Советская республика оказалась в кольце фронтов. В Прибалтике, Белоруссии и на Украине находились германские войска; на Дону и Северном Кавказе — войска Краснова и Деникина; в Закавказье — германо-турецкие войска и местные националисты; Север, Поволжье, Урал, Сибирь, Дальний Восток — в руках Белой гвардии и войск Антанты. Туркестан был отрезан от Советской России. Во второй половине августа 1918 г. войска Восточного фронта (командующий С. С. Каменев) с трудом остановили наступление противника, а с 5 сентября перешли в наступление, которое продолжалось до февраля 1919 г., когда был освобожден Оренбург и восстановлена связь с советскими войсками Туркестана. Противник, захватив в Казани золотой запас республики, отступил за Урал, где столкнулся с партизанскими армиями И. Кожевникова и В. К. Блюхера.
В ноябре 1918 г. в Омске бывший командующий Черноморским флотом адмирал А. В. Колчак отстранил от власти Уфимскую директорию, членом которой он был, установил в Сибири военную диктатуру («колчаковщину»). Он провозгласил себя «верховным правителем российского государства» и верховным главнокомандующим русской армии. В качестве такового он был признан как руководством стран Антанты, так и другими вождями белого движения. Колчак стал готовить новые силы для похода на Москву, включив в их состав остатки чехословацкого легиона.
В октябре 1918 г. главным фронтом республики стал Южный фронт (командующий П. П. Сытин). На юге России Добровольческая армия генерала А. И. Деникина захватила Кубань, а Донская казачья армия атамана П. Н. Краснова, овладев Донской областью, несколько раз пыталась взять Царицын и перерезать Волгу. Войска Южного фронта терпели неудачи. Положение обсуждалось в ЦК РКП (б), который в ноябре 1918 г. принял специальное постановление «Об укреплении Южного фронта». ЦК призвал военное командование «железною рукою, красным террором» заставить личный состав выполнять боевые приказы любой ценой, «не останавливаясь ни перед какими жертвами». Под руководством новых командующих (с ноября — П. А. Славен, с января 1919 г. — В. М. Гиттис) войска Южного фронта отбросили от Волги и разбили казаков Краснова. Их остатки влились в состав образованных Деникиным Вооруженных сил юга России (ВСЮР).
На втором этапе гражданской войны Советская республика оказалась в двойственном положении. С одной стороны, поражение Германии в мировой войне привело к уходу ее войск почти со всех оккупированных областей. Их заняли войска Красной армии. Советская власть была восстановлена на Украине, в Белоруссии, на большей части Прибалтики. В ноябре-декабре 1918 г. были образованы новые советские республики: Эстонская («Эстляндская трудовая коммуна»), Литовская, Латвийская. 1 января 1919 г. большевики создали Белорусскую советскую социалистическую республику. В феврале 1919 г. Литва и Белоруссия объединились в единую Литовско-Белорусскую ССР (Литбел). Объединенное правительство возглавил лидер литовских коммунистов В. С. Мицкявичус-Капсукас.
С другой стороны, положение Советского государства с военной точки зрения обострилось. Победив в мировой войне, страны Антанты освободили значительные силы. В Лондоне и Париже возобладали намерения собственными силами задушить русскую революцию в колыбели, отодвинув силы русской контрреволюции на второй план. Представители русской политической эмиграции во главе с бароном . В. В. Меллер-Закомельским, собравшись в ноябре 1918 г. в Яссах (Румыния) на объединенное совещание, поддержали намерения стран Антанты. Более того, они призвали союзные вооруженные силы немедленно прийти на Юг России, подавить советскую власть, восстановить «единую и неделимую Россию» в границах до 1914 г., но без Польши.
Военное командование Антанты разработало план нанесения по советским республикам одновременных ударов с севера, востока и юга. Для этой цели были созданы военные соединения общей численностью более 300 тыс. чел. Главный удар намечался по Крыму и Украине силами 12-15 дивизий союзников. Однако совместный поход сорвался. Военный министр Великобритании У. Черчилль, ссылаясь на антивоенные настроения в стране и войсках, заявил, что английские войска смогут на русском Севере лишь удерживать Мурманск и Архангельск, а на юге (Кавказ) — Баку и Батум. На большее Великобритания не была готова, но обещала помочь материально.
В Сибири и на Дальнем Востоке войска стран Антанты объединились под командованием французского генерала М. Жаннена, но в наступление также не пошли. Колчак же, став верховным главнокомандующим, только овладевал ситуацией, копил силы, разрабатывал планы. Японцы и американцы в остром соперничестве за зоны влияния ограничились борьбой с дальневосточными партизанами.
Наиболее воинственной оказалась Франция, но и она смогла высадить на юге России и Украины лишь 2 французских и 1,5 греческих дивизии и небольшие подразделения сербов, румын, поляков общей численностью около 60 тыс. чел. В ноябре-декабре 1918 г. эти войска заняли Новороссийск, Севастополь, Одессу, Николаев, Феодосию, Херсон. Силами Украинского фронта (командующий В. А. Антонов-Овсеенко) интервенты к апрелю 1919 г. были отброшены с Украины к морю. 19-27 апреля в Крыму во французской эскадре началось восстание моряков, подготовленное группой революционных матросов во главе А. Марти. Моряки требовали прекратить интервенцию и вернуть их на родину. Черноморское восстание во французском флоте в апреле 1919 г. — самое значительное революционное выступление в войсках интервентов, яркое свидетельство солидарности французских моряков с русской революцией. Французское командование было вынуждено эвакуировать свои войска, которые уносили из России «бациллу большевизма». «Мы у нее отняли ее солдат», — так охарактеризовал Ленин события во французском флоте, называя их «самой главной победой» над Антантой.
