С 1722 г. фискалы прикреплялись ко всем коллегиям. Фискальные службы были в вооруженных силах и при церковном управлении. Фискалы следили за деятельностью должностных лиц органов сословного самоуправления горожан, за соблюдением купцами законов, государственного и государева интереса. Они должны были за всеми делами тайно «надсматривать и проведывать», выявлять казнокрадство и взяточничество, а также расследовать происшествия, которые могли быть корыстными преступлениями (смерть последнего в роду наследодателя, не оставившего завещания; убийство приезжего и т.п.). О выявленных злоупотреблениях они доносили генерал-фискалу, а тот возбуждал дело перед Сенатом или передавал материалы в Тайную канцелярию. Позднее фискалы обязывались доносить о злоупотреблениях также и местным администраторам, обличать в суде обвиняемых ими людей. Если при этом фискалы имели какой-то личный интерес, то подлежали жестокому наказанию. Им было запрещено вступать в подряды. Назначаемые из незнатных семей, стимулируемые за доносы половиной налагаемого на виновных штрафа и освобожденные от ответственности за недоказанный донос, а также пользуясь личной поддержкой царя, фискалы были опасны чиновникам и крайне непопулярны в бюрократической среде. Даже Петр I признавал, что чин фискала «тяжел и ненавистен». Их пытались опорочить, устраняли из Сената, подчиняли Юстиц-коллегии, а с учреждением прокуратуры фактически передали в ее подчинение.
Прокуратура была учреждена в 1722 г. Она создавалась как гласный высокопоставленный, особо доверенный царю, централизованный государственный орган надзора. Возглавивший прокуратуру генерал-прокурор был подчинен непосредственно и исключительно императору. Были назначенье также обер-прокуроры при Сенате и Синоде, прокуроры при коллегиях, провинциальных и надворных судах.
Генерал-прокурор, а в его отсутствии — обер-прокурор, председательствовали в Сенате, фактически возглавляли сенатскую канцелярию, жестко следили за прохождением дел, их обсуждением в Сенате и исполнением решений. Прокуроры при коллегиях присутствовали на заседаниях соответствующих коллегий, в случае правонарушений должны были протестовать, останавливать исполнение решений и через генерал-прокурора доносить о непорядках в поднадзорных им учреждениях Сенату и императору. Прокуроры проверяли протоколы заседаний, отчетность, финансовую и иную документацию в учреждениях, получали информацию от фискалов.
Все прокуроры были строго подчинены генерал-прокурору, правовое положение которого в указе императора определялось так: «яко око наше и стряпчий в делах государственных, того ради верно поступать, ибо перво на нем взыскано будет». В отличие от фискалов прокуроры отвечали даже за неумышленные правонарушения. Прокуроры, нарушившие закон или недостаточно ревностно исполнявшие свои служебные обязанности, подлежали суду Сената, а генерал- и обер-прокуроры — только суду императора, который штрафовал или определял иное наказание по своему усмотрению. Прокуроры, как фискалы, не могли принимать самостоятельных решений, но, осуществляя жесткий и всеобъемлющий надзор за коллегиальными учреждениями, они должны были в условиях абсолютизма корректировать недостатки коллегиальности. Становление прокуратуры при Петре I не было завершено, но этому государственному органу была предназначена долгая и сложная жизнь.
При Петре I проводилась и судебная реформа, суть которой состояла в отделении суда от администрации. Вначале в губерниях были учреждены единоличные судьи — ландрихтеры. В 1719 г. их заменили надворные суды, состоявшие из президента, вице-президента и асессоров. Тогда же в провинциях были учреждены нижние суды, в состав которых входили обер-ландрихтер и асессоры, а в городах, не являвшихся губернскими или провинциальными центрами — единоличные судьи. Создаваемую судебную систему возглавляла Юстиц-коллегия.
Однако судебная реформа была неудачной. Обособленные от администрации суды на местах были созданы не повсюду, а уже созданные были фактически подчинены губернаторам и воеводам, которые часто и председательствовали в судах. В 1722 г. нижние суды были упразднены, а судебные функции в провинциях переданы присутствию в составе воеводы и асессоров. Судопроизводство продолжали осуществлять Сенат и сам царь, все коллегии, Преображенский приказ, Тайная, полицмейстерские и иные канцелярии, а также другие государственные учреждения по делам, отнесенным к их административной или розыскной компетенции, и в отношении подвластных им лиц.
С созданием регулярной армии и военно-морского флота создается военная судебная система, которую возглавлял генеральный кригсрехт. Низший инстанцией был полковой кригсрехт, состоявший из презуса (председателя) и асессоров. Подготовкой дел к рассмотрению в судах занимались аудиторы. Вышестоящие, и гражданские, и военные, суды были не только судами второй инстанции, но и осуществляли судебные функции в качестве суда первой инстанции, особенно по наиболее важным делам.
