По реформе 1864 г. всякое участие губернатора в назначении судебного следователя на должность и в его увольнении с должности исключалось. Отныне, судебный следователь, также как и судья, назначался на должность указом Императора по представлению министра юстиции.
Был введен принцип несменяемости судебных следователей, схожий с принципом несменяемости судей. Назначенные на свои должности судебные следователи состояли в них пожизненно. Увольнение допускалось только по личному прошению следователя или на основании приговора уголовного суда. Перевод следственного судьи из участка в участок допускался только по решению общего собрания членов суда и утверждался Императором. В целом статус судебных следователей был значительно повышен. Их должность была приравнена к должности члена окружного суда. Судебные следователи стали чиновниками 6 класса (гражданский чин коллежского советника, воинское звание полковника). Им предоставлялось жилье и средства на разъезды.
Устанавливались достаточно высокие требования для занятия должности судебного следователя. На данную должность могли претендовать российские поданные мужского пола, имевшие высшее юридическое образование, достигшие возраста 25 лет, а также служившие по судебной части не менее 3-лет в звании не ниже секретаря окружного суда либо состояние кандидатом на судебной должности не менее 4-х лет и имеющие достаточные познания по следственной части. Присяжные проверенные (адвокаты) назначались на должность судебного следователя при стаже работы не менее 10 лет и наличии свидетельства судов, при которых они состояли, о добросовестном исполнении своих обязанностей.
Сохранялось также правило о том, что судебный следователь мог привлекаться к рассмотрению дела в суде в качестве судьи, если он не производил по этому делу предварительное следствие.
Кроме судебных следователей, работающих по участкам, существовали также иные судебные следователи и просто следователи, исправляющие обязанности судебных следователей. То есть, органы предварительного следствия, кроме судебных следователей, включали и другие институты. Органы предварительного следствия по Уставу уголовного судопроизводства 1864 г. достаточно четко выделены, кроме судебных следователей, работающих по судебным участкам, к органам предварительного следствия относились:
- Исправляющие должность судебного следователя. Эти должностные лица с 1870 г. при отсутствии на судебном участке судебного следователя пользовались всеми его правами, кроме права несменяемости и других преимуществ судебной службы.
- Судебные следователи по важнейшим делам. Должности таких следователей введены в 1870 г. они производили следствие на всей территории округа того суда, при котором состояли.
- Судебные следователи по особо важным делам. Эти следователи работали только в столицах и городах, где находились судебные палаты. Они производили следствие по предложению прокурора окружного суда на территории округа того суда, при котором состояли, по предложению прокурора палаты на территории округа палаты и по предложению министра юстиции - на всей территории Империи.
- Мировые судьи. Они производили предварительное следствие в некоторых окраинных местностях Империи.
- Следователи военного и военно-морского ведомства. Эти следователи производили предварительное следствие по делам о преступлениях «лиц военных ведомств».
- Органы предварительного следствия по государственным преступлениям.
Следователь самостоятельно возбуждал уголовное дело, производил допросы, очные ставки, обыски выемки, осмотры, освидетельствования, назначал производство экспертиз, предъявлял обвинение, определял меру пресечения, в том числе арест, и момент окончания следствия. Некоторые ограничения власти были связаны с осуществлением прокурорского надзора, наложением ареста на имущество обвиняемого (необходимо разрешение суда) и с прекращением уголовного дела, ибо это действие находилось в компетенции суда. При взятии под стражу обвиняемого следователь немедленно уведомлял лицо, осуществляющее прокурорский надзор. Он также был обязан исполнять законные требования прокурора, касающиеся исследования дела и сбора доказательств.
На следователя была возложена обязанность беспристрастно выяснять обстоятельства как уличающие обвиняемого, так и оправдывающие его, принимать все меры, необходимые для производства следствия. При этом он мог проверять и дополнять дознание, проведенное полицией, отменять решения, принятие при производстве дознания. Следователь был вправе поручить полиции производство дознания и собирание иной информации.
