Возбужденные даровой победой, расстояние до устья Оки покрыли за три дня и утром пятого августа ворвались в нижегородский нагорный посад. Недостроенный полукаменный-полудеревянный кремль защищать было некому. Дмитрий Константинович накануне с небольшим числом слуг ускакал в Суздаль. Впрочем, горожан своевременно оповестили о невозможности обороны, и ордынцы узрели почти полностью обезлюдевшие дворы. Большинство жителей ушли на судах вверх по Волге, в Городец.
Пограбив Нижний, ордынцы сожгли кремль, более трех десятков деревянных церквей и ушли разорять окрестные волости. Был ли в это время епископ Дионисий в Нижнем Новгороде, трудно сказать. Видимо, нет. Ибо, обладая даром предвидения, он еще в 1352 году предсказал эти события и предупредил Евфимия перед отправкой его в Суздаль. Во время пожара, учиненного татарами, сгорел и храм Спаса Преображения, при котором находился скрипторий. В этом скриптории под руководством Дионисия писалась летопись. Листы были спасены, но работа в прежних масштабах стала невозможной.
Дионисий много сопротивлялся известному Митяю, любимцу Димитрия Донского, возложившему на себя самовольно митрополичий клобук, и был избран Собором всех святителей российских на место св. Алексия вопреки воле великого князя, за что попал в опалу: его заключили под стражу, но ходатайство св. Сергия Радонежского умерило гнев Димитрия Иоанновича. Дионисий, получив свободу, тайно отправляется в Константинополь, хотя и дал слово великому князю не ездить туда без его позволения. Карамзин называет эту поездку Дионисия обманом; но как согласить такой строгий приговор святому мужу со словами летописи, которая превозносит кротость, смирение, постническую жизнь и прочие добродетели Дионисия. Некоторые полагают, что Дионисий ездил в Константинополь по совету самого Сергия просить святителей Востока, чтобы они не делали гордого Митяя митрополитом Московским.
Живя в Константинополе, епископ Суздальский заслужил своим умом, познаниями и строгим воздержанием внимание патриарха Нила, который возвел его в сан архиепископа.
Великий князь Димитрий Иоаннович, оценив заслуги Дионисия, вызвал его в Москву и приказал ехать в Константинополь для принятия от восточных святителей сана митрополита Московского; с ним отправлен был духовник великого князя, симоновский игумен Феодор, родной племянник св. Сергия.
В 1384 году св. Дионисий в Константинополе был поставлен в первосвятители Российской Церкви, но по воле Провидения ему не суждено было видеть свою митрополию: Владимир Ольгердович, князь киевский, остановил его на пути из Греции в Москву, объявив, что Киприан, митрополит Киевский, есть глава всей Российской Церкви, и заключил Дионисия под стражу, где святой муж скончался в 1385 году октября 15 дня. Он погребен был в киевской пещере св. Антония; мощи его пребывали нетленными, но впоследствии, при частых набегах татар, утрачены.
Таковы были жизнь, подвиги и кончина основателя нижегородского Печерского монастыря.
Сначала монашеские и святительские подвиги св. Дионисия, а потом память о нем были причиной, что князья Суздальского дома и потомки Калиты особенно уважали нижегородский Печерский монастырь и делали в него значительные пожертвования; бояре, духовные и простолюдины следовали примеру их; иноверцы особенно желали просвещаться собственно в этой обители истинным учением Христовым и приходили в нее с приношениями. Все это обогащало монастырь и скоро привело его в цветущее состояние. Он имел свои больницы, богадельни, где получали помощь престарелые и нищие, и оказывал большие услуги не только частным лицам, но и целому государству: снабжал войска деньгами, хлебом и различной провизией, а также посылал за свой счет сформированных ратников в царские войска, а для царских работ своих мастеровых, как то: каменщиков, кирпичников, кузнецов, портных и прочих. Во время войны Петра I с Карлом XII и турками он строил корабль в Воронеже вместе с архиереями Белогородским и Воронежским и переяславскими монастырями – Даниловским и Никитским, и послал колоколов для литья пушек более 300 пудов. Также в Печерском монастыре содержались и государственные преступники.
К нему были приписаны четыре монастыря: Борисоглебский-Кидекшанский, Толоконцевская пустынь, Преображенский-Мурашкинский и Успенский-Заузольский и церковь Святого Димитрия Солунского в Нижнем Новгороде, а также церкви в селах: Ельне, Нагавицыне, Ягодном, Плесце, Перевозе и других.
