Перше повідомлення про заснування Київського братства у 1588 році знаходимо в історичній записці Київської Академії, поданій Духовній митрополії Київської консисторії в 1765 році. В цій же записці й зазначається, що задокументоване братство лише в 1615 році. Автори записки стверджують, що монастир і школа при ньому кілька разів була розорена й спустошена, тільки в 1622 році повне відновлення її зробив гетьман Петро Сагайдачний. Цю думку підтвердили в 1773 році інші історики Г. Міллер та В. Рубан. Однак пізніше деякі вчені починають ставитися до цих джерел з недовірою. Так, критично подає їх і С. Голубєв, автор фундаментальної праці про Києво-Могилянську академію.
Як би там не було, але в Києві отримали освіту такі відомі на той час люди, як Захарія Копистенський, Богдан Хмельницький, Єлисей Плетинецький, Кирило Транквіліон-Ставровецький, Касіян Сакович, Павло Тетеря, Яким Сомко та ін. Наставниками в цій школі були Іов Борецький та ректор Мелетій Смотрицький (о. Макарій Булгаков. Исторія Києвской академіи.- 1843).
14 жовтня 1615 року Галшка Гулевичівна з дозволу чоловіка подарувала подільський дім і подвір’я (плац), а також пожертвувала 10 тисяч злотих на створення в ньому школи, готелю, шпиталю та православного монастиря. Зберігся її дарчий документ, вписаний в книги Земські Воєводства Київського. Якщо хочемо святкувати цю дату як початок Київської академії, то мусимо додати 10 днів (до юліанського календаря), тобто маємо 24 жовтня за сучасним стилем.
Враховуючи важкі політичні умови, коли більшість української шляхти переходила до унії, тим самим зраджуючи інтереси Української державності, Галшка записує у своїй дарчій імена тих людей, на яких покладає надії і впевненість, що вони не зрадять. Вона вводить у свій двір учителів на чолі з Ісаєю Копинським і довіряє їм влаштувати школу з її фундації. Щоб ця угода не порушувалась, Галшка уточнює: "До того ж особливо застерігаю, що якби (від чого, Боже Борони!) якими-небудь утисками чи несправедливим судом вище іменовані ченці і християни витіснені були із тої фундації, мною пожертвуваної, а також якби хтось, якимось чином захотів заволодіти тою фундацією і всім, що б не було там побудоване, то той двір і земля цілком повинні бути повернені моєму Дому і перейти до моїх нащадків, по якій би лінії вони не походили".
Далі Галшка заповідає своїм нащадкам опікуватися її фундацією, дотримуючись справедливості і, за необхідністю, самим фундувати і надавати свою землю для українських навчальних закладів, - а запис її має бути дотриманим і збереженим "на вічні часи".
Перше зібрання цього оновленого братства відбулося 9 грудня (за юліанським календарем) в іменинний день Галшки. Цей день став святом Братства. Якщо перевести цю дату на новий стиль, то мусимо святкувати день заснування Київського Братства 19 грудня (бо в 1615 році різниця в календарях після реформи 1582 року була 10 днів).
Ректором школи, як уже згадано, Галшка запросила митрополита Ісаю Копинського. Та не так воно сталося, як планувалось. Ісая Копинський дуже скоро мусив виїздити на влаштування Густинського і Ладинського монастирів під Прилуками, що належали Михайлу Вишневецькому. Тут він перебував майже 15 років. Після нього був настоятелем школи і Воскресенської церкви Іов Борецький. А після нього ще кілька ректорів. Пізніше посада ректора обов’язково поєднувалася зі званням митрополита або ігумена. Але вчителі школи могли бути цивільними, не обов'язково ченці.
В 1632 році в Галшчин двір прийшли нові господарі.
Воєводич молдавський Петро Могила був вибраний на звання "старшого брата, опікуна і фундатора" 11 березня 1631 року. У грудні 1631 року в день Зачаття св. Анни Богоявленські братчики "просили" свого "старшого брата, щоб він заведену ним школу (?) і вчителів, що при ній знаходились, перевів до Братського монастиря і заснував (?) її тут, як при ставропігії патріарха костянтинопольського і місці, зручнішому для виховання учнів. І в наступний день Петро Могила оголосив свою згоду заснувати тут своїм коштом школи, з тим, щоб йому бути довічним опікуном". Вся ця історія, як і новий упис братства, в якому першим стоїть ім'я Петра Могили, виглядають досить дивно з огляду на те, що першим він аж ніяк не міг вписатися в упис. Деякі історики навіть намагаються виправдати це тим, що нібито братчики залишали цілі сторінки попереду, щоб хтось із видатних осіб міг вписатися вище.
30 квітня (а по ст. ст. 20) помер король Жигимонт ІІІ у Варшаві. Тоді до Варшави з'їхалися цілі делегації на виборчий сейм, щоб обрати нового короля. Поїхав і Петро Могила разом з Ісаєю Трофимовичем та іншими прибічниками. Тут він з братією пробув цілий рік. Тут же і був обраний цією ж братією на митрополита при живому митрополиті Київському Ісаї Копинському.
