После возвращения Ивана IV в Москву началось следствие по выявлению антигосударственных связей новгородского архиепископа Пимена и новгородских приказных людей с московскими боярами. В результате летом 1570 г. в Москве жестокой казни подверглось несколько десятков человек. Им инкриминировалась подготовка заговора с целью передачи Новгорода и Пскова литовскому королю, подготовка убийства царя, стремление возвести на престол В.А. Старицкого. Пала боярская группировка, создававшая опричнину. Погибли отец и сын Басмановы, М. Черкасский, А. Вяземский. Во главе опричнины стали теперь М. Скуратов и В. Грязной, получившие чин думных дворян. Однако скоро царь вынужден был отменить разделение страны на две части. Предпосылкой для этого стали следующие события.
В 1571 г. совершил набег на Москву крымский хан Девлет-Гирей. Опричники, которым было поручено держать заслон на берегу Оки, в большинстве своем не вышли на службу. Благодаря предательству перебежчиков – детей боярских, хан Девлет-Гирей смог обойти ждущие его земские войска и один опричный полк, форсировал Оку и двинулся к Москве. Но русские воеводы опередили хана. 23 мая они подвели свои войска к столице.24мая к Москве подошли и татары. Девлет-Гирей не стал осаждать город, а поджег предместья. Ясная, сухая погода, сильный ветер способствовали распространению пожара. Москва выгорела за три часа. Источники свидетельствуют, что погибло до 800000 человек (видимо, эта цифра преувеличена). Начались переговоры с татарами. Русские дипломаты были готовы уступить Астрахань, но Девлет-Гирей требовал и Казани. Чтобы сломить волю Ивана IV крымский хан решил повторить набег на следующий год. Однако российская сторона смогла серьезно подготовиться к отражению удара. Во главе войск был поставлено опытный военачальник князь М.И. Воротынский. И земские, и опричные вооруженные формирования объединялись. В конце августа на берегу реки Лопасни у села Молоди (50 км. Южнее Москвы) ханские войска несмотря на двукратное численное превосходство, были разбиты.
Иван IV понял опасность разделения страны и войска на две части. В 1572 г. опричнина была отменена. И территория, и войско стали едиными. Правда, рецидив опричнины имел место в 1575 г. Царь принял титул князя Московского, а великим князем всея Руси был объявлен касимовский хан Симеон Бекбулатович (до крещения Саин-Булат). Иван IV как простой боярин ездил к великому князю всея Руси на поклон, свои распоряжения посылал Симеону в виде челобитных, подписываясь «князем московским Иванцом Васильевым», который бьет челом «с своими детишками», с царевичами. Сущность этого, как писал В.О. Ключевский, «политического маскарада» не совсем понятна. Симеон Бекбулатович правил царством два года, после чего был отослан в Тверь. Ясно, что никакой самостоятельной роли эта политическая фигура не играла.
В годы опричнины Иван IV продолжал поводить активную внешнюю политику. Победа при Молодях на много лет устранила Крымскую угрозу, позволила сохранить Казань и Астрахань в составе российского государства. Успешными были и внешнеполитические акции на Востоке. В Западной Сибири находилось так называемое Сибирское ханство. Состав этого государственного образования был многонациональным: сибирские татары, ханты, манси, зауральские башкиры и др. Еще в 50-е гг. XVI в. хан Едигер признал вассальную зависимость от русского царя. Но его преемник Кучум начал борьбу с Россией. Иван IV поставил задачу присоединения Сибири. Активную помощь правительству оказали фактические хозяева среднего Приуралья – купцы-промышленники Строгановы. Они получили от царя грамоты на владение землями по р. Тоболу. Около 1581-1582 гг. (в историографии нет единого мнения относительно данной даты) сформированный Строгановыми отряд (600-800 человек) во главе с казачьим атаманом Ермаком, выступил против Сибирского ханства. Кучум был разбит, столица его государства – Кашлык (Искер) – взята. Население присоединенных земель должно было платить натуральный оброк мехом – ясак. В 1584-1585 гг. Ермак погиб в бою. Но колонизацию русским крестьянством восточных земель остановить уже было невозможно. В 80-90-е гг. XVI в. Западная Сибирь вошла в состав России.
