«Применение информационных технологии при моделировании биохимических реакции в процессах полимеризации актина» (стр. 6 из 6)

1 -А.Чухутина О.В. Имитационное моделирование биохимических реакций//Сборник работ 64-й научной конференции студентов и аспирантов Белгосуниверситета,2007.

2 -А.Чухутина О.В. Имитационное моделирование биохимических реакций//Материалы V республиканской научной конференции молодых ученых и студентов “Современные проблемы математики и вычислительной техники”,Брест,Беларусь,2007.

3 -А.Чухутина О.В. Построение и анализ имитационных моделей полимеризации актина//Сборник работ 65-й научной конференции студентов и аспирантов Белгосуниверситета,2008.

Предметный указатель к реферату

ARP2/3–комплекс, 9

АДФ/кофилин, 9

Актин, 7

Aлгоритм «первой реакции», 14

Глобулярная форма актина, 7

Димер, 8

Имитационное моделирование, 10

Кэп-белки, 9

Мономеры, 7

Прямой метод, 12

Фибриллярная форма актина, 7

Филамента, 7

Формин, 10

Интернет ресурсы в предметной области исследования

http://www.cell.com/biophysj/ - данный источник представляет собою наиболее полное собрание научных статей в области биологии, биохимического моделирования. Удобный интерфейс облегчает поиск нужного материала.

http://elsevier.com/ -Журнал о теоретической биологии. Ведущий форум, освещающий теоретические работы в области биологического прогресса. Освещает очень широкий круг интересов исследователей в разных областях биологии.

www.intelligen.com –сайт компании INTELLIGEN,которая занимается разработкой программ имитационного моделирования. На сайте есть возможность скачать данные программные продукты. Есть документация по их использованию.

http://www.eurosim.info/ - FEDERATION OF EUROPEAN SIMULATION SOCIETIES–Федерация Европейских ассоциации моделирования, которая обеспечивает европейски форум для региональных и национальных сообществ, занимающихся различными видами моделирования.

http://como.cheng.cam.ac.uk/ -вебсайт научной группы Кембриджского университета, занимающейся численным моделированием.

Действующий личный сайт в WWW

http://chukhutsina.narod.ru/

Граф научных интересов

аспиранта Чухутиной О.В., факультет радиофизики и электроники

Специальность физическая электроника

Смежные специальности

Основная специальность

05.13.18 – математическое моделирование, численные методы и комплексы программ

1. Исследование и разработка методов и принципов построения математических моделей. 2. Развитие, обоснование и применение математических моделей для решения актуальных научных задач естествознания (в биохимии.)

Сопутствующие специальности

03.00.04 – биохимия

1. Взаимосвязь химического строения, структуры и функций белков. Пути денатурации белковой глобулы. Современные биохимические методы исследования белков. 2. Биохимия регуляторных процессов. 3. Разработка биохимических методов исследования живых систем и получения веществ с заданными свойствами.

02.00.03 – органическая химия

1. Изучение строения и свойств органических соединений с использованием химических, физико-химических и физических методов исследования и теоретических расчетов. 2. Изучение реакционной способности и механизмов реакций органических соединений. 3. Препаративная органическая химия, разработка методов органического синтеза, его теории и практики, молекулярный дизайн, комбинаторная химия. 4. Прикладная органическая химия. 5. Промышленная органическая химия и научные основы технологии органического синтеза.составом и структурой.

Презентация магистерской диссертации

Презентация к данной работе выполнена в Microsoft Office PowerPoint 2003 и может быть скачена с личного сайта соискателя (http://chukhutsina.narod.ru/presentIT.ppt ).

