За підготовленими пропозиціями передбачалося протягом двох років із сорока існуючих в республіці монастирів і скитів ліквідувати дев’ятнадцять, а їх мешканців розмістити в монастирях, що залишаться.
У питанні термінів ліквідації монастирів та скитів в Україні Рада в справах РПЦ мала розбіжності з Радою Міністрів УРСР, яка пропонувала провести її протягом одного літа. Однак, враховуючи той факт, що майже одночасне закриття значної частини монастирів могло викликати зайві розмови за кордоном та невдоволення всередині церкви, було заплановано їх провести в три прийоми [5, 91].
Перший етап планувався на червень-вересень 1959 р. У цей період в Україні мали закрити вісім монастирів і скитів. З них у західних областях – п’ять, а саме: Богоявленський жіночий монастир у м. Кременець Тернопільської області, Успенський жіночий монастир у с. Червневе Закарпатській області, Духовський чоловічий скит у с. Новий Торжок Тернопільської області, Богородицький жіночий скит у с. Бедевля Закарпатської області, Серафимівський жіночий скит у с. Заднє Закарпатської області [7, 71].
Із травня по червень 1960 р. планувалося провести другий етап і ліквідувати шість монастирів та скитів. Чотири з них містилися в західноукраїнському регіоні – Богословський чоловічий монастир у с. Хрещатик Чернівецької області, Богословський жіночий скит у с. Конашнєво Закарпатської області, Троїцький жіночий монастир у с. Успенське ІІ Ровенської області, Михайлівський жіночий скит у с. Драгове Закарпатської області [7, 72].
Із липня по вересень 1960 р. під час завершального, третього, етапу було заплановано ліквідувати п’ять монастирів та скитів. Чотири з них, а саме: Троїцький чоловічий скит у с. Городілово Закарпатської області, Благовіщенський жіночий скит у с. Горбки Закарпатської області, Миколаївський чоловічий монастир у с. Іза Закарпатської області, Успенський жіночий скит у с. Угля Закарпатської області [7, 72].
Таким чином, із загальної кількості монастирів та скитів, які було заплановано ліквідувати, майже дві третини припадало на західноукраїнські землі і майже третина – на Закарпатську область.
Закриття монастирів повинно було проводитися під різними виправдовуючими дії влади приводами. Так, Густинський жіночий монастир закривався тому, що на його території був будинок інвалідів і монастирські приміщення становили незначний відсоток у порівнянні з ним, а крім того, будинок інвалідів відчував гостру потребу в додаткових приміщеннях; Кременецький жіночий монастир розміщувався в центрі м. Кременець у безпосередній близькості від шкіл і державних організацій; монастирські приміщення Городищенського жіночого монастиря містилися безпосередньо біля лікувального джерела і на їх базі було вирішено організувати водолікувальний санаторій і т.д. Скити ж, які розглядалися як філіали монастирів, об’єднувалися з ними [4, 274 - 275].
2 квітня 1959 р. відбулося засідання Ради у справах РПЦ, на якому були присутніми представники вищої духовної ієрархії. Їм була надана можливість ознайомитися з планом ліквідації монастирів. Уже 4 квітня Патріарх Московський і Всієї Русі Алексій із власної ініціативи надіслав на ім’я голови Ради в справах РПЦ Г.Пінчука лист, в якому висловив свою позицію щодо запланованих заходів. Зокрема, глава православної церкви від свого імені, а також від імені митрополита Миколая і Керуючого справами патріархії протопресвітера Колчицького, “високо оцінив велику досвідченість у вирішенні церковних питань” голови Ради в справах РПЦ, а також “доброзичливість і обережний підхід у вирішенні такого життєвого питання, що торкається становища великої кількості громадян”. У посланні відзначалася “безболісність” плану, яка, за словами автора, полягала в тому, що передбачалося скоротити не так уже й багато із загальної кількості існуючих монастирів; що монахів із ліквідованих монастирів намічалося перевести в ті, що залишаться, і, що головне, саме закриття намічалося провести не відразу, а поступово, протягом найближчих років. На завершення висловлювалося сподівання, що план поступового скорочення зазначених монастирів буде схвалений та прийнятий урядом, який “неодноразово демонстрував доброзичливе ставлення до православної церкви” [7, 78-79].
Поряд з тим, що влада заручилася підтримкою вищої духовної ієрархії РПЦ, були зроблені кроки в напрямку усунення небажаного ажіотажу навколо закриття монастирів, який могли учинити віруючі. З цією метою керівництву монастирів було “запропоновано” припинити практику організації прийомів груп віруючих і окремих паломників, забезпечувати їх грошима, продуктами, а також “рекомендовано” ліквідувати готелі при монастирях тощо. Так, на початок літа 1959 р. були закриті готелі при Києво-Печерській і Почаївській лаврах [10, 32]. Під час закриття монастирів колгоспників із найближчих сіл відправляли на роботи подалі від обителей. Встановлювався нагляд за дзвіницями монастирів і навколишніх сіл, щоб не допустити підняття тривоги [6, 195].
