Свої педагогічні погляди він виклав у діалогах, віршах, байках, притчах, листах. Проблемам виховання присвячено його притчі «Благодарний Еродій», «Убогий Жайворонок», «Байки Харківські». Вихідними і визначальними в системі педагогічних поглядів Сковороди є ідеї демократизму, гуманізму, народності та патріотизму. Ідеал людяності — мета всього його життя, а також і мета виховання. Г. Сковорода вважав, що у вихованні треба зважати не на соціальне становище дітей, а на їхню природу, нахили, інтереси, обдаровання. Будучи прихильником принципу народності у вихованні, він обстоював думку, що воно має відповідати інтересам народу, живитися з народних джерел і зберігатися в житті кожного народу, висміював дворянсько-аристократичне виховання, плазування перед усім іноземним. На його думку, мета виховання — підготовка вільної людини, гармонійно розвиненої, щасливої, корисної для суспільства, людини, здатної жити і боротися. Провідне місце у всебічному розвитку відводив розумовій освіті, яка допомагає людині пізнати себе, навколишній світ, суть щастя. Він обстоював рідну мову в школах, радив вивчати граматику, літературу, математику, фізику, механіку, музику, філософію, медицину та інші науки. Особливу роль у всебічному розвиткові особистості Сковорода відводив формуванню її моральних якостей, зокрема таких, як любов до вітчизни і праці, людяність, дружба, правдивість, чесність, скромність, сила волі, почуття людської гідності.
Значної уваги Г. Сковорода надавав фізичному вихованню людей, вважав, що вони мають бути «тілесно здорові». Фізичне виховання, згідно з ним, повинно починатися ще до народження дитини і полягати в здоровому способі життя батьків, у турботі про матір у період вагітності й вигодовування дитини. Фізичному вихованню дітей сприяють праця, вправи, режим і відпочинок, розваги, загартування організму. Він також дбав про естетичне виховання, яке має облагороджувати людей, допомагати їм у житті та праці. Засобами естетичного виховання повинні бути поезія, музика, народні пісні, краса природи, образотворче мистецтво.
Першими вихователями дитини Сковорода називав батьків. Зневажливо ставився до тих «напівбатьків» і «на-півматерів», які передоручають виховання своїх дітей іншим, порівнював їх із зозулями, що підкидають яйця в чужі гнізда. Вирішальну роль у вихованні він відводив школі, вчителям. Обстоював думку, що школа має бути доступною для всіх, з безплатним навчанням, розробив низку дидактичних і методичних положень. Стверджував, що усвідомлювати істину найкраще самостійно, через власну активність. У процесі навчання треба враховувати нахили і здібності дітей, їх вікові та індивідуальні особливості. Він радив правильно дозувати навчальний матеріал, викладати його доступно, ясно, точно, використовувати наочність, пов'язувати теорію з практикою, навчання з життям. Високо цінував такі методи навчання, як лекція, розповідь, розмова і бесіда. Цікавими є його думки про читання книжок і виписки з них.
У вихованні Г. Сковорода пропонував такі методи, як бесіда, роз'яснення, поради, приклади, радив виховувати не тільки словом, а й ділом, переконанням, привчати дітеи критично аналізувати свої вчинки, дотримуватися суворого режиму, уникати надмірностей. Він належно оцінив працю вчителя, висував до нього високі вимоги, зокрема до його знань, благородства, любові до дітей, до своєї справи. Вчитель повинен бути прикладом для інших в усьому, вміти володіти голосом, викладати «прилично, тихо й без крику».