После покушения на императора Александра II, совершенного народовольцами, усиливается правительственное наступление на судебную систему, порожденную реформой 1864 года. В 1881 году было принято специальное положение “Положение о мерах к ограждению государственного порядка и общественного спокойствия”, возвратившее и закрепившее все ранее сделанные изъятия из общего судебного порядка. Согласно этому Положению министру внутренних дел и генерал-губернатору представлялось право передавать ряд дел на рассмотрение военных судов для решения по законам военного времени. Причем это право не было ограничено территориальными пределами: достаточно, чтобы в одном месте было введено положение чрезвычайной охраны, и оно могло распространиться на всю территорию страны. Кроме того, в 1885 году наряду с кассационными департаментами Сената организованно специальное административное присутствие, отобравшее у департаментов ряд дел кассационного производства. Административное вмешательство в судопроизводство повлекло за собой отход от одного из важнейших принципов судебной реформы – гласности суда. Волостные суды, которые уже в ходе самой судебной реформы составляли особое звено судебной системы, с 1889 года попали под непосредственный контроль земских начальников. Последние отбирали кандидатов для волостных судов, осуществляли ревизии, штрафовали и арестовывали без особых формальностей волостных судей.
В октябре 1917 года Министерство Юстиции было упразднено. Его место занял Народный комиссариат юстиции РСФСР (Наркомюст РСФСР). Но такое переименование, как это обычно бывает не решило проблем, связанных с определением должностных взаимоотношений судов с органами исполнительной власти. На деле эти тенденции из Российской империи перекочевали в Советскую Россию и еще более усугубились. Как и прежний, новый орган получил очень широкие полномочия.
Основной задачей этого наркомата и его органов на местах с первых дней их существования было создание судебной системы взамен той, которую разрушили “до основанья”. Началась эта работа с подготовки проекта упоминавшегося Декрета о суде №1. Это был первый официальный шаг в формировании новых судов.
Декрет о суде №1 отменял действие старых законов, если они противоречили "революционному правосознанию". Революционное правотворчество осуществлялось самими судебными органами, высшими органами власти и даже местными советами. Главное место отводили судебному решению как ведущей форме правотворчества. Практическая реализация этих и иных законодательных актов, принимавшихся в ходе образования советской судебной системы, требовала значительных усилий, связанных с созданием конкретных судов, подбором для них кадров, обеспечением необходимым инвентарем. Как правило старые судьи и другие работники судов делились на две категории. Одни сами ни стали сотрудничать с новой власть, а “неугодных” власть отстраняла сама. Одним из важных дел Наркомюста РСФСР стояла задача создания нового законодательства, так как все старое было объявлено не действительным, в силу его “буржуазности”. Уже в ноябре 1918г. ссылки на старые законы были вовсе запрещены. В связи с несовершенством правовой системы тех лет, Наркомюсту РСФСР пришлось заниматься выполнением некоторых несвойственных для органов юстиции функций, которые в нормальных условиях обычно возлагаются на другие правоохранительные органы – суды, прокуратуру, органы внутренних дел. В первые десятилетия были периоды, когда взаимоотношения судов и органов юстиции строились на началах ничем не скрываемой безусловной субординации, в силу которой суды попросту подчинялись таким органам. Приходилось преодолевать многочисленные препятствия, связанные с отсутствием квалифицированных кадров, опыта работы в формировавшихся социально-политических условиях, четкого представления о нормах и требованиях правовой культуры. Препятствия были связаны и с ожесточенной борьбой за власть, которая приводила к ориентации на исключительно силовые приемы и способы решения возникавших проблем. По мере ослабления этих факторов появились признаки обособления судов от исполнительной власти. Эта линия довольно четко обозначилась в ходе судебно-правовой реформы 1922—1924 годов.