На третьем этапе, в 1919 г. на долю РСФСР и братских с ней республик выпали наиболее серьезные военные испытания в борьбе против войск Колчака, Деникина, Юденича.
Военный опыт 1918 г. заставил руководство партии большевиков отказаться от дооктябрьского программного положения о замене постоянной армии всеобщим вооружением народа (милиционной армией). Оно убедилось в необходимости иметь регулярную, кадровую, хорошо обученную, строго дисциплинированную армию с централизованным управлением и партийным руководством. Сторонники прежнего курса организовали «военную оппозицию» (А. С. Бубнов, К. Е. Ворошилов, Ф. И. Голощекин, А. Ф. Мясников, Г. Л. Пятаков, В. М. Смирнов, Г. И. Сафа-ров, Е. М. Ярославский и др.). Опираясь на собственный военный опыт, они выступили против кадровой, жестко дисциплинированной армии, смертной казни, военспецов, за партизанские методы войны, выборность командного состава и др.
В марте 1919 г. на VIII съезде РКП (б) «военная оппозиция» потерпела поражение. В частности, в докладе ЦК партии по военному вопросу, с которым по заданию Ленина выступил Г. Я. Сокольников, требование оппозиции не привлекать в Красную армию бывших офицеров сравнивалось с требованием «левых коммунистов» в 1918 г. не привлекать инженеров на фабрики и заводы.
Летом 1919 г. было окончательно централизовано не только управление РККА РСФСР, но и командование вооруженных сил всех советских республик. 1 июня в кабинете нового председателя ВЦИК М. И. Калинина (избран после смерти Свердлова в марте 1919 г.) руководители пяти советских республик приняли решение объединить республиканские армии в единую РККА. Согласно декрету ВЦИК от 1 июня 1919 г. о военном союзе России, Украины, Латвии, Литвы и Белоруссии (в Эстонии советская власть к тому времени пала) создавалось единое военное командование и единое управление важнейшими отраслями народного хозяйства (транспорт, военная промышленность и др.). Декрет оформил военно-политический союз советских республик. Это произошло в разгар боев с Колчаком, который в марте развернул поход многотысячной армии на Москву.
В апреле 1919 г. военное командование Антанты поставило перед Колчаком и Деникиным задачу объединиться для совместного похода на Москву. Вожди белого движения задачу не решили. Первым в марте из Сибири выступил А. В. Колчак. К концу апреля его войска отрезали Туркестан, подошли к Самаре, Симбирску, Казани. Слабость похода заключалась в том, что большая часть войск висела на тонкой нитке Сибирской железной дороги.
Для РСФСР Восточный фронт снова, как и в 1918 г., стал главным. Для его усиления были проведены партийная, комсомольская, профсоюзная мобилизации, организованы коммунистические субботники в помощь фронту. Бесплатный труд на благо республики Ленин назвал «великим почином».
В конце апреля 1919 г. южная группа войск Восточного фронта под командованием М. В. Фрунзе нанесла первое поражение противнику и перешла в наступление, которое в июне развернулось по всему фронту. Оно прошло в два этапа. На первом (июнь-август) были освобождены Поволжье и Урал, на втором (август 1919 г. — январь 1920 г.) — Сибирь.
В июле 1919 г. главком вооруженных сил И. И. Вацетис за попытку остановить наступление Восточного фронта был снят с должности. На нее был назначен С. С. Каменев. Командовать фронтом поручили М. В. Фрунзе (июль-август), затем — В. А. Ольдерогге (август 1919 г. — январь 1920 г.). Под их командованием войска Восточного фронта завершили разгром войск адмирала А. В. Колчака. Сам адмирал в конце 1919 г. бежал из Омска, но был задержан белочехами. Вчерашние подручные выдали его меньшевикам, те — большевикам. По постановлению большевистского Иркутского ревкома 7 февраля 1920 г. 47-летний Колчак был расстрелян. Из организаторов и вождей белого движения Колчак стал четвертым (после Каледина, Корнилова, Алексеева), сгоревшим в огне гражданской войны. Полномочия верховного главнокомандующего он снял с себя 4 января 1920 г. в пользу генерала А. Й. Деникина.
В июле 1919 г. главным стал Южный фронт. К этому времени войска Деникина захватили Северный Кавказ, Украину, юг России, перерезали Волгу в районе Царицына, однако с войсками Колчака соединиться не успели. 3 июля Деникин издал «московскую директиву», назвав конечной целью наступления взятие Москвы. Удар наносился по кратчайшему направлению — через Курск, Орел, Тулу. Деникин шел под знаменем восстановления «единой и неделимой России». Это оттолкнуло от него потенциальных союзников, националистов бывших окраин России — Польши, Финляндии, Литвы, Латвии, Эстонии, украинских националистов во главе с С. В. Петлюрой. В тылу дени-кинских войск развернулось партизанское движение. Высшим достижением Деникина стало взятие 13 октября Орла.