Першим міністром віросповідань став В.Зіньківський – фахівець своєї справи, науковець і професор Київського університету. Справу Української православної церкви він провадив, підготовляючи її до автокефалії. Праця складалася з двох етапів: перший – підготовчий, автономний, другий – автокефальний. Вже через півтора місяця після приходу П.Скоропадського до влади було скликані перший Всеукраїнський Церковний Собор (20 червня 1918 р.). Міністерство ставило за мету почути голос Собору в церковних справах, зокрема, щоб церква в Україні мала своє вище управління на засадах автономії. Це вище управління, хоч воно і на засадах автономії, мало стати підвалиною і початком для наступного відділення української церкви від Москви в самостійну, автокефальну церкву. Про це потрібно було довести до духівництва і народу через Собор та прийняти на Соборі відповідну постанову. На Соборі міністр Зіньківський зачитав декларацію, якою проголошувалося:
1) Церква в Україні не повинна бути відділена від держави;
2) Уряд не втручається в життя церкви;
3) Уряд бажає допомогти церкві в її потребах і справах, але сподівається знайти з боку церкви опору для державних завдань;
4) Уряд може встановити автокефалію української церкви своєю сласною владою, що дає йому право церковна історія;[74]
5) Уряд не поспішає з автокефалією, а дає спершу розвинутися релігійним силам країни і церковній єдності усієї України;
6) Не допустимо, щоб окремі єпископи зносилися безпосередньо з Москвою;
7) Церковні справи вимагають негайного організування вищої Управи Церкви в Україні на основах автономії.[75]
Отже, уряд свої стосунки з церквою встановлював на засадах співпраці.
Щодо ставлення офіційних кіл Української держави до автокефалії православної церкви, то воно було висловлене на засіданні Кабінету міністрів 13 листопада 1918 р., коли за відповідною доповіддю міністра ісповідань уряд вирішив: “Визнати, що православна церква на Україні повинна бути автокефальною і просити міністра ісповідань викласти точку зору на це питання Собору”. За цей документ голосувало 8 міністрів, 5 – проти, 1 – утримався.[76]
Через п’ять місяців після першого собору було скликано другий Всеукраїнський Церковний Собор за гетьманщини. Міністром віросповідань тоді був О.Лотоцький. На цьому Соборі (12 листопада 1918 р.) він твердо і рішуче поставив питання автокефалії української церкви і оголосив соборові декларацію: “В імені Уряду Української Держави, маю за честь оголосити його тверду і непохитну думку, що Українська Церква має бути автокефальною. Автокефалія Української Церкви це конечна потреба нашої Церкви, нашої держави, нашої нації”[77]. Проте цю справу довести до логічного завершення за гетьманату не вдалося, поскільки в листопаді почалося антигетьманське повстання, внаслідок чого П.Скоропадського було усунуто від влади.
Замість монархії прийшла до влади Директорія, яка відновила УНР (грудень 1918 р.). Одним з її перших законодавчих актів був “Закон 1 січня 1919 року про вищий уряд Української Автокефальної Православної Церкви”, проведений як декрет нової державної інституції. В ньому підкреслюючи незалежність національної церкви, вказувалося, що вище церковно-законодавча, судова та адміністративна влада в Україні належить Всеукраїнському Церковному Собору.
Для керування справами УАПЦ передбачалося утворення Українського Церковного Синоду. УАПЦ з її Синодом і духовною ієрархією ні в якій залежності від Всеросійського Патріархату не стояли.[78] Звичайно намічене в цьому законі Директорії здійснити вдалося лише частково.
Проте, цим кроком по наданню українській православній церкві автокефалії чинився надзвичайно сильний опір московських церковнослужителів. Український народ поступова почав розкушувати їх облуду. Він почав уважніше прислухатися і придивлятися до їхніх слів і чинів. Він почав ледве-ледве проявляти активність в церковних справах, що вилилося в другій половині 1919 р. в могутній релігійний рух в Україні і воскресило стародавню, традиційну, святу українську церкву. В цьому заслуга тільки народу... , - підкреслював старший ад’ютант С.Петлюри в своїх спогадах “Літопис Української революції” Олександр Доценко, - а не представників державної влади, не представників політичних партій та угруповань.[79]
На кінець літа 1919 р. ситуація в УНР значно погіршилася, зростали непорозуміння в середовищі її керівництва, що викликало досить часті зміни уряду.[80] Внаслідок чергової деорганізації уряду УНР восени 1919 р., з 15 вересня Міністром культів став Іван Огієнко[81]. Обрання його на цю посаду в складі уряду І.Мазепи затвердив С.Петлюра, а 14 жовтня І.Огієнко склав присягу на вірність Україні.[82] І.Огієнка активність державної влади в питаннях релігії і церковного життя значно зросла. Він розпочав свою діяльність з вирішення мовних проблем та українізації (дерусифікації) церковного життя.
