За боротьбу проти релігійних догм Галілей переслідувався церквою і змушений був погодитися на принизливу процедуру відречення від вчення Коперника. Проте після відречення він сказав про Землю:
"А все ж таки вона крутиться!"
Сучасником Галілея був мислитель Френсіс Бекон (1561—1626 рр.) — родоначальник англійського матеріалізму і експериментальної науки. Бекон домагався звільнення від теології, від помилок, що закривають від нас дійсність. Об'єктивно сприяючи розвитку вільнодумства, він, однак, ніде не заявив про нього. Бекон не зміг піднятися вище теорії "двоїстої істини".
Більш рішучий характер мало вільнодумство співвітчизника Бекона Томаса Гоббса (1588—1679 рр.), який вів наполегливу боротьбу за витіснення релігії з філософії і науки, виступав проти теорії "двоїстої істини", заперечував ідею бога і безсмертя душі.
Ще більш послідовно виявив свої вільнодумні погляди П'єр Гассенді (1592—1665 рр.) — французький вчений. Він написав ряд праць із природознавства, листувався з Галілеєм, був прибічником і пропагандистом атомістичного вчення Епікура.
Видатною фігурою вільнодумства XVII ст. був Бенедикт Спіноза (1632—1677 рр.). 1670 р. Спіноза видав "Богословсько-політичний трактат", в якому докладно виклав свої матеріалістичні і вільнодумні переконання. На його думку, основою всього світу є вічна, нескінченна субстанція, яку він ототожнював з природою. Спіноза доводив, що людина здатна пізнати природу, що наукове знання є єдиною формою знання. Ототожнюючи, як і Д. Бруно, бога з природою; Спіноза був, по суті, пантеїстом. Значною його заслугою є аналіз Біблії. Дослідник виявив у Старому заповіті велику кількість суперечностей, довів, що Мбйсей, якому богословська традиція приписувала авторство перших п'яти книг Біблії, не міг бути їхнім автором. Своїм "Богословсько-політичним трактатом" Спіноза викликав вороже ставлення до себе з боку ортодоксів. Завдяки цьому творові він уславився як вільнодумець, що поклав початок науковому аналізу Біблії.
Таким чином, XVI і XVII ст. ознаменувалися новими кроками в розвитку вільнодумних поглядів. Виступи з критикою релігії в переважній більшості маскувалися пантеїзмом і деїзмом.