Устрояя дела внешние и государственные, Петр Великий обратил свое внимание и на дела церковные. В 1721 году (14 февраля) он открыл Духовную Коллегию, вскоре переименованную Святейшим Правительствующим Синодом. Через два года присланы были и от Восточных Патриархов грамоты, в которых Патриархи утверждали учреждение Святейшего Синода и соглашались признавать его своим братом с властью, равной патриаршей.
При своем учреждении Святейший Синод состоял из президента, двух вице-президентов, четырех советников и четырех ассесоров. Президентом был Стефан Яворский, вице-президентами – Феодосий Яновский и Феофан Прокопович, а прочими членами были и архиереи, и архимандриты, и протоиереи. Для большей свободы в заявлении своих мнений положено было, чтобы настоятели монастырей и протопопы не выбирались членами в Синод в одно время со своими архиереями.
По своим правам Святейший Синод во всем был сравнен с Сенатом, и наряду с последним подчинен государю. Отсюда, члены его при вступлении в должность присягали считать государя своим крайним судьей и наблюдать все государственные интересы. Представителем верховной власти государя в Синоде сделан был Обер-прокурор из светских лиц. Как око государя и стряпчий по делам государственным, Обер-прокурор должен был наблюдать за решением дел в Синоде и останавливать неправильные решения, донося о них государю. Основанием действий Святейшего Синода, кроме слова Божия, правил соборных и отеческих, назначен был Духовный Регламент. В делах, касающихся совместно ведомства церковного и государственного, Святейший Синод должен был входить в сношение с Сенатом. В отсутствие государя общие решения Синода и Сената должны были иметь силу решений верховной власти.
Святейшему Синоду поручено было наблюдать за чистотой веры и благочинием Богослужения, искоренять суеверия, ереси и расколы, поверять сказания о святых, свидетельствовать чудотворные мощи, иконы, рассматривать духовные сочинения, наблюдать за церковным управлением, избирать епископов, разрешать их недоумения, судить их по жалобам, наблюдать за поведением духовенства и мирян, решать дела о браках и разводах, наблюдать за строением церквей и монастырей, заботиться о религиозном просвещении и материальных средствах Церкви.
Для утверждения в народе христианских мыслей и чувств и для образования достойных служителей веры святой Владимир вскоре по принятии крещения завел в Киеве училище. Другое такое же училище для 300 юношей заведено было Ярославом в Новгороде. Кроме того, Ярослав и многие другие князья весьма усердно заботились о собрании рукописей и переводов различных книг. И можно сказать, что до времен монгольских Церковь Русская была богата просвещенными пастырями и учителями. Из них особенно замечательны: первый летописец Русской земли преподобный Нестор, печерский инок, соединявший в себе с глубоким благочестием необыкновенный ум и редкие дарования; епископ Туровский Кирилл, своими красноречивыми проповедями заслуживший название Златоуста XII века; епископ Владимирский святой Симон, с глубокой истинностью и назидательностью изобразивший благочестивые подвиги печерских угодников Божиих, и, наконец, известный как сильный и глубокий учитель веры Иларион, бывший сначала священником, а потом за благочестие и образование избранный в митрополита Русского.
Монголы нанесли сильный удар нашему духовному просвещению. Пламя Батыя истребило большую часть памятников образованности во всех концах земли, исключая Новгород. Повременные вторжения татар с огнем и мечом и несчастные междоусобия князей останавливали и истребляли то, что начинали и успевали делать труженики веры и благочестия. Об учреждении училищ в это бурное время и думать было нельзя. Единственными источниками просвещения были изучение церковных Богослужебных книг и сношения с Константинополем. Митрополиты святые Алексий и Киприан много заботились о разогнании мрака монгольского невежества. Первый, во время своего пребывания в Константинополе, своей рукой сделал перевод Евангелия с лучших греческих списков. Второй, кроме того что занимался составлением полной русской летописи и писал по степеням историю великих русских князей, описал еще жизнь святого митрополита Петра и перевел с греческого много полезных духовных книг. После Киприана и Фотия, когда у нас сношения с Грецией прекратились, образованность еще более упала. Училищ по-прежнему не было, устных проповедей не говорили, даже считали живую проповедь за ересь: полагалось читать только проповеди древних отцов; в священники ставили людей, плохо знавших даже и читать; наиболее же грамотные занимались или жизнеописаниями святых Русской Церкви, или сборниками всего, что попадалось под руки. Только три лица возвышались над современниками: преподобный Иосиф Волоцкий как учитель веры; преподобнный Нил Сорский как учитель аскетической жизни, и митрополит Макарий как составитель жизнеописания святых. При Иоанне IV по определению Стоглавого Собора (1551) заведены были в Москве и других городах народные школы, в которых учителями были священники и диаконы. При нем же в 1553 году учреждена была первая типография в Москве. Но проявлявшееся стремление к образованию было подавлено ужасами последних годов царствования Грозного и вскоре последовавшей за ними бурей самозванцев. Оно возникло вновь уже в царствование Михаила Феодоровича.
