В 1947 году в Германии была образована Украинская Автокефальная Православная Церковь (Соборноправная) (УАПЦ-С) во главе с украинским епископом Григорием (Огийчуком), вышедшая из УАПЦ. После смерти Григория в 1985 году УАПЦ-С пережила несколько расколов. Самой сильной из образовавшихся новых церквей была Украинская Автокефальная Православная Церковь (Соборноправная) Северной и Южной Америк (УАПЦ-С-СЮА), возглавленная митрополитом Андреем (Пражским). От этой церкви на территории Украины в 2002 году была образована Украинская Автокефальная Православная Соборная Церковь (УАПСЦ) во главе с патриархом Моисеем (Куликом).
Но еще до этого, в 1989 году в Украине возобновила свою деятельность УАПЦ, объединившая духовенство липковской и сикорской хиротонии. Возобновленную церковь УАПЦ возглавил епископ Иоанн (Бондарчук), возведенный в сан архиепископа украинским автокефальным митрополитом Мстиславом (Скрипником) – последним епископом УАПЦ 1942 года, возглавлявшим украинских эмигрантов в США. Собор УАПЦ 1990 года избирает патриархом Киевским Мстислава. Видя повсеместный переход мирян и клира в УАПЦ, киевский митрополит Филарет (Денисенко), в 1990 году добивается для своих редеющих приходов автономии от РПЦ. Между тем он понимает, что удержать людей в своей юрисдикции можно только через получение Украинской Церковью статуса автокефалии. Когда же этот вопрос был поднят на очередном Архиерейском соборе РПЦ, российская часть его иерархов восприняла эту идею в штыки. Начались придирки к моральному и каноническому поведению Филарета, которого начали обвинять во многом из того, в чем были повинны и сами. Филарет после некоторого сопротивления решил во имя мира снять с себя полномочия главы УПЦ и пообещал сделать это на ближайшем Архиерейском синоде УПЦ. Однако, вернувшись в Киев, Филарет сразу же отказался сделать это, обвинив Архиерейский Собор РПЦ в неканоническом рассмотрении его действий, что имел право делать лишь Архиерейский синод УПЦ. Вскоре он объявил о создании независимой от МП Украинской Православной Церкви Киевского патриархата (УПЦ КП).
Поначалу УПЦ КП вошло в союз с УАПЦ во главе с Мстиславом, однако в 1993 году, после смерти Мстислава, они снова разошлись. Вскоре деятельность украинских автокефальных епископов перекинулась на территорию России, найдя поддержку у «катакомбных» православных христиан, не признававших хиротонию РПЦ МП. В 1997 году из числа отколовшихся от УАПЦ епископов возникает Российская Истинно-Православная Церковь (РИПЦ). В начале 1998 года к РИПЦ присоединились два епископа, принадлежавшие ранее к Российской Свободной Православной церкви (РСПЦ), но уже к концу этого года в РИПЦ произошел раскол, в результате которого последовательно образовались Российская Соборная Истинно-Православная Церковь (РСИПЦ), Истинно-Православная Церковь России (ИПЦР), Истинно-Православная Церковь Московской Митрополии (ИПЦММ) и Апостольская Православная Церковь (АПЦ). Таким образом РИПЦ, просуществовав всего два с половиной года, распалась на четыре независимых юрисдикции: РСИПЦ, ИПЦР, ИПЦММ и АПЦ. Смогут ли они снова объединиться или нет, однако с ними даже в таком виде придется считаться архиереям РПЦ. Об этом говорит, например, такой факт: в 2007 году Европейский суд по правам человека оштрафовал Молдову на 12 тысяч евро за отказ властей своей страны зарегистрировать Истинную Православную Церковь Молдавии. Как бы ни хотела РПЦ закрыть рот своим идейным противникам, если она не пойдет на уступки их справедливым требованиям, дальнейших расколов ей не избежать.
Из всей истории русского православия ясно, что для достижения единства даже среди оппозиции РПЦ МП путем обладания лишь канонической хиротонией недостаточно. Несмотря на проблемы в создании единой оппозиции официальной церкви, истинно-православные христиане выбивают монополию на российское православие из-под ног РПЦ МП. Из последней все незаслуженно отстраненные от служения священники переходят в одну из оппозиционных православных церквей, не беспокоясь о возможности лишения своего сана. Так, когда о. Сергия Таратухина произвольно "лишил сана" местный епископ РПЦ МП Евстафий - только за то, что священник назвал Михаила Ходорковского политзаключенным – Сергий присоединился в Москве к Апостольской Православной Церкви (АПЦ), возглавляемой митрополитом Виталием (Кужеватовым).
Оценивая попытки создания автокефальных православных церквей в Эстонии и Украине, Глеб Якунин писал: «Истерические заявления Алексия II о неканоничности таких независимых устремлений основываются исключительно на феодально-большевистских представлениях о церковном праве и мало чем отличаются от аналогичных заявлений сторонников воссоздания коммунистического Советского Союза в былых границах. Между прочим, уместно помнить, что в свое время получение независимости православными церквами Финляндии и Грузии, некогда бывшими в подчинении Российской Церкви, послужило только общему благу и никогда, по политическим соображениям, не оспаривалось РПЦ».