Реформа не могла не отразиться на содержании основных функций Наркомюста РСФСР и структуре его центрального и начавшего формироваться уже с первых дней советской власти местного аппаратов. В соответствии с Положением о Народном комиссариате юстиции, утвержденным Декретом ВЦИК от 1 февраля 1923 года, этому наркомату предписывалось выполнять многочисленные функции по руководству прокуратурой, нотариатом и судебными исполнителями, наблюдению за деятельностью органов дознания и следствия Государственного политического управления (ГПУ), за "правильным функционированием мест лишения свободы и исправительно-трудовых учреждений", земельных комиссий, арбитражных комиссий, примирительных камер, третейских судов и "иных подобных учреждений", наделенных судебными функциями, а также по наблюдению за деятельностью коллегий, адвокатов и организации юридической помощи населению. Наркомату вменялись в обязанность ведение следствия по некоторым категориям уголовных дел, подбор и расстановка прокурорских кадров. Он также должен был участвовать в разработке программ по подготовке кадров юристов и организовывать краткосрочные курсы судебных работников. Однако что касается взаимоотношения с судами, то органам юстиции дозволялось не командовать ими и подменять их, а осуществлять функции, связанные с "общим руководством, организацией и инструктированием".
Однако данной линии не было суждено реализоваться полностью. События, последовавшие после реформы 1922—1924 годов, для органов юстиции тоже характеризовались, как отмечено выше, насаждением административно-командных приемов и методов реализации их функций. Это проявилось, например, в том, что Наркомюст РСФСР шаг за шагом становился учреждением, в котором вновь оказалась сосредоточенной вся работа не по общему, а прямому и повседневному руководству судами. Более того, 30 января 1928 года было принято Постановление ВЦИК и СНК РСФСР, предусмотревшее, что Народному комиссару юстиции Республики непосредственно подчиняются в качестве заместителей как Прокурор РСФСР, так и Председатель Верховного Суда РСФСР. Еще более четко такая линия выразилась в Положении о Народном комиссариате юстиции РСФСР, утвержденном 26 ноября 1929 года 2-й сессией ВЦИК XIV созыва, где было записано, что Верховный Суд РСФСР входит в состав аппарата Наркомюста РСФСР.
По Положению о Наркомате юстиции СССР, утвержденному Постановлением ЦИК и СНК СССР от 8 декабря 1936 года, он и его местные органы (наркоматы юстиции союзных и автономных республик) наделялись чрезмерно широкими полномочиями в отношении судов. В частности, могли давать им указания в целях обеспечения правильности и единообразия судебной практики, руководить выборами судей, ревизовать всю их деятельность, давать обязательные указания по вопросам применения закона и т. п.
Такое построение взаимоотношений судов и органов юстиции было явно противоестественным. В течение длительного времени оно подвергалось заслуженной критике и послужило одним из поводов для упразднения в 1956—1963 годах Министерства юстиции СССР и его органов на территории всей страны. Последующие события показали, что это было явно волюнтаристское решение, не учитывавшее объем и степень важности всей работы, выполнявшейся органами юстиции в сфере создания условий, необходимых судам для их нормальной деятельности. Функции этих органов передали Верховным судам союзных в автономных республик, краевым, областным и приравненным к ним судам (вопросы руководства судами и нотариатом), местным Советам.
Такое решение проблемы привело к ряду отрицательных последствий для судов. Оно лишило суды того существенного содействия их деятельности, которое оказывалось органами юстиции. Уже вскоре стало совершенно очевидно, что правоохранительная система, и в первую очередь суды, не в состоянии функционировать нормально без органов юстиции.
Поэтому семь лет спустя состоялось решение о восстановлении органов юстиции всех уровней. В августе 1970 года в связи с рассмотрением мер по дальнейшему улучшению работы судов и других правоохранительных органов было признано целесообразным вновь учредить Министерство юстиции СССР, министерства юстиции союзных и автономных республик, систему их учреждений на местах. 30 августа 1970 года Президиум Верховного Совета СССР издал соответствующий Указ, положивший начало воссозданию этих органов. В Российской Федерации полностью структура и функции Министерства юстиции оформились к середине 1972 года, после принятия Советом Министров РСФСР (Постановление от 21 июня 1972 г.) Положения о Министерстве юстиции РСФСР.