Зоологический музей кафедры зоологии и экологии – неотъемлемая часть истории и настоящего МПГУ. Он представляет собой уникальное собрание коллекций животных, которые собирались преподавателями и студентами на протяжении более чем вековой истории кафедры зоологи и экологии. Основателем зоологический коллекций МПГУ является Александр Федорович Котс (1880–1964), известный ученый эволюционист, создатель, хранитель и бессменный директор Дарвиновского музея. Он был талантливым, целеустремленным и удивительно трудоспособным человеком. Интерес к животным и страсть к коллекционированию проявились у него с раннего детства. В дальнейшем он приходит к убеждению в необходимости систематизировать коллекции на основе всеобщей идеи эволюции, а собранное многолетним трудом достояние сделать доступным для всех, кто хочет его посмотреть и изучать животных.
В 1907 году профессора Московских Высших Женских Курсов П.П. Сушкин и Н.К. Кольцов пригласили А.Ф. Котса для работы в качестве ассистента в отделении естествознания. С осеннего семестра он стал проводить занятия по эволюционному учению. А.Ф. Котс решает перенести свою разросшуюся коллекцию в помещение МВЖК в Мерзляковском переулке и использовать ее в учебном процессе. А.Ф. Котс считал 1907 год временем основания Дарвиновского музея. Все внимание теперь он отдавал преподаванию, подбору необходимых примеров, четкому изложению эволюционного учения. Успеху в занятиях способствовало умелое использование коллекций, которые размещались теперь в небольшой библиотечной комнате зоологической лаборатории. Александр Федорович продолжал пополнять коллекции на свои личные средства. Для пополнения коллекций и знакомства с музеями в191З год А.Ф. Котс с супругой (Н. Н. Ладигина-Котс (1889-1963), выпускница МВЖК, в дальнейшем известный психолог, организатор зоопсихологической лаборатории при Дарвинском музее) совершили поездку по 20 городам Европы. На собственные средства во время поездки они приобрели около 1000 экспонатов.
В 1913 г. несколько тысяч ценнейших экспонатов были подарены А.Ф. Котсом Московским высшим женским курсам, перевезены в новое здание МВЖК на Девичьем поле. С этого времени коллекции, собранные А.Ф. Котсом, смонтированные и расположенные по его плану, стали называться Музеем эволюционной истории Московских высших женских курсов. В 1922 году он становится самостоятельным научно-просветительным учреждением — Дарвиновским музеем.
Небольшая часть коллекций А.Ф. Котса остались после создания Дарвиновского музея в качестве учебных пособий на кафедре зоологи Московского государственного педагогического института. Они и послужили основой современной экспозиции музея зоологии МПГУ. В настоящее время большая часть тропических млекопитающих и птиц, а так же экземпляры птиц с аберрантной окраской, демонстрируемых в витринах, представляют собой чучела, приобретенные А.Ф. Котсом в начале прошлого века во время своих поездок в Европу или заказаны у чучельных дел мастеров в Москве.
В дальнейшем зоологические музейные и научные коллекции пополнялись преподавателями, сотрудниками и студентами кафедры зоологии МПГУ. Большая часть материалов собиралась во время экспедиций в различные уголки Советского Союза. Значительно увеличилась коллекция и после слияния в марте 1960 года двух московских педагогических вузов: Городского им. В.П. Потемкина и Государственного им В И. Ленина. Таксидермические работы и живой уголок в 50-70-е годы возглавлял энтузиаст своего дела и высококлассный мастер-преподаватель А.Л. Кравецкий. Его миниатюрные диорамы и биогруппы до сих пор являются украшением музея. Особенно впечатляет композиция, демонстрирующая смену природных зон и их животного мира от полярных тундр до жарких пустынь. Она была создана в 1958 году.
Различные направления работы кафедры зоологии нашли свое отражение в музейных собраниях. Один из выдающихся отечественных зоологов, заведующий кафедрой с 1948 по 1975 год, С.П. Наумов, занимающийся промысловыми животными, заложил основу териологической коллекции. Коллекцию морских океанических птиц привез из экспедиций на китобойных судах, еще будучи студентом, профессор В.М. Константинов. Навыки коллекторской деятельности получил на кафедре и известный систематик, ученик С.П. Наумова, Л.С. Степанян. Уже став сотрудником Института эволюционной морфологии и экологии животных (ныне ИПЭЭ) он создал уникальное собрание тушек птиц, которое ныне украшает коллекцию Зоологического музея МГУ. Сотрудник кафедры А. Рачинский привез из своих экспедиций шкуры таких крупных млекопитающих, как горный баран и бурый медведь. Многолетние работы кафедры зоологии на стационаре в устье реки Самур (Дагестан) обогатили экспозицию чучелами различных водоплавающих, околоводных и степных птиц. Изготовителем этих экспонатов стал Ю. Климов, талантливый таксидермист и энтузиаст своего дела. Профессор А.В. Михеев, заведующий кафедрой зоологии с 1975 по 1983 год, выдающийся орнитолог, специалист по миграциям птиц, популяризатор науки, долгое время собирал, а потом передал кафедре коллекцию гнезд птиц. Она стала основой для созданного им единственного в нашей стране определителя птичьих гнезд.
