Хотя к концу февраля - началу марта 1919 г. значительная часть Башкортостана была занята красными, ожидаемой мирной передышки не получилось. В начале марта 1919 г. Колчак перешел в наступление. При помощи иностранных держав «верховному правителю России» тогда удалось довести численность своей армии до 400 тыс. человек. Армии Колчака противостояли советские войска, насчитывающие примерно 100 тыс. штыков и сабель. Особенно слабым был участок Восточного фронта, где от Архангельского завода до д. Бураево оборону держала 5-я армия. Она насчитывала примерно 12 тыс. бойцов. Поэтому в начале марта 1919 г. красные войска на Восточном фронте под давлением численно превосходящих сил противника были вынуждены отступить. 13 марта колчаковцы захватили Уфу, 4 апреля - Стерлитамак, 7 апреля - Белебей. Башревком, находившийся тогда в с. Темясово, был эвакуирован в г. Саранск, ибо ко второй половине апреля вся территория Башкортостана оказалась в руках колчаковцев. Обстановка на Восточном фронте стала для советской власти чрезвычайно сложной. «Победа Колчака на Восточном фронте, - I указывал В. И. Ленин, - создает чрезвычайную грозную опасность для Советской республики. Необходимо самое крайнее напряжение сил, чтобы разбить Колчака»297. Итак, Восточный фронт опять приобрел решающее значение для Советского государства. 10 апреля советское правительство обратилось к трудящимся с призывом «мобилизовать все силы на помощь Восточному фронту... Там решается судьба революции». 20 апреля 1919 г. ВЦИК, СНК и Совет Рабоче-крестьянской обороны приняли постановление «О призыве среднего и беднейшего крестьянства к борьбе с контрреволюцией».
Волостные исполнительные комитеты были обязаны в каждой волости немедленно мобилизовать 10-20 человек стойких, надежных и обученных военному делу мужчин. Проводились партийные, комсомольские и профсоюзные мобилизации. Так, уфимская парторганизация дала Восточному фронту 1 305 коммунистов. Только в течение апреля - июня 1919 г. Восточный фронт получил дополнительно 107 618 бойцов. На совместном совещании Реввоенсовета РСФСР и Реввоенсовета Восточного фронта, состоявшемся 10 апреля 1919 г., было принято решение о создании двух оперативных групп - Южной и Северной. В освобождении территории Башкортостана участвовали Южная оперативная группа в составе 1, 4, 5-й и Туркестанской армий. Командующим группой был назначен М. В. Фрунзе, членами Реввоенсовета - В. В. Куйбышев и Ф. Ф. Новицкий. Группа разработала план наступлений, по которому ставилась задача окружить и разгромить Западную армию Колчака, не дав возможности ей соединиться с Деникиным.
Контрнаступление Южной группы началось 28 апреля 1919 г., в ходе которого были осуществлены известные в истории Гражданской войны операции: Бугурусланская (25 апреля - 13 мая), Белебеевская (15-19 мая) и Уфимская (25 мая -19 июня). Бугурусланская операция закончилась выходом 5-й и Туркестанской армий к границам Уфимской губернии. Упорными были бои за Белебей. Там особенно отличились 25-я дивизия В. И. Чапаева и 3-я кавалерийская бригада И. Д. Каширина.
17 мая Белебей был отбит у противника. Предстояло проведение операции по взятию Уфы. В приказе от 23 мая 1919 г. Фрунзе писал: «Наш первый этап - Уфа; последний - Сибирь, освобожденная от Колчака. Смело вперед!».
В.И. Чапаев М. В. ФрунзеСоотношение сил накануне Уфимской операции было примерно одинаковое: около 40 тыс. штыков и сабель. Бои на подступах к Уфе были весьма упорными, кровопролитными. Одновременно успешные наступательные операции южнее Уфы вела 1-я армия, которая 29 мая заняла Стерлитамак, а в низовьях Белой разгромила ударный корпус белых частей 5-й армии. Затем части 1-й армии вышли северо-западнее линии Уфа-1 Ахлыстино - Топорнино.
3 июня 1919 г. части Туркестанской армии вышли к р. Белой, т. е. вплотную подошли к Уфе, окружив ее с двух сторон. Так, 25-я Чапаевская дивизия заняла участок северо-западнее от города, у д. Красный Яр, а другие части сосредоточились южнее Уфы, на левом берегу реки Белой. Форсировать здесь Белую, как это было намечено по плану, не удалось, ибо белые сумели укрепиться на высоком правом берегу реки. Поэтому было решено форсировать Белую в районе расположения I 25-й Чапаевской дивизии. В ночь с 7 на 8 июня на двух пароходиках под градом I пуль началась переправа 220-го Иваново-Вознесенского полка. За ним последовали I другие полки дивизии Чапаева. Они с ходу овладели населенными пунктами I Н. Турбаслы и Александровка. Утром 9 июня противник предпринял «психическую атаку». Но атака захлебнулась, и к вечеру того же дня бойцы Чапаевской дивизии вступили в Уфу. Отличились при освобождении Уфы 1-я бригада известного I героя Гражданской войны И. С. Кутякова, 3-я кавбригада И. Д. Каширина и др. За умелое проведение уфимской операции и личную храбрость М. В. Фрунзе и В. И. Чапаев были награждены орденом Красного Знамени.
