При гетьманському уряді було засноване міністерство ісповідань, першим міністром якого призначено професора В. Зіньківського, прихильника автокефалії Української Церкви. Але в своїй діяльності він зустрів опозицію збоку єпископату і значної частини населення. Патріарх Московський Тихон дав інструкцію обрати митрополита до Церковного Собору на Епархіальному З'їзді. Не зважаючи на протест В. Зіньківського, обрано на митрополита архиспископа Антонія Храповицького, хоч його кандидатура не набрала належної кількости голосів. Рада Міністрів вислала патріархові Тихонові протест проти обрання митрополита поза Церковним Собором, але патріярх санкціонував вибір Антонія. В особі митрополита Антонія Українська Церква дістала запеклого ворога. В. Зіньківський оголосив Церковному Соборові, що зібрався в червні 1918 р., непохитну волю Гетьмана – «встановити автокефалію Української Церкви». На останній сесії Собору, 12 листопада 1918 року, міністер віроісповідань, А. Лотоцький, оголосив декларацію, в якій сказано: «У самостійній державі має бути і самостійна Церква... автокефалія Української Церкви - це не лише церковна, але й національна наша необхідність. В імені уряду Української Держави маю за честь оголосити його тверду і непохитну думку, що Українська Церква має бути автокефальною». Таким чином гетьманський уряд поклав початок автокефалії Української Церкви. Велике ускладнення в будівництво гетьманської держави вносив брак українського війська. Спадщина, яку дістав гетьманський уряд від Центральної Ради, була дуже невелика. Після повернення українського уряду до Києва, Запорізький загін, під командою генерала К. Прісовського, який обороняв Київ від більшовиків, був переформований на Запорізьку дивізію. Генерала К. Прісовського усунуто від командування і на командира дивізії призначено генерала О. Натієва. З того часу дивізія називалася його іменем. До дивізії входили: три піших полки, один гарматний, один кінний, один інженерський і панцерний дивізіони. Загальне число вояків було 5.000. Згодом дивізію переформовано на корпус. Крім корпусу генерала О. Натісва були: полк Січових Стрільців під командою полковника Є. Коновальця та зформована в Австрії з полонених дивізія Синьожупанників, яка була розташована в Києві та Чернігові. Після масової демобілізації армії Центральна Рада почала формувати українське військо. Напередодні перевороту 29 квітня 1918 року німці роззброїли Синьожупанників та Січових Стрільців. Гетьманський уряд прийняв проект Центральної Ради про формування 8-ми корпусів та 4 кінних дивізій і почав його реалізувати. Для підготови освічених старшин засновано спеціальні військові школи. Мобілізація мала розпочатися в жовтні 1918 року; мали зібрати з цілої України в жовтні 1918 року 85.000 вояків, а на 1 березня 1919 року – 79.000. Ще в липні 1918 року була зформована Гвардійська Сердюцька дивізія з 5.000 вояків. Укомплектовано її хлопцями від 18 до 25 років з родин хліборобів, статечних господарів, переважно з Полтавщини. Взагалі до справи мобілізації гетьманський уряд підходив обережно: були серйозні підстави побоюватися, що загальна мобілізація відповідного віку молоді може принести до армії збольшевичені елементи. Тому уряд наказав відкласти комплектування військових частин до часу, поки дійдуть певного віку молодші хлопці, ще не отруєнні большевизмом. З другого боку гальмували справу німці, які запевняли Гетьмана, що для захисту України досить німецьких та австрійських військ. Тому мобілізацію відкладено з жовтня на листопад 1918 року.
З літа 1918 року Гетьман дав наказ військовому міністрові, О. Рогозі вжити заходів для поновлення організації козацтва, як окремого стану населення, так і великого кадру армії. Козацтво, як стан, існувало в Чернігівській та Полтавській губерніях до революції 1917 року, коли його зрівняно з усім населенням. Козацтво в XIX та на початку XX ст. користалося деякими пільгами і відзначалося від іншого населення більшим збереженням старих традицій, національною свідомістю й вищим добробутом. Козаки жили переважно на хуторах, хоч були й козацькі села, або частина якогось села належала козакам, а інша – селянам. 16-го жовтня 1918 р. Гетьман окремим універсалом відновив козацтво, спочатку в цих двох губерніях та на Слобожанщині. До козаків належали нащадки козаків, але могли вступати до того стану й некозаки. Козаки кожної губернії складали кіш з кошовим отаманом, який підлягав Гетьманові. У кожному коші було кілька полків, на чолі козацтва стояла Велика Козацька Рада, головою якої був сам Гетьман. Поновленням козацтва Гетьман хотів досягти дві мети: створити заможну, середньо-земельну, з сильними історичними традиціями верству, а з другого боку – мати надійне, незіпсуте більшовицькою пропаґандою військо. Крім того, поновлюючи козацтво, Гетьман сподівався втягти в орбіту Української Держави інші козацькі землі: Кубань, Донеччину і т. д. Лонгін Цегельський писав, що це був «великий, глибоко продуманий план державного мужа високої міри». Здійснити цей план гетьманський уряд не встиг. Восени розпочато формування Особливого Корпусу, переважно з російських старшин, які залишилися в Україні і не хотіли служити в большевицькій Росії. Уряд вирішив використати їх антибольшевнцьке наставлення та військовий досвід. Цей корпус не входив до української армії і підлягав безпосередньо Гетьманові. Розташований він був на українсько-російському прикордонні, між Путивлем та Сумами, в тих місцевостях, де не було української армії. У цілому, звичайно, не рахуючи наступних мобілізацій та Особливого Корпусу, військові сили України були мізерні. Окреме місце серед збройних сил належало Чорноморському флоту. Гетьманському урядові вдалося, після довгих переговорів, здобути згоду німецького уряду на передачу Україні військових суден Чорноморського флоту, які були захоплені німцями.
