Оказавшись в Швейцарии, Руссо мнит себя свободным, но враги преследуют его. Через девять дней после Парижа Женева тоже сжигает «Эмиля». Затем Берн, затем Невшатель. «Вся Европа в беспримерной ярости прокляла меня… Я был для неё нечестивцем, безбожником, сумасшедшим, бешеным, диким зверем, волком».
После долгих поисков он находит временное убежище во владениях прусского короля, в Невшательском графстве, хотя ему противны были милости Фридриха Второго, которого он не любил, - этим он резко отличался от французских философов, льстивших королю. Обосновавшись, 9 июля 1762 года, в Мотье, В Валь – травер, он прожил здесь два года. По прошествии некоторого времени он снова бросается на защиту собственной позиции и ищет подтверждения собственных взглядов. Им начат новый виток борьбы с врагами. Руссо выступает против церкви и от имени истинного христианства бросает обвинение фарисеям от реформации. Все пасторы приняли это на свой счёт, после чего для Руссо закрываются двери храма в Мотье, ему отказывают в причастии и предают анафеме, против него настраивают народ, в деревнях его бьют камнями и грозятся убить. Ночное нападение на его домик вынуждает его в сентябре 1765 года спастись бегством. Прожив месяц на острове св. Петра, у Бьеннского озера, он получает из Берна приказ немедленно покинуть его.
Получив приглашение от английского историка Давида Юма, он через париж, где ему было запрещено останавливаться, отправился в Англию, в Лондон, оттуда в графство дерби, в Вутун. Однако там Руссо проводит немного времени. Не совсем обычное поведение хозяина обостряет болезненную мнительность гостя. Руссо представлялось, что Юм - один из агентов заговора, составленного против него. Охваченный паническим ужасом он бежал из Англии. Он колесил по Франции, в припадке безумия каждое своё1 письмо заканчивая криком: «Я не виновен». Наконец, его пустили в Париж, и, заняв убогое жилище на улице Платриер, он стал переписывать ноты.
Написав «Исповедь», последняя страница которой – плод его больного воображения и помутившегося рассудка, он решил устроить чтение для избранных друзей. Но те, кто боялся увидеть себя разоблачённым на страницах этой книги через посредство полиции запретили его чтения. Но и это не останавливает Руссо. Он пишет бредовые «Диалоги Руссо с Жан – Жаком», которые дают полный самоанализ и вместе с тем представляют собой совершенно фантастическую историю заговора. Убеждённый в том, что никто, кроме Бога не услышит его отчаянного крика, он решается передать ему рукопись и хочет положить её на престол Собора Парижской Богоматери, но ход в алтарь оказывается закрытым.
В последнем своём произведении, в «Прогулках одинокого мечтателя» перед читателем возникает тот же сумасшедший, что и в «Диалогах», но уже тихий, кроткий и грустный. Теперь он знает, то есть ему кажется, что он знает, что ему нечего ждать в будущем какой бы то ни было справедливости: «И вот я один на земле, я сам себе близкий человек, друг, брат, общество». Он воскрешает в памяти редкие счастливые дни своей жизни, особенно те, когда ему удавалось раствориться в природе, слиться с Космосом.
За месяц до смерти Руссо покидает своё убогое жилище. Богатый дворянин господин де Жирарден увозит его за девять миль от столицы, в Эрменонвиль, одно из самых красивых селений Франции. Там он и встретил смерть, скончавшись 2 июля 1778 года. Врачи нашли у него опухоль в мозгу и констатировали «апоплексический удар на почве острой уремии». Умирая с осознанием, что он «один в целом мире», Руссо не знал, что им завоёваны и настоящее, и будущее. За последние года его жизни, с 1770 по 1778, полное собрание его сочинений выдержало шесть изданий, «Новая Элоиза» - десять. С 1780 года начинается паломничество на остров тополей, где покоились останки философа. В числе паломников – и сама королева, и наследные принцы.
Новое поколение революционеров объявляют Руссо своим учителем , который не в пример Вольтеру, умершему за месяц до него, остался верен своим принципам и до конца дней вел образ жизни крестьянина среднего достатка. Будущие вожди Французской революции, представители разных партий, которые впоследствии пойдут войной друг на друга, - Барнав, Дантон, карно, Билло – Варен – все объединились на культе Руссо. Бриссо был заточён в Бастилию за то, что развивал положения из «Речи о неравенстве». Робеспьер встретился с Руссо незадолго до его кончины, а перед тем, как стать политическим деятелем, он в своеобразном гимне посвятил ему свою жизнь. Всходя на трибуну, он ссылался на его заветы. В зале Национального собрания бюст Руссо был поставлен напротив бюстов Франклина и Вашингтона.
Но влияние Руссо распространялось и далеко за пределами политики. Оно проникло в Германию и многое внесло в её философию. Кант был потрясён «Эмилем»; он признавался, что не мог перечитывать его без волнения. Не менее сильное впечатление на него произвёл и «Общественный договор». В нём он почерпнул свои моральные принципы, свой взгляд на свободу, как на «отличительную черту человека».
Не только мысль Руссо была революционной. Всё его творчество было революцией в смысле нового восприятия и выражения человеческих чувств. Оно лежит в основе преобразования искусства последующей эпохи. Руссо обладал «чутьём» истинной морали, здоровой и жизнеспособной, не догматичной, не отвлечённой, не подвластной раз навсегда установленным принципам, а применяющийся к справедливым требованиям и слабостям человека, в высшей степени гуманной.