После занятия Уфы белые отступили за отроги Уральских гор. В дальнейшем 5-я армия под командованием М. Н. Тухачевского успешно преследовала колчаковцев в северо-восточных районах Башкортостана. Так к концу июня - началу июля 1919 г. Уфимская губерния полностью оказалась в руках большевиков.
Летом 1919 г. развернулись операции красных частей в юго-восточных районах Башкортостана. Части 1-й и 4-й армий Южной группы, из которых был образован Туркестанский фронт под командованием М. В. Фрунзе, начали осуществлять разгром южной группировки Колчака. В августе 1919 г. вся территория Башкортостана оказалась в руках красных.
Башкирские национальные части, сформированные в начале Гражданской войны за счет нового набора и мобилизации, а затем также на базе башкирского белого корпуса, перешедшего в феврале 1919 г. на сторону Красной армии, активно участвовали в боях против колчаковцев на Урале, в степях Казахстана, против деникинцев на юге, польских войск - на полях Украины и Белоруссии, защищали от белогвардейцев Юденича Петроград.
Этот эпизод показан в известном фильме «Чапаев» братьев Васильевых. Речь идет о сражении чапаевцев с отборной офицерской частью под командованием генерала Каппеля. Сейчас этот факт отрицается.
Формируя национальные части, советская власть имела в виду вовлечение в защиту революции представителей ранее угнетенных народов и при этом учитывала наличие богатой боевой традиции у башкир, для которых военное дело было привычным занятием. В то же время следует отметить, что направление башкирских частей до окончательного освобождения Башкортостана от колчаковцев на другие фронты, в частности на Южный, объясняется еще и стремлением центральных и местных властей лишить Башревком опоры на военную силу коренного населения в своей борьбе за более полную самостоятельность республики. Недаром Башвоенкомат не раз выражал протесты против отправки национальных частей на другие фронты. Но важно подчеркнуть, что башкирские воины, вдохновленные признанием советской властью автономии башкир, героически сражались против белогвардейцев и интервентов. Башкирским солдатам также были понятны лозунги коммунистов о защите интересов бедных и угнетенных трудящихся масс.
Еще в июне 1918 г. СНК РСФСР и Центральный мусульманский комиссариат обратились с воззванием «Ко всем трудящимся мусульманам» за подписью В. И. Ленина, призывающим их вступить в ряды Красной армии. В июне же началась организация татаро-башкирских частей. В Уфе была создана татаро-башкирская боевая дружина под командованием известного башкирского революционера Шагита Худайбердина. Мусульманские (башкирские и татарские) красные отряды формировались в Белебее, Мензелинске, Оренбурге и в других местах. Все они в дальнейшем принимали активное участие в боях под Златоустом, Самарой, Бугульмой, Актюбинском и на других участках Восточного фронта.
Вместе с тем нигилистическое и подчас враждебное отношение местных партийных и советских органов к проекту Башкирской автономии, арест в свое время членов Башкирского правительства привели к тому, что в г. Челябинске летом 1918 г. был сформирован башкирский белый корпус, который до февраля 1919 г. сражался на стороне белых. После перехода на сторону Красной армии башкирский корпус участвовал в ее составе во многих боевых операциях.
Башкирские и татаро-башкирские части формировались в соответствии с приказом РВСР за № 615 от 5 апреля 1919 г. и подчинялись командованию Красной армии. Большое значение тогда придавалось политико-воспитательной работе. Одним из организаторов политико-просветительной работы в башкирских и татаро-башкирских частях был Ш. Худайбердин, который в 1919 г. возглавлял татаро-башкирскую секцию политотдела 5-й армии Восточного фронта.
После освобождения г. Стерлитамака началось формирование 2-го башкирского кавалерийского полка, который в июле был направлен на фронт и сражался в боях за освобождение Белорецкого и других восточных районов Башкирии от колчаковцев.
В конце августа 1919 г. под Орском на сторону Красной армии перешла кавалерийская бригада, которой командовал Муса Муртазин. В сентябре из этих частей была сформирована отдельная башкирская кавалерийская бригада, участвовавшая в дальнейшем в боях против Колчака на Туркестанском фронте. Об отваге и героизме кавбригады М. Л. Муртазина писал в своих записках М. В. Фрунзе, командовавший тогда Туркестанским фронтом.
Еще раньше, в начале июня 1919 г., в г. Саранске (с мая по август 1919 г. Баш-ревком после эвакуации находился в Саранске) были сформированы 4 башкирских полка, которые тогда были переброшены на Южный фронт, несмотря на то, что Башревком настоятельно просил Реввоенсовет и самого Ленина направлять башкирские части на Восточный фронт для участия в освобождении территории Башкортостана от колчаковцев.