставлен в митрополита собором русских епископов. Несмотря на справедливое неудовольствие на греков, Русская Церковь не хотела однако прервать своей давнишней связи с Церковью Греческой. Почему, по посвящении Ионы, в Константинополь была послана грамота с объяснением, что поставление митрополита совершено в России по трудности сношений с Константинополем и по неизвестности, есть ли там даже патриарх. В 1453 году Константинополь был взят турками, и патриарх Геннадий обратился к Ионе с просьбой о вспоможении угнетенной и разоренной Церкви Греческой. Святитель Иона исполнил просьбу Геннадия, и, вероятно, в это-то время Греческой Церковью предоставлено Церкви Русской право избирать и поставлять митрополита независимо от Константинополя, и Русская митрополия поставлена выше всех прочих, прямо после Иерусалимской патриаршей кафедры. По получении самостоятельности сношения московской Митрополии с Константинопольским и прочими патриархами ограничивались преимущественно вспоможениями с ее стороны сим последним. Частые приезды греческих иерархов за милостыней, естественно, не могли к ним внушать большого уважения, а состояние их под властью турецкой нередко возбуждало в русских сомнение даже в их Православии.
По свержении татарского ига, митрополия, находившаяся под державой государей Московских, расширяла свои пределы вместе с их завоеваниями на востоке и юге, получала от них в обилии средства к усилению духовного просвещения, к благолепию церковного Богослужения, к поощрению иноческой жизни, к подавлению ересей и, наконец, при их содействии, достигла полной самостоятельности и независимости от Константинопольского патриарха через учреждение особого для себя патриаршества в Москве.
Не таково было положение Православной Церкви в юго-западной Руси, состоявшей под властью великих князей литовских и отчасти королей польских (кн. Галиция).
Польские короли, овладев Галицией, учредили во Львове, Перемышле и Галиче католические епископии и отдали католическим епископам принадлежавшие в этих городах православным соборы. Грамота Ягелло, данная в виде милости православным сих городов и запрещавшая разорение и расхищение их церквей, ясно показывает, в каком жалком положении находились православные при польском владычестве. Католицизм скоро вполне подавил в Галиции Православие, так что в ней не осталось и следов прежней митрополии и епископий.
В Литовском княжестве, в котором 9/10 было земель русских, первые князья, Гедимин и Ольгерд, не притесняли своих православных подданных. Притеснения их начинаются с женитьбой Ягелло на наследнице польской короны Ядвиге. Для того чтобы получить ее руку, Ягелло сам принял католическую веру и обязался привести к ней всех литовцев, хотя бы они принадлежали Церкви Православной, и даже русских, если они состояли в брачном союзе с лицами литовского происхождения. Витовт, перекрестившийся в Кракове с Ягелло из Православия в католическую веру, отняв у Ягелло Литву хотя и не теснил православных, но оказывал расположение более католикам. При договоре с Ягелло 1473 года, подтверждая в своем княжестве права и преимущества дворянства и духовенства латинского исповедания, Витовт положил возводить в должность воевод и кастелянов лишь лиц латинской, а не православной веры. Хлопоты его об учреждении для своих православных подданных митрополии, отдельной от Московской, были, конечно, делом политики и отчасти с той целью, чтобы удобнее можно было действовать против Православия.
Следовавшие за Витовтом из потомства Ягелло литовские великие князья: Казимир I, Александр, Сигизмунд I и Сигизмунд II Август избирались в то же время и поляками в короли. Александр и Сигизмунд I под влиянием польского духовенства позволили себе допустить стеснительные меры против православных; но тяжелая война с Москвой, вступившейся за своих единоверцев, и потери многих городов, добровольно отдавшихся Московским государям, заставила их сдержать свою ревность к интересам католицизма и подтвердить все привилегии, данные православным прежними литовскими великими князьями. Сигизмунд II Август, находясь под влиянием литовского канцлера Николая Радзивилла, горячего протестанта, предоставил всем вероисповеданиям полную свободу. Протестантские проповедники увлекали целые аристократические роды и целые приходы с духовенством. Католические монастыри опустели, монахи поженились, даже один епископ женился. Ввиду такой опасности со стороны протестантства, католичество не затрагивало Православия, а все свои силы употребило на борьбу с опасным врагом. На подмогу себе оно вызвало в Польшу и Литву иезуитов. Но все это время православные пользовались по-прежнему всеми своими правами и даже засели в сенате. В последние годы царствования Сигизмунда II положение изменилось. По смерти Николая Радзивилла король подпал влиянию католиков и, по их неотступным просьбам, склонил некоторых из знатнейших литовских вельмож подписать акт Люблинской унии, несмотря на протесты большинства аристократических фамилий и всего русского народа. Эта уния, соединившая Литву в одно государство с Польшей, открыла полякам желанный доступ к завладению имениями и государственными должностями в Литовском княжестве и к приобретению влияния на русскую народность. С этого времени начинаются бедствия русского народа в Литовском княжестве.