Сохранился уникальный кинофильм, снятый оператором студии Ханжонкова об опытах Н.Н. Ладыгиной-Коте с четырехлетним шимпанзе по кличке Иони. Он положил начало собранию документальных биологических фильмов Дарвиновского музея.
Для пополнения коллекций и знакомства с музеями супруги Коте в 1913 г. совершили поездку по двадцати городам Европы. На собственные средства было приобретено около тысячи экспонатов. В этом же году в антикварном магазине в Берлине А.Ф. Коте приобрел неопубликованные письма Ч. Дарвина, наиболее ценным из которых было последнее письмо, написанное незадолго до смерти.
В распоряжении Александра Федоровича было уже несколько тысяч ценнейших экспонатов. Он считал, и в этом его поддерживала жена, что такие обширные и ценные коллекции не могут принадлежать одному человеку. В 1913 г. они были подарены Московским высшим женским курсам, перевезены в новое здание на Девичьем Поле. С этого времени коллекции, собранные А.Ф. Котсом, смонтированные и расположенные по его плану, стали называться Музеем эволюционной теории Московских высших женских курсов.
В 1922 г. он становится самостоятельным научно-просветительным государственным учреждением — Дарвиновским музеем.
Музей создавался с огромными трудностями. Денег всегда было мало. А.Ш. Коте и его супруга вкладывали в создание музея все свои средства, брали дополнительную работу, жертвовали отдыхом. Поддерживали музей друзья и знакомые. Постоянные пожертвования музею эволюционной истории МВЖК делала графиня М.А. Бобринская.
Успешному развитию музея способствовала самоотверженная и талантливая работа таксидермистов Ф.Е. и Д.Я. Шедуловых, поддержка многих друзей и единомышленников. Вокруг музея и его директора всегда держалось много способных и увлеченных людей. Работали здесь художники-анималисты В.А. Ватагин, М.Д. Езучевский, А.Н. Комаров, В.В. Трофимов, ученый-палеонтолог и художник профессор К.К. Флеров. А.Ф. Коте умел находить и поддерживать талантливых молодых людей.
Со своими первыми рисунками пришел к А.Ф. Котсу Николай Кондаков, остался здесь, жил, работал, учился. Первые оригинальные акварели для Дарвиновского музея сделал А.Н. Формозов. Многие биологи, художники, музейные работники благодарны Дарвиновскому музею и его директору за бескорыстную поддержку их первых начинаний. Вся жизнь и деятельность А.Ф. Котса были связаны с Дарвиновским музеем, пропагандой эволюционного учения, экскурсиями с демонстрацией бесценных сокровищ, многочисленными занятиями, лекциями, беседами. Они не прекращались даже в самых суровых условиях гражданской и Великой Отечественной войн.
Вклад А.Ф. Котса в орнитологию, развитие эволюционной теории, высшего биологического образования, музейного дела в нашей стране до сих пор не оценен полностью. Требует тщательного изучения большой архив (6 крупных томов) Александра Федоровича, включающий не только рукописи, но и редкие негативы и фотографии. Осенью 1995 г. в специально построенном для него здании был вновь открыт Дарвиновский музей. Уникальные экспонаты, скульптуры, картины, книги заняли свои места в прекрасно смонтированных экспозициях. Исполнились слова известного английского биолога Джулиана Хаксли, сказанные им в 1945 г. о том, что Дарвиновский музей находится в таком здании, какое заслуживают его бесценные коллекции.
3. Разработка специализированных пособий по применению конкретной музейной коллекции в школьных курсах преподавания биологии и в системе внешкольного дополнительного биологического образования
Разработка специализированных пособий по применению музейной коллекции в курсе преподавания биологических дисциплин.
В ходе реализации проекта были разработаны печатные и мультимедийные пособия для сопровождения указанных учебных курсов.