Болотников отступил в Калугу: его положение в осажденном городе было незавидным. Обещанный народу "царь Дмитрий" всё не соглашался объявиться в Московском государстве. Правда, неожиданную помощь болотниковцам оказал другой самозванец - Илейка Коровин, который еще в апреле 1606 года при поддержке донских казаков объявил себя никогда не существовавшим "царевичем Петром Федоровичем". Этот "сын" бездетного Федора Ивановича сначала воевал со своим мнимым дядей, Лжедмитрием I, а затем не признавал таинственного нового самозванца. В начале 1607 года Лжепетр двинулся на соединение с Болотниковым. Это соединение произошло в Туле, которая вскоре была осаждена Шуйским и 10 октября сдалась. Царь Василий сослал Болотникова, ослепив его, на север, в Каргополь, где он был утоплен. Лжепетра повесили в Москве.
Тем временем в пределах Московского царства объявился Лжедмитрий II (вероятнее всего, это был не тот человек, который отправлял Болотникова в Путивль, о личности этого самозванца неизвестно ничего). Очередной претендент на трон с помощью польских отрядов занял несколько южных городов, но не успел оказать помощь Туле, которую ранее попросил И. И. Болотников в надежде воссоединиться с самозванцем. Тула была взята войсками Шуйского. Тем не менее ряд побед позволил Лжедмитрию II подойти к Москве, но попытки войти в столицу закончились провалом. Он остановился в 17 км от Кремля, в местечке Тушино, где в начале июня 1608 года разбил военный лагерь (отсюда его прозвище "Тушинский вор"). Здесь были свои бояре и воеводы, свои приказы и даже свой патриарх - таковым стал (как говорят современники - по принуждению) митрополит Ростовский Филарет, бывший боярин Федор Никитович Романов. В Тушинский лагерь пришло из Москвы немало князей и бояр, хотя они знали, конечно, что идут служить явному обманщику и самозванцу. Вскоре в Тушино перебралась и Марина Мнишек. Самозванец обещал ей три тысячи золотых рублей и доходы с четырнадцати русских городов после воцарения в Москве, и она признала в нем своего мужа. Было совершено их тайное венчание по католическому обряду. Самозванец обещал способствовать распространению католицизма в России.
Лжедмитрий II был послушной марионеткой в руках польских шляхтичей, которые сумели взять под свой контроль северо-запад и север русских земель. Одной из светлых страниц русской истории этого времени была героическая защита Троице-Сергиева монастыря, осажденного поляками, литовцами и русскими "ворами" (сентябрь 1608-январь 1610 года). Выступления против польских захватчиков произошли в ряде крупных городов севера - Новгороде, Вологде, Великом Устюге. Во многих случаях победа доставалась русским ополченцам.
Гражданская война в России осложнилась интервенцией: с Запада в 1610 году вторглись польские королевские войска, а в северо-западных областях появились шведы. В этих условиях Россия, отказавшись от своих претензий на Балтийское побережье, заключила договор со Швецией. В благодарность шведы оказали военную помощь России в ее борьбе с Лжедмитрием II. Во главе московских войск встал в это время талантливый полководец, племянник царя Василия князь Михаил Скопин-Шуйский. С помощью шведов и ополчений северных городов начались успешные действия против польских захватчиков. В результате был освобожден север России. Войска двинулись к Москве.
В ответ на помощь Швеции России польский король Сигизмунд объявил русскому правительству войну. В сентябре 1609 года он осадил сильную русскую крепость Смоленск, который оборонялся 21 месяц. Сигизмунд приказал польским отрядам покинуть Тушино и идти на Смоленск. Тушинский лагерь рассыпался, самозванец остался без покровителей. Осенью 1609 года он оставил Тушино и бежал в Калугу. Тогда русские тушинцы, оставшиеся без своего "царя", послали послов под Смоленск к польскому королю Сигизмунду и заключили с ним в феврале 1610 года договор о принятии на царство его сына, королевича Владислава.
В марте 1610 года тушинский лагерь был покинут всеми его обитателями, которые разошлись в разные стороны, и Скопин-Шуйский торжественно вступил в освобожденную Москву. Москва радостно приветствовала молодого воеводу и ожидала от него новых подвигов и успехов в борьбе против неприятелей, но в апреле Скопин внезапно заболел и умер (по слухам - от отравы).