Как и ранее, обособленным оставался духовный суд, совпадавший с органами церковного управления. Судебные функции осуществляли магистраты — в отношении горожан, и органы управления — в крестьянских общинах. Были также коммерческие суды. Суд и расправу в отношении крепостных крестьян осуществляли помещики и назначенные ими лица. Посессионных, приписных крестьян и работных людей судили и наказывали руководители и владельцы предприятий, приказчики.
Судебные и административно-полицейские учреждения имели, как правило, свои (или совместные) тюремные и арестантские заведения («колодничьи избы» и «палаты», «чуланы»). В них содержались задержанные, подозреваемые в правонарушениях, производилось расследование. Осужденных на каторжные работы в Петербурге направляли на каторжный двор, который подчинялся то Адмиралтейской коллегии, то Главной полицмейстерской канцелярии. Женщин направляли на работу на прядильный двор (в шпингауз). Возводились новые тюрьмы, но и они были переполнены. Узаконенное еще в XVII в. раздельное содержание мужчин и женщин; разбойников, татей и сидельцев «по истцовым делам» не всегда соблюдалось, хотя тюрьмы строились уже с XVII в. В Москве была даже «бражная» тюрьма для задержанных за пьянство, «холопья» тюрьма для содержания пойманных холопов и крестьян, дворовых людей, сбежавших от владельцев. Широко использовались тюремные помещения при монастырях. Политической тюрьмой становилась Петропавловская крепость. Земляные тюрьмы упразднились указом 1724 г. Содержание в тюрьмах за счет казны было скудным, «кормовых денег» на пропитание не хватало, поэтому «колодников» выводили для сбора милостыни. Труд заключенных, как подследственных, так и осужденных, широко использовался, для того чтобы компенсировать расходы по их содержанию и возместить ущерб от преступлений.
Ведение длительных и тяжелых внешних и внутренних войн ускорило создание в России регулярной армии и военно-морского флота. Стрелецкие части, формирования дворянского ополчения, а также создавшиеся на период войны полки нового строя уже не отвечали требованиям того времени. Петр I ускорил проведение военной реформы.
Ядром новой армии стали выросшие из «потешных» гвардейские Преображенский и Семеновский полки. Полк оставался высшей тактической единицей. Сформировались основные виды войск: пехота (инфантерия), кавалерия и артиллерия, создавались инженерные войска.
Введение единой системы комплектования вооруженных сил основывалось на рекрутском наборе, сформировавшейся в 1699-1705 гг. Вначале брали одного рекрута от 20 дворов крестьян, дворовых и посадских людей — один раз в пять лет или ежегодно от 100 дворов из числа годных к военной службе юношей в возрасте 15-20 лет, а с 1708 г. — 20-30 лет. С 1724 г. количество рекрутов от административно-территориальных единиц определялось численностью мужских ревизских душ. Служба была пожизненной. Дворяне, а позднее и купцы, сыновья служителей церкви и другие категории населения были освобождены от рекрутской повинности.
Расквартирование войск даже в столицах производилось на основе постоя в частных домах. От постойной повинности освобождались дома наиболее привилегированных лиц. В городах постоянно находились гарнизонные части, которые состояли в ведении Военной коллегии, но прикреплялись к губернским или воеводским канцеляриям для поддержания внутреннего порядка. Эти полицейские силы по своей численности приближались к полевой армии. После 1706 г. они были организованы по типу и штатам полевых войск. Численность их росла — в 20-е гг. было 45 пехотных и 4 драгунских полка, 3 отдельных батальона и один эскадрон. С 1711 г. создавалась «ландмилиция» из бывших солдат, рейтар, драгун, поместной конницы и т.п. В 1723 г. численность шести иррегулярных полков ландмилиции достигла б тыс. человек. Отдельную группу составляли казачьи полки и национальные формирования.
В условиях громадных расходов на ведение войн, строительство флота, содержание армии и все увеличивавшегося государственного аппарата, возведение городов, сооружение портов и промышленных предприятий, а также субсидирование ряда неудачных внешнеполитических акций финансовая система страны была во все возраставшем кризисе. Основной финансовой реформой, осуществленной Петром I, была замена в 1718 г. подворного обложения подушной податью. Проводились ревизии для установления правильности учета податного населения. Значительный доход казне давали питейные сборы, основанные на винной монополии государства. Вводились иные всевозможные налоги, сборы и пошлины (с товаров на внутренних и внешних таможнях, с постоялых дворов, с хомутов, с дубовых гробов, за ношение бороды и т.д.). Широко применялись штрафы за различные правонарушения (например, по копейке за квадратную сажень не подметенной возле дома улицы). Штрафовались чиновники и канцелярские служители за упущения по службе (при этом штрафы нередко поглощали значительную часть жалования, которое и без того не выплачивалось годами). При повышении по службе и присвоении очередного чина полагались взносы на содержание лечебных учреждений.