В Сибири среди остяков и вогулов огнем и мечом действовал сибирский митрополит Филофей Лещинский. Этот инквизитор разрушал нехристианские кладбища, рубил и сжигал капища, возводя вместо них часовни, силой обращал сибирские народы в православие, угрожая в случае отказа смертью. Вогулы и остяки отвергали попытки церковников задобрить их льготами по уплате ясака и подарками. «Лестью хотите отвратить лас от древней нашей веры, разорить и уничтожить нас, — говорили они. — Головы свои положим, но этого не допустим»3. Несмотря на сопротивление местных народов, Филофей обратил в православие свыше 40 тысяч человек. В качестве одной из приманок для крещения применялось освобождение новокрещен от наказания за совершенные ранее проступки. Например, в 1723 г. за нежелание принять участие в переписи марийцы были приговорены к нещадному наказанию. Чтобы избежать наказания, 545 крестьян - марийцев согласились креститься4. Однако крестьяне — новокрещены не хотели посещать церкви, выполнять церковные обряды. В ответ на жесточайшие наказания крестьяне сжигали церкви и дома священников, поднимали восстания. Таковыми были, например, восстание башкир 1704-1708 гг., слившееся с булавинским восстанием 1707-1708 гг., восстание березовских вогулов и остяков 1707 г. и др. Восстания потерпели поражения, и многие башкиры и другие народы нерусской национальности, захваченные в плен, были приговорены к смерти. Спасая свою жизнь, башкиры и другие народы соглашались перейти в православие. За обратный же переход в мусульманство их сжигали на кострах как вероотступников.
В 1735г. в районе Екатеринбурга на Урале вспыхнуло восстание башкир, вызванное социальным гнетом и насильственным крещением. После разгрома восстания многие участники были казнены, многие сосланы в каторжные работы, башкирские деревни были разорены до основания. Расправляясь так жестоко с восставшими, правительство и церковь обещали пощадить жизнь тем из них, кто примет православие. Многие восставшие шли на это, хотя продолжали относиться враждебно к православию и его служителям. Среди крестившихся поневоле был и башкир Тойгильда Жуляков, вскоре перешедший вновь в мусульманство. Тойгильду обвинили в том, что он, приняв мусульманство, «богу, закону его... учинил великое противление и ругательство». Его привезли в Екатеринбург, и здесь, на площади, по распоряжению главного командира уральских, сибирских и казанских заводов В.Н. Татищева, на страх другим в присутствии всех новокрещен сожгли. Детей Тойгильды наказали розгами и раздали в русские семьи5. В июне 1740 г. за переход в мусульманство сожгли известного рудознатца казака Исаева. Перед смертью он заявил, что знает, где находится серебряная руда. Это ему не помогло: в назидание другим Исаев был сожжен6.
В башкирских восстаниях 1745 и 1755 гг. против феодально-крепостнического гнета, осложненного еще национальными притеснениями, также наблюдался протест против насильственной христианизации. В воззваниях предводителя восстания 1755 г. Батырши указывалось на невыносимое положение мусульман, на тяжелые условия работы на заводах. Батырша призывал насильственно крещенных башкир выступать заодно с «истинными мусульманами»7.
Для расширения миссионерской деятельности православной церкви в 1738 г. при свияжском Богородицком монастыре была организована Новокрещенская контора. Она ставила своей целью «умножение христианского закона» среди мусульманского населения Поволжья «для вятщего утверждения в вере». Это была настоящая инквизиторская организация. Наделенная большими полномочиями, контора насаждала православие среди народов нерусской национальности не стесняясь в средствах. Новокрещенская контора действовала до 1764 г., т.е. 26 лет, и за эти годы вызвала всеобщую ненависть и возмущение. Посылаемые в татарские и башкирские деревни священники-миссионеры, эти, по словам В. И. Ленина, «жандармы во Христе» под видом «спасения неверных душ» проводили политику угнетения нерусских народов. Они заставляли их креститься, подвергали смертельным побоям, разоряли их хозяйства, а доносчиков награждали. Руководивший Новокрещенской конторой архимандрит Сильвестр старался оправдать кровавый террор, проводившийся его инквизиторами. Но возмущение деятельностью Сильвестра было так велико, что Синод был вынужден назначить вместо него другого. Не лучше был и новый инквизитор Лука Конашевич. Он разрушал татарские мечети, на их месте строил церкви, подвергал татар-мусульман жестоким наказаниям, заточал в тюрьмы, разорял их дома и деревни. Синод поддерживал своего ставленника, проклиная мусульман и мусульманское учение, называя Магомета «самым студным лживым пророком» (указ от 24 декабря 1750 г.). Деятельность Луки Конашевича вызвала глубокое возмущение. Татары писали в своих жалобах, что если их будут и дальше принуждать креститься, они оставят свои дома и деревни и уйдут в леса. Луку Конашевича перевели в Белгород епископом, но память об этом жестоком инквизиторе осталась надолго. В народном предании рассказывается, что Лука Конашевич стремился всех татар превратить в русских и что по жалобе татар министры осерчали на него и сослали в Сибирь8.
