Сенат был руководящим контролирующим органом, но и за его деятельностью был установлен надзор. С 1715 г. за работой Сената следил сенатский генерал-ревизор (надзиратель указов), затем сенатский обер-секретарь и штаб-офицеры гвардии и, наконец, с 1722 г. генерал-прокурор (П. И. Ягужинский) и обер-прокурор, которым подчинялись прокуроры во всех других учреждениях. Генерал-прокурор контролировал работу Сената, его аппарата, канцелярии, принятие и исполнение всех его приговоров, их опротестование или приостановление.
Генерал-прокурор и его помощник обер-прокурор подчинялись только царю, подлежали только его суду. Действуя через подчинённых ему прокуроров (гласный надзор) и фискалов (тайный надзор), генерал-прокурор выступал как «око царево и стряпчий о делах государственных».
Новое положение о Сенате 1722 г. зафиксировало его статус как высшего государственного учреждения империи. Сенат стал послушным орудием в руках монарха в деле управления страной. Но в его ведении оказалось слишком много повседневной, черновой работы. В связи с этим назрела необходимость коренным образом перестроить всю систему центральных государственных органов. Взамен сложного и неповоротливого аппарата приказов и канцелярий с их расплывчатыми функциями и параллелизмом в работе был разработан проект создания центральных ведомств с четким разграничением сфер управления. Реформа 1717 – 1721 гг. упразднила приказы и канцелярии и ввела коллегии, созданные на основе изучения иностранного опыта организации государственного управления. В отличие от приказов, в новых органах решения принимались коллективно.
Всего было создано, в соответствии с изученными датскими и шведскими образцами, 11 коллегий со строгим разграничением административных полномочий и сфер деятельности. Важнейшими, «государственными», являлись три коллегии: Коллегия иностранных (чужестранных) дел во главе с канцлером Г.И.Головкиным и вице-канцлером П.П.Шафировым, Военная коллегия, которой руководил А.Д.Меншиков и А.А.Вейде, и Адмиралтейств-коллегия, возглавляемая Ф.М.Апраксиным и К.Крюйсом. Другая группа коллегий занималась финансами государства: Камер-коллегия отвечала за сбор доходов, Штатс-контор-коллегия следила за расходами, а Ревизион-колегия контролировала сбор и расходование казенных средств. Торговля и промышленность находились в ведении сначала двух, а затем трёх коллегий: Коммерц-коллегия ведала вопросами судоходства, таможнями и организацией торговли, Берг-коллегия занималась горным делом, Мануфактур-коллегия руководила легкой промышленностью. Наконец, судебную систему страны курировала Юстиц-коллегия.
Помимо этого были созданы две сословные коллегии. В 1721 г. образовалась Вотчинная коллегия, регулировавшая вопросы дворянского землевладения и ставшая правопреемником Поместного приказа, Другой сословной коллегией являлся созданный в 1720 г. Главный магистрат, управлявший городскими сословиями (ремесленниками и купечеством). Его предшественницей была Бурмистерская пата в Москве, созданная в 1699 г. и преобразованная на следующий год в Ратушу в ходе неудачной реформы городского самоуправления. Главный магистрат стоял во главе городовых магистратов, сменивших земские избы. Задачей этих новых учреждений являлось исполнение административно-полицейских и судебных функций в городах.
Коллегии не охватывали все отрасли государственного управления. Поэтому дворцовое, строительное, ямское, медицинское дело и ряд других по-прежнему находились в ведении особых приказов, канцелярий, палат и контор.
Политическим сыском на протяжении всей Петровской эпохи занимался Преображенский приказ (с 1695 по 1729 гг.), находившийся в Москве, а также созданная в Петербурге в 1718 г. Тайная канцелярия.
Поначалу каждая коллегия руководствовалась собственным регламентом, но в 1720г. был издан обширный (из 56 глав) «Генеральный регламент» - устав гражданской службы, детально определявший их единообразное организационное устройство и порядок деятельности обновленного административного аппарата.
Развитие принципа чиновной, бюрократической выслуги взамен старого служебно-родового механизма нашло отражение в знаменитой петровской Табели о рангах 1722 г. Новый закон разделил «государеву» службу на гражданскую, военную и придворную. Табель устанавливала 14 классов, или рангов чиновников. Всякий получивший чин 8-го класса по гражданской («статской») службе получал потомственное дворянство, а статские классные чины с 14-го по 9-й давали его обладателю личное дворянство. В армии и флоте даже низший офицерский чин 14-го класса давал потомственное «кавалерство». Именно эта система предельной бюрократизации государственного аппарата позволило качественно изменить и укрепить социальную опору российского абсолютизма – «благородное шляхетство», рекрутировав в состав дворянства выходцев из других социальных слоёв. Так, около трети офицерского корпуса петровской армии получили дворянство исключительно благодаря службе. В то же время они, дворяне старой и новой формации, получали земли и крепостных. Поэтому в Петровскую эпоху сотни тысяч крестьян из числа государственных и дворцовых перешли в частное владение. Обязательному привлечению дворян к службе способствовал и принятый в 1714 г. Указ о единонаследии, приравнявший поместья к вотчинам.
