Загальновизнаною методологічною основою кваліфікації злочину є діалектика пізнавальної діяльності, оскільки кваліфікація є пізнавальним процесом.
Основне завдання, яке вирішується при кваліфікації, - забезпечення істинності висновку; неправильність в оцінках і висновках веде до помилкових юридичних наслідків, спотворює дійсну картину злочинності, зокрема її стан і структуру, дезорієнтує судово-слідчі органи, ускладнює боротьбу зі злочинністю, веде до необґрунтованого засудження або, навпаки, невиправданого пом'якшення відповідальності.
Істинність висновку забезпечується в першу чергу тим, що в основі кваліфікації злочину лежить діалектичний метод пізнання, який відповідає характеру явищ, що розвиваються і взаємодіють, у тому числі і таких негативних, якими є злочини.
Основні елементи діалектики: об'єктивність, все сторонність і конкретність дослідження - найважливіші умови з'ясування дійсного змісту діяння, яке кваліфікується.
Істина може бути досягнута, якщо слідчий, суд оцінюють обставини об'єктивно, без упередженості, не видаючи бажане за дійсне, прагнучи охопити всі основні ознаки злочину, усі зв'язки і відносини, враховуючи конкретні умови, у яких злочин вчинений. При цьому враховуються вимоги основних законів діалектики: єдності і боротьби протилежностей, взаємопереходу кількісних змін у якісні, заперечення заперечення.
Необхідною передумовою істинності висновку по кримінальній справі є дотримання загальних методологічних принципів, єдності теорії і практики, творчого підходу до вирішення задач кваліфікації, конкретності.
Вони вимагають від юриста при вирішенні питань кваліфікації злочину керуватися в першу чергу інтересами соціальної справедливості і гуманізму.
Кваліфікація злочину являє собою логічний процес пізнання. Як відомо, існують два пізнавальних рівні: емпіричний і логічний.
Емпіричне пізнання засноване на чуттєвому сприйнятті реальної дійсності, коли властивості, якості і відносини того чи іншого предмета чи явища пізнаються за допомогою органів чуття. При розслідуванні і судовому розгляді кримінальних справ слідчий, суд мають можливість одержати дані про окремі обставини злочину безпосередньо чуттєвим шляхом. Це відбувається, наприклад, при огляді місця події, дослідженні речових доказів тощо. Проте подібні можливості дуже обмежені, у ряді випадків навіть неможливі або законодавчо заборонені.
Як правило, переважна більшість даних надходить опосередковано, з інших джерел: показань свідків, потерпілих, обвинувачуваних, висновків експертів тощо.
Практична перевірка істинності одержуваних при цьому даних дається далеко не завжди, і лише чисто логічно, умоглядним шляхом можна довести і перевірити їх відповідність фактичним обставинам справи.
У процесі кваліфікації злочинів використовуються закони і правила діалектичної і формальної логіки, кожна з яких вирішує свої завдання.
Встановлювана в процесі кваліфікації істина характеризується з внутрішньої, змістовної сторони - відповідністю висновку, оцінки дійсному змісту діяння.
Змістовна сторона кваліфікації є предметом вивчення діалектичної логіки як науки про діалектичне мислення. Стосовно кваліфікації злочину вона відповідає на питання: яким чином у процесі цієї діяльності пізнається об'єктивна істина вчиненого злочину, як формуються поняття про вчинене, як відбувається сам процес пізнання, заміна одного знання іншим, глибшим, більш близьким до абсолютної істини.
Сутність і основні правила діалектичної логіки розкриті в наступному постулаті: "Щоб дійсно знати предмет, треба охопити і вивчити всі його сторони, всі зв'язки". Ми ніколи не досягнемо цього повністю, але вимога всебічності застереже нас від помилок і від омертвіння. Це, по-перше. По-друге, діалектична логіка вимагає брати предмет у його розвитку, "саморусі" (по виразу Гегеля), зміні... По-третє, вся людська практика повинна ввійти до повного “визначення" предмета і як критерій істини, і як практичний визначник зв'язку предмета з тим, що потрібно людині. По-четверте, діалектична логіка вчить, що “абстрактної істини немає, істина завжди конкретна..."
Вимоги діалектичної логіки повністю враховуються при кваліфікації злочинів. Всебічне охоплення діяння, вивчення всіх його зв'язків і "опосередковувань" - одна з головних передумов правильної кваліфікації; оцінка діяння повинна ґрунтуватися на всебічному вивченні всіх обставин кримінальної справи, як позитивних, так і негативних. Однобічність чи неповнота служать підставами для виправдання обвинувачуваного чи зміни кваліфікації. Разом з тим повнота дослідження обставин злочину обмежена законом, слідчий і суд можуть враховувати тільки ті з них, які мають значення для справи: зокрема, для кваліфікації злочину важливі тільки ті ознаки, які зазначені в конкретному складі злочину. Немає необхідності, наприклад, піддавати юридичній оцінці, тобто враховувати при кваліфікації суспільно небезпечні наслідки, що фактично наступили якщо вони не передбачені кримінально-правовою нормою. Це і деякі інші винятки становлять особливості логічного пізнання в кримінальному судочинстві.
