Не всегда раскольники, крестьяне и работные люди пассивно относились к «грабительству» и «разорению», которые чинили им представители церкви. Они оказывали им часто активное сопротивление. В 1687 г. крестьяне - раскольники, вооруженные ружьями и дрекольем и имевшие даже пушки, захватили Палеостровский монастырь в Челмужском погосте Олонецкого края, уничтожили церковную утварь, монастырские жалованные грамоты и купчие крепости, а игумена Феодосия с десятью монахами связали и бросили в погреб. Для освобождения монастыря был снаряжен большой воинский отряд во главе с протопопом. Восставшие крестьяне держали монастырь в осаде в течение шести недель. После отчаянного сопротивления осажденные решили сжечь себя и монастырь. В огне сгорело около 2700 человек. В 1689 г. крестьяне - раскольники вновь захватили Палеостровский монастырь, на этот раз они владели им около девяти недель. Оказав воинскому отряду отчаянное сопротивление, во время которого было убито и ранено свыше 50 человек, крестьяне вторично подожгли монастырь, а себя предали сожжению51. В 1693 г. раскольники захватили церковь Пудожского погоста, изгнали священников и разграбили утварь. Для наказания восставших царский воевода Стрешнев послал воинскую команду с духовенством. Команде было велено сжечь крестьянские дома, а их самих отправить в тюрьму. Уйдя от отряда в деревню Строкино, крестьяне - раскольники заперлись в четырех избах и после отчаянного сопротивления предали себя сожжению, понося церковь и духовенство, называя церковь «вертепом разбойников», а священников — «волками врата адова».
Ожесточенное сопротивление царским войскам оказали в 1738 г. крестьяне -раскольники деревни Шадрино Тобольской провинции. Они превратили свою деревню в настоящую крепость и яростно сопротивлялись воинской команде, во главе которой стоял воевода Шапошников. Видя свое бессилие в борьбе с царскими войсками, раскольники затем сожглись (в огне погибло более трехсот человек). В деревне Шарташской около Екатеринбурга в июне 1761 г. 200 крестьян - раскольников встретили ножами, дубьем и кольем священников, отправившихся для борьбы с расколом, и хотели их убить. Церковников с трудом спасла воинская команда.
В результате жестокой расправы духовного ведомства с раскольниками в течение XVIII в. было сожжено 1733 человека, а всего самосожжению подвергло себя 10567 человек52. Многие крестьяне - раскольники бросали свои дома и бежали в глухие места, куда не доходили еще церковные заказчики, а также за границу - в Польшу и Литву. Бегство крестьян и работных людей наносило серьезный ущерб помещикам и заводчикам. Правительство было вынуждено принять некоторые меры против расправы духовных властей с работными людьми. В 1761 г. особым сенатским указом духовным командам был запрещен въезд в заводские поселки, а гражданским властям предписывалось не оказывать больше духовным командам содействия в розыске раскольников. Екатеринбургская раскольническая контора была переведена в Тобольск, где духовные власти продолжали свою деятельность по борьбе с расколом. И все это делалось во имя торжества православия, для подавления свободы совести.
В феврале 1762 г. Раскольническая контора была закрыта, однако преследования раскольников не прекратились. После ликвидации Раскольнической конторы самосожжение перестало быть массовым явлением, однако в отдельных случаях оно продолжалось. И в этих случаях самосожжение было часто ответом на притеснения, которые чинились по отношению к раскольникам царскими чиновниками и духовными властями. В 1764 г. в деревню Любачи Новгородской губернии прибыла воинская команда во главе с монастырским игуменом. Они потребовали от крестьян, чтобы те перешли в православие. Крестьяне сопротивлялись команде в течение двух месяцев, а затем предали себя огню. В 1771 г., как сообщил ростовский епископ Афанасий, в Островском лесу Пошехоновского уезда сожглось 14 раскольников, а в 1787 г. 53 раскольника — взрослых и детей — нашли смерть в озере Сазыкуль Екатеринбургской губернии53.
Отдельные случаи самосожжения наблюдались и в XIX в. Так, в 1812 г. на юге России крестьяне хутора Костенки в виде протеста против царской власти сожгли себя в пещере. В 1860 г. в Олонецкой губернии в срубе сгорело 15 человек, а в конце 1896 г. близ Тирасполя в Терновских плавнях Федор Ковалев заживо закопал 25 человек «ради их спасения и избавления от власти антихриста».
Суровые преследования раскольников осуждались прогрессивными деятелями того времени. Они писали, что «духовенство... исполнилось гордыней, вооружилось ненавистью и гневом, что оно свирепствует над народом, заставляет его итти в ссылку и даже на смерть». Даже некоторые представители духовенства вынуждены были признать, что безмерная строгость церковников, подвергавшая народ унижению, бесчестию, потере имущества, жен и детей, а часто и жизни, вызывала ненависть к духовенству и сопротивление54.
