На занятой белочехами и белогвардейцами территории при помощи иностранных держав и внутренних сил, недовольных политикой большевиков, был создан ряд белогвардейских и национальных правительств, в том числе Комуч (Комитет членов Учредительного собрания) в Самаре, эсеро-кадетское Уральское правительство в Екатеринбурге, Временное сибирское в Омске, белоказачье правительство в Оренбурге, а в Челябинске возобновило свою деятельность Башкирское правительство, созданное еще в начале декабря 1917 г. Большая часть территории Башкортостана оказывалась под властью Самарского Комуча, который своим уполномоченным по Уфимской губернии назначил эсера В. П. Гиневского. А в пределах Оренбургской губернии распространялась власть Временного сибирского правительства. В уездах и волостях Башкортостана распускались большевистские органы местного управления, помещичьи земли передавались прежним владельцам с оговоркой «вперед до решения Учредительного собрания». Заводы и фабрики края перешли в ведение Приуральского промышленного комитета, образованного 29 августа 1918 г. Сибирским правительством и командованием Чехословацкого корпуса. Белогвардейцы арестовывали коммунистов, советских работников и активистов. Так, с июля по ноябрь 1918 г. в Уфе было арестовано 1355 человек, в Стерлитамакском уезде - 3,5 тыс. человек. Имели место расстрелы и пытки.
После занятия белочехами и белогвардейцами Оренбурга, Челябинска, всех южных районов Башкортостана отдельные части Красной армии, красногвардейские отряды оказались в кольце белогвардейских фронтов. Эти части, попав в окружение, вели непрерывные бои. Упорный характер носили бои в г. Орске, среди защитников которого были башкирские и татарские отряды во главе с известным башкирским революционером Б. Я. Нуримановым. Летом 1918 г. в этих боях он погиб. Постепенно, с боями, красногвардейские отряды отступали в глубь Башкортостана и к середине июля 1918 г. стали стягиваться к Белорецкому заводу. Здесь сосредоточились красные войска численностью примерно 8 тыс. человек, которыми командовали В. К. Блюхер, Н. Д. Каширин, И. Д. Каширин и др.
Вторая группа красных войск, под командованием М. В. Калмыкова и В. Данберга, сконцентрировалась в районах Богоявленского и Архангельского заводов.
В начале августа в Белорецке состоялось совещание командиров и представителей южноуральских партизанских отрядов, на котором был принят план В. К. Блюхера. Он предлагал идти на соединение с Красной армией в северном направлении через Уфимскую губернию. Главнокомандующим всеми отрядами был назначен В. К. Блюхер. 3 августа 1918 г., отражая нападения белогвардейских войск, южноуральский партизанский отряд начал свой, вошедший в историю, поход по тылам врага. В районе Богоявленского завода объединенный отряд партизан Блюхера пополнился отрядами М. Калмыкова и В. Данберга, и общее число бойцов и командиров достигло к этому времени 10 тыс. человек. Оттуда, через Архангельский завод, партизаны Блюхера вышли к линии Самаро-Златоустовской железной дороги и около ст. Иглино развернули бой против белогвардейцев, вернее против частей Башкирского белого корпуса. 3-й башкирский полк под командованием Г. Тагана в ходе трехдневных боев сорвал план блюхеровцев начать наступление на Уфу.
Затем отряды Блюхера в районе д. Красная Горка форсировали р. Уфу. Эта переправа была одной из самых трудных операций партизан. 12 сентября партизанская армия В. К. Блюхера достигла района Кунгура и соединилась с войсками 3-й Красной армии Восточного фронта с дальнейшим подчинением ее командованию.
В. К. БлюхерЭтот рейд южноуральской партизанской армии под командованием В. К. Блюхера всегда считался «славной страницей» истории Гражданской войны на территории Башкортостана. За этот рейд, маршрут которого проходил, прежде всего, через населенные пункты Башкортостана, такие как Белорецк, Макарове, Богоявленский завод, Иглино, Красная Горка, Аскино, В. К. Блюхер был награжден орденом Красного Знамени № 1. В представлении РВС 3-й армии ВЦИК говорилось: «Переход войск тов. Блюхера в невозможных условиях может быть приравнен разве только к переходам Суворова в Швейцарии».
