Затем Иоанн Ильич Сергиев поступает в Петербургскую духовную академию. Здесь он провёл четыре года и был первым по успеваемости. Это было время, когда умер его отец, и, чтобы помочь матери, он становится письмоводителем в канцелярии Академии и всё своё жалованье (десять рублей в месяц) отсылает ей.
Впоследствии, вспоминая время учёбы и препоны, встававшие на его пути, о. Иоанн говорил: «Наука (сначала) была темна для меня, я не был подготовлен дома; самому надо было доходить до разумения и познания; сознавал и чувствовал я свою беспомощность, ревниво смотрел на успехи товарищей и стал просить помощи и разумения у Бога, дающего всем просящим «просто и без упрёков», по выражению апостола Иакова, и открыл мне господь разум: я озарился светом Божиим; грамота стала ясна для меня, и стал я успевать в соответствующих возрасту и воспитательной цели науках. Но и тогда, во время учения, сколько перенёс я тяжких болезней!
При слабых физических силах прошёл я три образовательные и воспитательные школы: низшую, среднюю, и высшую, постепенно образуя и развивая три душевные силы: разум, сердце и волю как образ причастной, созданной по образу Святой Живоначальной Троицы, души. Высшая духовная школа, коей присвоено название Духовной академии, имела на меня особое благотворное влияние. Богословские, философские, исторические и разные другие науки, широко и глубоко преподаваемые, уяснили и расширили моё миросозерцание, и я, Божией благодатью, стал входить в глубину богословского созерцания, познавая более и более глубину благости Божией, создавшей всё премудро, прекрасно, благотворно, подчинившей все создания твёрдым жизненным гармоническим законам; особенно пленил мой ум и сердце премудрый дивный план спасения погибающего рода человеческого чрез Божественного Агнца Божия Иисуса Христа, во мне развилось и окрепло религиозное чувство, которое было в меня вселено благочестивыми родителями».
В 1855 г. Иоанн окончил Академию со степенью кандидата богословия, написав диссертацию на тему: «О кресте Христовом, в обличение мнимых старообрядцев». Еще во время учебы в Академии хотел посвятить себя миссионерской работе, но был призван к иному роду пастырской деятельности.
Во сне Иоанн увидел себя священником, служащим в Андреевском соборе в Кронштадте. Он в те годы почти не бывал в собраниях своих товарищей, но как-то раз всё же довелось ему присутствовать на студенческой вечеринке, где он встретился с дочерью протоирея кронштадского Андреевского собора Константина Несветского Елизаветой. Когда Иоанну Сергиеву по окончании учебы было предложено вступить с нею в брак и начать служить в соборе священником, он, вспомнив свой сон, дал согласие. Супруги приняли на себя подвиг девства.
Служение.
Студенческие годы окончились, наступила жизнь… 12 декабря 1855 года отец Иоанн был рукоположен в священника. По рукоположении молодой священник был назначен ключарём Андреевского собора города Кронштадта. Когда отец Иоанн вступил в Кронштадский собор, то остановился на пороге в священном ужасе: это был собор его детских видений, о которых он вдруг вспомнил теперь с поразительной ясностью.
С глубоким благоговением начал отец Иоанн свою пастырскую службу. При совершении своего первого богослужения он обратился к народу с таким назиданием:
«Сознаю высоту священнического сана и соединённых с ним обязанностей; чувствую свою немощь и недостоинство к прохождению высочайшего на земле служения священнического, но уповаю на благодать и милость Божию, немощная врачующую и оскудевающая восполняющую. Знаю, что может сделать меня более или менее достойным этого сана и способным проходить это звание. Это любовь ко Христу и к вам, возлюбленные братья мои… Любовь - великая сила: она и немощного- делает сильным, и незначительного- достопочтенным, и прежде незнакомого и чужого- делает скоро близким, и знаемым, и любезным. Таково свойство любви чистой, евангельской. Да даст и мне любвеобильный ко всем Господь искру этой любви; да воспламенит её во мне Духом Своим Святым!»
В середине XIX в. город Кронштадт, расположенный на острове Котлин в Балтийском море, служил не только российской военно-морской крепостью, но и местом административной ссылки тех, кто по разным причинам был удалён из Санкт - Петербурга, - нищих, отбывших наказание преступников, бродяг. Они ютились в грязных подвалах и лачугах, промышляя попрошайничеством, воровством, а то и разбоем. Гораздо больше было людей действительно несчастных, в полном смысле слова горемычных, которые поистине нуждались в самом искреннем сожалении и участии. Рабочие, жившие рядом с ними, оказывались в гуще самого грязного порока, что имело особенно тяжелые последствия для детей. Борьбу с этой бедой начал молодой священник.
С самых первых дней своего священно служения, батюшка проявил особую любовь к пастырской церковной проповеди, к частому совершению богослужения, к широкой и любвеобильной помощи бедным. Он с величайшей охотой совершал церковные службы за других священников, во всякое время, без отговорок, шёл с духовными требами к кронштадтским беднякам. Оставался нередко среди них надолго, беседовал с ними, утешал и согревал своей любовью. Часто он бывал в семьях, настолько придавленных нищетой и болезнями, что некому там было сходить за хлебом, не на что было пригласить врача и купить лекарства. В таких случаях великий подвижник отец Иоанн сам приносил им хлеб и на собственные средства приглашал к больным врачей, сам покупал для них и давал им лекарства.