23 листопада 1959 р. Рада Міністрів СРСР видала постанову “Про скорочення кількості монастирів і скитів на території УРСР”. Ця постанова, зокрема, зобов’язувала виконкоми обласних Рад депутатів трудящих Дніпропетровської, Полтавської, Ровенської, Чернігівської, Тернопільської, Закарпатської областей, а також Міністерство соціального забезпечення УРСР вжити заходи щодо працевлаштування молодих монахів, створити для них нормальні житлово-побутові умови, тих, хто висловить бажання, розмістити в будинках для престарілих та інвалідів, усіх інших розподілити по діючих монастирях у відповідності з підготовленими списками. Монастирські приміщення передавалися відповідним Радам депутатів трудящих для використання їх під культурно-просвітні установи, школи, лікарні, будинки престарілих і т. п. Речі культового вжитку, іконостаси, ікони, релігійна література передавалися діючим монастирям або найближчим церквам. Пам’ятники архітектури, розташовані на території монастирів, які закривалися, залишалися у віданні архітектурних управлінь, а ті з них, що використовувалися раніше як парафіяльні церкви, передавалися за типовим договором релігійним общинам. Про виконання постанови Рада у справах РПЦ повинна була доповісти до 1 травня 1960 р. [5, 101-103].
Закриття кожного монастиря чи скиту ретельно готувалося і супроводжувалося проведенням комплексу різноманітних заходів із використанням великих людських і матеріальних ресурсів. Зокрема, під час ліквідації монастиря у Кременці одних дружинників було залучено понад 120 осіб [5, 239], для перевезення майна монастиря, як зазначається в архівних матеріалах, використано понад 200 вантажних автомобілів, а кількість вантажників становила близько 250-300 чоловік [5, 216]. При цьому надзвичайно велика увага приділялася оперативності. Установи, які переселялися на території монастирів, повинні були бути готовими до освоєння приміщень у день евакуації ченців і черниць. У кінці дня переселення монахів на приміщеннях колишніх монастирів були вивішені відповідні вивіски, а самі приміщення відразу займалися [5, 239].
У доповідній записці про виконання постанови Ради Міністрів УРСР “Про закриття деяких монастирів і скитів на території УРСР” Уповноважений у справах РПЦ Г.Пінчук наголошував на необхідності глибокого знання уповноваженими цієї Ради та органами безпеки й МВС особового складу монастирів і скитів, груп паломників, що зосереджувалися навколо монастирів, настроїв духовенства [5, 238]. Робилося це з метою завчасного усунення осіб, які могли б організувати певний опір, створити ускладнення під час закриття монастирів.
Не зважаючи на те, що влада заручилася підтримкою патріарха Алексія, ліквідації монастирів чинився опір. Мали місце спроби організувати збір підписів віруючих з вимогою не закривати монастирі і монастирські церкви. Так, на ім’я М. Хрущова було надіслано скаргу від кременецьких громадян, під якою стояло 1240 підписів [5, 240]. Під час ліквідації монастирів у Кременці та Почаєві активно діяв єпископ Львівський Паладій. Отримавши вказівку патріарха та вислухавши рекомендації уповноважених Ради у справах РПЦ і формально згодившись із ними, він зробив спробу зірвати цю акцію. Передаючи наміснику Почаївської Лаври указ про ліквідацію скиту, він одночасно дав усне розпорядження не виконувати його. Крім того, на церковному святі в Кременці у присутності великої кількості віруючих він оголосив розпорядження про ліквідацію монастиря і закриття його церков, їздив з клопотаннями до патріарха, приймав прохачів з монастирів, обіцяючи їм підтримку та сприяння. Робили спроби чинити опір діям органів влади і самі монахи, однак позитивних результатів це не дало. Зокрема у Кременецькому монастирі під час його закриття монахинь, які особливо активно протидіяли діям властей, відправили до психіатричної лікарні як шизофреників [5, 238]. Такі випадки були не поодинокі, однак завадити тоталітарній машині вони не змогли.
На початок січня 1962 р. в Україні залишилося 13 діючих монастирів, з них – 2 чоловічих й 11 – жіночих, в яких проживало 1474 ченців і черниць [9, 110]. Уповноважений у справах РПЦ Г.Пінчук у цей час зазначав, що подальше скорочення мережі монастирів і скитів шляхом їхнього злиття в Україні неможливе у зв’язку з відсутністю в них житлової площі. Тому він пропонував у подальшому обкомам партії й облвиконкомам проводити роботу, спрямовану на розпад монастирських громад і, відповідно, закриття монастирів [8, 113].