К осени 1918 г. в Башкортостане позиции белогвардейцев были еще довольно крепкими, и недаром к этому времени Уфа превращается в центр белого движения на востоке страны. Это было связано с активизацией красных частей в районе Поволжья и отсюда - с осложнением деятельности Самарского Комуча. Тогда Восточный фронт приобрел для Советского государства решающее значение. Недаром ЦК партии указывал, что «вопрос о судьбе революции ныне решается на Урале». 2 сентября 1918 г. ВЦИК объявил республику «единым военным лагерем». Оценив ситуацию, белые решили объединить свои силы. С этой целью 8 сентября в Уфе белогвардейскими организациями и правительством было созвано так называемое Государственное совещание, которое открылось в большом зале Сибирской гостиницы (ныне Уфимский гарнизонный дом офицеров). Состав совещания был довольно пестрым. В нем участвовало около 170 представителей почти всех временных белых правительств: Комуча, Уральского, Сибирского, а также национальных правительств башкир, казахов и др. Партийный состав участников совещания тоже был разношерстным: эсеры, меньшевики, кадеты, монархисты и т. д. В работе совещания участвовали представители США, Франции и белочехов. Уфимское совещание образовало коалиционную власть - Временное Всероссийское правительство, которое получило название Уфимской Директории.
Однако Директория не имела твердой опоры среди белого движения, не пользовалась особой поддержкой ни консервативного, ни демократического его крыла, в том числе национально-освободительных движений. Последнее обстоятельство объясняется тем, что Директория, желая найти опору среди реакционного генералитета, стала отмежевываться от самарских учредиловцев, приняла решение о расформировании башкирских национальных частей и не желала признать автономию Башкортостана. Все это оттолкнуло от нее так называемую демократическую контрреволюцию. Временное сибирское правительство, желавшее установить свое единовластие на востоке страны, не хотело считаться с Директорией. В связи с усилением наступательных операций красных частей Восточного фронта, в начале октября Директория бежала из Уфы в Омск. А 18 ноября 1918 г. адмирал А. В. Колчак совершил «государственный переворот»: члены Директории были арестованы, а себя он объявил «верховным правителем России». С этого времени правительство Колчака взяло под свое управление все районы на востоке страны, захваченные белыми, в том числе Башкортостан. В основе разногласий между этими «правительствами» лежал вопрос об отношении к Учредительному собранию. Дело в том, что Колчак не признавал Учредительного собрания.
В отличие от членов Директории он выступал за восстановление монархии, за «единую и неделимую Россию».
Учитывая сложившуюся тревожную обстановку на востоке страны, большевистское правительство предприняло ряд мер по укреплению Восточного фронта. Так, к концу 1918 г. в войсках Восточного фронта сражалось 25 тыс. коммунистов. По указанию центра на Восточный фронт непрерывным потоком шло пополнение, прибывали туда эшелоны с орудиями, боеприпасами. В Поволжье и на Урале было сформировано 5 армий. Задача борьбы за освобождение Башкортостана была возложена на 1-ю и 5-ю армии Восточного фронта. В начале сентября красные части Восточного фронта перешли в контрнаступление. 10 сентября Красная армия взяла Казань, 12 сентября - Симбирск, 7 октября - Самару. К началу ноября 1918г. фронт подошел к западной и северо-западной границе Уфимской губернии. 10 ноября советские войска вошли в г. Белебей. Но затем на некоторое время наступательные операции были приостановлены, красные войска оставили г. Белебей. Это было связано с укреплением белогвардейских войск за счет переброски из сибирского тыла свежих частей, например 12-й Уральской дивизии, франко-английских артиллерийских подразделений. Однако советские войска к середине декабря вновь стали активизировать свои действия, в итоге они добились взятия г. Белебея. Белогвардейцы стали постепенно отступать на восток. 28 декабря войска 5-й армии заняли ст. Чишмы. Одновременно с юга наступали войска 1-й армии под командованием Г. Д. Гая. 29 декабря они заняли г. Стерлитамак295.
В это же время части 5-й армии Восточного фронта (командующий Ж. К. Блюмберг) начали операцию по взятию г. Уфы. 31 декабря на рассвете части 26-й дивизии 5-й армии перешли по льду р. Белую и с юго-западной стороны ворвались в Уфу. В начале января советские войска овладели г. Бирском, Благовещенским заводом. Итак, к концу 1918 г. западные районы Башкортостана оказались в руках красных.
В январе - феврале 1919 г. успешные боевые операции по освобождению южным и юго-восточных районов Башкортостана провели 1-я и 4-я красные армии.
На этом этапе Гражданской войны 18 февраля 1919 г. башкирские войска, сражавшиеся летом 1918 г. на стороне белых, не найдя общего языка с Колчаком, перешли на сторону Красной армии. Это событие сыграло определенную роль в стабилизации обстановки в Башкортостане, возникли благоприятные условия для решения вопроса о самоопределении башкир на основе положений, выдвинутых советской властью.