Вся жизнь его была так необычна, так поражала, что против него ополчились и стали обсуждать. Его стали называть юродивым, над ним смеялись, его поносили, ему предписывали всевозможные грехи, а упрёки встречали его даже дома. Много было горьких минут, тяжелой внутренней борьбы. Но вдохновенный пастырь не пал духом.
Это истинно христианское бескорыстие отца Иоанна и его заботы о бедных и нуждающихся нередко ставили его самого в трудное положение: отдавая всё до последней обуви, он обрекал на крайнюю нужду себя и свою жену, но был неизменен.
«Я – священник, - говорил отец Иоанн, - чего же тут! Значит, и говорить нечего: не себе, а другим принадлежу». Молодая его жена, Елизавета Константиновна, как бы по обету, превратилась, - в сестру милосердия, помощницу своему супругу в его высоком служении ближнему.
Все эти годы они виделись, чуть ли не по несколько минут в день, когда отец Иоанн появлялся дома поздно вечером или рано утром.
«Счастливых семей, Лиза, и без нас довольно, - говорил он обычно. – А мы с тобой посвятим себя обычно на служение Богу».
К каждому выходу батюшки Иоанна после обедни собирались длинные ряды ожидавших подаяния, и никто не возвращался оттуда с пустыми руками.
Жители Кронштадта много терпели бед от ссыльной бедноты, которая носила название «посадских». Ночью далеко не безопасно было пройти по улицам города, так велик был риск подвергнуться нападению и грабежу.
Жили посадские, по преимуществу, на самых глухих улицах, в землянках. Страшные это были уголки. Батюшка Иоанна не брезгует общаться с этими людьми, не боится запачкаться о чужую грязь. Нужно, думает он, любить всякого человека, и в грехе его, и в позоре. «Не нужно смешивать человека, этот образ Божий, со злом, которое в нём, потому что зло есть случайное его несчастье, болезнь, мечта бесовская, но существо его - образ Божий, всё- таки в нём остаётся». Злые люди – больные люди, а больных нужно жалеть больше, чем здоровых. И вот отец Иоанн приходит в лачуги и землянки, не с требой на десять минут, а к душе христианской, к брату погибшему. Он остаётся с ближними часами, беседует, плачет вместе с ними.
«Мне было тогда ещё года двадцать три, - рассказывает в письме один ремесленник. – Теперь я старик, а помню хорошо, как видел в первый раз батюшку. У меня была семья, двое детишек, старшему года три. Рано я женился. Работал и пьянствовал. Семья голодала. Жена потихоньку по миру собирала. Жили в дрянной конуре – на конце города. Прихожу, раз не очень пьяный.… Вижу, как какой- то батюшка сидит и на руках сына держит, и что-то ему говорит ласково. И ребёнок серьёзно слушает. Может быть, грех, но мне всё кажется, батюшка был, как Христос на картинке «Благословение детей». Я было ругаться хотел: вот, мол, шляются… да глаза батюшки, и ласковые, и серьёзные в одно время, меня остановили. Стыдно стало… Опустил я глаза, а он смотрит, прямо в душу смотрит. Начал говорить. Не смею я передать всё, что он говорил. Говорил про то, что у меня в каморке рай, потому что где дети, там всегда и тепло, и хорошо; и о том, что не нужно этот рай менять на чад кабацкий. Не винил он меня, нет, всё оправдывал, только мне было не оправдания. Ушёл он, я сижу и молчу…Не плачу…хотя на душе так, как перед слезами. Жена смотрит… И вот, с тех пор я человеком стал».
Не сразу, конечно, поддались отцу Иоанну босяки. Сначала они, вероятно, усматривали, в беседах батюшки каприз, что-то вроде развлечения от нечего делать. Но скоро эти подозрения рассеялись. Бескорыстия великого праведника показало, с кем они имеют дело.
Кронштадтские жители часто видели своего пастыря возвращающегося босым. Не однажды прихожане Андреевского собора приносили матушке сапоги, говоря: «Возьми, вот, а то твой – то отдал их, босой придёт, мы купили… не ходить же ему так». Это бескорыстие Божьего человека и привело к отцу Иоанну первых учеников.
Летом отец Иоанн любил беседовать за городом. Придёт туда на лужайку со своими духовными чадами, сядет на траву и заговорит о Боге, о Сыне Его, о любви и милости. Вокруг него дети. Он обходится с ними с особой лаской, кого обнимет, а иного и на колени к себе возьмёт. Взрослые слушают его с пристальным вниманием. Так шли дни, и, наконец, посадские решили, что это святой человек. А святому на Руси открыты все души, все тайные помышления. Бедняки стали приглашать его наперебой, ожидая от него уже не одной материальной помощи.