Задачи ускоренного построения коммунизма, поставленные руководством во главе с Н.С. Хрущевым перед советской страной, прервали процесс нормализации религиозной жизни верующих. Резко усилилось давления на религиозные организации и верующих. Те ответили расширением неофициальной деятельности. В основной массе нарушения со стороны религиозных объединений и духовенства были спровоцированы несовершенством и запретительным характером законодательства о религиозных культах и практикой контроля за его исполнением. Например, крупными нарушениями законодательства считались организация кружков по обучению детей Корану, организация паломничества к "святым местам". Даже благотворительная деятельность мечети и верующих, такая, как строительство водопровода и мостов в некоторых селах, считалась незаконной.
Ущемляющий верующих характер носил также порядок регистрации религиозных объединений и священнослужителей.
Неизменно стабильное на протяжении десятилетий, начиная с 50-х годов, количество официально зарегистрированных и огромное количество незарегистрированных, но действующих молитвенных домов свидетельствовало не об экстремистских устремлениях дагестанских верующих, а о несовершенстве порядка регистрации религиозных объединений, ставившего часто непреодолимые препятствия на пути законной деятельности религиозных объединений.
Такого же характера был и порядок регистрации служителей культа, определенный инструкцией Совета по делам религий от 31 января 1966 года "О регистрации исполнительных органов религиозных объединений и служителей культа" и оставшийся неизменным вплоть до принятия закона СССР о свободе совести 1990 года.
В 60-е-80-е годы осуществление принципов свободы совести в Дагестане носило половинчатый характер. По данным Совета по делам религий на 1987 год, в Дагестане действовали 27 мечетей в 12 районах и 4 городах республики, 5 православных церквей, 3 религиозных объединения иудейского культа, 3 общества ЕХБ в Махачкале, Кизляре и Хасавюрте. Каждые три года, хоть и в небольшом количестве, издавался Коран, ежегодно - лунные календари, в Ташкенте издавался журнал "Мусульмане Советского Востока" на шести языках и т.п. Однако внутри религиозных объединений, как и среди большинства верующих, постепенно зрело недовольство несовершенным законодательством о религиозных культах и системой мелочной опеки со стороны государства.
Кроме Совета по делам религий, в лице его уполномоченного по республике, контроль за деятельностью религиозных организаций осуществлялся и по общественной линии - комиссиями содействия исполкомам Советов народных депутатов по контролю за соблюдением законодательства о религиозных культах. Исполкомы местных Советов народных депутатов не только обладали правом ставить вопрос о снятии религиозных объединений с регистрации и закрытии молитвенного здания в случае систематического нарушения религиозными объединениями законодательства о религиозных культах, но и напрямую вторгались во внутренние дела религиозных объединений. Исполкомы давали разрешение на проведение собраний верующих для обсуждения вопросов, связанных с управлением делами религиозных объединений. Им же было предоставлено право отвода отдельных лиц из состава исполнительного органа религиозного объединения. Основанием для этого могли быть: недееспособность, ограниченная правоспособность, компрометирующие данные (судимость, например) и т. д.
Такой порядок противоречил принципам отделения церкви от государства и их невмешательства в дела друг друга. Это противоречие, как и многие другие в религиозной области, начали преодолеваться лишь в процессе демократизации нашего общества, начало которого относится к середине 80-х годов. Так же, как и по всей стране, настоящий перелом в положении религиозных организаций и всех верующих Дагестана наступил в годы так называемой перестройки советского общества. Этот перелом включил в себя позитивные изменения по всем направлениям государственно-церковных отношений. Каждый год регистрировались десятки мусульманских и других религиозных общин, появилась возможность получать религиозное образование, не только начальное, но и высшее.
В республике за годы перестройки было открыто множество примечетских школ, медресе, несколько мусульманских институтов, к работе в которых были привлечены ученые-богословы не только из Дагестана, но и из других республик и стран. В селах и городах началось бурное строительство и реставрация старых мечетей и церквей. Причем местные власти стали оказывать не только моральную, но и материальную помощь при реставрации и строительстве молитвенных зданий.
В центре Махачкалы именно в годы перестройки было начато строительство соборной мечети, которая сегодня является центральной мечетью республики. Началось свободное издание религиозной литературы. С 1990 года в Махачкале стала издаваться первая независимая мусульманская газета "Исламские новости". Изменилась и психологическая ситуация в обществе, когда верующие перестали скрывать свою веру, свое желание получить религиозное образование или организовать религиозное общество, когда они почувствовали себя равноценными и полноправными членами общества.