Опозиція
Опозиція проти гетьманату, що почалася з перших же часів після перевороту, дедалі посилювалась. Гетьман і кабінет міністрів охоче йшли назустріч національним вимогам, пропонували представникам опозиційних партій взяти участь в уряді, зайняти міністерські пости, але переговори в цій справі не мали успіху.
На початку серпня 1918 року Український Національно-Державний Союз перетворився на Український Національний Союз, який виставив гасло – боротьба за владу в Україні. На голову Союзу обрано А. Ніковського, а 18 вересня, замість нього, В. Винниченка, який був на той час дуже популярний. Була й друга опозиційна установа: Всеукраїнський Союз Земств; головою Київської Губерніяльної Земської Управи був С. Петлюра. Національний Союз повів рішучу боротьбу проти гетьманського уряду. В. Винниченко у своїй книзі «Відродження нації» згадував, як тяжко було вести до повстання серед українського населення: «...головною нашою силою, на яку я принаймні рахував, був полк Січових Стрільців – галичан, що стояв у Білій Церкві. Він мав півтори тисячі багнетів». В. Винниченко та інші члени Союзу виступали в пресі з гострими статтями проти уряду. З літа 1918 р., з доручення Гетьмана, Д. Дорошенко, який був серед міністрів найближчий до опозиції, повів переговори з проводом Національного Союзу про вступ представників Союзу до уряду. У жовтні відбулось побачення Гетьмана з В. Винниченком, А. Ніковським та Ф. Швецем, що скінчилось певною договореністю. Характеристичні в зв'язку з цим слова Винниченка: «Для конспірації (я) дуже активно брав участь в переговорах з німцями і Гетьманом у справі зформування національно-демократичного кабінету», себто хотів якмога більше затягти справу і вів торгівлю з Ф. Лизогубом про число міністерстьких портфелів, щоб приспати пильність уряду. 25 жовтня оформлено новий кабінет. До нього вступили – 5 представників Національного Союзу (4 члени есефів – А. В'язлов О. Лотоцький,.П. Стебницький й М. Славинський та безпартійний В. Леонтович). Нові міністри по суті оформили те, що було підготовлене попередниками, так – зформульовано земельний закон, проголошено автокефалію Церкви, відкрито Академію Наук тощо.Наступним кроком мав бути закон про Український Сойм, скликання якого намічено на січень 1919 року."' Але. коли все було полагоджене, з'явилася стаття за підписом В, Винниченка з заявою, що гетьманський уряд е незаконний. Стаття ця викликала незадоволення членів Національного Союзу, і чолові члени його – С. Єфремов, В. Садовський, О. Саліковський – висловлювались проти повстання, поки до кабінету входять представники Союзу.
У той час, як ішли переговори, міжнародна ситуація змінилася. 29-го вересня 1918 року скапітулювала Болгарія, а за нею Туреччина. 17-го жовтня Австро-Угорська імперія розпалася й перетворилася на «Союз Держав». У Німеччині швидко насувалася демократизація. Усі ці факти зробили становище України небезпечним: вона майже не мала регулярної армії, а з розпадом Австро-Угорщини та Німеччини загрожувала війна з совстською Росією. Переможниця Антанта підтримувала російські антибольшевицькі організації і ставилася негативно до «сепаратизму» народів, які були в складі Російської імперії. Україна мусіла шукати інших шляхів та зв'язків перед загрозою наступу большевицьких сил, які почали захоплювати північносхідню частину Чернігівщини. Л. Троцький відверто казав на VI з'їзді Совєтів, що завдання Червоної армії — скористувавшись з моменту, коли німецькі війська залишать Україну, а війська Антанти ще не встигнуть її опанувати, заволодіти українськими землями. В описуванні подій 1918 року большевицькі історики взагалі замовчують існування гетьманської держави і пишуть тільки про боротьбу з німцями на «південному фронті» та про організації повстанських загонів з українців. Головною силою большевиків була Таращанська дивізія.. В Україні зростало число прихильників нової орієнтації — на держави Антанти, а це приводило до думки про федерацію, яку ввесь час підтримувала Центральна Рада і яка відбилася в усіх її універсалах. Прагнення здобути Україні місце в новій світовій ситуації підказали 9-тьом міністрам кабінету Лизогуба рішення звернутися 17 жовтня до уряду з запискою про допомогу Росії в боротьбі з большевиками. Цю орієнтацію підтримав «Протофіс». Гетьманський уряд, шукаючи шляхів до порозуміння з Антантою, вислав дипломатичних представників до невтральних країн. Швайцарії,Скандінавії, Румунії. Становище України ускладнювала декларація Вільсона, яка вказувала, що завдання союзників – відновлення єдиної Росії. Українській державі місця там не було. У Румунії перебували посли всіх держав Антанти, і до Яс виряджено з Києва Коростовця для прелімінарних переговорів. Головний інформатор Франції в українських справах, консул Еміль Енно, заявив Коростовцеві: «Україна не мала школи своєї історії, ні національної окремішности. Вона створена німцями. Уряд Скоропадського, як германофільський, має бути зліквідований». Французький та англійський посли заявили Коростовцеві, що «Україна є частиною Росії... Україна ніколи не була державою і не може претендувати на визнання її державами Антанти».