«Применение информационных технологии при моделировании биохимических реакции в процессах полимеризации актина» (стр. 6 из 6)
1 -А.Чухутина О.В. Имитационное моделирование биохимических реакций//Сборник работ 64-й научной конференции студентов и аспирантов Белгосуниверситета,2007.
2 -А.Чухутина О.В. Имитационное моделирование биохимических реакций//Материалы V республиканской научной конференции молодых ученых и студентов “Современные проблемы математики и вычислительной техники”,Брест,Беларусь,2007.
3 -А.Чухутина О.В. Построение и анализ имитационных моделей полимеризации актина//Сборник работ 65-й научной конференции студентов и аспирантов Белгосуниверситета,2008.
Предметный указатель к реферату
ARP2/3–комплекс, 9
АДФ/кофилин, 9
Актин, 7
Aлгоритм «первой реакции», 14
Глобулярная форма актина, 7
Димер, 8
Имитационное моделирование, 10
Кэп-белки, 9
Мономеры, 7
Прямой метод, 12
Фибриллярная форма актина, 7
Филамента, 7
Формин, 10
Интернет ресурсы в предметной области исследования
http://www.cell.com/biophysj/ - данный источник представляет собою наиболее полное собрание научных статей в области биологии, биохимического моделирования. Удобный интерфейс облегчает поиск нужного материала.
http://elsevier.com/ -Журнал о теоретической биологии. Ведущий форум, освещающий теоретические работы в области биологического прогресса. Освещает очень широкий круг интересов исследователей в разных областях биологии.
www.intelligen.com –сайт компании INTELLIGEN,которая занимается разработкой программ имитационного моделирования. На сайте есть возможность скачать данные программные продукты. Есть документация по их использованию.
http://www.eurosim.info/ - FEDERATION OF EUROPEAN SIMULATION SOCIETIES–Федерация Европейских ассоциации моделирования, которая обеспечивает европейски форум для региональных и национальных сообществ, занимающихся различными видами моделирования.
http://como.cheng.cam.ac.uk/ -вебсайт научной группы Кембриджского университета, занимающейся численным моделированием.
http://chukhutsina.narod.ru/
аспиранта Чухутиной О.В., факультет радиофизики и электроники
Специальность физическая электроника
| Смежные специальности |
Основная специальность
| 05.13.18 – математическое моделирование, численные методы и комплексы программ |
| 1. Исследование и разработка методов и принципов построения математических моделей. 2. Развитие, обоснование и применение математических моделей для решения актуальных научных задач естествознания (в биохимии.) |
Сопутствующие специальности
| 03.00.04 – биохимия |
| 1. Взаимосвязь химического строения, структуры и функций белков. Пути денатурации белковой глобулы. Современные биохимические методы исследования белков. 2. Биохимия регуляторных процессов. 3. Разработка биохимических методов исследования живых систем и получения веществ с заданными свойствами. |
| 02.00.03 – органическая химия |
| 1. Изучение строения и свойств органических соединений с использованием химических, физико-химических и физических методов исследования и теоретических расчетов. 2. Изучение реакционной способности и механизмов реакций органических соединений. 3. Препаративная органическая химия, разработка методов органического синтеза, его теории и практики, молекулярный дизайн, комбинаторная химия. 4. Прикладная органическая химия. 5. Промышленная органическая химия и научные основы технологии органического синтеза.составом и структурой. |
Презентация магистерской диссертации
Презентация к данной работе выполнена в Microsoft Office PowerPoint 2003 и может быть скачена с личного сайта соискателя (http://chukhutsina.narod.ru/presentIT.ppt ).