По приїзді ж до Києва новоявлений митрополит насильно забрав Ісаю Копинського з Михайлівського монастиря до Печерської лаври, а потім до Мгарського Лубенського монастиря, заснованого ним у 1622 році. Та скоро князь Єремій Вишневецький не схотів тримати близько себе літнього священника Ісаю Копинського, який постійно дорікав йому за зраду православної віри. Тоді князь передав свої монастирі Петру Могилі, з яким був у родинних стосунках по лінії своєї матері Раїни Могилянки. Ісая Копинський лишився тільки зі званням архиєпископа Сіверського та ігумена Михайлівського. Він поїхав на Полісся, намагаючись повернути собі Михайлівський монастир, та марно. Подавав грамоту королю Владиславу, подавав до суду, та все марно. В 1640 р. він помер.
Запорозьке козацтво, яке гуртувалося навколо Межигірського монастиря, було політичним противником Могилянців, які мали свій осередок в Печерській лаврі (О. Кучерук. Дар Галшки Гулевичівни // Київ, 1991, № 12).
Невідомо, як поставилися нащадки Галшки і Стефана Лозок до захоплення школи їхніми політичними противниками. Знаємо тільки, що Петро Могила все життя був у конфлікті з Михайлом Лозком. Причини цієї неприязні сьогодні невідомі. Про них можемо тільки здогадуватися, пам'ятаючи заповіт Галшки "до того ж особливо застерігаю..." Однак, Могилянці при підтримці королівської влади, взяли гору і навіть залишили ім'я свого натхненника в назві школи, що пізніше стала академією. Саме Петро Могила вніс у викладання колегії латинізацію й схоластику, хотів спрямувати навчання за єзуїтськими зразками.
Церковні пастирі, як і шляхтичі, створювали собі герби, але в них замість рицарських атрибутів зображалися митри, хрести та інші церковні символи. Принагідно слід зазначити, що й у Петра Могили був свій герб, навіть кілька його варіантів. Цікаво, що в гербі Петра Могили була зображена не православна митра, як в інших православних ієреїв, а католицька кардинальська шапочка.
Ніхто за життя Петра Могили не називав колегію (академію) "Могилянською", ні польські королі, ні московські царі. Це сталося вже понад двадцять років після його смерті. Вперше цю назву знаходимо в грамоті короля Михаїла Корибута Вишневецького (внучатого племінника Могили, онука Раїни Могилянки) в 1670 році: "Ми нашою королівською владою дозволили, після такого тяжкого руйнування і спустошення, відновити помянуту Києво-Могилянську колегію і в ній школи". Звертаємо також увагу на те, що колегія була черговий раз зруйнована і спустошена, через що потребувала відновлення.
Про Галшку в цей час знаємо дуже мало. Чи були якісь дії з її боку, коли школа перейшла в чужі руки, чи ні, невідомо. Після смерті Степана (в 1618 році) у Києві їй допомагав і підтримував Лаврін Лозко, як найближчий родич Степана. Згодом вона переїхала у свій замок в Рожеві, але скоро (близько 1620) повернулася на Волинь, де вона мала багато родичів.
Що ж нам відомо про самого Петра Могилу ?
Петро Могила - потомок Молдавського господаря Симеона, котрого прогнали з Молдавії турки; брат того Симеона Єремія у початку XVII в. здобув город Могилев і віддав його посагом за своєю дочкою Марією, що пішла за Стефана Потоцького. Старша дочка його Раїна, жінка князя Михайла Вишневецького, була дуже побожна, міцно держалася православної віри; за свій вік вона збудувала три монастирі: Густинсько - Прилуцький, Ладинсько-Підгорський і Мгарсько-Лубенський. Страший її син Ярема перейшов на католицтво і був лютий ворог України, а внук її Михаїл був королем Польским. Петра Могилу ще малого привезено у Польщу; вчився він у Франції, скінчивши там науку, став служити у польському війську, але скоро покинув службу і, як православний, приїхав у Київ, і тут у 1625 році постригся у Лаврі у ченці. Через три роки його вибрали архимандритом Київо-Печерської Лаври. У 1632 році Петра Могилу висвячено у Львові на митрополита Київського.
Дуже зраділи Кияні, знов маючи свого митрополита; зібралися вони і, під проводом Баляска, Веремієнка слюсаря Биховця, кинулися до Софійського собору, що був тоді у руках уніятів, вигнали їх відтіль і з других церков, котрі були в уніятських руках, і з того часу Собор св. Софії став знов православною митрополичною церквою. Повернувшись до Києва митрополитом Петро Могила зараз найбільшу увагу звернув на свяшенників і, щоб зробити з них міцних борців за православну віру проти уніятів католиків, він не висвячував нікого на свяшенника доти, поки той не пробуде у Києві год, або й більше, і не навчиться як слід розуміти свою віру. А за-для того Петро Могила з братської школи зробив вищу Українську Академію (так вона й звалася "Могилянська Академія"), де вже вчилися не тільки діти, а й свяшенникі. Могила написав кілька духовних книжок: катехизис, де подано основи віри православної; требник - як правити службу.
Коло Академії для бідних дітей він завів, своїм коштом, бурсу, де діти й жили і харчувались. Київська Академія за його стала міцною обороною православної віри проти таких католицьких шкіл, що були заведені ще й до того єзуітами; вона дала великих людей України, а пізніше - її освітою та її учениками користувалось і Московське царство; була вона на ті часи як університет, і студентів в ній бувало більше тисячі; з них виходили потім і духовні і світські, навіть воєнні люди.
Петро Могила помер 1 січня 1647 року; йому було тоді тільки 50 років. Перед смертю він одписав на Братську школу у Києві усі свої гроші.