Контрольное управление в структуре Администрации Президента в лице его начальника – Главного государственного инспектора – имело особый статус. Но главное, что сам Главный государственный инспектор имел право еженедельного доклада Президенту, которым постоянно пользовался. Именно на Контрольное управление была возложена обязанность делать представление на назначение и снятие руководителей регионов. Для региональных руководителей, занимавших в советский период хозяйственные должности и привыкших к системе работы Совета Министров СССР и Совета Министров РСФСР, такая ситуация была необычна и неприятна. Вот как, например, оценивал эту ситуацию глава администрации Хабаровского края Виктор Ишаев: «Меня это просто поражает, как не хозяйственный субъект, ладно увольняет, но подбирает главу администрации? Откуда контрольному управлению – органу сугубо политическому – знать деловые качества человека? И почему на практике не заведено, чтобы с кандидатом в главы администрации перед тем, как его утвердит Президент, обязательно провел собеседование премьер-министр?» (Известия. 1993, 30 июня.)
Представление Главного государственного инспектора вовсе не всегда приводило к соответствующим кадровым решениям Президента России. На принятие решения оказывали весьма сильное влияние длительные аппаратные согласования и различные, часто прямо противоположные советы влиятельных чиновников. В качестве примера можно привести тот факт, что Валерий Махарадзе так и не смог снять с должности главы администрации Волгоградской области Ивана Шабунина, с которым конфликтовал еще будучи председателем Волгоградского Облсовета.
Преемник Валерия Махарадзе на должности начальника Контрольного управления Юрий Болдырев в 1992 году трижды делал представление на снятие главы администрации Краснодарского края за грубые нарушения законодательства, но только в декабре этого года считавшийся «сподвижником Президента» Василий Дьяконов был снят с должности губернатора. Юрий Болдырев, полагавший, что государственный контроль не должен по-разному относиться к «своим» и «чужим», попытался даже провести проверку деятельности московской мэрии, но по указанию Президента вынужден был вскоре ее прекратить. При этом он отказывался выполнять переданное ему устное распоряжение и потребовал письменного подтверждения. Такой подход Юрия Болдырева к принятию решений вызвал неудовольствие высших руководителей страны и, что особенно примечательно, непонимание в административной среде. После проведения проверки Западной группы войск в феврале 1993 года и выступления Юрия Болдырева по телевидению с разоблачениями фактов коррупции в руководстве страны должность Главного государственного инспектора была упразднена. По-видимому, другие способы снятия Юрия Болдырева с этой должности были признаны менее эффективными. Контрольное управление утратило относительную самостоятельность и было однозначно подчинено руководителю Администрации Президента. Начальником управления был назначен Алексей Ильюшенко, которому предстояло изучить компрометирующие высшее руководство страны сведения, якобы собранные Александром Руцким, побывать в должности и. о. Генерального прокурора, так и не утвержденной Советом Федерации, и, наконец, попасть под следствие по делу о коррупции.
Другим особым учреждением в структуре президентской администрации стало созданное в 1991 году Сергеем Шахраем Государственно-правовое управление (ГПУ), призванное осуществлять экспертизу законов, передаваемых на подпись Президенту, а также проектов его собственных указов. Поскольку президентские указы в России выполняли роль замещающего или конкурирующего законодательства, сфера профессиональной деятельности ГПУ в реальности оказалась весьма обширной. Однако после ухода с должности руководителя в 1992 году Сергея Шахрая, конфликтовавшего с руководством администрации и президентского секретариата, ГПУ потеряла особый статус и ту самостоятельность, которую имела при своем создании. Тем не менее, работы у возглавившего это управление Александра Котенкова было немало. В частности, в 1993 году был издан Указ №1400, заменявший – в части устройства государственной власти – Конституцию РСФСР и имевшееся на тот момент законодательство, а осень этого года можно считать просто рекордной по объемам указного нормотворчества. Обилие указов Президента в этот период было призвано преодолеть кризис в отношениях президентской власти и Верховного Совета РСФСР, в частности через замену норм законов, принятых и принимаемых парламентом страны, на нормы указов Президента.
Обозреватель газеты «Сегодня» Сергей Пархоменко подсчитал, что за один только месяц после 21 сентября было выпущено 200 указов! «По признанию одного из советников Президента по правовым вопросам, законодательный процесс в системе администрации давно стал «многоканальным». Право подготовки нормативных документов широко разошлось по кабинетам Кремля, Старой площади и их окрестностей. Без подписи Президента, успокаивает он, ни один из указов света, конечно, не увидит. Что же до контроля – «Ну, ГПУ пытается успеть все проанализировать… Ну, постольку поскольку… Ну, более или менее…» (Пархоменко С. Теперь – свободен // Сегодня. 1993, 21 октября).