Так как гарантами осуществления тех или иных свобод граждан в любом правовом государстве являются конституция и законы страны, общественность страны, и особенно религиозная, стали настаивать на необходимости издания закона СССР о свободе совести, который бы закрепил демократические завоевания в области свободы вероисповедания. После длительного обсуждения 2 октября 1990 года Верховный Совет СССР принял такой Закон - "О свободе совести и религиозных организациях". Закон гарантировал социальную справедливость и равенство, защиту прав и интересов граждан независимо от их отношения к религии. Закон отменил запрет на религиозную пропаганду, фактически имевший место с 1929 года, разрешил обучение религии частным образом, в том числе в специальных учебных заведениях. Впервые в истории советского общества религиозные организации получили полные права юридического лица. Закон значительно расширил права религиозных организаций и граждан, связанные со свободой совести, впервые предоставил гражданам СССР реальные политические, юридические, материальные гарантии свободы совести.
После союзного закона был принят Закон РСФСР "О свободе вероисповеданий". 5 мая 1991 года Верховный Совет ДАССР принял закон "О свободе совести и религиозных организациях", который, как союзный и российский законы, предоставил гражданам необходимые гарантии осуществления свободы в вопросах религии и атеизма.
Законодательное закрепление полной свободы вероисповедания способствовало резкой активизации деятельности религиозных организаций в Дагестане, особенно в 90-е годы. По данным Комитета Правительства РД по делам религий, в 1994 г. в республике уже насчитывалось 720 мечетей, 2 исламских университета, 6 исламских институтов, 111 медресе, 2 общины адвентистов седьмого дня - АСД, 2 организации ЕХБ - евангельских христиан-баптистов, 3 синагоги. На стадии завершения строительства находилось 139 мечетей и 1 церковь.
О росте религиозной активности дагестанцев говорит тот факт, что если в 1990 г. на хадж, паломничество в Мекку, отправились 365 мусульман республики, то в 1991 г. - уже 1200 человек, в 1992 г. - 6000 , в 1995 г. -9398, в 1996 г. - 12525, в 1997 г. - 12208, в 1998 г. - 13268, в 2001 г. - около 14000, в 2004 году - более шестнадцати с половиной тысяч дагестанцев.
В годы перестройки и реформ религиозные организации получили возможность в полной мере использовать все возможности для расширения рядов своих последователей, идеологического воздействия на население, усиление своего влияния на общественно-политическую жизнь республики. Бурный рост количества религиозных организаций, свободное распространение религиозной литературы, активная миссионерская деятельность как иностранных, так и местных проповедников, расширение системы религиозного обучения, активизация паломничества к святым местам и т.д. - все эти составляющие религиозного возрождения присутствовали в Дагестане в 90-е годы.
Однако процесс осуществления полной свободы вероисповедания в республике, как и в стране в целом, вскрыл и некоторые серьезные проблемы, которые могли и могут стать факторами нестабильности и дезинтеграции в обществе. Одна из таких проблем - широкое проникновение в нашу страну различных нетрадиционных религий и сект. Необходимость регуляции этого процесса стала одной их причин принятия в сентябре 1997 года Закона РФ "О свободе совести и о религиозных объединениях". Вскоре после его принятия, в декабре 1997 года, в Дагестане был подготовлен, обсужден и принят Народным Собранием Республики Дагестан Закон "О свободе совести, свободе вероисповедания и религиозных организациях" Принятие республиканского закона было вызвано необходимостью учета некоторых этноконфессиональных особенностей Дагестана.
В целом правовые нормы Закона Республики Дагестан "О свободе совести, свободе вероисповедания и религиозных организациях" не противоречат федеральному закону, хотя есть и существенные отличия. В Законе Республики Дагестан не дается определение религиозных объединений, религиозных групп. Все добровольные объединения граждан республики, иных лиц, постоянно и на законных основаниях проживающих на территории РД, образованные в целях совместного исповедания и распространения веры и обладающие соответствующими для этой цели признаками, рассматриваются в дагестанском законе как религиозные организации (ст. 10, п.1 Закона РД). Кроме того, в зависимости от территориальной сферы деятельности религиозные организации подразделяются на местные и республиканские (ст. 10, п.4).