Не меньшее возмущение вызвала деятельность другого представителя Синода, стоявшего во главе Новокрещенской конторы, епископа Дмитрия Сеченова. Татары и башкиры жаловались, что Сеченов силой принуждал их креститься, погружая в купель связанными, держал многих в тюрьме под караулом в кандалах и колодках и подвергал мучительным побоям. Действуя на основании указа Синода от 14 февраля 1743 г., Сеченов сжигал мусульманские кладбища и молельни, разорял крестьянские дома, рубил в них окна и двери, выламывал печи. В результате крестьяне пришли «в конечное разорение». С такими же жалобами обращались чуваши Ядринского и Курмышского уездов на инквизитора игумена Неофита, на курмышского протопопа Куприяна и др.9, но эти жалобы успеха не имели: Синод своих инквизиторов не давал в обиду. Действуя огнем и мечом, Сеченов за один год сумел обратить в православие свыше 17 тысяч татар. Его перевели в Нижний Новгород, и здесь за четыре года он заставил принять православие более 30 тысяч человек. За свою «деятельность» и за поддержку Екатерины II во время дворцового переворота этот инквизитор был щедро награжден: он получил в личное владение тысячу душ крепостных, богатые денежные подарки и стал первоприсутствующим членом Синода10.
Центром насильственной христианизации татар был также казанский архиерейский дом, которому в середине XVIII в. принадлежало до четырехсот населенных пунктов.
Пропаганда ислама и тем более обращение в мусульманство запрещались под страхом смерти. Нельзя было строить новые мечети, старые же разрушались. Только при епископе Луке Конашевиче за 1738-1758 гг. из 536 мечетей Казанской губернии было разрушено 418. В Сибири из 133 мечетей осталось 3511. Детей татар и башкир, обратившихся в ислам, отбирали у родителей и раздавали новокрещенам. На татар и чувашей миссионеры напускали воинские отряды — «обжорные команды», которые разоряли их постоями, чинили всяческие обиды. Крестившимся крестьянам нерусской национальности предоставлялись некоторые льготы: они освобождались от холопства, от уплаты податей (на три года), ими не могли более распоряжаться неправославные помещики. Зато подати некрещеных крестьян возрастали, что делало их положение еще более тяжелым. Крестьян - новокрещен поселяли в одном месте, некрещеных же татар выселяли, разоряя их хозяйство. На землях некрещеных татар организовывались новые монастыри — Спасо- Юнгинский, Седмиозерский, Раифский и др.
Протесты крестьян-мусульман против деятельности духовенства принимали различные формы: это были жалобы на священников в Синод и к правительству, восстания, в которых протест против насильственной христианизации сочетался часто с протестом против феодально-крепостнического гнета. Кроме того, крестьяне-мусульмане непосредственно расправлялись с ненавистными им священниками, избивали и убивали их. Бывали случаи, когда крестьяне обращались за помощью к мусульманам, жившим за рубежом.
В 1751 г. татары подали жалобу на «несносные обиды», чинимые им митрополитом Сильвестром. Они писали, что Сильвестр крестил их насильно, держал их в оковах на монастырском дворе, вместе с женами и детьми, морил голодом, пока они не согласятся креститься. В Царевококшайском уезде крестьяне деревни Кошки обложили соломой избу, где находился с командой поп Георгий Давыдов, и подожгли ее. Миссионера спас подоспевший воинский отряд. В Вятской провинции крестьяне избили иеромонаха Вениамина Григоровича; его с трудом освободила из рук крестьян конвойная команда. Восставшая мордва убила миссионера Алексея Мокеева и пыталась убить также Дмитрия Сеченова. С дубьем и цепами напали чуваши на протопопа Георгия Давыдова12.
Царские чиновники, борясь с массовым бегством и возмущениями крестьян нерусской национальности, в некоторых случаях пытались обуздать духовные власти, руководившие христианизацией. Так, в 1751 г. оренбургский губернатор просил Сенат запретить священникам крестить башкир силой, а также отсылать их в тобольскую консисторию. Он писал, что деятельность миссионеров разоряет башкир и наносит большой вред интересам помещиков и государства. С такими же требованиями обращались и уральские заводчики, так как бегство работных людей и насильственные меры духовенства неблагоприятно отражались на заводских работах. Правительство было вынуждено прислушаться к этим жалобам. В Казанскую губернию послали с особыми полномочиями подполковника Свечина и поручили ему проверить на месте причины разорения татар. В своем «Экстракте» о разорении крестьян, «восприявших закон греческий не по желанию, а по принуждению», Свечин писал, что священники-миссионеры ездили будто бы учить новокрещен закону божьему, на самом же деле собирали с новокрещен деньги, требовали продукты и пушнину, делали «прицепки» за незнание молитв, под угрозой ареста вымогали деньги. Чтобы заставить татар креститься, миссионеры рубили в крестьянских домах окна и двери, ломали печи, «без всякого милосердия» избивали плетьми, заковывали в кандалы, отправляли в тюрьму на тяжелые монастырские работы13.