Необхідність досліджувати предмет в розвитку, русі, зміні також враховується при вирішенні багатьох кримінально-правових питань.
Зміна складів злочинів, закінчення термінів давності притягнення до кримінальної відповідальності, звільнення від кримінальної відповідальності і покарання в зв'язку з втратою діянням чи особою суспільно небезпечного характеру засновані на врахуванні тих змін, які відбуваються в житті.
Врахування практики як критерію істини і як визначника зв'язку предмета з тим, що потрібно людині, цілком виявляється в кваліфікації, хоча і з деякою особливістю, яка виражається в тому, що істинність обставин, недоступних безпосередній, практичній перевірці, встановлюється, як вказувалося, непрямим, опосередкованим шляхом.
Вчення діалектичної логіки про конкретність істини має основне значення для кваліфікації злочину. Воно виявляється в точному визначенні часу, місця і обставин вчинення злочину. Встановлення й опис конкретних даних дозволяє переконатися в тому, що мова йде саме про даний злочин, вчинений даною особою. Конкретний підхід дозволяє оцінити діяння як факт об'єктивної дійсності і визначити його місце в історичному зв'язку з іншими явищами і подіями.
У зв'язку з викладеним можливою представляється позиція про те, що кримінальне право (як і інші галузі права) за змістом являють собою "зріз", частину, різновид способу існування і прояв діалектичної логіки.
У процесі кваліфікації широко застосовуються діалектичні категорії і методи пізнання. Серед категорій діалектики, використовуваних при кваліфікації злочинів, особливої уваги заслуговують: загальне й окреме (одиничне), можливість і дійсність, зміст і форма і ряд інших.
Взаємозв'язок загального й окремого (одиничного) складає основу оцінки діяння. Підводячи ознаки досліджуваного діяння під конкретний склад злочину, передбачений нормою кримінального права, ми тим самим виділяємо в цьому окремому, одиничному діянні ознаки загального поняття, яким є склад злочину, зазначений у статті Особливої частини. Склад злочину включає найбільш загальні ознаки окремої групи злочинів, і якщо вчинене діяння має ці загальні ознаки, значить воно відноситься до даної групи, охоплюється даним складом.
Можливість і дійсність відображають діалектику процесу кваліфікації. Первинні дані, що послужили підставою для порушення кримінальної справи, і дані, що одержуються в процесі розслідування, виступають як передумова кваліфікації вчиненого по тій чи іншій кримінально-правовій нормі. Подальше дослідження фактичних обставин справи, накопичення нових даних перетворює можливість на дійсність, дозволяє об'єктивно оцінити вчинене, кваліфікувати його.
Зміст і форма також відносяться до числа фундаментальних категорій, без врахування яких кваліфікація здійснюватися не може, тобто якби форма прояву і сутність речей безпосередньо співпадали, то всяка наука була б зайвою. У зміст кваліфікації входить з'ясування правомочними органами ознак вчиненого діяння, аналіз диспозиції кримінально-правових норм, ототожнення ознак діяння з ознаками конкретного складу злочину і висновок, оцінка діяння. Ця діяльність, як і всяка інша розумова, здійснюється у визначених логічних формах: поняттях, судженнях і умовиводах.
При кваліфікації використовуються й інші категорії: причина і наслідок, необхідність і випадковість, суть і явище.
У процесі кваліфікації застосовуються також різні загальнонаукові пізнавальні методи. Серед них слід в першу чергу виділити метод сходження від абстрактного до конкретного. Спочатку досліджуване діяння відображається у свідомості слідчого чи судді в окремих, неповних, розрізнених ознаках, кожний з яких дозволяє охарактеризувати діяння з якої-небудь однієї сторони, абстрагуючись від інших його сторін.
Так, факт затримання військовослужбовця поза розташуванням частини сам по собі вказує лише на його відсутність на території військової частини.
Цей висновок абстрактний, тому що він відображає лише одну сторону вчиненого - порушення порядку проходження військової служби. Цілісного уявлення про те, що утворює вчинене діяння (самовільну відсутність чи дезертирство) цей висновок не дає. Щоб одержати повну картину вчиненого, проникнути в його сутність, зміст, потрібно від абстрактного перейти до конкретного. Для цього необхідно відтворити діяння в сукупності всіх його зовнішніх і внутрішніх сторін, зв'язків і відносин, і тоді тільки воно з’явиться як деякий злочин, передбачений кримінально-правовою нормою.
До логічних методів пізнання, використовуваних у ході кваліфікації відносяться: аналіз, абстрагування, порівняння, синтез, індукція, дедукція, аналогія, моделювання, гіпотеза, доказ і логічні закони мислення.