В 1589 году было введено патриаршество, что повысило ранг и престиж русской церкви, она стала окончательно равноправной по отношению к другим христианским церквям. Первым патриархом стал Иов, человек близкий к Годунову. Борис Годунов несколько упрочил международное положение страны. После войны со Швецией в 1590 году были возвращены земли в устье Невы, утерянные Россией после Ливонской войны. В 1600 году Годунов заключил перемирие с Польшей на 20 лет. Было предотвращено нападение крымских татар на Москву. В 1598 году Годунов с 40-тысячным дворянским ополчением выступил против хана Казы-Гирея и тот отступил. Но в основном положение в России было бедственным. Магнаты и шляхта хотели захватить смоленские и северские земли, которые сто лет назад входили в состав Великого княжества Литовского.
Положение ухудшалось и недовольством широких народных масс, вызванным дальнейшим закабалением крестьянства, которые связывали ухудшение своего положения с именем Бориса. Они утверждали, что их закрепостили при царе Федоре Ивановиче по наущению боярина Бориса Федоровича Годунова.
В результате в центре страны вспыхнуло восстание (1603-1604) холопов под предводительством Хлопка Косолапа. Оно было жестоко подавлено, а Хлопок казнен в Москве. Смутное время было насыщено всевозможными конфликтами и непредсказуемостью событий.
Разочарование народа в "безродном" царе быстро перерастало в ненависть, что и предрешило поиск "законного наследника" престола. В это время (1603 год) в Польше объявился "царевич Дмитрий" - якобы чудом спасшийся от убийц сын Ивана Грозного. Он поведал польскому магнату Адаму Вишневецкому, что его подменили "в спальне угличского дворца". Покровителем Лжедмитрия стал воевода Ежи Мнишек. Заручившись поддержкой польско-литовских магнатов, Лжедмитрий тайно принял католичество и обещал римскому папе распространить католицизм в России. Лжедмитрий обещал также передать Речи Посполитой и своей невесте Марине Мнишек (дочери воеводы Ежи Мнишека) северские (район Чернигова) и смоленские земли, Новгород и Псков. Авантюра Лжедмитрия не была его личным делом. Лжедмитрий появился в обстановке всеобщего недовольства правительством Бориса Годунова как со стороны знати, так и со стороны русских крестьян, горожан, казаков. Лжедмитрий понадобился польским магнатам для того, чтобы начать агрессию против России, замаскировав ее видимостью борьбы за возвращение престола законному наследнику. Это была скрытая интервенция против русского народа. Но нужно заметить, что в появлении самозванца главная роль принадлежала московскому боярству. Ни один из самозванцев не посмел бы посягнуть на престол без открытой или тайной поддержки боярских группировок. Лжедмитрий I нужен был боярам для свержения Годунова, чтобы подготовить почву для воцарения одного из представителей боярской знати. Этот сценарий и был разыгран.
20 июня 1605 года Лжедмитрий во главе перешедшей на его сторону армии торжественно въехал в Москву и был провозглашен царем. Еще до этого были тайно убиты почти все родственники царя Бориса, в том числе и наследовавший ему сын Федор, а также некоторые из сохранивших верность апрельской присяге (Москва и войско в апреле 1605 года присягнули Федору Борисовичу Годунову), патриарх Иов был сослан в монастырь. Самозванец приступил к управлению государством.
Под маской мнимого сына Ивана IV скрывался беглый монах Григорий Отрепьев. Насколько можно судить, это был человек несомненно способный, склонность к авантюрам он сочетал с тонким политическим расчетом и государственными талантами. Успех Лжедмитрия I обеспечили, однако, не столько расчет и таланты, сколько общая ситуация в стране.
Однако укрепиться ему не удалось, так как он не сумел заручиться поддержкой ни одной из социально-политических сил. Свои польские "авансы" (Смоленск, Псков, Новгород, которые он обещал полякам, будучи претендентом на трон) самозванец оправдывать не собирался. Более того, он не разрешил полякам строить на Руси католические храмы. Желая привлечь на свою сторону русское дворянство, Отрепьев щедро раздавал земли и деньги, но их запасы были не беспредельны. Юрьева дня для крестьян он восстановить не решился. Православная же церковь относилась к царю-католику весьма настороженно. Падение Лжедмитрия I стало неминуемым, и 17 мая 1606 года в результате боярского заговора, слившегося с восстанием москвичей, он был сброшен с престола. Во главе заговора стоял могущественный клан князей Шуйских. 17 и 18 мая они обнародовали мнимые показания Бучинских, поляков-кальвинистов, приближенных Лжедмитрия. По этим показаниям Лжедмитрий будто бы хотел избить всех бояр и обратить русских в латинство и лютеранскую веру. Через три дня после убийства Лжедмитрия труп его был сожжен, прах заложен в пушку, из которой выстрелили в ту сторону, откуда пришел самозванец.
После смерти Лжедмитрия на престол вступил боярский царь Василий Шуйский (1606-1610). 19 мая новый царь дал крестоцеловальную запись о том, что не будет применять смертную казнь и конфискацию имущества по отношению к своим врагам без согласия Боярской думы. Знать, таким образом, все внутренние и внешние противоречия могла решать с помощью боярского царя.