Еще большую угрозу для РПЦ МП составило русское заграничное православие, имеющее каноническую иерархию. В специальном указе от 7/20 ноября 1920 г. за № 362 патриарх Тихон предложил всем православным людям за границами СССР объединиться и создать Высшее Церковное Управление. Под управлением этого церковного органа управления всем в рассеянии сущим православным русским людям предлагалось жить обособленно от Российской Церкви до тех пор, пока не установится в ней свобода от государства и порядок внутри самой. Согласно этому Указу и создалась Зарубежная Русская Православная Церковь (ныне РПЦЗ) под руководством русского заграничного Собора и Синода, представителем которого после смерти митрополита Антония стал митрополит Анастасий.
Долгое время Синод РПЦЗ отрицал РПЦ МП преемницей русского православия времен патриарха Тихона: до начала 90-х годов эта позиция была неизменной. В 1983 году он потребовал отречения РПЦ МП от экуменизма, в который была втянуты русские православные вначале 60-х годов, и заявлял о том, что благодатность таинств и самой церковной жизни в МП даже не должна ставиться под вопрос за то, что она не видит "абсолютных препятствий к евхаристическому общению" РПЦЗ с РПЦ МП. «В бесчисленных книгах, статьях, проповедях, письмах РПЦЗ призывала и продолжает по сей день призывать МП по-настоящему покаяться пред Богом и собственным церковным народом в грехе сергианского отступничества (и прекратить его), в экуменической ереси (и прекратить ее), призывает, очистившись таким покаянием, присоединиться к прославлению Святых Новомучеников и Исповедников Российских, совершенному РПЦЗ и, только после всего этого - подумать о созыве общего, Всероссийского Собора Церкви» (Лебедев Л. Диалог РПЦЗ и МП. Для чего и как? Курск. 1998).
Лишь с 90-х годов начали делаться уступки в сторону сближения между ними, что вызвало резкое противление как со стороны членов РПЦЗ, так и «катакомбных» православных христиан, живших в России. Клирики РПЦЗ разошлись по вопросу, следует ли продолжать осуждать РПЦ МП за преступную связь с государством в условиях падения советского режима. Инициатором возобновления экуменического диалога с РПЦ МП выступила германская епархия РПЦЗ, возглавляемая архиепископом Берлинским Марком. (Как нам сегодня уже известно, это крыло клириков РПЦЗ победило.)
Касаясь возможности воссоединения с РПЦ МП во свете решений Поместного собора РПЦЗ 1993 года архиеп. Марк отметил: «Говоря о возможности воссоединения, надо в первую очередь уточнять терминологию. О "воссоединении" не может быть и речи, потому что приставка "вос-" говорит о том, что раньше будто бы было какое-то "единение", и это прежнее состояние восстанавливается. Но это не так. МП есть новый организм. Мы признаем, что эта часть Русской Церкви, но, вместе с тем, это новосформировавшийся организм, который вырос на основе обновленчества. И это обновленчество очень сильно чувствуется в его недрах по сей день и, может быть, даже усиливается, поскольку в наши дни идет полная защита сергианства. Одно время от него как бы отказывались, приписывая его только прошлому, а теперь на страницах патриархийной прессы, к сожалению, ведется постоянное и упорное оправдание сергианства. Это становится богословской проблемой, потому что часто приводятся некие богословские обоснования, которые никоим образом не могут служить для Церкви настоящими аргументами. Поэтому речь может идти только о соединении или о поисках общего языка, с тем чтобы обсуждать те вопросы, которые стоят перед нами» (Архиеп. Марк. Наладить диалог очень трудно. Православный журнал "Вертоградъ", № 1, 1993).
Тем не менее Марк требует изменения не собственной позиции, а позиции РПЦ МП: «Я понимаю, что многие архиереи МП защищают сергианство не по злой воле. Как я надеюсь, он вошли в церковную жизнь по любви к Богу и Церкви, но их постепенно переформировали те, у кого они учились и для которых сергианство казалось нормальным явлением. Таким образом, они постепенно уклонялись в сторону сергианства, не чувствуя этого, потому что все так жили. Я допускаю, что такие люди даже не понимают, о чем я говорю, используя термин "сергианство". Но когда в наши дни доводится читать, что какой-то человек может "спасать" Церковь неким соглашением с безбожной властью, я могу на это лишь сказать, что это не так и что я удивляюсь тому, как в наше время архиерей может занимать такую позицию, потому что этим он автоматически отлучает от Церкви всех мучеников первых веков. Что было бы, если бы они пошли на соглашательство с безбожной властью тех времен, которая, между прочим, была менее злой, чем советская, поскольку она еще не знала христианства? Если бы в те времена мученики не стали мучениками, а вступили бы в согласие с властью, то Церкви давно бы не было. Поэтому сергианская позиция нынешних архиереев крайне огорчает и удивляет. На этой основе может и должно произойти воссоединение» (там же). Тем не менее с 1997 года архиеп. Марк изменяет прежней позиции, признав РПЦ МП законной частью Истинной Церкви Христовой, внеся фактически раскол в ряды РПЦЗ и спровоцировав выход из нее «катакомбовцев».