Бывали случаи несогласия думы с решением губернского по городским делам присутствия. Тобольское губернское по городским делам присутствие отменило постановление Тюменской думы о назначении городскому голове и членам управы жалования. Основанием к этому послужило отсутствие объяснения о том, кто именно председательствовал при решении этого вопроса на заседании Думы. Повторно рассмотрев законность принятия этого решения, Тюменская дума постановила: "назначенное постановлением 21 октября (1874 г.) содержание городскому голове и другим лицам, на точном основании 55 ст. Городского Положения, оставить в силе и об этом донести господину, исполняющему должность Тобольского губернатора…".
К. В. Лен отмечает, что в большинстве случаев вмешательство центральных и местных государственных учреждений было оправдано на фоне аморфного состояния городских представительств и определялось патернализмом к муниципальным образованиям. Действительно, деятельность некоторых государственных чиновников объективно способствовала улучшению жизни сибирских городов.
По ст. 16 Городового положения 1892 г. в Сибири губернские по городским делам присутствия составлялись под председательством губернатора: в Тобольской, Томской, Иркутской и Енисейской губерниях - из председателя губернского правления, управляющего казенной палатой и губернского прокурора; в Якутской, Семипалатинской, Семиреченской и Приморской областях - из вице-губернатора и лица местного прокурорского надзора; в областях Акмолинской и Забайкальской - из вице-губернатора, управляющего казенной палатой и лица местного прокурорского надзора; в Амурской области - из председателя войскового правления Амурского казачьего войска и лица местного прокурорского надзора (ст.16).
После принятия "Городового положения" 1892 г. государственные органы усилили контроль за выборами в органы общественного управления. Участились случаи неутверждения в должности выборных руководителей Дум. А. В. Литягина полагает, что такие факты происходили из-за внимания администрации к доносам окружного исправника, прокурора и других заинтересованных лиц о поведении кандидатов, их моральном облике и др. Если в 1890-е гг. как правило, не усматривалось политической подоплеки при неутверждении на должности городского самоуправления, то с 1905 г. одной из решающих характеристик городского деятеля становится его политическая благонадежность. В целом, администрация активно использовала предоставленное законом право контролировать процесс формирования нового состава самоуправления. Неутверждение избранных в думы и управы, в должности городского головы, председателей комиссий и т. д. было постоянным явлением. Вот еще один пример из истории Барнаульского общественного управления: "Томский губернатор телеграммою от 2-го июня, уведомил исполняющего обязанности Городского головы, что из числа избранных Городскою Думою на 4-хлетие с 1907 года Городского Головы, Членов Управы и Городского секретаря им утверждены Городским Головой И. И. Поляков и членом Управы С. И. Зудилов, второй же член Управы А. П. Пешков и Городской Секретарь Орнатский им, господином Губернатором, не утверждены". В некоторых случаях чиновники использовали право назначать городских руководителей на основе собственного предпочтения.
Несмотря на столь решительные шаги по обеспечению относительной политической благонадежности городского общественного управления Городовое положение 1892 г. устанавливало жесткий надзор над их деятельностью. Все сколько-нибудь важные постановления городской думы должны были утверждаться губернатором или министром внутренних дел. В эту категорию попадали, в частности, постановления по вопросам о городском бюджете и сверхсметных расходах, о переложении натуральных повинностей в денежные, о муниципализации предприятий, об отчуждении городских имуществ, о займах и поручительствах, о размерах платы за пользование городскими предприятиями, о планировке города. Помимо этого, губернатор был вправе приостанавливать исполнение думского постановления, если усмотрит, "что оно не соответствует общим государственным пользам и нуждам, либо явно нарушает интересы местного населения". Приостановленное губернатором постановление передавалось от губернского по городским делам присутствия до министра внутренних дел, Сената (в случае жалобы городского управления), а в некоторых случаях - до Комитета министров и Государственного Совета.
