Радянізація краю у 1939-1941 рр. передбачала й ліквідацію здобутків національно-церковного руху міжвоєнного періоду. Для здійснення запланованих заходів радянська влада використала вцілілих єпископів Російської православної церкви. Здеморалізовані і завербовані радянськими спецслужбами єпископи стали слухняним знаряддям втілення його політики. Восени 1939 р. в краї припинили свою діяльність духовні навчальні заклади і церковно-громадські організації. Громади віруючих, духовенство і церковнослужителі були обкладені надмірними податками. Партійні та комсомольські організації розгорнули на Волині антирелігійну агітацію. Висувались вимоги передачі церковних будівель під школи, клуби, дитячі садки. Траплялись випадки виселення священиків з парафіяльних будинків. Для ліквідації матеріальної основи функціонування парафій та чернечих обителей реквізовувались церковні та монастирські землі. За розпорядженням влади ченці та черниці виселялись з монастирів, ліквідовувалось їх господарство. За менш ніж два роки на Волині було заарештовано, вивезено і розстріляно багатьох православних священиків-патріотів. Після неканонічного приєднання Волинської єпархії до Московської патріархії планувалось використати місцеве духовенство для ліквідації Української греко-католицької церкви в Галичині. В умовах антицерковної кампанії частина патріотично налаштованих священиків перебралась на Холмщину, де брала активну участь у розбудові національного православ’я.
Німецько-радянська війна істотно позначилась на релігійному житті краю. Ейфорія перших місяців німецької окупації активізувала національно-церковні процеси, у яких Волинь відіграла роль центру та плацдарму, з якого розпочалось відродження Української церкви. Існувало кілька шляхів розвитку національно-церковних процесів у краї. Спочатку церковно-громадські сили Волині виступали за створення Української церкви без Москви та Варшави. Врешті довелось її відроджувати як Адміністратуру Автокефальної православної церкви на чолі з митрополитом Діонисієм (Валединським). Лише наприкінці 1941 р. владика Діонисій видав указ про створення Адміністратури та призначення адміністратором архієпископом Полікарпа (Сікорського). На початку 1942 р. Адміністратура активізувала свою діяльність. У лютому того ж року у Пинську висвячено двох єпископів-українців — Никанора (Абрамовича) та Ігоря (Губу) для відродження церкви на Великій Україні. Тоді ж Собор Автокефальної церкви у Пинську постановив прийняти духовенство УАПЦ митрополита В.Липківського до складу цієї церкви у сущому сані.
Політика нацистського режиму щодо Православної церкви краю протягом 1941-1943 рр. зазнавала змін. У перші місяці військової кампанії на Сході німці толерували національно-церковний рух, одночасно не перешкоджаючи організаційному оформленню Автономної церкви. Щоб запобігти створенню єдиної Української церкви, окупанти не допустили на захоплені території архієпископа Іларіона, якого українці бачили її потенційним главою. Фашистський режим дозволив церковне відродження у канонічній залежності від Варшавського митрополита. У 1942 р. німецька церковна політика конкретизувалася. Есесівські відділи та поліційні команди мали інструкцію про недопущення створення загальноукраїнської Автокефальної церкви. Жорсткий контроль за церковним життям Волині встановлено на початку травня 1942 р. Керівництво Райхскомісаріату Україна визнало існування Автокефальної та Автономної церков. Тоді ж німці наказали припинити церковну полеміку в пресі, а наприкінці травня райхскомісар Е.Кох заборонив нові єпископські хіротонії без дозволу влади. У наступні місяці втручання окупантів у життя церкви посилилось. Заборонено відправляти Служби Божі в храмах у будні та у неділю протягом світлового дня. Завдяки негативній позиції нацистського режиму було зірвано об’єднання Автокефальної та Автономної церков. У січні 1943 р. владу митрополита-адміністратора обмежено територією Генерал-комісаріату Волинь і Поділля. Призначення і усунення священиків мало відбуватись у порозумінні з відповідним гебітскомісаром. Почалося брутальне втручання окупаційної влади в життя церкви з метою її знищення. Ув’язнено, розстріляно та спалено багатьох панотців. За неповними даними загинуло 43 священики, спалено більше 30-ти храмів.
Хоча Автокефальна церква проіснувала недовго, вона розвинула свою організаційну структуру та розгорнула просвітницько-благодійну діяльність. Єпископ Полікарп (Сікорський) своєю позицією і функціями, власним авторитетом та діями закладав основи формально ще непроголошеної, однак фактично існуючої Автокефальної церкви. Він впорядкував економічну базу функціонування парафій і монастирів. Діяльність Дубенської, Ковельської, Любомльської та інших церковних рад сприяла організації національно-церковного життя краю. В церковно-адміністративному плані предтечею Адміністратури потрібно вважати духовну консисторію Луцько-Ковельської єпархії, утвореної за указом митрополита Діонисія 11 серпня 1941 р. У грудні того ж року митрополитом-адміністратором призначено архієпископа Полікарпа. У серпні 1942 р. створено Рівненське церковне управління. Вікарієм митрополита-адміністратора, керуючим Рівненсько-Крем’янецькото єпархією призначено владику Платона (Артемюка). Для опіки над православними чехами Волині було висвячено у єпископи і призначено Дубенським вікарієм В’ячеслава (Лісицького). Авторитет Автокефальної церкви зростав, що позначилось на кількості парафій. У вересні 1942 р. Рівненсько-Крем’янецька єпархія нараховувала більше двохсот громад, а в наступному році в Автокефальній церкві діяло вже три монастирі. Незважаючи на воєнні умови, Українська церква здійснювала благодійно-просвітницьку роботу. На заклик владики Полікарпа сільські громади жертвували продукти харчування для бідних жителів Луцька, духовенство організовувало дитячі садки, підтримувало сиріт. Автокефальна церква співробітничала з “Просвітою”, організовувала урочисті відзначення українських державних свят, вшановувала пам’ять жертв сталінського режиму, проводила антиалкогольні кампанії. Для підготовки церковних кадрів у Луцьку діяли Пастирські курси, планувалось видавати журнал “Українська церква”, проводилась катехізація дітей, перекладацька робота.
