Зміни політичних та соціально-економічних умов життя, що настали пізніше, та заборча політика московських царів і впливи московського державного устрою, права й соціальних відносин привели до значних змін. Роль і значення Генеральної Ради поступово обмежуються лише вибором гетьмана; влада гетьмана, в свою чергу, обмежується, з одного боку, владою царя, а з другого — впливами козацької старшини, яка при допомозі Москви набирає більшої ваги й значення в державі. Протилежності інтересів між вищими й нижчими верствами населення, між гетьманом і старшиною, між старшиною й козацтвом приводять до нестійкості й ослаблення держави перед заборчою політикою Москви, яка всіма способми прагне урізати права й вільності Війська Запорізького.