Усиление централизации городского управления и ослабление контрольных функций со стороны выборных органов власти городского самоуправления привело к частым злоупотреблениям со стороны городских управ и городских глав в расходовании городских средств, ослаблению отчетности и т.п. Одним из примеров является привлечение к уголовной ответственности Омского городского головы Н. П. Остапенко и членов комиссии по постройке городского театра Ветохина и Крекова за финансовые злоупотребления.
Нерешенные социальные проблемы побуждали органы городского самоуправления находить пути взаимодействия с сословными организациями: купеческими и мещанскими обществами. Наиболее многочисленными среди них были мещанские общества, но по размерам капитала они не опережали купеческие управы. Мизерные бюджеты городских дум не позволяли решать весь комплекс вопросов городского хозяйства. А у сословных организаций не хватало законодательных полномочий для решения социальных задач своего сословия. В фондах городских дум, мещанских и купеческих управ Западной Сибири содержится переписка старост с городскими управами, из которой следует, что органы городского самоуправления часто обращались в сословные общества за помощью. Тобольская городская дума в январе 1898 г. обратилась к мещанскому старосте с просьбой оказать денежную помощь на содержание временной тифозной больницы. В том же году дума Тобольска просила мещанского и купеческого старост помочь организовать обед в честь приезда в город министра путей сообщения. В Бийске в 1911 г. городской голова обратился к мещанскому старосте с предложением рассмотреть на сходе вопрос о принятии на общества низшей ремесленной школы. Купеческие управы, в отличие от мещанских, принимали активное материальное участие в экономических проектах дум. В частности, значительные средства были потрачены ими в ответ на ходатайства о строительстве железных дорог в регионе. Самостоятельно решая социальные проблемы своего сословия, общества дополняли работу развивающегося городского самоуправления. Для сибирского городского общественного управления вообще было характерно активное общение с различными государственными и негосударственными организациями для увеличения эффективности своей деятельности.
Представители городского общественного самоуправления были недовольны излишней опекой со стороны губернаторов и центральной власти и пытались добиться большей самостоятельности в своих действиях. В "Докладе постоянной ревизионной комиссии по обзору городского хозяйства и по проверке финансового отчета управы за 1912 г." (Томск, 1914) отмечалось: "общими усилиями необходимо добиться того, чтобы руки выборных представителей городских управлений в круге их полномочий и компетенции были развязаны, необходимо, чтобы они были освобождены от тягостного надзора за их деятельностью с точки зрения целесообразности".
Согласно Городовому положению 1892 г., городские общественные управления осуществляли "обязательные расходы", в число которых входило содержание правительственных учреждений, полиции и пожарной команды, организация городского управления и т. д. Участие в расходах по содержанию правительственных учреждений требовало выделения ассигнований на содержание центральных учреждений МВД, губернского по делам присутствия, пособия казне на содержание полицейских учреждений и пенсии служащим государственного управления. Городские поселения с упрощенным общественным управлением в расходах по содержанию правительственных учреждений не участвовали, в исключительных случаях доля расхода составляла сотую часть от суммы всего бюджета. Несмотря на то, что абсолютная сумма расходов по данной статье в городах Западной Сибири в течение первого десятилетия возрастала, ее процентное отношение ко всему бюджету незначительно - от 0,5 до 2 %.
Подводя итог всему сказанному, можно сделать вывод, что избирательный закон для выборов в органы городского общественного управления был далек от совершенства. Центральная власть, сознавая малочисленность избирателей, строила планы введения в их круг представителей образованной части городского населения путем введения квартирного налога. И в то же время пыталась отстранить от выборов наименее имущую часть городского населения и ослабить влияние буржуазных элементов в городском управлении. О сколько-нибудь всеобщем избирательном праве не было и речи. В думах преобладали представители купечества и мещан, были лишь отдельные представители других сословий. Таким образом, о всесословности городского управления можно говорить лишь с большой натяжкой. Такое положение вещей отражало реальную картину социально-экономического развития городов. Плохая разработанность избирательного законодательства давала почву для разного рода злоупотреблений, особенно это касается самого механизма голосования и избирательных доверенностей.