В окружной грамоте Шуйский уверял, что его просили на престол митрополиты, архиепископы, епископы и весь Освященный собор, а также бояре, дворяне, дети боярские и всякие люди Московского государства. Вслед за грамотою царя была послана грамота от московских бояр, дворян и детей боярских, в которой объяснялся переворот в ночь на 17 мая и говорилось о том, что царевич Дмитрий подлинно умер и погребен в Угличе, со ссылкой на свидетельство матери и дядей царевича, на престол же сел Гришка Отрепьев. Мать царевича инокиня Марфа в особой грамоте клялась, что она из страха признала самозванца за сына. По городам и всюду, куда проникали эти грамоты, они волновали умы. С целью пресечения слухов о спасении царевича Дмитрия его останки были перенесены по приказу Василия Шуйского через три дня после коронации из Углича в Москву. Царевич был причислен к лику святых.
Четырехлетнее правление Шуйского и Боярской думы принесло России новые испытания. Желанная стабильность не была достигнута. Окраины России продолжали бурлить и волноваться. Политический конфликт, порожденный борьбой за власть и корону, перерос в социальный. Народ, окончательно потеряв веру в улучшение своего положения, вновь выступил против властей. Вдобавок пошли слухи о чудесном спасении Лжедмитрия I в ночь на 17 мая. В самой среде боярства усиливались рознь и раскол. Боярин Петр Никитич Шереметев составил заговор с целью свергнуть царя Василия в пользу князя Мстиславского, за что и был сослан воеводой во Псков. Опасаясь излишних толков и волнений по поводу мнимого спасения названного Дмитрия, царь Василий выслал из Москвы в города большую часть пленных поляков, а некоторых и совсем освободил.
При таких обстоятельствах в новгород-северской окраине при князе Шаховском появился Иван Исаевич Болотников, якобы посланный царем Дмитрием. Этот бывалый человек, одаренный недюжинными военными способностями, умом, смелостью и отвагой, познакомился в Самборе с неким Молчановым, который разыграл перед ним роль спасенного царя Дмитрия и отправил его с письмом к князю Шаховскому, назначив Болотникова воеводой. Болотников призвал к оружию холопов, обещая им волю и почести под знаменами Дмитрия. "Горючего материала" была такая масса, что громадный пожар не замедлил вспыхнуть: крестьяне поднялись на помещиков, подчиненные - против начальников, бедные - на богатых. В городах заволновались посадские люди, в уездах - крестьяне, поднялись стрельцы, казаки. У дворян и детей боярских зашевелилась зависть к высшим чинам - стольникам, окольничим, боярам. Воевод и дьяков вязали и отправляли в Путивль, холопы разоряли дома господ, убивали мужчин, насиловали женщин. Царь Василий выслал против Болотникова князя Трубецкого, но его войско было разбито наголову под Кромами. Мятеж после победы Болотникова принял огромные размеры. Дворянин Истома Пашков возмутил Тулу, Венев, Каширу. Воевода Сунбулов и дворянин Прокофий Ляпунов подняли Рязанскую землю. В пределах губерний Орловской, Калужской, Смоленской двадцать городов восстали против царя Василия.
Летом и осенью 1606 года войска Болотникова и Пашкова испытали ряд неудач в полевых сражениях, однако большинство северских городов-крепостей перешли на сторону мятежников. Воеводы Шуйского осаждали города, переметнувшиеся на сторону новоявленного Лжедмитрия, однако не смогли овладеть положением в южных районах страны. Дворянское ополчение правительства было ненадежно: рязанские, тульские, калужские дворяне часто переходили на службу в войско самозванца (который по-прежнему не показывался в России).
Правительственные силы были вынуждены отступить из охваченных восстанием районов на север (август 1606 года), осенью пришлось оставить и окрестности Калуги и Тулы. Отряды Болотникова и Пашкова наступали и после победы под Троицком 25 октября (селом в 50 верстах на юг от Москвы) подошли к столице.
Московский посад, в котором было велико влияние семьи Шуйских еще до вступления Василия на престол, не откликнулся на призывы мятежников открыть ворота "воеводам царя Дмитрия". Столичные жители, многие из которых своими глазами видели труп Лжедмитрия I, не слишком верили в его очередное "чудесное спасение". Сил для штурма Москвы у мятежников было недостаточно, кроме того, в их лагере не хватало единства. Болотников не слишком ладил с Пашковым, а дворянская конница восставших была столь же ненадежна, как и дворяне, воевавшие на стороне Шуйского. Попытки Болотникова обратиться к "черному люду" столицы насторожили помещиков и привели к разладу в лагере противоправительственной коалиции, а не в осажденном городе. 15 ноября, во время битвы в Замоскворечье, на сторону Шуйского перешел Прокопий Ляпунов с отрядом рязанских помещиков. В ходе генерального сражения в начале декабря примеру рязанцев последовал и Истома Пашков. Верные Болотникову отряды были разбиты и отступили, у стен Москвы еще некоторое время стояли казаки, но и они постепенно прекратили сопротивление.