Тестовые вопросы

<text>(Чухутина Ольга) Что из перечисленного является отличием XHTML от HTML:</text>

<answer id="1" right="1">в XHTML применяется синтаксис XML.</answer>

<answer id="2" right="1">в XHTML все элементы обязаны иметь закрывающий тег.</answer>

<answer id="3" right="1">Документы XHTML должны использовать нижний регистр для всех имен элементов и атрибутов HTML.</answer>

<answer id="4" right="0">HTML представляет собой словарь XML.</answer>

</answers>

</question>

<text>(Чухутина Ольга) Что из перечисленного не является характерной чертой аналитических моделей:</text>

<answer id="1" right="0">возможность получать информацию только о средних значениях рассматриваемых величин.</answer>

<answer id="2" right="1">возможность рассматривать присутствие различных шумов, связанных с дискретностью системы.</answer></answer>

<answer id="3" right="0">замена реализаций случайных величин их средними значениями.</answer>

</answers>

</question>

Список литературы к выпускной работе

1. Soo, F.S. and J.A. Theriot, Large-scale quantitative analysis of sources of variation in the actin polymerization-based movement of Listeria monocytogenes. Biophys. J., 2005. 89(1): p. 703-23.

2. Alberts, J.B. and G.M. Odell, In silico reconstitution of Listeria propulsion exhibits nano-saltation. PLoS Biol., 2004. 2(12): p. e412.

3. Carlsson, A.E., M.A. Wear, and J.A. Cooper, End versus Side Branching by Arp2/3 Complex. Biophys. J., 2004. 86: p. 1074-81.

4. Yatskou, M.M., et al., Nonisotropic excitation energy transport in organized molecular systems: Monte Carlo simulation-based analysis of time-resolved fluorescence. J. Phys. Chem. A, 2001. 105(41): p. 9498-9508.

5. Nazarov, P.V., et al., FRET study of membrane proteins: simulation-based fitting for analysis of membrane protein embedment and association. Biophys. J., 2006. 91(2): p. 454-466.

6. Nazarov, P.V., et al., Artificial neural network modification of simulation-based fitting: application to a protein-lipid system. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2004. 44(2): p. 568-74.

7. Romero, S., et al., Formin is a processive motor that requires profilin to accelerate actin assembly and associated ATP hydrolysis. Cell, 2004. 119(3): p. 419-29.

8. Halavatyi ,A, et al.,,. An integrative simulation model linking major biochemical reactions of actin-polymerization to structural properties of actin filaments.2008.p 1-6.

9. Gillespie, D.T., Approximate accelerated stochastic simulation of chemically reacting systems. J. Phys. Chem., 2001. 115(4): p. 1716-33.

10. Клячко, Н.Л. Биологическая подвижность и полимеризация актина,2000.с.2-4

11. Kovar, D.R., Molecular details of formin-mediated actin assembly. Curr. Opin. Cell Biol., 2006. 18(1): p. 11-7.

12. Gillespie, D.T., Exact stochastic simulation of coupled chemical reactions. J. Phys. Chem., 1977. 81(25): p. 2340-2361.

13. Gillespie, D.T., A general method for numerically simulating the stochastic time evolution of coupled chemical reactions. J. Comput. Phys., 1976. 22: p. 403-434.

14. Cao, Y., H. Li, and L. Petzold, Efficient formulation of the stochastic simulation algorithm for chemically reacting systems. J Chem Phys, 2004. 121(9): p. 4059-67.

15. Cao, Y., et al., The numerical stability of leaping methods for stochastic simulation of chemically reacting systems. J Chem Phys, 2004. 121(24): p. 12169-78.

16. Gibson, M.A. and J. Bruck, Efficient Exact Stochastic Simulation of Chemical Systems with Many Species and Many Channels. J. Phys. Chem., 2000. 104: p. 1876-89.

17. Pollard, T.D., Rate constants for the reactions of ATP- and ADP-actin with the ends of actin filaments. J Cell Biol, 1986. 103: p. 2747-54.

18. Carlsson, A.E., Actin Polymerization Overshoots and Hydrolysis as Assayed by Pyrene Fluorescence, 2008 p. 140-70.

19. Carlsson, A.E., Structure of Autocatalytically Branched Actin Solutions. PhysRevLett, 2004. 92(23): p. 238102-1-4.

Приложения