Достаточно успешно для России развивались события и в принявшей затяжной характер Ливонской войне. В 1569 г. в Люблине была заключена государственная уния между Великим княжеством Литовским и королевством Польским. Создавалось единое государство – «Речь Посполитая» (республика), во главе которой стоял избираемый польскими и литовскими феодалами король. После смерти в 1572 г. бездетного Сигизмунда II Августа началась борьба за власть. Иван IV умело воспользовался смутой в Речи Посполитой. Им было создано вассальное «Ливонское королевство» во главе с датским принцем Магнусом (женат на уцелевшей дочери В.А. Старицкого Марии). Русские войска заняли много городов и осадили Ревель. Швеция заключила перемирие с Россией. Но в 1575 г. в Речи Посполитой к власти пришел талантливый полководец, трансильванский князь Стефан Баторий. За короткий период времени ему удалось укрепить польско-литовское государство (к этому времени русские войска контролировали почти всю Ливонию) и перейти в наступление. На сторону Речи Посполитой перешел Магнус. В 1579 г. возобновила военные действия и Швеция. Стефану Баторию удалось взять Полоцк, великие Луки, в 1581 г. был осажден Псков. Шведские войска занли Нарву. Только героическая оборона Пскова, в ходе которой было отбито 30 штурмов и совершено 50 вылазок против противника, сорвала планы дальнейшего наступления на Россию. В 1582 г. в Яме-Запольском было заключено перемирие с Речью Посполитой, в 1583 г. в Плюсе – со Швецией. Россия утратила практически все свои приобретения в Ливонии и Белоруссии (правда, некоторые захваченные Баторием города, в том числе, Великие Луки, были возвращены Ивану IV). К Швеции перешла большая часть побережья Финского залива, города Корела, Ям, Нарва, Копорье. Таким образом, итогом внешней политики Ивана IV в опричный период стало продвижение границ страны на восток за счет присоединения земель Западной Сибири и поражение в Ливонской войне.
Итоги внутренней политики были еще менее утешительными. Усилились деспотические черты российского самодержавия. Опричнина не изменила структуру феодальной собственности на землю. Хотя и была подорвана политическая роль боярской аристократии, боярско-княжеское землевладение сохранилось. Изменился лишь персональный состав феодалов-землевладельцев.
Опричные репрессии, рост налогового гнета в связи с Ливонской войной, набеги крымского хана, походы Стефана Батория, эпидемия чумы вызвали хозяйственный кризис («поруха» 70-80-х гг. XVI в.). Центр и северо-запад страны были опустошены. Помещики в этих условиях не могли выполнять свои служебные обязанности, а государству не доставало средств для ведения войны и управления страной. Выход из кризиса правительство нашло в административных мерах. В ответ на бегство крестьян в 1581 г. вводятся «заповедные лета» (от слова «заповедь» - запрет). Был запрещен крестьянский переход даже в Юрьев день. Имеющиеся источники не позволяют ответить на вопросы: вводились ли заповедные годы на территории всей Руси или только в отдельных землях? Подтверждался ли указ об их действии каждый год или запрет действовал «до государева указа»? Но все исследователи сходятся в одном мнении, что введение «заповедных лет» стало важным шагом на пути к оформлению крепостного права в России. Таким образом, правление Ивана IV Грозного во многом предопределило дальнейшие процессы в стране: и хозяйственный кризис, и установление крепостного права, и даже Смуту.
Осмыслению событий, имевших место во время правления Ивана IV Грозного, посвящена обширная научная, научно-популярная и даже художественная литература. Как правило, все исследователи отмечают прогрессивный характер реформ, проведенных царем в конце 40-х – 50-е гг. Повысилась централизация и эффективность управления, произошло оформление государственного аппарата России, носившего до этого времени черты великокняжеского управления. Началось формирование сословно-представительной монархии, которая в дальнейшем, при продолжении структурных реформ, могла приобрести, как считают некоторые историки, «человеческое лицо».
Что же касается социальной сущности и последствий опричнины, то по данным вопросам единства мнений среди исследователей нет. В XX в. в отечественной историографии доминировала концепция С.Ф. Платонова. На взгляд известного российского историка, опричнина являлась формой борьбы с главным противником централизации государства – княжеско-боярской аристократией. В результате опричнины было подорвано могущество старой знати – боярства в пользу новой знати – поместного дворянства. Справедливости ради следует отметить, что исследователи, работавшие в рамках данной концепции, ставили вопрос и о том, всякие ли средства хороши при достижении, как казалось, благой цели.
Историки С.Б. Веселовский, А.А. Зимин, В.Б. Кобрин и др. подвергли критическому анализу концепцию С.Ф. Платонова. По их мнению, опричнина ликвидировала лишь незначительные остатки удельной системы, практически сохранив существующую социальную организацию. Она не являлась антибоярской политикой. Среди опричников было много представителей аристократических родов. К тому же на одного казненного боярина приходилось три-четыре рядовых землевладельца, а на одного представителя привилегированных служилых землевладельцев – десяток лиц из низших слоев. По мнению названных выше историков, не корректным является противопоставление «реакционного» боярства и «прогрессивного» дворянства. Бояре являлись княжескими слугами высокого ранга, мало общего имевших с западной аристократией. Не случайно на Руси было мало боярских замков, которые на Западе создавали основу военной и политической автономии его владельца. В случае военной угрозы бояре вместе с дворянами защищали свое княжество. Экономически они также не были заинтересованы в сепаратизме, т.к. их владения располагались чаще всего не компактно, а в нескольких уездах. Исходя из этих рассуждений делался вывод (ставший популярным в так называемой «постсоветской» историографии) о том, что учреждая опричнину Иван IV стремился лишь к усилению своей личной власти.