Между тем от западной границы к Москве двигалось польское войско под командой гетмана Жолкевского. При селе Клушино Жолкевский встретил и разбил московское войско, бывшее под командой царского брата, князя Дмитрия Шуйского, и приблизился к самой Москве. С другой стороны к Москве подходил из Калуги Тушинский вор. Город был в тревоге и в смятении, царь Василий потерял всякое доверие и авторитет, 17 июля 1610 года он был свергнут с престола, а 19 июля насильственно пострижен в монахи.
Устранив от власти Василия Шуйского, летом 1610 года московская аристократия создала собственное правительство во главе с князем Ф. И. Мстиславским. Это правительство состояло из семи бояр и получило название "семибоярщина". Однако это боярское правление не могло быть длительным и прочным. Приближение Тушинского вора, за которым шел призрак социального переворота и анархии, пугало всех бояр и всех "лучших людей". Чтобы избавиться от вора и его притязаний, бояре решили избрать на московский престол сына короля Сигизмунда, Владислава, и впустили войска интервентов в Кремль. 27 августа 1610 года Москва торжественно присягнула королевичу Владиславу, как своему будущему государю, с условием, что он обещает охранять православную веру. На последнем условии категорически настаивал патриарх Гермоген, который не допускал возможности занятия московского престола неправославным. Это было прямое предательство национальных интересов. Перед страной встала угроза потери независимости.
Однако планы Сигизмунда были другие, он не хотел отпускать молодого сына в Москву, тем более не хотел позволить ему принять православие. Он намеревался сам занять московский престол, но пока не открывал своих планов. Поэтому русское посольство под Смоленском было вынуждено вести длительные и бесплодные переговоры, в которых король настаивал, чтобы послы побудили "смоленских сидельцев" к сдаче.
Между тем Москва в сентябре 1610 года с согласия бояр была занята польским войском Жолкевского, который скоро уехал оттуда, передав команду Гонсевскому. Во главе гражданского правительства стали боярин Михаил Салтыков и "торговый мужик" Федор Андронов, которые и пытались управлять страной от имени Владислава. Летом (в июле) 1611 года был занят шведами Новгород Великий почти без сопротивления жителей, что дополняет печальную картину общего морального упадка и разложения в стране.
Польская оккупация Москвы затягивалась, Владислав не принимал православия и не ехал в Россию. Правление поляков и польских клевретов в Москве возбуждало все большее недовольство, но его терпели как меньшее зло, ибо присутствие польского гарнизона в столице делало ее недоступной для Тушинского (теперь Калужского) вора. Но в декабре 1610 года вор был убит в Калуге, и это событие послужило поворотным пунктом в истории смуты. Теперь у служилых людей, и у "земских" людей вообще, и у казаков, в которых жило национальное сознание и религиозное чувство, оставался один враг - тот, который занимал русскую столицу иноземными войсками и угрожал национальному русскому государству и православной русской вере.
Во главе национально-религиозной оппозиции в это время становится патриарх Гермоген. Он обратился к русским людям с прямыми призывами к восстанию, на защиту церкви и отечества, за что был арестован. Но голос патриарха был услышан. Уже в самом начале 1611 года начинается широкое патриотическое движение в стране. Города переписываются между собой, чтоб всем прийти в соединение, собирать ратных людей и идти на выручку к Москве. "Главный двигатель восстания... был патриарх, по мановению которого, во имя веры, вставала и собиралась Земля".
Весной 1611 года к Москве подступило земское ополчение и начало его осаду. В это время король Сигизмунд прекратил бесконечные переговоры под Смоленском с русскими послами и велел увезти митрополита Филарета и князя Голицына в Польшу как пленников. В июне 1611 года поляки, наконец, взяли Смоленск, в котором из 80 000 жителей, бывших там в начале осады, оставалось в живых едва 8 000 человек.
Значительная часть Москвы в марте 1611 года подверглась разгрому и сожжению со стороны польского гарнизона, желавшего предупредить восстание, причем было избито несколько тысяч жителей. Пришедшее под Москву земское ополчение состояло из двух различных элементов: это были, во-первых, дворяне и дети боярские, во главе которых стоял знаменитый в то время рязанский воевода Прокопий Ляпунов, а во-вторых, казаки, во главе которых стояли бывшие тушинские бояре, князь Дмитрий Трубецкой и казачий атаман Иван Заруцкий.