Наряду с укреплением центрального аппарата управления еще раньше началась реформа местных учреждений. Вместо воеводской администрации в 1708-1715 гг. была введена губернская система управления. Первоначально страна была разделена на восемь губерний: Московскую, Ингерманландскую (позднее – Петербургскую), Смоленскую, Киевскую, Азовскую, Казанскую, Архангелогородскую и Сибирскую.
Затем были образованы еще четыре губернии. Во главе губерний стояли губернаторы, в руках которых находились вся полнота административно-полицейской и судебной власти. В помощь губернатору были приданы чиновники, руководившие отдельными отраслями. Во главе уездов место воевод заняли коменданты. В 1713 г. при губернаторе создали коллегию из 8-12 ландратов, избираемых дворянами, но уже на следующий год ландраты превратились в назначаемых чиновников, которые управляли новыми административно-территориальными единицами уездов – долями.
В 1719 г. Петр вновь возвратился к проблеме местной администрации. По новому указу страна была разделена на 50 провинций во главе с воеводами. Губернии сохранялись, но в руках губернаторов оставались только военные и судебные дела. В территориальном же отношении губернатор управлял лишь провинцией губернского города. Провинции соответственно делились на дистрикты во главе с земскими комиссарами.
В сложную и запутанную систему местных учреждений влились и судебные органы. В 1719 г. были введены нижние (провинциальные и городовые) и верхние (надворные) суды. Во главе надворных судов стояли губернаторы. Однако уже к 1722 г. нижние суды были упразднены, а надворные просуществовали лишь до 1727 г. Попытка отделения суда от администрации, таким образом, провалилась.
Церковная реформа. Крупнейшим феодалом в России оставалась церковь, которая к концу XVII в. всё ещё сохраняла некоторую политическую самостоятельность, что было несовместимо с развитием абсолютизма. Когда в 1700 г. умер патриарх Адриан, Петр I решил не назначать выборы нового патриарха. Временно во главе духовенства был поставлен рязанский митрополит Стефан Яворский, утверждённый местоблюстителем патриаршего престола. Местоблюститель по-прежнему должен был созывать на советы епископов - Освященные соборы, однако эти совещания носили чисто формальный характер. Патриарший разряд был упразднен, а его функции переданы в 1701 г. восстановленному Монастырскому приказу во главе с боярином И.А.Мусиным-Пушкиным. Этому приказу были подчинены патриаршие Казенный и Дворцовый приказы. Доходы с владений монастырей и других церковных учреждений шли в основном на государственные нужды. Так, за 11 лет (1701 – 1711) казна получила с монастырских вотчин более 1 млн. руб. Одновременно государство ограничивало количество монахов, запрещало их переход из одного монастыря в другой, регламентировало штаты монастырей. На церковь было возложено устройство и содержание начальных школ и богаделен для увечных и больных, а также отставных солдат.
Наконец, в 1721 г. Петр утвердил «Духовный регламент», разработанный его ярым сторонником, псковским епископом Феофаном Прокоповичем. Согласно новому закону была проведена коренная церковная реформа, ликвидировавшая автономию церкви и полностью подчинившая её государству. Патриаршество в России было упразднено, а для управления церковью учреждена специальная Духовная коллегия, преобразованная вскоре для придания большего авторитета в Святейший синод. В его ведении находились чисто церковные дела: толкование церковных догм, распоряжения о молитвах и церковной службе, цензура духовных книг, борьба с ересями, заведование учебными заведениями, смещение церковных должностных лиц и т.д. Синод имел также функции духовного суда. Присутствие Синода состояло из 12 высших церковных иерархов, назначаемых царем, которому они приносили присягу. Для надзора за деятельностью Синода Петр назначил из числа близких ему офицеров обер-прокурора (И.В.Болдин), которому подчинялась синодальная канцелярия и церковные фискалы – «инквизиторы». Всё имущество и финансы церкви, закрепленные за ней земли и крестьяне находились в ведении Монастырского приказа, подчиненного Синоду, а с 1724 г. преобразованного в синодальную камер-контору.