Невежество времени и укрепившиеся суеверия открыли вход в Русскую Церковь различным сектам, ересям и расколам. Из них наиболее были сильны раскол стригольников и ересь жидовствующих.
Раскол стригольников 1371 года появился во Пскове, а потом перешел и в Новгород. Основателями его были какой-то изувер Карп, стригольник (т.е. занимавшийся стрижением волос), и диакон Никита. Они утверждали, что рукоположение иереев, поставляемых по тогдашнему обыкновению с некоторой платой, не должно быть считаемо действительным, и потому истинные христиане должны их удаляться. Архиепископ Новгородский отлучил Карпа и Никиту от Церкви, а раздраженный народ утопил их в Волхове. Несмотря на то, секта еще более усилилась. Великий князь Дмитрий Донской спешил известить о том Цареградского Патриарха. Патриарх советовал не употреблять насилия и искоренить зло одним убеждением и со своей стороны отправил раскольникам увещательную грамоту. В самом деле, пастырские увещания Патриарха и посланного великим князем в Новгород Суздальского архиепископа Дионисия без труда успокоили совесть простодушных и примирили их с Церковью. Ересь прекратилась в самом начале.
Опаснее была ересь жидовствующих, начало которой положил в Новгороде жид Схария, приехавший сюда с киевским князем Михаилом. Схария был человек вообще свободного направления в вере и жизни. Его вольномыслие дало толчок вольномыслию, таившемуся в Новгороде со времен ереси стригольников. Зараженные таким образом мыслей, многие из лучших тогда светских и духовных лиц в Новгороде сблизились с Схарией и общими силами образовали ересь, которая, хотя и была названа жидовствующей, но заключалась не в одном жидовстве, а также и в различных материалистических мнениях, выросших на русской почве. Жидовствующие отвергали Таинство Святой Троицы, Божество Иисуса Христа, самую возможность Воплощения Сына Божия и действительность Его Воскресения и Вознесения; отвергали также второе Его пришествие, бессмертие души, воскресение мертвых, посты в среду и пяток, иконопочитание и святость иноческих обетов. Некоторые из жидовствующих, впрочем немногие, учили, что Христос не был Мессией, а простым человеком, что истинный Мессия еще не приходил, а потому надобно держаться закона Моисеева. Еретики вначале проповедывали свое учение втайне и успели распространить его в Москве и даже при дворе. Первый открыл эту ересь архиепископ Новгородский Геннадий. По его настоянию, 1490 года созван был Собор, и еретики были преданы проклятию. Великий князь одних направил в Новгород к Геннадию, а других сослал в заточение. Геннадий предал еретиков публичному позору. Впрочем, многие из еретиков избежали соборного суда и оставались втайне, по-прежнему, при своих мнениях. Покровительствуемые сильным в то время дьяком Курицыным, они умножились и дошли до такой дерзости, что торжественно ругались над Святой верой. Тогда снова и с силой восстали против них словом и делом Геннадий и благочестивый игумен Волоколамский Иосиф. Голос их достиг, наконец, великого князя, и в 1503 году он определил обвиненных в ереси – одних сжечь, других лишить языка и сослать в заточение, большую же часть разослать по монастырям. Ересь прекратилась.
Борьба с жидовствующими вызвала к ученой и литературной деятельности двух замечательных людей того времени: архиепископа Новгородского Геннадия и основателя Волоколамского монастыря преподобного Иосифа.