Пополнялись коллекции и покупкой чучел и экспонатов на Фабрике учебно-наглядных пособий, ассортимент изделий которой был в те времена несоизмеримо разнообразнее, чем сейчас. Благодаря этим приобретениям собрание кафедры пополнилось большой коллекцией влажных препаратов, некоторые из которых сейчас уникальны.
Особе место занимают научные коллекции кафедры зоологии и экологии МПГУ. Они представляют интерес для специалистов-зоологов и содержат редкие, а подчас уникальные экземпляры животных, в том числе и типовые экземпляры, по которым производится описание новых видов. Но главная ценность научных коллекций в их широте и полноте охвата фаунистического состава России. Многие годы своей жизни посвятил созданию, систематизации и пополнению орнитологической коллекции доцент кафедры зоологии В.Т. Бутьев. В ней собраны тушки птиц России и сопредельных регионов и по представительности видов она входит в число крупнейших собраний страны. Уникальна орнитологической коллекции и тем, что она постоянно задействована в учебном процессе. Многие поколения студентов получили знания о птицах, посещая спецкурсы, которые проводятся на базе орнитологической коллекции кафедры.
Развитие школы изучения почвенных беспозвоночных, а особенно ее систематического и сравнительно-морфологического направления привело к созданию обширной коллекции жуков-жужелиц и их личинок. В настоящее время ею руководит доктор биологических наук К.В.Макаров. На базе этого собрания выделены и описаны не только новые виды, но и целые семейства, жесткокрылых.
В настоящее время музей зоологии МПГУ располагается на кафедре зоологии и экологии МПГУ на биолого-химическом факультете. Экспозиция разделена на несколько тематических разделов: зоогеографический, систематический, эволюционно-экологический. В экспозиции и фондах музея находится более 1000 единиц хранения, среди которых чучела и тушки животных, макеты и муляжи, влажные и остеологические препараты, гнезда птиц и другие постройки животных.
Зоогеографический раздел посвящен разнообразию животного мира различных природных зон. Центральное место занимает диорама, демонстрирующая смену животных сообществ от тундровой зоны до пустынь России и сопредельных регионов. В ней представлены животные тундры, тайги, смешанных и широколиственных лесов, степей, побережий водоемов, пустынь. Отдельная экспозиция посвящена млекопитающим и птицам тропических лесов Африки, Юго-Восточной Азии и Южной Америки, а так же природному миру Антарктиды и Австралии. В ней можно увидеть таких представителей животного мира как утконос, несколько видов пингвинов и обезьян, райских птиц, колибри, нанду и эму, броненосцев, кенгуру, капибару и многих других. Красочные задники для экспозиции тропических животных выполнены одним из ведущих художников- анималистов Е.А. Кобликом. Украшением зоогеографического раздела экспозиции является диорама «Птичий базар». В витрине представлен макет скалы с чучелами птиц, гнездящихся на птичьих базарах северных морей Европы – чистиками, кайрами, топорками, чайками.
Систематический раздел экспозиции наиболее крупный во всей коллекции зоологического музея МПГУ. В витринах располагаются представители различных отрядов зверей и птиц. В настоящее время оформлены витрины посвященные млекопитающим (грызунам, куньим и насекомоядным), а так же птицам (соколообразным, гусеобразным, курообразным, ржанкообразным, воробьинообразным, трубконосым, аистообразным, веслоногим и некоторым другим). Внимание посетителей привлекают биогруппы, выполненные мастерами-таксидермистами А.Л. Кравецким и Ю. Климовым – «Врановые», «Снегири», «Дятлы», «Дрозды», «Рябчик с птенцами», «Травник у гнезда». Зоологический музей МПГУ обладает довольно крупной коллекцией крупных млекопитающих. В экспозиции представлены горные бараны и козлы, бурый медведь, снежный барс, кабан, сайгак, джейран, кабарга, серый и красный волк, шакал, медальоны с головами зубры и благородного оленя, нерпа, дельфин-белобочка, росомаха, бобр и некоторые другие. Одна из витрин посвящена жителям подводного мира – рыбам. Можно увидеть несколько видов акул, в том числе и акулу-молот, скатов, пираньей, некоторые пресноводных и морских рыб.