Несмотря на сопротивление со стороны церкви, массовый террор к раскольникам стал ослабевать. К этому времени раскол перестал быть оппозиционным течением и в значительной степени утратил характер социального протеста против феодально - крепостнической эксплуатации. Идейное руководство расколом перешло в руки зажиточных элементов. Раскол превратился в одну из форм церковной организации, которой вершили эти зажиточные элементы. Несмотря на протесты духовенства, правительство было вынуждено ликвидировать Раскольническую контору и отпустить содержащихся в тюрьмах раскольников, освободить их от уплаты двойного подушного оклада. Это не мешало, впрочем, вновь возбуждать против людей, не желавших подчиниться господствующей церкви, жестокие преследования. Так, в августе 1799 г. в Новороссийской губернии около 30 духоборов были сосланы в Екатеринбург навечно в каторжную работу. Их велели содержать скованными и использовать на наитягчайших работах, чтобы они, как сказано в синодском указе, «отвергающие вышнюю власть на земле, восчувствовали, что есть на земле эта власть»55.
В начале XIX в. раскольников насчитывалось более миллиона. Правительство было вынуждено считаться с этим и предоставить раскольникам некоторые гражданские права и, по крайней мере формально, даже право исповедовать свою веру. Гонения на раскольников, однако, не прекратились. Защищая привилегии господствующей церкви, правительство запрещало «внешнее оказательство раскола», т.е. его открытое исповедание, рассматривая это как «нарушение общего благочиния и порядка». Представители церкви зорко следили за теми, кто отказывался от исповеди и причастия по религиозным соображениям. Борьбу с расколом вели мерами полицейского порядка. Гражданские власти обязаны были содействовать православной церкви в охранении ее господствующего положения и «незыблемости самой веры». С этой целью запечатывались раскольнические часовни, уничтожались чтимые раскольниками мощи, преследовались собрания верующих как «публичное оказательство раскола»56. Во многих губерниях были организованы особые секретные комитеты по делам раскольников. Эти комитеты продолжали борьбу с расколом, стремясь его искоренить или хотя бы ограничить. Такой же секретный комитет был создан и при Синоде. Раскольников продолжали ссылать в отдаленные места, разлучали с семьями, разрушали их хозяйства. Солдат, перешедших из православия в раскол, судили военным судом и подвергали тяжким наказаниям. Так, в 1844 г. севастопольский военный суд судил 20 солдат за отход от православия. Часть солдат забили до смерти шпицрутенами, прогнав через строй в 500 человек, остальных пороли розгами57.
Раскольники и сектанты считались неполноценными гражданами. Им запрещалось в некоторых губерниях владеть землей, не разрешалось открывать школы и учить детей грамоте, они не принимались на государственную службу, им ставились ограничения при прохождении военной службы, у них отбирали детей и, под предлогом воспитания в православной вере, ссылали в монастыри. Упорствующих преследовали в административном порядке, отправляли в ссылку. Браки раскольников, рождения и смерть долгое время не регистрировались. Одной из мер борьбы с расколом было уничтожение раскольнических молитвенных домов и монастырей. Так, в 1835 г. в иргизский Средненикольский монастырь прибыл архимандрит православного монастыря с воинским отрядом и разгромил его. Раскольники пытались оказать сопротивление, но оно было подавлено, многие участники его преданы военному суду.
Разгрому подверглись и старообрядческие церкви. За 1842-1852 гг. было уничтожено и закрыто 494 молитвенных дома, в 1856 г. были запечатаны алтари старообрядческого центра — московского Рогожского кладбища (они были распечатаны только в 1905 г., т.е. через 50 лет)58.
Раскольников обвиняли в том, что, не признавая официальной церкви, они выступают против царской власти и являются носителями революционных идей. Московский митрополит Филарет подозревал раскольников в желании отделиться от государства. Охрану православной церкви он считал «коренным правилом» православного государства, в раскольниках же и сектантах видел врагов не только церкви, но и государства.
Такое же отношение к раскольникам (старообрядцам) проявлялось и после подавления первой русской революции. Представители церкви усматривали в общинах старообрядцев социально - политический характер и пропаганду социал - демократических идей. Конечно, такое обвинение не имело под собой никакой почвы, так как старообрядческие вожди не переставали клясться в верности самодержавию59. Старообрядческие руководители горячо возражали против придания их религиозным стремлениям противоправительственного и тем более революционного характера и всюду заявляли о своей преданности самодержавию. Когда А.И. Герцен гневно осуждал церковь и царское правительство за их нетерпимое отношение к старообрядцам и сектантам, старообрядческие вожди ответили Герцену на это анафемой и назвали его «антихристовым предателем». Старообрядческий митрополит Кирилл в своей грамоте старообрядческим архиереям от 24 февраля 1869 г. призывал русских раскольников показать царю свое благоразумие, удалиться от всех его врагов и особенно от «злокозненных изменников, находящихся в Лондоне и возмущающих народ своими писаниями», т.е. от Герцена60.