Задачей объективности расследования объяснялась возможность отвода следователя обвиняемым, частным, обвинителем или гражданским истцом. В этом случае вопрос решался окружным судом. Все действия, произведенные следователем, могли быть обжалованы в окружной суд.
В результате судебной реформы 1864 г. произошло организационное разделение следствия и дознания. По этому поводу член Орловского окружного суда В. Федотов-Чеховский в 1897 г. писал: «Безнаказанность преступлений, насколько она зависит от следственного труда наших должностных лиц, происходит в России главным образом от плохой работы чинов полиции при розыске, а не от неудовлетворительных качеств труда наших судебных следователей. Это положение дает мне основание утверждать, что без улучшения розыска никакие реформы по следственной части не принесут России существенной пользы. Ожидать от одного судебного следователя удовлетворительных результатов в следственном деле так же неосновательно, как... ожидать от художника картины без кистей, красок и полотна». Все же организационная связь предварительного расследования и дознания в тот период не получила должной законодательной регламентации.
В год пятидесятилетия судебной реформы в 1914 г. вышли три тома систематического комментария к Уставу уголовного судопроизводства.
Комментируя раздел второй Устава, авторы отметили: «Точного, формального разграничения полицейского производства (сыск, дознание) от предварительного судебного Уставом уголовного судопроизводства не сделано; дознание и следствие, как бы сливаясь, преследуют общими силами одну и ту же цель - действительное выяснение картины преступления или события, имеющего признаки такового».
После октября 1917 г. и до наших дней определение соотношения следствия и дознания и их ведомственной принадлежности было предметом острых дискуссий практических работников и ученых.
Прежняя судебная система практически полностью была разрушена. Органами следствия стали специальные комиссии при городских и районных советах Петрограда, Москвы и других городов. Расследованием преступлений занимались также штабы Красной гвардии, хотя законодательной регламентации их деятельности не существовало.
Декрет Совета Народных Комиссаров РСФСР № 1 «О суде» от 22 ноября 1917 года упразднил институт судебных следователей. Предварительное следствие стало производиться местными судьями. При советах создавались особые следственные комиссии для расследования политических преступлений, относившихся к ведению революционных трибуналов. Решения по уголовным делам, расследуемым следственными комиссиями, в основном принимались ими в полном объеме. Это решения о возбуждении уголовного дела, прекращении, избрании и изменении меры пресечения, окончания следствия. Право окончательного решения вопроса о прекращении дела принадлежало только суду.
Согласно Декретам о суде № 2 и № 3 (март и июль 1918 года соответственно) в России образовывались следственные комиссии окружных судов, которые осуществляли предварительное следствие по делам об убийствах, причинении тяжких телесных повреждений, изнасиловании, бандитизме, разбоях, подделке денежных знаков, взяточничестве и спекуляции, а также по наиболее сложным делам, подсудным уездным и городским судам.
Положением о народном суде РСФСР от 30 ноября 1918 года расследование уголовных дел, подлежащих коллегиальному рассмотрению судьей и заседателями, осуществлялось уездными и городскими следственными комиссиями. По остальным делам суд ограничивался дознанием, проведенным милицией, или принимал решение о передаче их в следственную комиссию. В случаях, не терпящих отлагательства, предварительное следствие могло быть поручено народному судье.
Расследование государственных преступлений входило в обязанности ВЧК. Инструкцией об организации рабоче-крестьянской милиции, принятой в октябре 1918 года, к компетенции милиции и уголовного розыска было отнесено расследование уголовных дел, переданных им народным судом или следственными комиссиями. Для расследования этих дел в аппаратах уголовного розыска и ВЧК вводились должности следователей.
В 1919 году создаются специальные органы предварительного следствия в Вооруженных силах. Таковыми являлись военные следователи, состоящие при революционных военных трибуналах разного уровня и при окружных и губернских военных комиссариатах. При этом военные следователи революционных трибуналов действовали самостоятельно под надзором председателя судебного органа, а следователи окружных и губернских военных комиссариатов объединялись в следственные коллегии, которые рассматривали все постановления следователей о направлении уголовных дел.