Монастырь Печерский имел три подворья в Нижнем Новгороде и одно в Москве; в какой части города находилось московское надворье, неизвестно; из нижегородских же подворьев два стояли в самом кремле и одно на Дмитровской улице. В селе Высоково был монастырский скотный двор. Кроме того, монастырь имел много мельниц и других угодий. За ним, при составлении штатов, числилось 8236 душ и до 6000 десятин пахотной земли.
В 1597 году Печерский монастырь постигло величайшее несчастие: 18 июня, в третьем часу ночи он был разрушен обвалом горы.
За несколько до того дней заметно было колебание земли, под ней слышался глухой гул; потом оказалась расселина в горе выше монастыря, длиною почти на версту, и гора стала сыпаться с лесом и пашнями, бывшими на верху ее, от чего сделался шум и треск; монастырские здания колебались.
Управлявший тогда монастырем архимандрит Трифилий приказал вынести всю утварь монастырскую, ризы, иконы и все, что можно спасти; также и скот монастырский был выведен. Наконец, когда уже в монастыре нельзя было более оставаться, архимандрит взял крест и икону Печерской Богоматери, принесенную св. Дионисием, вышел из монастыря со священным собором и всей братией и начал творить молебное пение с плачем и слезами, чтоб Господь укротил праведный гнев свой.
Разрушение этой древней обители летописец называет «великим предзнаменованием того, что ожидало Русь», т.е. пресечения рода Калиты и за тем постигших Россию бедствий, которые окончились только восшествием на престол Дома Романовых.
В третий день после разрушения монастыря были обретены мощи схимника Иоасафа, который скончался за тридцать лет до этого времени. Архимандрит Трифилий с братией и игумен Дудина монастыря Евфимий осмотрели мощи, и нашли тело, ризы и гроб нетленными, после чего гроб поставили в другое место. В 1994 году он был канонизирован как местночтимый святой.
В том же 1597 году архимандрит Трифилий ездил в Москву просить царя Феодора Иоанновича, чтобы он дозволил построить вновь монастырь на прежнем месте или другом месте.
Нижегородскому воеводе Леонтию Аксакову было приказано от государя осмотреть место, находившееся под развалинами монастыря. Аксаков призвал опытных зодчих и с ними освидетельствовал то место, где находился монастырь. По осмотру оказалось, что оно не годится для постройки каменных зданий, почему и позволено было Трифилию перенести монастырь на другое место.
В версте от прежнего монастыря, к верху по Волге, в полугоре, было семь холмов, и их-то выбрали под постройку монастыря, выровняли и поставили церковь Вознесения Господня деревянную и такие же кельи и ограду. На месте разрушенного монастыря также была построена церковь Преображения Господня «поминовения ради усопших братий».
Все это построение было произведено по повелению царя Феодора Иоанновича на счет государевой казны.
Монастырь скоро опять пришел в цветущее состояние и в первой половине XVII столетия постепенно стал украшаться вместо деревянных каменными зданиями и приобретать прежнее великолепие; этому способствовали щедроты государей и приношения богомольцев, которые стекались для поклонения мощам Иоасафа, почивающим под спудом в церкви Преображения, на месте старого монастыря, ныне именуемого Старыми Печерами.
Настоятели Печерского монастыря со времени св. Дионисия постоянно именовались архимандритами, имели от царей и патриархов разные привилегии, как то: суд над игуменами и священниками в приписных монастырях и селах монастырских; наблюдение за всем духовенством в уезде Нижегородском с правом рассылать от себя указы во все монастыри и церкви Нижнего Новгорода, Балахны, Курмыша, Ядрина и Гороховца; в 1625 году архимандриту Макарию поручено было патриаршей грамотой уничтожить во всех церквах Нижегородской десятины в требниках, в молитве при освящении Богоявленской воды слова «и огнем», что было и исполнено. Многие из архимандритов Печерского монастыря были требуемы по царским грамотам для совета с патриархами. Архимандрит Феодосий в 1613 году подписывал избирательную грамоту царя Михаила Феодоровича, а архимандрит Варсонофий был требован в С.-Петербург в 1725 году на погребение Петра Великого.
Истинными патриотами проявили себя насельники Печерского Вознесенского монастыря во времена великой смуты, охватившей Отечество в начале XVII века. Особо почитаем был архимандрит Феодосий, который поддерживал Кузьму Минина. Во главе делегации нижегородцев он ездил к князю Пожарскому с просьбой принять начальство над земским ополчением и вступиться за веру православную. Именно Феодосий с нижегородским духовенством служил напутственный молебен при выступлении ополчения в поход. Впоследствии архимандрит участвовал в избрании Михаила Федоровича Романова русским царем и подписывал избирательную грамоту.