Тестовые вопросы
<question type="close" id="59">
<text>(Чухутина Ольга) Что из перечисленного является отличием XHTML от HTML:</text>
<answers type="request">
<answer id="1" right="1">в XHTML применяется синтаксис XML.</answer>
<answer id="2" right="1">в XHTML все элементы обязаны иметь закрывающий тег.</answer>
<answer id="3" right="1">Документы XHTML должны использовать нижний регистр для всех имен элементов и атрибутов HTML.</answer>
<answer id="4" right="0">HTML представляет собой словарь XML.</answer>
</answers>
</question>
<question type="close" id="559">
<text>(Чухутина Ольга) Что из перечисленного не является характерной чертой аналитических моделей:</text>
<answers type="request">
<answer id="1" right="0">возможность получать информацию только о средних значениях рассматриваемых величин.</answer>
<answer id="2" right="1">возможность рассматривать присутствие различных шумов, связанных с дискретностью системы.</answer></answer>
<answer id="3" right="0">замена реализаций случайных величин их средними значениями.</answer>
</answers>
</question>
Список литературы к выпускной работе
1. Soo, F.S. and J.A. Theriot, Large-scale quantitative analysis of sources of variation in the actin polymerization-based movement of Listeria monocytogenes. Biophys. J., 2005. 89(1): p. 703-23.
2. Alberts, J.B. and G.M. Odell, In silico reconstitution of Listeria propulsion exhibits nano-saltation. PLoS Biol., 2004. 2(12): p. e412.
3. Carlsson, A.E., M.A. Wear, and J.A. Cooper, End versus Side Branching by Arp2/3 Complex. Biophys. J., 2004. 86: p. 1074-81.
4. Yatskou, M.M., et al., Nonisotropic excitation energy transport in organized molecular systems: Monte Carlo simulation-based analysis of time-resolved fluorescence. J. Phys. Chem. A, 2001. 105(41): p. 9498-9508.
5. Nazarov, P.V., et al., FRET study of membrane proteins: simulation-based fitting for analysis of membrane protein embedment and association. Biophys. J., 2006. 91(2): p. 454-466.
6. Nazarov, P.V., et al., Artificial neural network modification of simulation-based fitting: application to a protein-lipid system. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2004. 44(2): p. 568-74.
7. Romero, S., et al., Formin is a processive motor that requires profilin to accelerate actin assembly and associated ATP hydrolysis. Cell, 2004. 119(3): p. 419-29.
8. Halavatyi ,A, et al.,,. An integrative simulation model linking major biochemical reactions of actin-polymerization to structural properties of actin filaments.2008.p 1-6.
9. Gillespie, D.T., Approximate accelerated stochastic simulation of chemically reacting systems. J. Phys. Chem., 2001. 115(4): p. 1716-33.
10. Клячко, Н.Л. Биологическая подвижность и полимеризация актина,2000.с.2-4
11. Kovar, D.R., Molecular details of formin-mediated actin assembly. Curr. Opin. Cell Biol., 2006. 18(1): p. 11-7.
12. Gillespie, D.T., Exact stochastic simulation of coupled chemical reactions. J. Phys. Chem., 1977. 81(25): p. 2340-2361.
13. Gillespie, D.T., A general method for numerically simulating the stochastic time evolution of coupled chemical reactions. J. Comput. Phys., 1976. 22: p. 403-434.
14. Cao, Y., H. Li, and L. Petzold, Efficient formulation of the stochastic simulation algorithm for chemically reacting systems. J Chem Phys, 2004. 121(9): p. 4059-67.
15. Cao, Y., et al., The numerical stability of leaping methods for stochastic simulation of chemically reacting systems. J Chem Phys, 2004. 121(24): p. 12169-78.
16. Gibson, M.A. and J. Bruck, Efficient Exact Stochastic Simulation of Chemical Systems with Many Species and Many Channels. J. Phys. Chem., 2000. 104: p. 1876-89.
17. Pollard, T.D., Rate constants for the reactions of ATP- and ADP-actin with the ends of actin filaments. J Cell Biol, 1986. 103: p. 2747-54.
18. Carlsson, A.E., Actin Polymerization Overshoots and Hydrolysis as Assayed by Pyrene Fluorescence, 2008 p. 140-70.
19. Carlsson, A.E., Structure of Autocatalytically Branched Actin Solutions. PhysRevLett, 2004. 92(23): p. 238102-1-4.
