Уніатський Собор проголосив публічно унію, а на владик Гедеона Балабана та Михаїла Копистенського і все духовенство, що брало участь у Православному Соборі, кинув клятьбу.
На проголошення унії Православний Собор відповів протестом, бо, мовляв, вчинили її без відома православних кілька владик. Але міські суди, крім Володимирського, відмовилися вписувати протестацію. Акти переслано до патріархату, і патріарх Мелетій Пігас затвердив усі постанови Собору. Управління Церквою, до обрання нових єпископів, він доручив екзархам: Гедеонові Балабанові, протосінкелові Кирилові Люкарісові та князеві К. Острозькому.
Король затвердив ухвали Уніатського Собору, а ухвали Православного визнав неправильними.
Так Україна розділилася на дві частини. По одному боці став увесь православний загал і два владики, по другому — уніати: митрополит, п'ять владик і купка прихожан. Який же Собор право-сильний? Почалася полеміка.
Уряд вважав правосильним Уніатський Собор, не рахуючись з тим, що владики, над якими була влада патріарха, самовільно вирішили приєднатись до іншої Церкви і змінити канони. В практиці православних участь мирян у Соборі була цілком правильна. З погляду православних Уніатський Собор був неканонічний.
Закиди Уніатського Собору: 1. Никифор був «шпигун»;
2. у Православному Соборі брали участь іновірні. Хоч вини Никифора не можна було довести, його замкнено до в'язниці, де він і помер.
Ідеї і практиці патронату протиставлено владу короля, в справі номінації. Православна Церква наче не існувала. Прохання не давати дібр уніатам уряд відкинув, бо, мовляв, уніати — грецького обряду.
Берестейська унія не внесла спокою і не поєднала Церкви. Навпаки, крім двох — православної і католицької — з'явилася третя, уніатська. На боці уніатської були: митрополит, п'ять єпископів, визнання польським урядом, а головне — могутня рука папи. На боці православних: два єпископи, багато чорного та білого духовенства і — народ, їх зверхник, Царгородський патріарх, не був у стані боронити їх. Спроби православних звернутися до короля за посередництвом сеймиків та сеймів нічого не дали. Уніатська Церква залишалася в очах уряду єдиною правною Українською Церквою.
Тяжкий стан Православної Церкви погіршував внутрішній двоподіл: владики, частина шляхти та міщан пішли за унією, але більшість духовенства, шляхти з кн. К. Острозьким, більшість міщан та братств, селяни, а головне та нова сила, що організувалася за Дніпровими порогами — козацтво — залишилися при вірі батьків.
Менші чисельно прихильники унії розгортали колосальну енергію, зміцнюючи свої позиції та приєднуючи нових прихильників.
Слабого митрополита Михаїла Рогозу замінив у 1600 році єпископ Володимирський, талановитий Іпатій Потій, що був до того Володимирським старостою, людина з великими зв'язками, добрий промовець і дипломат. Роки 1595-1613 — це «Потієва доба», характеризує його роль О.Б. Курилас. Твердою рукою взяв він керівництво митрополією і провадив справу до своєї смерті в 1613 році. «Не з Рогозою, а зо мною маєте діло», — писав Потій у 1600 році до слуцького кліру, який не слухав його.
На той час православне духовенство не мало рівного митрополитові Потієві, але мало князя Костянтина Острозького, який останні роки свого життя присвятив боротьбі з унією та обороні Православної Церкви. Шукаючи підтримки, князь К. Острозький зблизився з кальвіністами. В 1599 році у Вільні відбулася Генеральна Конференція, на якій він заступав православну шляхту, а князь М. Радзівілл — кальвіністичну. Але співпраця двох конфесій не наладналась, бо духовні кола вороже поставилися до кальвіністів і вимагали благословення патріарха. Благословення патріарх не дав, і Віденська Генеральна Конференція фактично на тому й скінчилася.
Найбільше значення п справі оборони Православної Церкви мала релігійна полеміка, участь в якій взяло чимало видатних, талановитих авторів. Ця полеміка велася з завзяттям, твори поширювалося переважно в рукописах, і вони викликали захоплення читачів."1 Тим часом православні втрачали свої храми, церковні маєтки, які переходили до уніатських владик.
Справу православних та уніатів розглядалося майже щороку на сеймі, в сенаті." Важливим було те, що нарешті король примушений був визнати, що український народ поділився на дві частини, і що уніати не можуть репрезентувати всього народу.
Року 1603-1605 польський уряд пішов на поступки: з митрополії уніатського митрополита вилучено Києво-Печерський монастир і дозволено обрати там православного архимандрита — Єлісея Плетенецького; визнано права братств і вилучено їх з-під юрисдикції митрополита-уніата.
Безоглядна політика Сігізмунда III викликала незадоволення протестантів та православних, до яких приєдналося чимало дисидентів католиків, і 1606p. проти короля вибухло повстання («рокош») на чолі з Краківським воєводою Зебжидовським. Хоч це повстання було придушене польським військом, але в ньому чітко висловили свої вимоги православні, зокрема — деградувати уніатських владик, роздавати церковні добра тільки православним припинити всі судові процеси проти духовенства.
Після смерті Кирила Терлецького король поспішив надати луцьку кафедру уніатові Остафієві Єловичу-Малинському.
На тліцих подій поглиблювалася денаціоналізація української шляхти: нащадки знатних родів переходили на католицтво або унію. Року 1608 помер князь К. Острозький, і серед української шляхтивже не було нікого, хто міг би заступити його. бо й діти князя перейшли на католицтво.
У перший час після Берестейської унії уніати відчули глибоке розчарування: вони сподівалися на допомогу і співпрацю латинського духовенства Польщі, на що нібито вказувало його ставлення до Собору в Бересті, насправді ж зустріли відкриту ворожість. Вже в королівському універсалі 15 грудня 1596 року немає згадки про право уніатських єпископів засідати в Сенаті, не зважаючи на те, що в цьому питанні папа звертався до короля. Релігійна боротьба підкопувала силу народу; полемічна література роз'ятрювала пристрасті. Після Берестейської унії виявився трагізм Української Уніатської Церкви, — пише Вінтер: православні ненавиділи уніатів за зраду, а Римо-Католицька (Польська) Церква не вважала їх за повноцінних громадян, бо вирішальним для неї було питання національності. Поляки прагнули такого об'єднання Церков, щоб православні цілковито відмовилися від своїх догматів, історичної традиції, обрядів. Уніатська Церква стала тільки «терпимою» в Польщі, як терпимою була Православна. Польський історик, єпископ Ліковський, пише, що польське духовенство, замість притягати до себе уніатів, їх тільки принижувало. Але внаслідок цього Українська Католицька Церква не зв'язалася з польським урядом «стала головним заборолом української народности проти польонізації», — писав Д. Дорошенко.
1. Історія України. Посібник. За ред. В.А.Смолія. – К: Просвіта, 1997
2. Історія України. Навчальний посібник для студентів неісторичних спеціальностей. – Донецьк: Центр підготовки абітурієнтів, 1998
3. Грушевский М.С. Очерк истории украинского народа. – 2-е изд. – К.: Лыбидь, 1993