У п’ятому розділі — “Ліквідація Української церкви сталінським режимом” — проаналізовано форми та методи контролю церковного життя радянською владою, кадрову та обрядову політику Російської православної церкви та її покровителів, показано масштаби репресій щодо українського духовенства.
На початку 1944 р. з приходом радянських військ на Волинь Московська патріархія у спілці з сталінським режимом почали встановлювати контроль за місцевим церковним життям. Протягом кількох місяців “вивчав” ситуацію та ліквідовував автокефальний “розкол” в краї єпископ Курський Пітирим (Свиридов). Органи радянської влади збирали відомості про кількість церков та духовенство. У липні Св. Синод РПЦ постановив утворити Волинсько-Рівненську єпархію. У звітах місцевої влади в обласні Ради Луцька та Рівного траплялась інформація про окремі громади та священиків, які заявляли приналежність до Автокефальної церкви. На початку грудня 1944 р. для взяття під контроль церковного життя краю уповноваженим Ради у справах Російської православної церкви при Раднаркомі УРСР у Волинській області призначено М.Діденка. Московська патріархія теж поширювала власний церковно-адміністративний апарат на Волинь, призначивши до Луцька правлячим архієреєм Миколу (Чуфаровського). М.Діденко у Волинській області й П.Дубовик у Рівненській продовжували збирати потрібну владі інформацію. Уповноважений контролював призначення на відповідальні посади єпархіального та деканального рівнів. Під його пильним оком приймались в єпархію нові священнослужителі, жоден священик не мав права проводити богослужіння без реєстрації уповноваженого. Уповноважені стимулювали доноси священиків один на одного та створювали атмосферу недовіри.
Для нейтралізації автокефального духовенства режим та маріонеткова РПЦ використовували автономних священиків, яких згодом також було усунуто. Заборонялося вживання української мови в богослужіннях, нищилась українська сакральна символіка. Національно свідоме духовенство не мало права займати посади в єпархіальному управлінні, деканами призначались лише колишні автономісти. Уповноважений Ради у справах РПЦ у Волинській області під час зустрічей з правлячим архієреєм неодноразово наголошував на потребі здійснювати правильну кадрову політику. Однією з її форм було переміщення непокірних священиків з престижних парафій до Волинського Полісся, а також у східні єпархії України та до північних регіонів Росії. Новий тип священно- та церковнослужителів була покликана готувати Волинська семінарія, яка перебувала під наглядом уповноваженого. З прицерковних бібліотек вилучали партитури, богословські книги та журнали “націоналістичного” змісту, а у храмах єпархій ліквідовувались синьо-жовті розписи. Особливого розмаху набула кампанія знищення хрестів-фігур, які нагадували українському народові про загиблих борців за волю України.
За перше післявоєнне п’ятиріччя радянська влада та Російська церква завдали нищівного удару українському духовенству. З 1944 по 1951 рр. на Волині було розстріляно, ув’язнено й вивезено понад сто священно- та церковнослужителів. Пік репресій припав на 1947 р., тоді постраждало 13 священиків, 5 дияконів та 2 псаломщики. В ієрархічному плані жертвами стали насамперед священики, у сумному переліку їх — 98. Найпоширеніше обвинувачення — участь у “бандах УПА” чи сприяння їм. Підставою вироку слугувала 54 стаття Кримінального кодексу УРСР. Винесені вироки передбачали термін покарання від 5 до 25 років ув’язнення. Частина репресованих священно- і церковнослужителів, пройшовши крізь радянські тюрми та концтабори, повернулася на Волинь, решта померла в ув’язненні. Застосовувала репресії до автокефального духовенства і Російська церква. Українських священиків приймали в лоно РПЦ через покуту або перевисвяту. Відомо про більше як сто випадків неканонічної пересвяти протягом 1944-1946 рр. Особливі розпорядження існували і щодо затвердження духовних нагород наданих духовенству автокефальними єпископами. Обов’язковим був дозвіл Московського патріарха на визнання чинними нагород хрестом з прикрасами, митрою, званням протоієрея. Нижчі нагороди перезатверджував єпархіальний архієрей. Такими засобами було ліквідовано організаційну структуру Автокефальної церкви і завдано потужного удару українському православ’ю.