Ставши Міністром ісповідань, І.Огієнко особливу увагу приділяв організаційній стороні справи в галузі церковно-релігійної діяльності. При очолюванім ним Міністерстві ісповідань було створено колегіальний дорадчий орган – спеціальна Рада міністерства.[83] При її формуванні Огієнко покладався насамперед на власну інтуїцію, найбільше цінуючи в людях компетентність, освіту, витримку, відданість справі. Рада, що складалася з фахівців, допомагала міністру орієнтуватися в ситуації при обговоренні поточних, злободенних проблем, визначити пріоритети у діяльності відомства тощо.
За час існування Ради її членами були декан богословського факультету Кам’янець-Подільського університету професор В.Біднов, віце-міністр закордонних справ професор О.Ейхельман, протоієрей богословського факультету Кам’янець-Подільського університету В.Липківськпий, професор і доцент університету П.Неселовський, Ю.Сіцінський, П.Табунський, В.Чеховський, віце-директор міністерства ісповідань П.Сік орський, віце-міністр юстиції В.Цівчинський та ін. Посаду секретаря ради в різні роки обіймали Ю.Грох-Громальський, П.Клепацький, Л.Кенсицький, І.Левицький та П.Табунський. До участі в обговоренні окремих питань залучалися відповідні спеціалісти і зацікавлені сторони. На кожному засіданні розглядалося від одного до восьми питань щодо українізації церковної служби, розбудови та визнання законодавчого оформлення автокефалії національної православної церкви, налагодження та розвитку міжконфесійних і міжнародних взаємин, допомоги співвітчизникам-емігрантам, військовополоненим та ін. Так, протягом 17 вересня 1919 – 28 грудня 1921 рр. було обговорено 153 питання порядку денного. Серед них 66 разів Рада поверталася до обговорення церковного життя та автокефалії, 10 – становища українізації служби Божої та діловодства духовних установ, 6 – духовної освіти та ін. Зокрема, на першому засіданні 17 вересня 1919 р. Радою вирішено перейменувати “міністерство культів” на “міністерство ісповідань”, “бо слово культ” як чужоземне, є малозрозумілим для широких кіл населення і менше відповідає обставинам нашого життя, ніж слово “ісповідання”.
На цьому ж засідання І.Огієнко повідомив про своє рішення звернутися до архієрейства, духовенства й усього народу України з закликом обєднати зусилля для дружньої роботи на користь православної Української автокефальної церкви.[84]
В своєму листі-наказі 17 вересня 1919 р. до всіх Преосвященних єпископів і архієпископів в Україні він повідомив про своє призначення міністром ісповідань і просив архіпастирських молитов для допомоги в його “благочинних починаннях” і щоб Бог направив його стопи “по путі правди на славу Божу і користь України”. Далі в листі читаємо: “Ласкаво прошу Вас допомогти зберегти в чистоті стародавні наші українські церковні звичаї і обряди. Служба Божа по старому нашому звичаю має правитися з українською вимовою, Святе Євангеліє най читається українською мовою, най невидимо Спаситель благовістить до змученого народу нашого рідного йому українською мовою! Проповідь церковна най провадиться українською мовою пастві на користь, Богові на славу!”... Далі міністр звертає увагу на страждання, матеріальне незабезпечення та моральне пригнічення духовенства і що “все церковне життя, увесь церковний устрій вимагають великих негайних реформ” та що “необхідно також підганяти духовенство в очах народу морально і матеріально.
Огієнко як міністр ісповідань просив також про упорядкування церковного життя в Україні, про допомогу розпізнати негайні потреби духовенства і дійсні правдиві потреби змін у церковному житті. Найголовніше мав передати на вирішення Всеукраїнського Церковного Собору. Просив скликати з’їзди духовенства, щоб воно голосно і щиро сказало правду про свої потреби.[85]
17 вересня 1919 р. Міністр ісповідань І.Огієнко звернувся до народу. У програмному листі-зверненні “До українського народу від міністра ісповідань”[86] Огієнко закликав до повного братства, що щирого єднання і до одностайної допомоги в збудуванні нашої Народної Української Республіки і її автокефальної Церкви. Він нагадував, що “коли вся Україна, а з нею й Українська Православна Церква були вільними і ні від якої чужої влади не залежали”, “тоді українська воля і українська державність міцно будувалися і на церковному грунті”. Церковну працю вело тоді все українське громадянство, гуртуючись у церковні братства (селяни, міщани, робітники) і утворюючи великі культурно-освітні й благодійні вогнища, що підносили і зміцнювали самосвідомість українського народу. Українське духовенство працювало на користь України, йшло разом з народом, жило його мріями, страждало його стражданнями. Активну церковну працю проводило й козацтво, що міцно захищало православну віру і Боголюбиву Україну. Але тяжкі обставини громадського й церковного життя під московським пануванням зовсім знищили автокефальну українську церкву і всенародну церковну працю в Україні.