По утверждению журналистов «Известий», Александр Котенков не раз «приходил в ярость» от проектов указов, рождавшихся в президентском секретариате. Следует отметить также постоянные трения и даже открытую конфронтацию между ГПУ и Министерством юстиции, бывшие руководители которого Николай Федоров и Юрий Калмыков не раз с недовольством говорили о привилегиях президентской структуры, ее амбициозности и конфликтности. Например, Юрий Калмыков возмущался тем, что «проект Гражданского кодекса, который тщательно и долго готовился признанными специалистами по поручению Президента и Правительства, и в этом не было никакой тайны для ГПУ, застрял там «на согласовании» без всякого движения в течение месяцев. Это уже после одобрения правительством и обещания со стороны Президента поддержать законодательную инициативу» (Известия. 1994, 21 апреля).
В складывающейся новой системе управления страной важнейший государственный вопрос – о подготовке и правовом обеспечении указов и решений Президента – оставался не урегулированным ни законодательно, ни административно. Весьма показательно, что о неясности и запутанности процедуры разработки и «прохождения» проектов указов заявляли публично руководитель Администрации Сергей Филатов и первый помощник Президента Виктор Илюшин.
Особенностью функционирования Администрации Президента с самого начала ее работы являлось то, что формальный руководитель администрации не был единственным ее действительным главой. До лета 1996 года эта структура представляла собой административный организм с тремя руководителями. При этом формальный руководитель Администрации Президента несколько раз менялся, а два других руководителя оставались на своих должностях. Речь идет о руководителе президентского секретариата и начальнике президентской охраны. Первый помощник Президента Виктор Илюшин возглавлял личную канцелярию Президента и расширявшуюся службу помощников Президента (включая референтов и пресс-секретаря), определял распорядок дня Президента, состав и очередность его посетителей. По некоторым оценкам, особенно большое влияние Виктор Илюшин приобрел осенью 1993 года, когда в ситуации приближающегося решительного столкновения с Верховным Советом именно ему Ельцин доверил готовить указ №1400. А проявивший колебания Сергей Филатов, бывший руководителем Администрации Президента, той же осенью стал терять доверие Президента и вместе с ним – свою политическую значимость. Самым же неформальным, но и самым сильным было влияние на принятие решений начальника Службы безопасности Президента генерал-майора Александра Коржакова. Влиятельность этого генерала, слухи о которой постоянно распространялись, после октября 1993 года стала явной. В критические октябрьские дни Александр Коржаков «курировал» министра обороны, руководил арестом и препровождением в тюрьму «Лефортово» главных противников Президента. Алексей Казанник, недолго занимавший пост Генерального прокурора в конце 1993 – начале 1994 годов, после отставки рассказывал, что в Администрации Президента ему советовали для подписания какого-то указа без соответствующей разработки обращаться не к первому помощнику Президента, а к начальнику его личной охраны Александру Коржакову, который и решит все проблемы. В декабре 1994 года разразились сразу два скандала, показавшие действительную сферу интересов и возможностей начальника президентской охраны: силовая акция президентской Службы безопасности против ТОО «Группа МОСТ» и письмо Александра Коржакова Председателю Правительства Виктору Черномырдину, в котором осуждались правительственные меры по либерализации экспорта нефти и предлагалось поручить Олегу Сосковцу провести ревизию этих решений, восстанавливающую режим спецэкспортеров. В 1995 году в средствах массовой информации обсуждалась тема об имеющемся в президентской Службе безопасности аналитическом центре, материалы которого рассылаются узкому кругу высокопоставленных лиц. В публикуемых СМИ рейтингах ведущих политических фигур начальник президентской охраны в тот период прочно занимал позицию сразу после Президента и Председателя Правительства.
С деятельностью Александра Коржакова и его протеже Николая Егорова связана самая мрачная страница постсоветской истории Российской Федерации – война в Чечне. Николай Егоров, назначенный в декабре 1992 года губернатором Краснодарского края (где Президент обычно проводил свой отпуск), стал в 1994 году министром по делам национальностей, а в начале 1996 года – руководителем президентской администрации. Именно Николай Егоров на определенном этапе и стал координатором государственной политики в отношении Чечни.